贵州白香猪BF基因多态性研究

贵州白香猪为贵州特有的地方品种猪,本研究采用直接测序法对贵州白香猪BF基因外显子15、16、17的733 bp进行多态性分析。结果显示,在第16外显子41 bp处存在A→C的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp)。在贵州白香猪群体内检测到AA、AC和CC 3种基因型,等位基因A和C 频率分别为0.88和0.12。     

戴云山羊高繁殖力候选基因BMPR-IB、BMP15、GDF9的研究

为了初步探索戴云山羊高繁殖力遗传分子机制,采用PCR直接测序法检测BMPR-IB、BMP15、GDF9基因在戴云山羊群体中的单核苷酸多态性.结果表明:在GDF9基因内含子区域发生了2处点突变(2471A→T,884bp处插入T碱基),但均未引起氨基酸的改变;BMP15基因1176处发现3个碱基(TGG)的插入,导致280位一个Gly(甘氨酸)的插入,一处A→T突变(227位Ser丝氨酸→Thr苏氨酸的改变);BMPR-IB基因外显子区域未发生突变.     

海南黑山羊GDF9和BMP15基因多态性与初胎产羔数间的关系

为了探究海南黑山羊生长分化因子9(GDF9)和骨形态发生蛋白15(BMP15)基因多态性与初胎产羔数间的关系,采用PCR扩增海南黑山羊GDF9和BMP15基因序列,通过基因测序检测2个基因中SNP位点的多态性分布情况,并与初胎产羔数进行关联分析。结果:在海南黑山羊GDF9基因中共发现3处碱基突变,分别位于GDF9基因的第1外显子、第2外显子和3′端,在BMP15基因中共发现2处碱基突变,分别位于BMP15基因的5′端和第2外显子;在GDF9基因+183处的A/C突变位点、+2 082处的A/C突变位点、+2 541处的C/T突变位点上,海南黑山羊的优势基因型分别是CC、AA和CT,在BMP15基因-519处的A/G突变位点、+6 124处的C/G突变上,海南黑山羊的优势基因型分别是AG和CC;GDF9基因+2 541处的C/T突变与初胎产羔数呈显著相关,TT基因型个体的产羔数显著高于CC基因型个体(P0.05)。本试验为通过基因标记辅助选择提高海南黑山羊的产羔数奠定基础。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

6个绵羊群体BMP15、GDF9基因多态性分析

本研究旨在检测新吉细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、东北细毛羊、杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊6个绵羊群体骨形态发生蛋白15（bone morphogenetic protein 15,BMP15）、生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）基因的多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以6个绵羊群体共378只个体为研究对象,利用PCR-SSCP技术检测BMP15、GDF9基因多态性;用DNAStar软件与I-TASSER软件预测蛋白质二级结构和三级结构;计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡、杂合度（He）、纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）和多态信息含量（PIC）。运用GraphPad Prism 6软件对新吉细毛羊群体BMP15基因多态性与产羔数进行相关性分析。结果显示,BMP15基因P1引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型：AA、AC、CC,该突变为BMP15基因外显子1上58-60 bp 3个碱基（CTT）缺失,新吉细毛羊、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊的χ²值均达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态,不同基因型间新吉细毛羊平均产羔数差异均不显著（P>0.05）;GDF9基因P2引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型：DD、DE、EE,其中新吉细毛羊仅有1种基因型：DD,该突变为GDF9基因外显子2上477 bp处T→C的转换,该突变未导致氨基酸的改变,除新吉细毛羊外其余5个群体χ²值均未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明GDF9基因T477C突变不能作为新吉细毛羊多胎性状遗传标记位点。     

甘肃金昌西门塔尔牛MSTN基因外显子多态性研究

[目的]为分析金昌地区西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的遗传多态性及变异特征。[方法]采用 PCR-SSCP 方法检测了61头西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的多态性。[结果]显示：金昌西门塔尔牛 MSTN 基因的第1外显子存在 A、B 两个等位基因以及AA、AB 两种基因型,其基因型频率分别为0.7705和0.2295;第2外显子存在 A、B 两个等位基因以及 AA、AB、BB 三种基因型,其基因型频率分别为0.0328、0.3443和0.6229;第3外显子只有 AA 一种基因型。序列分析表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子在269bp 发生了 A→G 的突变和第2外显子在41bp 发生了 C→T 的突变,但都未导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子3并未检测到突变。[结论]统计结果表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态。     

IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析

旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ and IGFBP-1 Genes on the Growth Traits in Jinghai Yellow Chicken

旨在对IGF-Ⅰ和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析.试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应.结果表明,IGF-Ⅰ基因外显子3序列的60 bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21 bp处有A→T的点突变,104 bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442.IGF-Ⅰ基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P＜0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P＜0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P＜0.01).因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程.     

