鳗源嗜水气单胞菌L316主要外膜蛋白基因克隆和序列分析

根据已发表嗜水气单胞菌（AH）的外膜蛋白基因（Omp）的核苷酸序列设计1对特异性引物,应用PCR技术,扩增AHL316的主要外膜蛋白基因（Momp）,经T/A克隆,插入到pGEM-T系列载体上进行序列测定,结果表明Momp基因最长的开放阅读框（ORF）为1 035 nt,编码由分子量为36 kD的主要外膜蛋白（MOMP）,其与国外AH分离株AF146597的Omp基因的核苷酸的同源性达96%,氨基酸的同源性达98%.应用分子生物学软件分析表明此主要外膜蛋白前24个氨基酸是较强的疏水性区域,可形成信号肽,有跨膜区,经与其他外膜蛋白系统发育进化分析表明,该蛋白属于ompA蛋白家族.     

紫羊茅肌动蛋白编码基因核心片段的克隆及序列分析

肌动蛋白（actin）是构成细胞骨架的主要成分,是细胞外表形态、组织和正常生长的基础。本研究采用RT PCR技术扩增出肌动蛋白编码基因核心片段,将获得的片段连接到pMDTM19 T载体上后进行测序。序列分析表明,该片段长629 bp,编码208个氨基酸。同源性比较分析表明,紫羊茅肌动蛋白编码基因的核心片段与其他植物肌动蛋白编码基因核心片段氨基酸序列的同源性均在88%以上,具有高度的保守性。     

棉花解旋酶基因克隆及生物信息学分析

从棉花cDNA文库中克隆了棉花解旋酶全长基因,GenBank登记号:EU373038,并对其编码的氨基酸序列进行分析.结果显示,基因长度为3 491 bp,编码930个氨基酸,其编码的蛋白质预测等电点和分子质量分别为5.98和103.994 ku.蛋白质氨基酸序列分析表明,所获得的基因编码蛋白的氨基酸序列与GenBank中拟南芥同源性为74%与水稻同源性为60%,与葡萄同源性为79%.     

黄瓜异戊烯基转移酶基因的克隆及序列分析

根据GenBank拟南芥ATIPTs基因序列设计特异性引物,采用PCR方法从黄瓜S94基因组DNA中克隆出异戊烯基转移酶基因保守区片段;再通过对黄瓜基因组BAC文库的筛选,获得基因的全长序列,命名为cs-ipt,GenBank登录号HQ326777.经序列测定及分析表明,该基因编码序列全长1 005 bp,编码334个氨基酸,氨基酸序列中包含有ATP/GTP结合位点GATGTGKS.同源比对表明该基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他植物的ipt基因都有较高的同源性,其中与杨树的同源性最高为65%.     

禽多杀性巴氏杆菌ompW基因的克隆与序列分析

提取禽多杀性巴氏杆菌分离株Pm27基因组DNA,参考GenBank中Pm70株ompW基因序列设计引物,应用PCR技术扩增了细菌ompW基因,将扩增片段克隆到pMD18-T载体后测序。生物信息学分析表明,该基因编码区长度为615bp,编码204个氨基酸;氨基酸序列与参考株Pm70 OmpW蛋白的同源性最高,达98%;与睡眠嗜血杆菌的同源性77%,与琥珀酸产生菌的同源性为69.3%,与霍乱弧菌、大肠杆菌、耶尔森菌的同源性为50%左右。OmpW蛋白前21个氨基酸残基为信号肽序列,潜在的糖基化位点位于第122位氨基酸残基。     

环形泰勒虫suAT1基因的克隆及序列分析

以环形泰勒虫兰州株基因组为模板,经PCR扩增获得了suATI的部分基因,将该基因克隆到pMD20-T载体,对重组质粒进行PCR和双酶切鉴定及序列测定.结果表明:该基因的长度为1 377bp,编码了459个氨基酸.同源性分析结果显示:克隆序列与CenBank收录的环形泰勒虫参考核苷酸序列同源性为98.35%,氨基酸同源性...     

马铃薯乙烯响应因子基因的克隆表达及生物信息学分析

根据番茄ERF5基因(NM_001247583.1)序列设计引物,采用RT-PCR方法得到马铃薯ERF基因的cDNA,并对其进行生物信息学及表达分析.结果表明:该cDNA全长789bp,阅读框为732bp,编码243个氨基酸.序列同源性分析表明该基因序列与番茄ERF5基因的序列同源性达82%,氨基酸序列同源性达70%.对该马铃薯ERF基因的氨基酸序列经BLAST进行多序列比对,发现该氨基酸序列的98～160bp为AP2结构域,属于AP2/EREBP转录因子的EREBP亚族ERF类.蛋白质三级结构预测表明该基因的AP2结构域非常保守.对ERF基因进行荧光定量PCR分析,表明该基因可能参与了马铃薯块茎解除休眠与发芽过程的调控.     

