鹅生长激素受体基因荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中鹅生长激素受体(GHR)基因序列设计合成了引物和探针,对荧光定量PCR的方法进行了方法学的评估,建立了TaqmanMGB荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,由pMD-18T-GHR所构建的标准曲线线性关系良好,建立的GHR基因荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强(可以检测出低于10个拷贝/μl的样品),准确可靠。籽鹅和莱茵鹅GHRmRNA出壳到90日龄生长过程中肝脏中的表达量不同,30日龄不同组织的表达量各有变化特点。     

浙东白鹅催乳素基因的扩增及其序列分析

利用PCR技术扩增得到了浙东白鹅的催乳素基因全序列,通过Dnaman软件分析,浙东白鹅催乳素基因序列与鸡、火鸡、牛、绵羊和斑马鱼等催乳素基因具有同源性,表明该基因在进化上是一个比较保守的基因;分析浙东白鹅催乳素基因的表达调控位点,可预测其氨基酸序列及其二级结构。     

实时荧光定量PCR技术在检测外源基因拷贝数中的应用

通过对PCR法、Southern Blot法、IPCR法与实时荧光定量法4种转基因外源基因检测方法的比较认为:PCR扩增虽十分灵敏,但有时会出现假阳性扩增,因而对外源基因是否整合还需进行验证.Southren方法准确性高,特异性强,但存在费时、费力的缺点.同时实际操作中就需要较大量的植物材料来提取DNA,而转基因植物的愈伤组织在无菌条件下经过筛选、重新分化后,一般都比较细弱,不宜大量取样.IPCR法虽可以转座突变分离基因,但当转座子作为外源基因通过农杆菌介导等方法导入植物时,由于T DNA整合到染色体中引起插入突变并分离基因造成误差.实时定量PCR技术的特异性和高信噪比为转基因拷贝数定量提供了方便,实时定量PCR法,花费试剂少、节省劳力和时间,需要DNA样品量少、并不进行放射检测.同时对实时荧光定量PCR法计算进行了详细介绍.     

CPT-I基因荧光定量PCR检测方法的建立

CPT-ImRNA的表达对研究奶牛肝脏脂肪酸氧化代谢具有重要作用,CPT-I在肝脏中脂肪酸从细胞浆转移到线粒体过程中起关键作用。本研究应用双标准曲线方法,建立了CPT-I基因的相对荧光定量方法。结果表明,所建立的SYBRGreenI荧光定量PCR方法检测CPT-I基因具有较好的效果,为肝细胞CPT-I基因定量分析奠定了基础。     

浙东白鹅生长曲线分析与拟合

测定了浙东白鹅0～10周龄的体重,并运用Gompertz模型拟合其生长曲线.Gompertz模型参数显示:曲线拟合度为0.998 9,浙东白鹅拐点周龄和体重分别为4.42周龄和1 764.84 g.表明运用Gompertz模型对浙东白鹅进行生长曲线的拟合和分析是可行的,为及时了解浙东白鹅的生长发育规律提供了参考.     

小麦淀粉合成酶基因实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用

利用荧光定量PCR技术,对小麦淀粉合成酶基因(AGPase1、GBSSI、SSSIII、SBEI)进行了定量检测,分别建立了这4种淀粉合成酶基因和内参基因18s的Ct值与模板量之间的标准曲线和线性回归方程。运用所建立的方法对小麦籽粒4种淀粉合成酶基因在灌浆期间的表达变化情况进行了定量分析。     