蒙古羊BMP15和GDF9基因多态性与其产羔性能相关研究

以控制Belclare 和Cambridge 绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15 (bone morphogenetic protein 15 ,BMP15) 基因和生长分化因子9 (growth differentiation factor 9 , GDF9)基因为候选基因,采用PCR-SSCP 技术检测BMP15和GDF9 基因在蒙古羊中的单核苷酸多态性,同时研究这2个基因对蒙古羊繁殖力的影响.结果表明在蒙古羊品种中都没有检测到GDF9 基因的G8 突变(C →T) ,也没有检测到BMP15 基因的B4 突变(G →T),在所检测的116个蒙古羊个体中,BMP15 基因在B1位点均呈现多态性,具有++、+A和AA 3种基因型.测序分析表明:该段DNA序列中存在3个碱基的缺失,即编码区第28,29,30位碱基缺失,使其10号氨基酸残基亮氨酸(L)缺失,变成了突变基因型(AA),形成B1突变体;群体遗传学分析表明,B1突变在双羔系中的发生频率高于单羔系中发生的频率,χ2适合性检验结果表明两品系在该位点具有中度多态性并处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);与产羔性能关系分析表明B1突变对蒙古羊产羔数无显著影响(P>0.05).     

BMPR-IB、BMP15和GDF9基因多态性与崂山奶山羊产羔数的相关研究

为了研究骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)、骨形态发生蛋白15(BMP15)、生长分化因子(GDF9)基因是否与崂山奶山羊的产羔数相关,试验采用PCR-RFLP法对290只经产崂山奶山羊BMPR-IB基因的FecB突变、BMP15基因的FecXH和FecXI突变、GDF9基因的G8突变(GDF9基因编码区1 184 bp处的碱基突变C→T)进行多态性检测,并探索与产羔数的关系。结果表明:崂山奶山羊BMPR-IB、BMP15、GDF9基因均只有1种基因型,不存在多态性。因此,BMPR-IB、BMP15、GDF9基因不能作为崂山奶山羊产羔数(多胎性状)的候选基因。     

甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。     

文昌鸡促卵泡素受体基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。本研究以促卵泡素受体（FSHR）基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析。结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点。exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5′端—49 bp处的C→T突变;exon6 编码区3′端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3′端+38 bp处的 G→T突变。促卵泡素受体（FSHR）是促卵泡素（FSH）的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础。     

贵州白山羊GDF9基因编码区1007位点的多态性

生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因是卵母细胞分泌的生长因子,调节卵泡的早期生长和分化。对贵州白山羊GDF 9基因的研究结果显示,编码区1007位碱基与已知山羊不同。为了研究1007位点对贵州白山羊繁殖力的影响,采用锚定PCR对GDF 9基因外显子2第18位氨基酸密码子所在区域进行了扩增、克隆测序和基因型分析,结果表明,GDF 9基因编码区1007位点表现出C/T多态性,使成熟肽第18位氨基酸为丙氨酸/缬氨酸替换;低产母羊均为杂合基因型,高产母羊中90%为杂合基因型,高产羊群与低产羊群之间基因型频率差异不显著（P＞0.05）,表明GDF 9基因1007位点的多态性与贵州白山羊产羔数之间没有直接的相关性。     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding protein-1,IGFBP-1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应。结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C、5692AAT插入)。对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型。最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P＜0.05)。     

