一株克服地黄连作障碍有益菌的鉴定及其LuxAB基因标记

[目的]研究对克服地黄（Rehmannia glutinosa）连作障碍有益的43号菌的性质及其对地黄连作障碍的作用效果。[方法]利用细菌16S rDNA的保守序列进行比对,结合形态学观察、革兰氏染色和生理生化等特征对筛选得到的能够克服地黄连作障碍的43号菌进行鉴定;利用LuxAB发光酶基因对其进行标记,经抗性平板筛选,滴加葵醛在暗室进行检测,看是否得到了重组菌株;比较标记前后菌株对培养基中加入生地提取液的组培苗的作用效果。[结果]鉴定结果表明,43号菌为恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）。检测结果表明,得到重组菌株,命名为C-43。经过比较,标记前后菌株的生理生化特性基本没有变化,确定C-43对克服地黄连作障碍仍然有益。[结论]经过标记后的恶臭假单胞菌C-43号菌可用于后续的大田研究。     

基于16S rDNA序列的4株假单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在Gen-Bank中通过BLAST查找其同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树。3种序列分析方法结果显示,由Jotun Hein法可知,菌株T3与菌株T6序列相似度最高为98.5%,菌株T4与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.1%,菌株T5与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高为99.1%;由Clustal V法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.0%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高为97.7%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为98.9%,菌株T6与菌株T5序列相似度最高为97.2%;由Clustal W法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均为97.7%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.3%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicidaS21序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.9%。4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:菌株T3与Pseudomonas sp.G53亲缘关系最近,菌株T4与序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6亲缘关系最近,菌株T5与Pseudomonas sp.3-3(2010)亲缘关系最近,菌株T6与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近。     

条石鲷烂尾白浊症病原菌的分离鉴定及系统发育分析

从患烂尾白浊症的条石鲷肾脏和肝脏等病变组织分离出致病力较强的菌株TP0701,人工感染实验证实该菌株为条石鲷的病原菌。对该细菌进行了形态、生理生化特性测定和16S rRNA分子鉴定,测定16SrRNA基因序列,分析相关细菌相应序列的同源性,构建了系统进化树。结果表明菌株TP0701与恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)的亲缘关系最近,具有98.1%的同源性。结合该菌株的生理生化特性,可鉴定菌株TP0701为恶臭假单胞菌。     

条石鲷烂尾白浊症病原菌的分离鉴定及系统发育分析

从患烂尾白浊症的条石鲷肾脏和肝脏等病变组织分离出致病力较强的菌株TP0701,人工感染实验证实该菌株为条石鲷的病原菌。对该细菌进行了形态、生理生化特性测定和16S rRNA分子鉴定,测定16SrRNA基因序列,分析相关细菌相应序列的同源性,构建了系统进化树。结果表明菌株TP0701与恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)的亲缘关系最近,具有98.1%的同源性。结合该菌株的生理生化特性,可鉴定菌株TP0701为恶臭假单胞菌。     

1株氟氯氰菊酯降解菌GZ-3的分离和鉴定

[目的]研究氟氯氰菊酯降解菌GZ-3的分类鉴定和降解性能。[方法]通过富集筛选的方法,从农药污染的土壤中筛选到1株氟氯氰菊酯的高效降解菌GZ-3,观察其菌落及菌体形态特征,通过培养观测其对氟氯氰菊酯的降解率,并对其进行16S rDNA同源性序列分析和生理生化特征分析,还利用Biolog生态板就氟氯氰菊酯降解菌对31种碳源利用情况进行初步研究。[结果]氟氯氰菊酯降解菌GZ-3在37℃和220r/min培养条件下培养72h后对初始浓度为50mg/L的氟氯氰菊酯的降解效率可达80%以上。同源性分析结果表明,该菌株的16S rDNA序列与多数铜绿假单胞菌的序列同源性均在99%以上,结合生理生化特性,初步鉴定该菌株属于铜绿假单胞菌。[结论]该研究为进一步利用该菌对氟氯氢菊酯农药污染的治理奠定基础。     

一株产细菌素乳酸菌的分离与鉴定

[目的]对从新疆和田地区酸奶中分离得到的1株具有抑菌活性的菌株A3-1,分别进行形态观察、生理生化试验及16S rDNA鉴定。[方法]采用真细菌16S rDNA通用引物PCR扩增A3-1菌株的16S rDNA,使用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中对其进行同源性检索,使用MEGA4软件构建系统发育树。[结果]A3-1为革兰氏阳性菌,并且对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的生长有明显的抑制作用;其16S rDNA与Leuconostoc lactis有98.829%的同源性。[结论]系统发育树表明菌株A3-1与乳酸明串珠菌亲缘关系最近,结合生理生化分析,可判断菌株为乳酸明串珠菌。     

