猪圆环病毒II型结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测

本研究以猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)II型的基因组序列为材料,采用Garnier-Robson方法、Chou-Farplus方法和Karplus-Schulz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可能性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数。然后综合评价了PCV-2型结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,PCV-2结构蛋白形成α螺旋结构的能力较差,但是该蛋白含有较多的β折叠和转角结构,因而该蛋白具有丰富的二级结构。分析结果还表明结构蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中羧基端含有潜在的B细胞优势抗原表位,因此其在免疫学中的地位也应当引起重视。本研究将为猪圆环病毒的反向疫苗学的研究提供一定的理论依据。     

狐貉源犬瘟热病毒F蛋白基因的二级结构及其B细胞抗原表位预测

以犬瘟热病毒基因组序列为材料,采用Garnier-Robson、Chou-Farsman和Karplus-Schultz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可及性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数,综合评价了犬瘟热病毒F蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:F蛋白N端含有抗原指数较高的区域,提示可能含有潜在的B细胞优势抗原表位。     

口蹄疫病毒结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位的预测

以口蹄疫病毒OLZ02株基因组序列为材料，采用Garnier—Robson法、Chou-Fasman法和Karplus—Schulz法预测了其结构蛋白的二级结构，用Kyte-Doolittle法分析了各结构蛋白的亲水性，Emini法预测了各结构蛋白的表面可能性，Jameson—Wolf法预测了各蛋白的抗原指数，综合评价了口蹄疫病毒结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明，VPl蛋白含有的B细胞优势抗原表位最多，是研制口蹄疫基因工程疫苗的首选免疫原，但其他结构蛋白也含有少量的B细胞抗原表位，有的甚至有可能成为优势抗原表位。     

禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测

研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒（avian reovirus,ARV）标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。     

禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测

研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。     

福氏2a志贺菌DNA转录激活蛋白MarA的二级结构及其B细胞抗原表位预测

研究以福氏2a志贺菌(Shigella flexneri 2a,s.f 2a)的基因组序列为材料,采用Gamier-Robson法、Chou-Fasman法和Kamplus-Schulz法预测了其DNA结合转录激活蛋白MarA的二级结构,用Kyte-Doolittle法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini法预测了蛋白的表面可能性,以Jameson-Wolf法预测了蛋白的抗原指数,然后综合评价了福氏2a志贺菌转录激活蛋白MarA的B细胞抗原表位.结果表明:福氏2a志贺菌MarA蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋和β-折叠区段,该蛋白有多处抗原指数较高的区段,其中含有潜在的B细胞优势抗原表位,因此其在免疫学中的地位也应当引起重视.     

猪圆环病毒Ⅱ型修饰Cap蛋白基因的原核表达及纯化

目的：本研究基于原核表达系统表达猪圆环病毒Ⅱ型（PCV-2）Cap蛋白。方法：PCV-2 ORF2基因编码的Cap蛋白含有能产生免疫反应的多个抗原表位,本研究针对Cap蛋白基因设计引物,去掉核定位信号肽的核苷酸序列克隆到原核表达载体pET-32a（＋）中,筛选重组菌并进行原核表达、鉴定及纯化。结果：纯化后的修饰Cap蛋白是能够与猪圆环病毒Ⅱ型的阳性血清发生特异性反应。结论：表达的重组修饰Cap蛋白可以作为标准抗原蛋白用于PCV-2的检测。     

猪水泡病病毒结构蛋白基因的克隆及其蛋白二级结构和淋巴细胞表位的预测

以免疫信息学和反向疫苗学为理论根据，利用RT-PCR法获得了猪水泡病病毒（SVDV）HK／70株的基因组序列并测序，应用生物信息学相关软件和方法，对SVDV结构蛋白的二级结构的不同方面及其抗原特异性淋巴细胞表位进行了预测，综合评价了SVDV结构蛋白的抗原特异性细胞表位，并计算出一些潜在的抗原位点。结果表明，VP1蛋白含有的细胞优势抗原表位最多，但其他结构蛋白也含有抗原特异性淋巴细胞表位，有的甚至有可能成为优势抗原表位或对优势抗原表位有协同作用。     

鹅细小病毒非结构蛋白和结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

利用DNAStar软件包中的Editseq将GPV H1株非结构蛋白和结构蛋白核苷酸序列翻译成氨基酸序列,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,分别预测结构蛋白和非结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位。结果表明,GPVH1株非结构蛋白和结构蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,其中非结构蛋白的NS2和结构蛋白的VP3含有较多的潜在的B细胞优势抗原表位。     

番鸭呼肠孤病毒YB株σC蛋白同源性分析及B细胞表位预测

为预测番鸭呼肠孤病毒(DRV)YB株σC蛋白二级结构和B细胞抗原表位,对DRV YB株的σC蛋白氨基酸序列与参考DRV相应序列以DNAStar软件进行同源性和遗传进化树分析;采用SOPMA法、Gamier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schultz法方法预测其二级结构;用Hopp-Woods法、Emini法、Jameson-Wolf法和吴玉章等建立的方法分别预测蛋白的亲水性、表面可能性和抗原指数,然后综合分析其B细胞抗原表位.结果显示,DRV YB与国内DRV相应序列同源性在93.7％～99.6％,代表性较强;B细胞表位可能在15～27、36～49、40～49及90～98区段或其附近,这4个被预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构.本研究为进一步确定σC蛋白的B细胞表位和反向()计提供了理论基础.     

