牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对天祝白牦牛和青海高原牦牛的生长激素基因(GH基因)5个外显子及部分内含子序列进行遗传变异分析,以探讨牦牛GH基因的遗传特性.结果表明:2个牦牛群体GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子1694bp处均发生T→C转换,形成A、B2个等位基因,并检测到AA、AB和BB共3种基因型;天祝白牦牛第5外显子2373bp处发生G→T碱基颠换,形成C、D2个等位基因,检测到CC和CD2种基因型,但碱基改变并未引起氨基酸变化,因此这种碱基转换为沉默突变;天祝白牦牛和青海高原牦牛均为低度多态,经Hardy-Weinberg平衡检验2个牦牛群体均处于非平衡状态.     

江苏地方山羊品种GDF9基因第二外显子SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测了长江三角洲白山羊、黄淮山羊及波尔山羊等3个繁殖力不同品种的187只个体GDF9基因第二外显子的遗传多态性.结果表明,3个山羊品种群体GDF9基因第二外显子在引物3和引物4扩增片段中均发现多态性.引物3扩增片段中,3 个山羊品种都出现AA、AB和BB 3种基因型,长江三角洲白山羊还出现了AC基因型.测序结果表明,引物3的扩增片段中,与AA基因型相比,BB基因型在第二外显子的562 bp处发生了A→C的单碱基突变,导致谷氨酰胺→脯氨酸的改变;AC基因型在第二外显子的421 bp处发生了C→T的单碱基突变,导致丙氨酸→缬氨酸的改变.引物4扩增片段中,3个山羊品种都出现DD和DE 两种基因型,黄淮山羊还出现EE基因型,长江三角洲白山羊及波尔山羊还出现DF基因型.测序结果表明,与DD基因型相比,DE基因型在第二外显子的792 bp处发生了G→A的单碱基突变,导致缬氨酸→异亮氨酸的改变;DF基因型在第二外显子的791 bp、792 bp处均发生了G→A的单碱基突变,其中791 bp处的突变是沉默突变.     

山羊级进杂交后代GH基因第4和第5外显子的多态性与体重性状的相关分析

【目的】研究波尔山羊级进杂交后代GH基因第4、5外显子的遗传多态性及其与体重性状的相关性。【方法】采集波尔山羊及其与关中奶山羊级进杂交F1、F2和F3代羊的血样,利用PCR-SSCP技术分析其GH基因第4、5外显子的多态性,并用最小二乘法研究了第5外显子多态性与体重性状的关系。【结果】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性(有AA,AB,AC,AD 4种基因型);第5外显子发生了2处突变,AB基因型在237 bp位发生了C→T突变,AD基因型在第289 bp位发生了C→A突变,但突变均没有导致氨基酸的变化。波尔山羊及其F1代群体中AD型个体的初生重极显著高于AC型(P<0.01);在F2代群体中,AB型个体的初生重和1月龄体重显著高于AA型(P<0.05);不同基因型个体的3月龄体重均差异不显著(P>0.05)。【结论】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性。GH基因第5外显子可能对波尔山羊级进杂交后代体重性状有影响。     

鹅生长激素基因外显子单核苷酸多态性分析

以莱茵鹅、四川白鹅、豁眼鹅、皖西白鹅和朗德鹅5个鹅品种为试验材料,根据鸭、鹅生长激素基因序列设计了3对引物扩增第2、第3、第5外显子,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同鹅品种进行群体遗传学分析。结果显示:在鹅GH基因第2外显子上共发现2个单碱基突变位点,第39个碱基处的T→C突变未发生氨基酸变化,为沉默突变;第74个碱基处T→C单碱基突变导致第25个氨基酸由缬氨酸(V)变为丙氨酸(A);鹅群中表现出10种基因型(AA、AB、AC、AD、BB、BC、BD、CC、CD、DD)。统计结果发现:10种基因型在鹅品种间分布存在极显著差异(P0.01);所有鹅品种均处于Hardy-W e inberg平衡状态。群体遗传分析显示:杂合度、有效等位基因数朗德鹅最低,豁眼鹅最高;朗德鹅PIC为0,四川白鹅为中度多态外,其他品种均为高度多态。表明鹅GH基因在不同鹅品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与生产性状的相关性。     

滩羊H-FABP基因序列测定及分析

采集2、4、6、9、12、18月龄共计120只滩羊血液标本,PCR扩增H-FABP基因,进行酶切和测序.结果表明:H-FABP基因在滩羊群体中存在多态性,扩增的目的基因序列长度分别为285 bp、258 bp.通过测序发现外显子2在236、241、249处分别发生了A→C、C→T、T→G的单碱基突变.外显子3在103、164处分别发生了T→C、G→A的单碱基突变.     

