不同品种羔羊胃肠道微生物发育规律的比较研究北大核心CSCD

本试验旨在探究相同饲养条件下不同品种(道赛特羊、湖羊和小尾寒羊)羔羊瘤胃和直肠的细菌和真菌差异,为阐明不同品种羔羊胃肠道微生物发育规律和精准饲养管理提供基础数据。选取同一产房、胎次和性别相同的1日龄不同品种羔羊30只,其中道赛特羊、湖羊和小尾寒羊公羔各10只,相同饲养管理模式下进行120 d饲养试验。采集瘤胃液和粪便样品,测定细菌和真菌区系。结果表明:1)小尾寒羊瘤胃细菌的PD whole tree指数显著高于湖羊(P<0.05),湖羊直肠真菌的辛普森指数显著高于道赛特羊(P<0.05)。2)主坐标分析(PCoA)和相似性分析(ANOSIM)表明,不同品种羔羊在20、90日龄瘤胃细菌,70日龄直肠细菌,20、70、90日龄瘤胃真菌,90、120日龄直肠真菌中的群落均存在显著差异(P<0.05)。3)道赛特羊直肠细菌中螺旋体门和密螺旋体属相对丰度表现出升高的趋势(P=0.086)。小尾寒羊瘤胃细菌中理研菌科RC-9肠道群和克里斯滕森菌科R-7群相对丰度显著高于道赛特羊和湖羊(P<0.05),瘤胃真菌中子囊菌门相对丰度显著低于道赛特羊和湖羊(P<0.05),瘤胃细菌中普雷沃氏菌属相对丰度表现出降低的趋势(P=0.063)。综上所述,在相同饲养条件下,3个品种羔羊的胃肠道菌群的多样性和组成均存在差异,小尾寒羊具有较高的瘤胃细菌多样性,湖羊具有较高的直肠真菌多样性,道赛特羊直肠细菌中螺旋体门和密螺旋体属相对丰度较高,小尾寒羊瘤胃细菌中普雷沃氏菌属相对丰度较低以及理研菌科RC-9肠道群和克里斯滕森菌科R-7群相对丰度较高,胃肠道微生物区系结构差异可能是导致不同品种羔羊生产性能差异的原因之一。     

一月龄吮乳羔羊肠道菌群组成及其预测物质代谢功能的动态变化研究

羔羊出生至断奶时期消化系统形态结构和功能变化剧烈,但其肠道菌群组成的发育规律尚不清晰。本试验旨在研究一月龄湖羊羔羊肠道菌群的组成变化规律。随机选择出生后新生期(3日龄,d03)、哺乳期(10日龄,d10)、补饲期(15日龄,d15)和断奶前期(30日龄,d30)的无抗生素用药史的健康吮乳羔羊各10只,另选择在第43～45日龄之间一次性断奶的断奶后期(60日龄,d60)健康羔羊10只作为对照,采集直肠粪便样品进行16S rRNA扩增子测序,对一月龄肠道菌群组成结构与潜在功能的变化特点进行研究。结果发现,羔羊肠道菌群各分类水平OTU数量在一月龄内呈上升趋势,但极显著低于断奶后(P<0.01)。一月龄内羔羊肠道菌群α多样性呈先降后升特点,也显著低于断奶后(P<0.05)。3日龄和10日龄羔羊肠道菌群β多样性分别极显著独立分布,15日龄和30日龄极显著聚为一类(P<0.01),60日龄羔羊极显著独立分布(P<0.01)。一月龄内羔羊肠道菌群中拟杆菌门、螺旋体门、黏胶球形菌门、迷踪菌门、5-7N15属、CF231属、瘤胃球菌属、密螺旋体属和丁酸弧菌属丰度随日龄呈上升趋势,...     

腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性比较分析

为了探究腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性及结构组成差异，筛选出腹泻驴驹的特异性菌群，试验采集同等饲养条件下的腹泻驴驹和健康驴驹的粪便样本各5份，利用16S rRNA高通量测序技术，对腹泻驴驹和健康驴驹粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：腹泻驴驹粪便微生物的多样性小于健康驴驹(P>0.05)。与健康驴驹相比，在门水平上，厚壁菌门相对丰度显著减少(P<0.05),且梭杆菌门仅出现在腹泻驴驹粪便中；在属水平上，腹泻驴驹粪便微生物中拟杆菌属相对丰度明显升高。说明腹泻驴驹与健康驴驹在粪便微生物多样性方面存在显著差异，厚壁菌门相对丰度减少及拟杆菌属相对丰度增加可能是驴驹腹泻的重要原因。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

代乳粉对沂蒙黑山羊羔羊早期生长性能及其瘤胃微生物区系的影响

本试验旨在研究哺喂代乳粉对沂蒙黑山羊羔羊早期生长性能及其瘤胃微生物区系的影响。采用单因子试验设计,选用沂蒙黑山双胎羔羊36只,分为2组,每组18只羔羊。对照组(B组)羔羊哺喂母乳,试验组(R组)于10日龄开始哺喂代乳粉,试验期为75 d,在10、15、25、45和75日龄时随机称取3头羔羊空腹活体重,且屠宰后收集瘤胃内容物样品,采用IIIumina测序技术分析瘤胃细菌组成。结果表明:R组羔羊体重在15日龄时低于B组,且差异极显著(P<0.01),到75日龄时显著高于B组(P<0.05)。另外,R组15日龄时Alpha和Beta多样性与B组相比有显著差异(P<0.05)。在门水平上,R组厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度在25、45、75日龄时低于B组,其中25日龄时差异显著(P<0.05),与此相反,拟杆菌门(Bacteroides)相对丰度在25、45、75日龄时均显著高于B组(P<0.05),变形菌门(Proteobacteria)相对丰度在25、45、75日龄时显著低于B组(P<0.05)。在属水平上,R组普雷沃菌属(Prevotella)为优势菌属,15日龄时相对丰度高于B组(P>0.05),且在75日龄时显著高于B组(P<0.05);拟杆菌属(Bacteroides)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)相对丰度在25日龄时高于B组(P>0.05),而大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichla-shigella)相对丰度在15~25日龄呈下降趋势,到25日龄时低于B组(P>0.05)。综上,早期哺喂代乳粉影响羔羊体增重,而45日龄后获得与哺喂母乳羔羊一样的增重效果;25日龄后哺喂代乳粉羔羊瘤胃微生物区系的变化明显,其中拟杆菌门成为优势菌群,并且普雷沃菌属等有益菌相对丰度逐步增加,从而改善羔羊瘤胃微生物区系结构,有助于促进羔羊的生长。     

腹泻犊牛与健康犊牛粪便菌群结构组成与功能研究

本研究旨在探究腹泻与健康犊牛粪便微生物的结构组成与分布特征,筛选出一些可作为评价犊牛腹泻参考指标的特异性菌群。试验采集10份腹泻和10份健康夏南牛犊牛的粪便样本并提取粪便总DNA,运用16S rRNA高通量测序技术,比较腹泻组和健康组在微生物多样性方面（组成及结构）存在的差异,获得两组间具有统计学差异的Biomarker,并对差异功能基因进行注释。结果表明,腹泻犊牛粪便微生物的多样性小于健康犊牛;在门水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便中微生物相对丰度显著升高的是变形菌门和梭杆菌门,螺旋菌门显著降低（P<0.05）;在属水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便微生物中埃希氏-志贺菌属、梭杆菌属、乳杆菌属和梭状芽孢杆菌属相对丰度明显升高,不可培养拟杆菌目S24-7群、拟普雷沃菌属和普雷沃氏菌科的菌属显著降低（P<0.05）。通过对COG功能预测分析,腹泻组在翻译、核糖体结构和起源类群明显降低。通过KEGG代谢途径分析,腹泻组粪便中显著升高的代谢通路是碳水化合物代谢和外源性物质降解和代谢,显著降低的代谢通路分别是细胞增殖和死亡、复制和修复、翻译和转录（P<0.05）。本研究分析了腹泻组和健康组之间的优势菌群,筛选出可以作为犊牛腹泻参考指标的10个Biomarker,并对功能差异基因进行注释,为进一步研究犊牛腹泻的治疗及预防奠定了基础。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