狂犬病病毒核蛋白基因生物信息学分析

本研究对狂犬病病毒（rabies virus,RV）CVS株核蛋白基因进行了克隆与测序,推导出相应的氨基酸序列。然后采用Gamier—Robson方法和Chou—Fasman方法预测了蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了蛋白的表面可能性,以Jameson—Wolf方法预测了蛋白的抗原指数。然后综合分析预测蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,核蛋白序列的143—152、166—172、263—273、411—427区域或其附近最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。本结果为狂犬病反向疫苗学的研究提供了一定的理论依据。     

猪内源性反转录病毒囊膜蛋白基因的克隆及其蛋白二级结构和B细胞表位预测

猪内源性反转录病毒（PERV）是与猪-人异种移植病原安全性密切相关的一类病毒。env基因编码病毒的囊膜蛋白,它与病毒的亚型分类、宿主感染范围、细胞的嗜性以及对宿主细胞的感染机制、诱导宿主产生中和抗体等密切相关。本研究利用RT-PCR的方法,从五指山小型猪外周血淋巴细胞中扩增PERV的囊膜蛋白基因并进行测序,随后用生物信息学相关软件和方法,对PERV-Env蛋白二级结构及B细胞表位进行预测。经综合分析评价,结果发现PERV-Env蛋白有18个可能的B细胞优势抗原表位区域,7个可能的糖基化位点。该分析预测结果不但有利于PERV疫苗的设计、单抗及诊断试剂研制,而且将有助于分析Env蛋白的功能及PERV对人源细胞的感染机制。     

蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞表位预测

根据前期试验中测得的蓝舌病病毒VP7蛋白的基因序列和推导的氨基酸序列,利用DNAStar软件和Biosun软件进行生物信息学预测,以单参数(亲水性、可及性、柔韧性、抗原性)预测为基础,结合二级结构预测来综合分析蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞表位.比较两种软件的预测结果发现,在蓝舌病病毒VP7蛋白的381个氨基酸序列中,第81～85、198～202、235～239、253～257区域有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的转角和无规则卷曲,最有可能为蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞线性优势表位.上述预测和判定结果表明,在蓝舌病病毒VP7蛋白序列中存在优势B细胞线型表位,为进一步合成多肽并分析已获得的VP7蛋白单抗的结合表位奠定了基础.     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒（DRV）氨基酸相似性达到94.9%~98.9%,与禽呼肠孤病毒（ARV）及番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的相似性仅为66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

鸭肝炎病毒VP1蛋白B细胞抗原表位预测及变异分析

以鸭肝炎病毒(DHV)SN株VP1基因序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测VP1蛋白的二级结构,并分别运用Kyte-Doolittle方法、Jameson-Wolf方法和Emini方法预测蛋白的亲水性、抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测其B细胞抗原表位.结果显示,VP1蛋白C端第132～137、177～186、209～219区段有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,可能是VP1蛋白的B细胞抗原优势表位;DHV SN株与弱毒疫苗株在推测的VP1 B细胞抗原表位177～186和209～219两个区域氨基酸序列变异较大.     

猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测

以TGEV基因组序列为基础，运用Garnier—Robson、Chou—fasman和Karplus—Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte—Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析，Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数，Emini方法预测了N蛋白的表面可能性，最后结合吴玉章的方法综合分析预测B细胞抗原表住。结果显示柔性区域主要集中在N-端第11～31、52～65、128～147、155～188、210～227、313～319、331～347区段，α-螺旋和β-折叠数量少且分散。N蛋白可能的B细胞抗原位点是N-端12～31，154～191，204～243，309～320，329～354区段，而这些区段内部或附近都有柔性区域存在，可作为N蛋白的抗原优势表位。本研究为TGEV抗原优势表位的试验研究和反向疫苗的研制奠定了基础。     

口蹄疫病毒Hankou/99株结构蛋白的二级结构及其B淋巴细胞表位的预测

为了获得更多抗原信息,预测猪口蹄疫病毒Hankou/99株结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位,试验采用DNAStar生物学软件,以Hankou/99株的基因组序列为材料,推导出相应的氨基酸序列,采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测蛋白质的二级结构;按KyteDoolittle、Emini及Jameson-Wolf方法分别预测蛋白质的亲水性、表面可能性以及抗原性指数,并综合分析预测此株结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:此株VP1结构α-螺旋少,转角和无规卷曲多,柔性区域很丰富,VP2和VP4α-螺旋复杂,VP3含有较多的α-螺旋,但亲水性较差,出现在蛋白质表面的可能性不高。在VP1第144~147位、177~182位,VP2第132~134位和VP3第117~119位的氨基酸残基最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。说明此株抗原位点不仅局限在VP1区,VP2和VP3也存在抗原表位。     

狂犬病病毒糖蛋白基因的克隆及其二级结构和B细胞抗原表位预测

对狂犬病病毒CVS株糖蛋白基因进行克隆与测序,推导出相应的氨基酸序列。然后采用Gam-ier-Robson法和Chou-Fasman法预测糖蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法分别预测蛋白质的疏水性、表面可能性和抗原指数,并综合分析预测糖蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,该蛋白结构中含有少量的α螺旋、较多的β折叠以及较为丰富的转角区域,在序列的121~126、133~137、161~165、191~193、201~204、214~216、221~225、264~267区域或其附近最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%～98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%～68.4%和67.6%～68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。