三疣梭子蟹牛奶病病原的分离鉴定

从浙江舟山市养殖场患“牛奶病”的三疣梭子蟹(Portunus tritubercularus)乳化的螯足、步足及肝胰脏中分离到1株细菌A1,对其进行了形态特征、生理生化测定和16S rRNA基因序列比较鉴定,并对其药物敏感性进行了检测。结果表明,分离菌株A1为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida),其对丁胺卡那霉素、氟苯尼考、盐酸蒽诺沙星、甲磺酸培氟沙星、盐酸左氧氟沙星、庆大霉素、卡那霉素、环丙沙星、诺氟沙星、新霉素、氧氟沙星等高度敏感,对青霉素钠、头孢曲松、酒石酸吉他霉素、头孢氨苄、四环素、麦迪霉素、土霉素等中度敏感,而对磺胺喹噁啉钠、复方新诺明、磺胺二甲嘧啶钠、磺胺嘧啶等不敏感。     

一株产多不饱和脂肪酸海洋细菌的筛选及鉴定

[目的]对一株产多不饱和脂肪酸(PUFA)的海洋细菌进行筛选及鉴定。[方法]以东海海域采集的鲭鱼、鮟鱇鱼、小黄鱼和虾的肠道为样品,从中筛选产PUFA的海洋细菌,并对其进行生理生化试验和16S rDNA序列分析。[结果]试验共筛选出8株菌株,其中P4菌株的PUFA产率较高。常规生理生化试验和16S rDNA序列分析结果显示,P4菌株是芽孢杆菌属的一个种。[结论]P4菌株具有高产PUFA性质,可用于脂肪酸的提取和开发利用。     

一株耐镉假单胞杆菌的分离鉴定及其对镉的吸附研究

从污染水域筛选获得了1株可在含有100 mg/L Cd2+的培养基上生长的耐镉菌株Cd-t1。通过形态观察、16S r DNA扩增及系统发育分析,将其初步鉴定为嗜碱性假单胞菌(Pseudomonas alcaliphila)。不同Cd2+浓度处理下菌株的生长曲线显示,各浓度Cd2+处理延缓了该菌株的生长时期。进一步利用扫描电镜、能谱分析与质粒消除试验发现,该菌株的Cd2+耐受性与其形态适应性变化和C、N、O、P、Na、K、Ca等元素含量的改变相关,并决定于质粒上的镉耐受基因。     

纤维素分解菌的分离鉴定及生物学特性研究

对从土壤中分离到的4株纤维素分解细菌菌1、菌2、菌3、菌4进行生物学特征研究.4种菌株都能分解稻草和滤纸,其中菌1对稻草和滤纸的分解能力最强,分解效率分别为35.11%和26.15%.4种菌株在NaNO3、(NH4)2SO4作为氮源时生长缓慢且酶活力低,而在蛋白胨作为氮源时酶活力则达到较高水平.菌1、菌2、菌3、菌4产生纤维素酶的最适温度分别为28、20、28、40 ℃.4株纤维分解菌产生纤维素酶的最适pH值为6～7.菌1与荧光假单胞菌(Pseudonomas fluorescens)16S rDNA核苷酸同源率为99.2%.根据形态学、生理生化检测以及16S rDNA核苷酸序列分析结果,鉴定菌1是荧光假单胞菌.     

DDT降解菌DH-7的分离鉴定与降解特性研究

[目的]研究DDT降解菌的生物学、降解特性及其发酵条件的优化。[方法]从化工厂采集土样,分离、筛选到1株能够在好氧条件下DDT降蟹率较高的菌株DH-7,并对其进行研究。[结果]通过16SrDNA序列分析结合传统分类学方法初步确定菌株DH-7为铜绿假单胞菌。对菌体降解DDT特性的研究表明,该菌株对DDT降解10d的降解率为73．6％。在优化培养条件后,该菌株10d的降解率达81．4％。[结论]该研究结果为DDT污染土壤的生物修复提供依据。     

一株拮抗姜瘟根际青枯假单胞杆菌的沙雷氏菌的分离与鉴定

从生姜连作地土壤中分离到1株对生姜青枯假单胞杆菌(Pseudomonos solanacarum Smith)有强拮抗作用的沙雷氏菌株R11,对该菌株进行了形态特征、培养特征、生理生化和16S rDNA序列分析的系统鉴定,发现R11为革兰氏阴性菌,端生一根鞭毛.以16S rDNA序列为基础构建了包括11株相关种属细菌在内的系统发育树,R11与沙雷氏菌(Serratia sp.)十分接近,序列相似性值达99％.     