北方梭囊孔菌漆酶基因DNA片段的克隆与序列分析

根据报道的10几种真菌漆酶氨基酸序列的保守区域设计了一对简并引物,以北方梭囊孔菌总DNA为模板,通过PCR扩增到一个1 201 bp的基因片段.将片段序列在NCBI的BLAST软件上进行同源性搜寻,显示99个序列,全部为漆酶基因及其类似基因,因而认为克隆到的片段就是北方梭囊孔菌漆酶基因片段.经过与同源性最高的粗毛革孔菌（laccase lcc1）同一区段编码区序列进行ClustalW比较,其中有6个间隔区,确定为内含子区.去除内含子后,推导的氨基酸序列为286个残基.经与其他几种真菌漆酶的氨基酸序列进行ClustalW比对,同源性均在51%以上.      

禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/4的M基因的序列分析

利用RT-PCR技术对禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/4的M基因进行了扩增与克隆,得到了全长核苷酸序列为1 016 bp的M基因,序列分析表明,M基因最大的开放阅读框位于19～1 000碱基;M1蛋白位于19～777碱基,编码252个氨基酸.M2蛋白位于19～44碱基和733～1 000碱基,编码97个氨基酸.同源性分析显示,A/Duck/XJ/4 株M基因的核苷酸序列和氨基酸序列与所选H5N1亚型的参考毒株以及所选不同HA亚型的参考毒株均有很高的同源性.     

2种玉米胚乳DNA提取方法的比较

[目的]筛选出玉米胚乳DNA提取的最佳方法。[方法]采用改进的CTAB提取液,以高温和常温2种方法提取玉米胚乳基因组DNA,用紫外分光光度计、0.8%水平的琼脂糖凝胶电泳及PCR检测法比较了2种方法的提取效果。[结果]高温法所提玉米胚乳DNA浓度和纯度均达到分子生物学要求,而常温法所提DNA的纯度未达到分子生物学的要求。电泳检测表明,高温法提取的DNA均未降解,DNA条带整齐度较好,而用常温法提取的DNA都出现了降解。PCR检测结果表明,用高温法提取的DNA作模板的PCR所得条带清晰,明亮,而用常温法提取的DNA作模板的PCR条带不清晰。最佳聚乙烯聚吡咯烷酮(PVPP)的浓度确定为玉米籽粒重的6%~10%。[结论]高温法更适宜用作玉米胚乳DNA提取。     

采用CTAB与SDS法提取白术DNA的研究

[目的]获取白术中高质量基因组DNA。[方法]选取新鲜白术叶片,破碎细胞壁,用经改良的CTAB与SDS法进行DNA分离纯化提取。[结果]改良CTAB法提取的DNA OD值为1.8～1.9,较改良SDS法的OD值(1.5～1.6)高。[结论]改良CTAB法提取的DNA浓度和纯度较高,可作为模板用于后续分子标记的研究。     

一种适于PCR扩增的蓖麻基因组DNA提取方法

报道了一种从蓖麻叶片中提取DNA的改良SDS方法,该方法提取的DNA经琼脂糖凝胶电泳检测,获得的DNA条带较亮且无明显拖尾现象。利用ISSR引物对提取的蓖麻基因组DNA进行PCR检测,能够获得清晰稳定的条带。说明该方法提取的蓖麻基因组DNA能够满足PCR反应的需要。     

牡丹ISSR-PCR反应体系正交优化设计

以“凤丹(”Paeonia ostii)基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,研究牡丹ISSR反应体系的影响因素,建立了适合牡丹的ISSR反应体系及程序。10 lμ反应体系为:1×反应缓冲液,2.5 mmo1/LMg2+,0.4 mmo1/LdNTPs,1.0 UTaq聚合酶,0.75μmol/L引物,10～20 ng模板DNA。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性45 s,45～60(℃不同引物退火温度各异)复性45 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min;4℃保存。通过梯度退火试验,确定不同引物的退火温度。     