基于gpd基因的大蒜黑腐病菌实时荧光定量PCR鉴定技术

【目的】大蒜黑腐病菌（Embellisia allii (Campanile) Simmons）的检疫鉴定主要采用形态鉴定方法。不仅耗时长,而且大蒜黑腐病菌与本属其他种以及其他属的分生孢子非常相似,极难分辨,需要建立快速、有效的分子诊断方法。研究旨在建立实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR, qPCR)体系以准确、灵敏地鉴定大蒜黑腐病菌。【方法】从NCBI的GenBank数据库中,选取大蒜黑腐病菌和其他大蒜病害以及近似种的3-磷酸甘油脱氢酶（gpd）基因核酸序列数据15种,应用引物设计软件Primer express,根据探针设计原则从理论上选出1条探针和3对引物。根据试验结果对上述引物进行筛选,筛选出能够鉴定出大蒜黑腐病菌的特异性引物对和TaqMan探针。同时对反应体系中复性-延伸温度的反应参数进行优化,设计56、58、60℃ 3个温度梯度;将大蒜黑腐病菌基因组DNA在紫外核酸分析仪上进行定量后进行10倍的梯度稀释,对探针灵敏性进行测试,从而建立大蒜黑腐病菌TaqMan水解探针法qPCR检测体系。【结果】从基于GenBank上的15种gpd基因核酸序列设计的引物和探针中,筛选出能够鉴定大蒜黑腐病菌的特异性引物对Emb21/Emb32和TaqMan探针Emb。在供试的6种菌株中,只有靶标菌大蒜黑腐病菌利用该引物对和探针能够被特异性的检测到阳性,空白对照和其他参试菌均没有荧光信号的增加,检测为阴性。复性-延伸温度反应参数优化中,△Rn荧光信号增加值在58℃时达最大,56、60℃荧光信号增加值降低,经过多次重复试验,确定最佳的复性-延伸温度为58℃。灵敏度测试中,大蒜黑腐病菌DNA浓度稀释到140 pg时,所得的图形较好;当体系中模板浓度稀释到14 pg时,所得的图形较差。最终DNA检测灵敏度为140 pg。应用该引物和探针建立的qPCR检测方法能够从供试的菌株中特异性地检出大蒜黑腐病菌。【结论】建立了大蒜黑腐病菌TaqMan探针法qPCR检测体系,该检测技术能够从供试的6种病原菌中特异性检测出大蒜黑腐病菌,检测灵敏度可达140 pg。建立的基于gpd基因的大蒜黑腐病菌qPCR方法具有高度的特异性和灵敏度,适合口岸大蒜黑腐病菌的快速检测。     

实时荧光定量PCR技术及其在植物中的应用

阐述了实时荧光定量PCR技术的基本原理及方法,综述了近几年实时荧光定量PCR技术在转基因植物、植物病害及与植物表皮气孔变化相关激酶检测过程中的运用情况;展望了实时荧光定量PCR反应在植物核酸定性、定量检测及分析其在植物中的应用前景。     

鹅细小病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank发表的鹅细小病毒(GPV)NS1基因序列设计合成了1对引物,以构建的含有该引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测GPV核酸的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。检测结果表明,该方法线性关系良好,标准曲线的相关系数达到0.998;对初始模板的检出下限为30个拷贝/μL,比常规PCR方法高100倍;与鸭瘟病毒、犬细小病毒、新城疫病毒和鹅副粘病毒均不发生交叉反应;组内与组间的变异系数均小于2%。用建立的Real-time PCR检测13例GPV感染阳性病例,GPV阳性检出率为100%。表明建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于GPV的病原检测及定量分析。     

荧光定量PCR技术的原理及其在植物研究中的应用

实时荧光定量PCR技术,因其具有操作简单、重复性好、灵敏度高、定量准确、速度快等优点,已广泛应用于分子生物学研究的多个领域。对实时荧光定量PCR技术的原理、定量方法以及在植物研究中的应用等进行概述,以促进该技术的应用。     

龙眼子叶胚3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的cDNA克隆及序列分析

从龙眼子叶胚中分离得到一个大量表达的表达序列标签(EST),该EST编码序列与金鱼草3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因的同源性为84%,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了龙眼GAPDH基因全长序列.序列分析表明,龙眼GAPDH基因的cDNA全长为1395 bp,包括一个长1008 bp、编码336个氨基酸的开放阅读框(ORF),5′端非编码区(UTR)长71 bp,3′-UTR长316 bp.龙眼GAPDH基因编码的氨基酸序列与水稻、葡萄、小果野蕉、拟南芥、银杏等GAPDH基因的氨基酸序列同源性均高达85%以上,该基因在GenBank中的登录号为FJ694011.     