牛轮状病毒和志贺菌阳性犊牛腹泻粪便样本中肠道菌群的分析

犊牛感染不同病原所引发的腹泻可导致肠道菌群结构特征的改变。为研究其肠道菌群的多样性，从内蒙古西部地区选取3个规模化养牛场采集新鲜粪便样本38份，其中腹泻粪样30份，健康粪样8份。采用PCR方法进行腹泻相关病原检测后分为3组，分别为健康组(HC)、牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)感染腹泻组(DC＿a)和埃希菌属-志贺菌感染腹泻组(DC＿b)。提取总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3-V4区进行PCR扩增，采用Illumina NovaSeq平台进行测序，对测序结果进行生物信息学分析。结果发现，α多样性指数表明腹泻犊牛与健康犊牛肠道微生物多样性存在差异且DC＿b组α多样性显著低于其余两组(P<0.05);在门水平上，3组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门，但其相对丰度差异显著，DC＿b组厚壁菌门显著降低(P<0.05),放线菌门显著增加(P<0.05);在属水平上，3组的优势菌属不同且相对丰度也有差异。通过PICRUSt2功能预测分析表明，与HC组相比，DC＿a组在甘露糖降解、半乳糖降解、糖和维生素的生物合...     

湖羊羔羊早期断奶前后瘤胃发酵与微生物区系的变化

本试验旨在研究湖羊羔羊早期断奶前后的瘤胃发酵与微生物区系变化,为幼龄反刍动物瘤胃发育变化理论以及羔羊的早期培育等提供依据。选择初生重接近的湖羊公羔(3.81 kg±0.55 kg)16只,1~7日龄饲喂母乳,8日龄与母羊分离,开始饲喂代乳粉(按8日龄体重的2%,分3次等量饲喂)和开食料(自由采食),35日龄断奶。分别于断奶前(21日龄)、后(42日龄)各选择5只羔羊进行屠宰,采集瘤胃内容物,测定瘤胃发酵、酶活和微生物区系。结果表明,断奶后羔羊的瘤胃总挥发性脂肪酸、乙酸、丙酸、丁酸及纤维素酶和α-淀粉酶活性均极显著高于断奶前(P<0.01)。断奶后瘤胃菌群多样性和丰富度均低于断奶前(P<0.05)。断奶前后的优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),其中,拟杆菌门为第一优势菌门,在断奶前后分别占61.96%和65.36%,厚壁菌门为第二优势菌门,在断奶前后分别占32.08%和24.03%;两菌门之和在断奶前后分别占瘤胃总菌门的94.04%和89.39%。断奶前后的优势菌属均为unidentified_Prevotellaceae,分别占21.85%和38.49%。断奶前后羔羊瘤胃微生物的功能没有显著变化,都主要集中在复制和修复、碳水化合物代谢和翻译等途径。以上结果说明,羔羊早期断奶后的瘤胃发酵和酶活增强,菌群多样性和丰富度有所降低,在早期断奶前后的优势菌群和功能相似。     

精料中直链与支链淀粉比对羔羊瘤胃细菌菌群的影响

本文旨在研究精料中直链与支链淀粉比对不同日龄羔羊瘤胃细菌菌群的影响。选取48只体重无显著差异(P0.05)的初生公羔,随机分成4组(每组3个重复,每个重复4只),各组精料中直链与支链淀粉比分别为0.12(木薯淀粉组)、0.23(玉米淀粉组)、0.24(小麦淀粉组)和0.48(豌豆淀粉组)。试验全期共77 d。于羔羊21、35、56和77日龄时,每个重复随机选择1只羔羊屠宰,采集瘤胃液样品。通过PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术测定分析羔羊瘤胃细菌菌群的多样性。结果表明,不同直链与支链淀粉比精料组的羔羊于21、35、56和77日龄时,瘤胃细菌多样性指数、均匀度和丰富度均无显著性差异(P0.05)。21日龄羔羊瘤胃细菌多样性指数显著高于35日龄(P0.05),56和77日龄羔羊瘤胃细菌多样性指数有所升高,但在数值上仍低于21日龄羔羊。DGGE回收的条带多属厚壁菌门及拟杆菌门。56日龄的小麦淀粉组羔羊瘤胃内牛单胞月形菌含量较高。由此可见,不同直链与支链淀粉比精料未影响羔羊瘤胃优势细菌的结构,但饲喂小麦淀粉饲粮可促进56日龄羔羊瘤胃内牛单胞月形菌的生长。