我国家蚕基因组的最新研究——对家蚕基因组精细图和40个蚕类基因组遗传变异图的解读

2008年12月,西南大学家蚕基因组研究团队宣布了世界上第1张家蚕基因组精细图谱的诞生。家蚕基因组精细图和2003年发布的家蚕基因组框架图相比,具有基因覆盖度高、基因组组装更加完整、基因鉴定更加准确等特点。2009年,该研究团队在家蚕基因组精细图的基础上,选取具有代表性的29个家蚕突变品系和11个不同地理来源的中国野桑蚕品系进行了全基因组重测序与序列比较分析,共获得了29个家蚕突变品系和11个中国野桑蚕地理品系的全基因组序列,绘制完成了世界上第1张基因组水平上的蚕类单碱基遗传变异图谱,同时还发现了驯化对家蚕生物学性状影响的基因组印记,从全基因组水平上揭示了家蚕的起源进化。2009年8月,《Science》杂志发表了西南大学的研究论文"40个蚕类基因组的重测序揭示了家蚕的驯化事件及驯化相关基因",标志着家蚕基因组计划进入一个新的历史阶段。     

家蚕基因组测序 世界首个"框架图"在渝问世

有关专家介绍,家蚕基因组“框架图”的完成只是家蚕基因组研究和开发计划的第一步,而其“精细图”预计在明年完成。家蚕基因组“框架图”与“精细图”有什么区别呢?中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀介绍,“框架图”是相对于“完成图”或“终图”而言,但实际上,真正的“完成图”并不存在,因为它总会存在一些空隙,而“精细图”则比“框架图”更进一步,更为准确、精细。基因组“框架图”的要点包括:测序工作量达到基因组的5倍;基因覆盖率达到90 %以上,即经初步组装的“一致性”序列占整个基因组的90 %以上;经初步组装的“一…     

2009年蚕类基因组重测序研究论文在Science上发表

<正>1)2009年1月2日,国际昆虫学著名杂志《Insect Biochemistry and Molecular Biology》正式出版《家蚕基因组特别刊》,详细报道了家蚕基因组精细图成果。受万刚部长委托,科技部专门发来贺信,祝贺我所家蚕基因组研究再次取得重要进展。2)2009年1月12~13日,农业部、财政部在京联合召开现代农业产业技术体系建设工作     

40个基因组完全重测序揭示蚕的驯化事件及其相关基因

我国家蚕基因组研究再获重大突破,研究成果再登《science》杂志,影响广泛。本刊特设专栏刊发该论文中文译文以及相关评述,以满足广大读者的需求。     

家蚕品种桂蚕8号亲本全基因组重测序研究初报

对桂蚕8号4个杂交亲本“锦”（9MN）“绣”（芙H）“壮”（7MH）“丽”（87H）开展全基因组重测序研究,通过比对并作初步分析,获得4个全基因组单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构性变异（SV）和拷贝数变异（CNV）,4个杂交亲本SNP总数均超过600万个位点,插入缺失（Indel）总数约140万;在结构性变异（SV）方面,插入（INS）、缺失（DEL）、倒位（INV）、染色体内易位（ITX）和染色体间易位（CTX）类型均有存在,主要分布在基因间区、内含子、外显子、基因上游、基因下游,在可变剪切位点、UTR5、UTR3及位于一个基因的上游同时也是另一个基因的下游区间亦有分布;拷贝数偏低的区域均超200个,偏高的区域在79～100个之间,所有品种在基因上游、外显子、UTR5、基因间区均有拷贝数变异,其中以外显子区域最多,在可变剪切位点、基因下游、上游/下游、UTR3区域未见有拷贝数变异。     

《40个基因组完全重测序揭示蚕的驯化事件及其相关基因》在线支撑材料

1材料与方法 1．1样品收集 为了囊括全世界实验室所保存的主要的蚕系统,我们收集了各种的地理区域的品系,如中国、日本、欧洲和热带地区（主要是东南亚：印度,柬埔寨和老挝）,和突变系统。列于表S1的29个家蚕品系来自中国西南大学蚕学与系统生物学研究所。     

家蚕基因组研究取得标志性成果研究论文再次在《Science》发表

最近,西南大学家蚕基因组研究团队再次取得重大突破和又一项标志性成果,研究论文《40个基因组完全重测序揭示蚕的驯化事件及其相关基因》（《Complete resequencing of 40 genomes reveals domestication events and genes in silkworm（Bombyx）》）于北京时间2009年8月28日3时在国际著名学术杂志《Science》在线发表。     

家蚕大规模基因组重测序列入2009中国十大科技进展候选条目

由中国科学院院士工作局、中国工程院学部工作局、科学时报社组织的两院院士评选2009年中国十大科技进展新闻和世界十大科技进展新闻已于目前启动.西南大学蚕学与系统生物学研究所与深圳华大基因研究院合作完成的家蚕大规模基因组重测序研究已列入候选条目之一,该成果已发表在2009年第326卷第5951期上.     