建鲤内参基因EF-1α的实时荧光定量PCR方法的建立

真核生物延伸因子基因(EF-1α)在蛋白质翻译过程中起着重要的作用,其序列具有高度的保守性,常作为内参基因应用于real time PCR中。通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)EF-1α的部分cDNA序列,其长度为425 bp,翻译成140个氨基酸,Blast结果显示与其它鱼类leptin的相似性为98%。同时也克隆出建鲤EF-1α相应的DNA序列,共506 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤EF-1α含有1个相位为0的内含子,在此基础上设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。     

3种检测布鲁氏菌荧光定量PCR方法的比较

为了筛选适用于家畜布鲁氏菌病检测的荧光定量PCR方法,合成目前报道最多的布鲁氏菌IS711插入序列、per基因和bcsp31基因的引物和探针,并分别对这3种荧光定量PCR方法的敏感性、特异性、重复性以及63份临床样品检测效果进行比较。结果显示：3种荧光定量PCR方法均具有较好的敏感性且均不与其他常见细菌发生交叉反应;3种方法的批内变异系数和批间变异系数均小于5%。在检测临床样品时,3种方法的敏感性均高于套式PCR方法,其中IS711荧光定量PCR方法与套式PCR方法符合率为95.24%,其他2种方法与套式PCR方法的符合率为98.41%。比较而言,IS711荧光定量PCR敏感性最高,更适合于布鲁氏菌核酸含量低的样品的检测。     

条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析(英文)

利用已知甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的特征性保守区域合成探针,并对条斑紫菜cDNA文库进行筛选,获得了一个编码叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GapA)的全长cDNA克隆(GAP4)。GAP4包含了全长的叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA序列,编码72个氨基酸的信号肽和338个氨基酸的成熟蛋白。将获得的GapA蛋白的氨基酸序列与其它物种的GAPDH序列进行多重序列比较后,发现条斑紫菜的GapA氨基酸序列都包含了4个高度保守的结构域。条斑紫菜GapA的cDNA序列中GC含量很高(64.2％),与紫菜EST分析中得到的结果(65.2％)近似。通过GAPDH的分子系统发育分析,对红藻的分类地位进行了初步探讨。条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA序列已登记到GenBank数据库,序列号为:AY273819。     

条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析

利用已知甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的特征性保守区域合成探针,并对条斑紫菜cDNA文库进行筛选,获得了一个编码叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GapA)的全长cDNA克隆(GAP4)。GAP4包含了全长的叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA序列,编码72个氨基酸的信号肽和338个氨基酸的成熟蛋白。将获得的GapA蛋白的氨基酸序列与其它物种的GAPDH序列进行多重序列比较后,发现条斑紫菜的GapA氨基酸序列都包含了4个高度保守的结构域。条斑紫菜GapA的cDNA序列中GC含量很高(64.2％),与紫菜EST分析中得到的结果(65.2％)近似。通过GAPDH的分子系统发育分析,对红藻的分类地位进行了初步探讨。条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA序列已登记到GenBank数据库,序列号为:AY273819。     

舒伯特气单胞菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立一种快速、灵敏的舒伯特气单胞菌(Aeromanas schubertii)检测方法。【方法】以舒伯特气单胞菌rpoD(RNA polymerase sigma-70 factor)为靶标基因,设计特异性引物及TaqMan探针,建立舒伯特气单胞菌的TagMan实时荧光定量PCR检测方法,同时验证该方法的特异性、灵敏度、重复性,并用该方法对50份临床样品进行检测,验证其应用效果。【结果】含舒伯特气单胞菌rpoD基因的质粒拷贝数与循环阈值(Ct)的标准曲线相关系数为1.000,扩增效率为94.705%。实时荧光定量PCR检测方法只对舒伯特气单胞菌的靶基因检测结果呈阳性,对嗜水气单胞菌(Aeromanas hydrophila)、维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)、温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、诺卡氏菌(Nocardia seriolae)等其他14种致病菌的检测结果均为阴性,具有高度特异性;对舒伯特气单胞菌重组质粒和纯培养细菌的检出灵敏度分别为4.76拷贝/μL和15 CFU/mL;批内和批间重复性试验变异系数分别为0.95%和1.05%。50份临床样品检测结果显示,该方法阳性样品检出率为22%,高于传统细菌分离方法(10%)的检出率。【结论】建立的舒伯特气单胞菌实时荧光定量PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适用于舒伯特气单胞菌的快速诊断检测和流行病学调查。