梅花亲缘关系RAPD研究初报

利用人工合成的３对随机引物,对１７个型的２８个梅花品种、８个梅花杂交种和８个近缘种的叶片ＤＮＡ进行了随机扩增多态性ＤＮＡ的研究．结果表明梅与杏的亲缘关系最近,与李较近,与山桃、毛樱桃较远;“樱桃梅”与父、母本均有差异．还讨论了混合引物、模板浓度和反应体积对谱带及其重复性的影响,以及区分差异的能力和概率性．     

牦牛FMDV持续感染分离株非结构蛋白P2的克隆及基因特征分析

以FMDV持续感染模型动物牦牛的食道/咽部分离物(O/P液)为反转录模板,用1对特异性引物扩增目的cDNA,然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株,再经重组质粒电泳、PCR和EcoRⅠ酶切鉴定.序列测定和分析结果表明,分离株与China/99的同源性最高达93.4%,而与Akesu/58序列的同源性为90.3%;推导的氨基酸序列同源性分别为97.8%、96.7%.     

以天然淀粉为内核的硒纳米颗粒的研制及其应用

利用氧化还原体系把高价硒还原为具有生物活性的红色零价硒,以生物材料淀粉为内核,采用纳米制备技术,得到核壳型的淀粉硒纳米颗粒(St-Se0NP).用透射电子显微镜和Zeta-sizer电位分析仪对颗粒进行表征,发现所制备的颗粒具有核壳结构,平均粒径为50 nm左右,电性呈中性.淀粉硒纳米颗粒作为植物营养调节剂应用于巨峰葡萄植株,成熟葡萄果实中的硒含量比对照提高了5倍,糖份提高了30%,钙含量提高了40%,而酸含量则降低了30%,大大改善了葡萄的风味.研究还对硒纳米颗粒的作用机制进行了初步讨论,认为较普通硒化物,淀粉硒纳米颗粒在植物体内形成了缓释,提高了硒在植物体内的作用效果.     

8种随机引物扩增鳜鱼病毒核酸的初步研究

从感染鳜鱼病毒（Siniperca chuatsi virus)的鳜鱼中分离病毒，提纯核酸作模板，用8种带酶切位点的引物，进行病毒酸随机扩增，探讨了在多聚酶链反应（RCR）过程中，引物长度，Mg^2 浓度和生温度对获得扩增带谱的影响。     

自花结实鸭梨品种自交亲和分子机理研究

对鸭梨及其自花结实变异品种-金坠梨和魏县阎庄自花结实鸭梨的S基因进行了研究。通过对3个品种基因组DNA进行S基因特异性PCR扩增,扩增产物经2%琼脂糖凝胶电泳检测发现,在370 bp左右均扩增出了1条带,但不能区分2个S等位基因;经8%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测发现,鸭梨和金坠梨在370 bp左右有2条带,而魏县阎庄自花结实鸭梨只有1条带,表明魏县阎庄自花结实鸭梨系鸭梨的1个S基因发生了变异,从而导致自交亲和;进一步研究表明,魏县阎庄自花结实鸭梨S1基因正常,系S21基因发生了变异,导致自交亲和;金坠梨和鸭梨谱带无差别,自交亲和机理可能是调控S基因表达的修饰基因发生了变异,导致自交亲和。     

T7噬菌体尾丝蛋白随机进化文库的构建

为筛选遗传背景清晰、裂解性能优良、宿主识别谱广泛的噬菌体用于抗菌产品开发,满足畜禽减抗、无抗养殖需求,通过易错PCR技术定向改变T7噬菌体尾丝蛋白羧基末端基因序列,并构建T7噬菌体尾丝蛋白随机进化文库,为筛选识别不同宿主的T7噬菌体奠定基础。提取T7噬菌体基因组,用SfiⅠ进行单酶切,回收SfiⅠ位点左侧基因组。常规PCR扩增尾丝蛋白羧基末端基因序列(TF-ct,约350 bp)以及gene17至T7基因组右侧末端基因序列(约4 000 bp)。以回收的TF-ct片段为模板,进行易错PCR扩增,将随机突变的TF-ct基因片段连接T载体,构建质粒文库。从质粒文库中用SfiⅠ/SphⅠ双酶切出TF-ct片段,并与SfiⅠ位点左侧基因组片段、gp17右侧基因组片段进行连接,利用包装蛋白拯救出T7噬菌体尾丝蛋白随机进化文库。结果易错PCR成功扩增TF-ct基因片段,并连接T载体构建质粒文库;同时随机突变的基因正确插入T7噬菌体基因组相应位置,成功拯救出尾丝蛋白定向进化T7噬菌体文库。从噬菌体文库中随机挑选15个克隆进行序列分析,目的基因的突变率在1.23%～2.16%;尾丝蛋白loop区域的氨...