鸭A-FABP基因单核苷酸多态性分析及其与体脂性状相关的研究

以樱桃谷鸭为试验材料,对脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因进行单核苷酸多态性检测(SNPs),并对该基因型与体脂等性状进行关联分析.结果表明:在内含子2中发现A76T、T78C、T93C、C134T 4个单碱基突变,鸭群中表现出3种基因型(AA、AB和BB).方差分析结果表明:该品种的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、肝脏重、皮脂重、胸肌脂肪含量和肝脏脂肪含量在不同基因型间差异不显著;BB型腹脂重、腹脂率显著高于AA型和AB型;BB型皮脂率和腿肌脂肪含量显著高于AB型.结果提示A-FABP基因可能是影响鸭脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁.     

牦牛MSTN基因第2外显子的遗传变异分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了牦牛MSTN基因第2外显子遗传变异特征.结果表明:在第2外显子以及80bp的部分第1内含子和102bp的部分第2内含子,共556bp的区域中存在5处点突变,表现AA、BB、AB、AC 4种基因型,由A、B和C 3个复等位基因控制.各基因型频率分别为0.884 0、0.001 4、0.106 0和0.008 6.序列分析表明等位基因B在位于第2外显子411bp处发生A→G突变,导致编码的第235位氨基酸由组氨酸突变为精氨酸,其余4处突变位于等位基因C上,即位于第1内含子31bp处的G→A突变和65bp处的核苷酸缺失以及第2内含子529bp处的A→G突变,还有一处是位于第2外显子第121bp处的T→C沉默突变.     

绵羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术,用两对引物分析了GnRHR基因外显子2和外显子1部分序列在小尾寒羊、多赛特羊2个绵羊品种中的多态性.结果表明,对于引物1扩增片段,2个绵羊品种均只检测到AA基因型.对于引物2扩增片段,2个绵羊品种均检测到AA、AB基因型;小尾寒羊AA、AB基因型频率分别为0.83和0.17,多赛特羊AA、AB基因型频率分别为0.60和0.40.引物2的多态片段测序分析表明,位于GnRHR基因cDNA第230处发生了碱基的改变(G→C),该突变导致了氨基酸的改变(甘氨酸→半胱氨酸).     

黔北麻羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性分析

采用直接测序法检测LHβ基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性,以探讨促黄体素β亚基基因多态性与黔北麻羊产羔数的关系,以及该基因对黔北麻羊繁殖力的影响。结果表明:LHβ基因检测到2个突变位点,在外显子2第414位点发生了由C→T碱基突变,导致苏氨酸突变为甲硫氨酸;检测到AA、Aa 2种基因型。A等位基因频率为0.933 4,a等位基因频率为0.066 7,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。在内含子2第718位点发生了由G→A碱基突变,检测到BB、Bb 2种基因型。B等位基因频率为0.950 0,b等位基因频率为0.0500,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。     

藏绵羊ANGPTL4基因第3内含子、第6外显子多态性分析

为分析高寒牧区藏绵羊ANGPTL4基因多态性,应用PCR-SSCP与测序结合的方法,对391只藏绵羊ANGPTL4基因第3内含子、第6外显子进行多态性检测。经扩增,分别获得大小为280 bp和289 bp的2个片段。ANGPTL4基因第3内含子发现AA、BB和AB 3种基因型,各基因型频率分别为0.648 8、0.313 0和0.038 2,在C.400+90处发生G/T的突变,多态信息含量为0.265 6,呈中度多态。ANGPTL4基因第6外显子发现AA和AB2种基因型,基因型频率分别为0.961 8和0.038 2,在C.837处发生C/T的突变,为错义突变,并导致P.279处苏氨酸变为丝氨酸,多态信息含量为0.036 9,为低度多态。对藏绵羊ANGPTL4基因的多态性进行分析,发现的2处突变位点可作为藏绵羊品种改良以及种质资源保护的潜在分子标记。