降酚菌株BM1的分离及降解性能研究

工业废水中排放的酚类物质对人体和环境都有很大的毒害作用,从湖北省武汉市某化工厂排放的污水中筛选分离到1株高效降解苯酚菌株BM1,该菌株能以苯酚为唯一碳源生长,能在48 h内将初始浓度为500 mg/L苯酚完全降解。对BM1进行了16S rDNA序列分析,结果表明：BM1菌株可能为琼氏不动杆菌（Acinetobacter julii）。     

微囊藻毒素降解菌EMB分离鉴定及其降解特性

以藻毒素提取液作为唯一碳源和氮源,从太湖蓝藻堆积点底泥中分离筛选高效微囊藻毒素降解菌。结果表明:经过驯化筛选得到1株高效降解菌EMB。在培养温度30℃、pH值为7时其降解毒素效率最高,培养21h内可将初始浓度为2.99 mg/L和2.15 mg/L的MC-RR和MC-LR完全降解,此外菌株EMB可以将太湖水华样品中的MC-RR和MC-LR在2周内降解到安全饮用水标准范围内。形态、生理特性和16 S rDNA序列分析表明,菌株EMB属于芽孢杆菌属(Bacillus.sp.),与已报道的B.subtilisB-FS06在进化树上距离最近。     

一株高抗镉细菌KCd1的分离鉴定及其抗性基因初步研究

从北京凉水河床底泥中分离得到一株能在含450 mg/L CdCl2的LB平板正常生长的高抗镉细菌,编号为KCd1。16S rDNA序列分析结果显示,该菌株与Bacillus cereusATCC 14579T的序列同源性达99%;结合脂肪酸测定与生理生化测定结果,确定该菌株在分类上属于Bacillus cereus。根据GenBank中已发表的抗镉细菌cadA序列设计了巢式引物,以菌株KCd1基因组DNA为模板,扩增得到约500 bp的PCR产物,将该PCR产物克隆于pGEM T-Easy载体,测序结果显示其大小为468 bp,与已报道的Staphylococcus haemolyticus的cadA基因对应序列相似性达到99%,由此可知本实验所获得到468 bp基因片段为cadA基因的一段保守序列。该菌株cadA全长基因的获取工作还有待于进一步展开。     

一株产紫红色色素的沙雷氏菌的分离与鉴定

[目的]为有效预防和控制由沙雷氏菌引起的多种疾病提供依据。[方法]以华蓥山香菇作为研究材料,从其表面中分离出了1株产紫红色色素的细菌,采用形态学、生理生化方法对其进行初步鉴定;提取基因组DNA,采用16S rRNA的通用引物,PCR扩增16S rDNA基因片段,克隆入pMD-18T载体,转化E.coliDH5α,筛选阳性重组质粒鉴定后测序;通过多序列比对和同源性分析,构建系统发育树。[结果]该菌株革兰氏染色阴性,与沙雷氏菌属菌的同源性最高,命名为Serratiasp.JG05。扩增得到序列大小为1 506 bp,系统发育树表明JG05与Serratiasp.BBTR23的亲缘关系最近,核苷酸水平有99.20%的相似性。[结论]该研究为进一步研究这种附生菌与香菇的共生关系,以及它们之间的作用机制奠定了基础。     

一株益生芽孢杆菌的分离与鉴定

[目的]为优良益生菌的开发提供理论依据。[方法]以采自中国农业科学院北京畜牧兽医研究所鸡舍附近的土壤样品为材料,采用稀释平板法对其中的菌株进行分离与纯化培养,并对分离菌株的生理生化特性和淀粉酶活性进行测定。[结果]从土壤样品中分离到一株芽孢杆菌（编号为P-31）,结合16S rDNA测序、系统发育树分析和生理生化鉴定结果,确定该菌株为巨大芽孢杆菌,其16S rDNA GeneBank登录号为GU271136;水解酶活性测定结果显示,该菌株具有产蛋白酶和淀粉酶的活性。[结论]该研究所分离的菌株P-31具有良好的益生菌开发前景。     

乳酸粪肠球菌的分离鉴定与系统进化分析

分离鉴定一株疑似乳酸粪肠球菌.通过对表型特性包括培养特性、形态学观察、生化试验等鉴定,同时结合16S rDNA系统进化分析;结果该株革兰氏阳性菌能在10℃和45℃生长.接触酶阴性,发酵葡萄糖产酸不产气,可生长于6.5%NaCl和pH9.6的环境等,16S rDNA系统进化分析与粪肠球菌有最高同源性.结论表明分离株为乳酸粪肠球菌.     

1株感染肉牛的鲍氏不动杆菌的分离与鉴定

[目的]从疑似患有支原体肺炎肉牛中分离出致病菌,并对其进行鉴定。[方法]从爆发牛支原体肺炎的某牛场病牛肺组织中分离致病菌,并对其进行致病性检测和药敏试验。通过16S rDNA序列测定与系统进化分析,进行病原菌的鉴定。[结果]除分离到牛支原体外,还分离到1株致病性细菌FC-1。该菌革兰氏染色为阴性,球杆状,对大环内酯类药物具有耐药性,对氨基糖苷类及喹诺酮类抗生素敏感。16S rDNA序列测定结果表明该菌为1株鲍氏不动杆菌。[结论]导致牛支原体肺炎的病原除牛支原体外,还可能存在其他病原的混合感染。     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。