40个蚕基因组测序揭开了其选育史

中国古代通过处死那些将蚕或蚕卵走私出国的人来保护蚕丝生产的秘密。在蚕丝生产技术传播到日本、韩国、中东和欧洲之前,这种处罚措施一直持续了几千年。但是现在,中国无私地提供家蚕的秘密：在这个星期SCIENCE杂志在线网络上（http：／／www．sciencemag．org／cgi／content／abstract／1176620）,     

2008年IBMB杂志专刊发表家蚕基因组精细图论文

<正>1)2008年1月6日,2008年西南大学广西现代农业(蚕业技术)高级研修班在西南大学举行。2)2008年1月7日,向仲怀院士荣获广西蚕业发展特别贡献奖,钱惠田教授获广西蚕业发展终身成就奖。     

家蚕基因组研究取得重要成果西南大学举行新闻发布会并隆重表彰

2009年8月28日,西南大学家蚕基因组研究取得重大突破和又一项标志性成果,家蚕基因组研究创新团队主持完成的“40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因”研究成果在国际著名学术杂志《SCIENCE》上发表,学校隆重召开新闻发布会,并向家蚕基因组团队进行表彰。     

家蚕遗传密码研究

家蚕作为一种模式生物具有宝贵的基因资源,本文利用遗传密码分析软件,对家蚕编码不同蛋白的820余个完全CDS序列、24.8万余个遗传密码子进行了分析,发现家蚕不同蛋白质使用的遗传密码频率有所差异,且不同蛋白质使用遗传密码子的偏好性基本一致。通过对家蚕最终吐出的蚕丝的丝素、丝胶氨基酸含量与蚕丝遗传密码分析的丝素、丝胶氨基酸含量的比对发现,两者不仅有氨基酸种类的差异,而且有氨基酸含量的差异。因此,蚕丝遗传密码分析得出的氨基酸含量可能只是蚕丝蛋白质合成初期的氨基酸水平反映,而家蚕最终吐出的蚕丝蛋白质的氨基酸是通过合成后加工的结果,这提示家蚕丝腺是研究蛋白质合成后加工的极好材料。     

EST规模测序在家蚕功能基因组中的应用

EST(Expressed Sequence Tag)指的是一组cDNA的部分序列，一般长度为300-500bp，是由大规模随机取出的cDNA克隆一次测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。一个EST代表生物某一时期的某种组织或细胞的一个表达基因。对整个基因组表达基因的功能及调控研究就称为功能基因组研究。     

家蚕血液羧酸酯酶活力影响因素研究初报

为了研究家蚕血液的羧酸酯酶活性变化规律,利用分光光度计法对家蚕血液中羧酸酯酶活性影响因素及在不同龄期的具体变化规律作了初步研究。结果表明:其最适温度为45℃;最适pH8.5;不同龄期的活性表现为各龄中期酶活力比较高,而在眠蚕、起蚕期酶活力相对较低,其中尤其以5龄第3、4天活力最高;在同一浓度下的杀虫剂对羧酸酯酶活性离体抑制作用实验中,敌百虫的抑制作用最强,乙酰甲胺磷次之,敌杀死最弱。     

酚氧化酶在家蚕血淋巴中的活力分布及影响因素的研究

昆虫血淋巴黑化的形成由激活酚氧化酶原的级联系统所引发,酚氧化酶在昆虫体液免疫中起着非常重要的作用。本试验以家蚕3龄末期开始每天抽取血淋巴制成粗酶液,以L-DOPA为底物,测定各龄期活力分布规律,并且通过改变酚氧化酶与底物反应的条件,发现温度与PH值对酚氧化酶添力具有很大的影响。     

猪瘟病毒在宿主细胞中增殖与遗传变异的研究进展

就瘟病毒属尤其是猪瘟病毒在宿主细胞中的增殖过程及遗传变异两个方面进行了介绍,其中增殖过程主要包括病毒吸附宿主细胞及其内化、基因复制表达、病毒粒子的装配及释放几个步骤,以期为研究瘟病毒在体内的增殖分布规律提供参考。