黔北麻羊GHRH—R基因多态性与生长性状的关联分析

为研究黔北麻羊GHRH—R基因多态性及其与生长性状的关系,以相同条件下饲养的30只36～48月龄母羊为研究对象,利用克隆测序技术,对GHRH—R基因的第2、第3外显子及部分内含子进行SNPs位点的检测,并将发现的SNPs位点与黔北麻羊生长性状进行关联分析。结果表明：在第3内含子6bp处C→A碱基突变AA型基因型个体的体重显著高于AC型个体（P〈0．05）,该位点可作为黔北麻羊体重选择的分子标记。     

湖羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因的RFLP分析

以BMPR-IB、BMP15、GDF9基因作为湖羊多胎性状候选基因,采用PCR-RFLP技术检测了53只湖羊上述候选基因的单核苷酸多态性。结果表明:湖羊BMPR-IB基因的FecB位点只存在BB和+B两种基因型,二者的基因型频率分别为0.981 1和0.018 9;B等位基因为绝对优势等位基因,基因频率为0.990 6。未检测到BMP15基因的B4(FecXB)突变和GDF9基因的G8(FecGH)突变。因此,推测BMPR-IB基因的FecB位点是湖羊多胎性的主效基因,而BMP15基因和GDF9基因与湖羊群产羔数关系不大。研究结果同时反映了所测湖羊群体是一个高度纯化的宝贵绵羊品种资源。     

贵州白山羊BMP15基因多态性研究

骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因是控制Belclare和Cambridge等绵羊的高繁殖力主效基因,BMP15蛋白中单个氨基酸的改变直接影响绵羊的产卵率和产羔数。采用RFLP和SSCP技术检测BMP15基因中绵羊高繁殖力突变类型FecXG和FecXB在贵州白山羊中的分布。结果表明,在贵州白山羊样品中没有检测到BMP15基因的FecXG突变,说明该突变在贵州白山羊中的自然发生率非常低;在贵州白山羊高产母羊和公羊中检测到BMP15的FecXB突变,以杂合的AB基因型存在,低产母羊中没有检测到该突变,提示BMP15基因的FecXB突变可能是影响贵州白山羊繁殖力的因素之一。     

吉林白鹅类胰岛素生长因子Ⅱ的SNP及其与屠体性状的相关性分析

试验设计了5对引物,采用PCR-SSCP方法对吉林白鹅肉用品系85只个体类胰岛素生长因子Ⅱ（IGFⅡ）进行了SNP检测,分析其群体遗传结构,并对SNP与屠体性状的相关性进行了研究。结果表明,在IGFⅡ外显子3中存在3种基因型AA、AB、BB基因型,基因型频率分别为0.7647、0.1412、0.0941,AA为优势基因型;存在2种等位基因A、B,基因频率分别为0.8353、0.1647,A为优势等位基因。IGFⅡ外显子3中发现1处SNP位点（A→G）,该突变为沉默突变,未引起氨基酸序列改变。对3种基因型进行方差分析,结果发现,BB基因型个体半净膛重、肝脏重显著高于AA、AB基因型（P＜0.05）;腿肉重BB基因型极显著高于AA基因型（P＜0.01）;基因型对全净膛重、翅重、胸肉重无显著影响（P＞0.05）。     

绵羊DECR1基因exon 5部分序列多态性分

试验根据GenBank登录的牛2,4-双烯-CoA还原酶1（2,4-dienoyl-CoA reductase1,DECR1）基因序列（NP_001068891）设计引物,应用PCR技术对德国美利奴绵羊、杜泊绵羊、特克塞尔绵羊DECR1基因的exon 5部分序列进行克隆测序;利用PCR-SSCP技术检测了3个绵羊群体exon 5单链构象多态性（SNP）,所获序列与GenBank中其他物种exon 5序列进行了同源性比较,并构建了亲缘关系聚类分析图。结果表明,绵羊DECR1基因exon 5长为137 bp,3个绵羊群体中exon 5均不存在SNPs,各种动物之间DECR1基因exon 5的同源性较高,在81.02%（鸡）～97.08%（牛）之间,其中绵羊和牛同源性最高,达到97.08%;与鸡的同源性最低,为81.02%;聚类分析结果显示,绵羊首先与牛聚为一类,再分别与兔子、狗聚为一类,最后分别与人、猪聚为一类,绵羊与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远,与传统分类相一致,说明DECR1基因exon 5在动物进化过程中高度保守。