中国大、中型驴种遗传多样性的微卫星分析

[目的]为分析我国大、中型驴品种遗传多样性。[方法]利用24个微卫星标记,对我国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测。[结果]24个微卫星位点在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外,其余23个微卫星均为高度多态,8个驴种的平均PIC（0.6940）、H（0.7119）和E（3.94）,表明基因多态性和遗传多样性相对较高。[结论]这24个微卫星可作为有效的遗传标记用于各驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。我国大、中型驴品种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。     

中国4个绒山羊品种微卫星DNA遗传多样性和亲缘关系的初步分析

【目的】调查中国4个地方绒山羊品种的遗传多样性现状,为其资源保护策略的制定提供理论依据。【方法】利用联合国粮农组织(FAO)推荐的6个微卫星标记,并结合荧光多重PCR,计算等位基因频率、杂合度、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne),评估其种内遗传变异和品种间遗传关系,利用NJ法和主成分分析法进行聚类,利用相关分析考察品种间遗传距离与地理距离的相关性。【结果】SRCRSP5、OarFCB48I、NRA063、OarFCB20、OarFCB304 5个位点均为高度多态位点,可作为有效的遗传标记用于山羊品种的遗传多样性和系统发生关系分析;4个绒山羊品种在6个微卫星座位均具有多态性,平均等位基因数为8.33~11.00,杂和度和多态信息含量均较高,品种平均杂合度在0.696 7~0.802 7。NJ树显示,河谷绒山羊与河西绒山羊遗传关系最近,与新疆绒山羊遗传关系次之,与辽宁绒山羊遗传关系最远,这一结果在主成分分析中也得到了验证;相关分析显示,4个绒山羊品种间的遗传距离与地理距离呈中度正相关。【结论】目前4个绒山羊保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,品种间亲缘关系与品种育成史及地理分布基本一致。     

5个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析

目的通过微卫星标记评估8个安徽地方猪品种的遗传多样性。方法采用PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳对FAO-ISAG联合推荐的15个微卫星标记进行分型,并计算有效等位基因数 (N_e)、期望杂合度 (H_e)、多态信息含量 (PIC)、F统计量和遗传距离等参数,探讨品种间的遗传多样性和遗传关系。结果15个微卫星标记共检测到272个等位基因,平均有效等位基因数9.561 2个。8个品种的有效等位基因数在2.445 1~3.786 6之间,期望杂合度在0.532 0~0.714 8之间,多态信息含量在0.369 8~0.890 6之间。F统计量和基因流 (N_m) 分析表明：安徽地方猪品种间存在一定程度的近交和基因流动。基于Nei氏遗传距离 (D_s) 构建系统发生树显示：8个地方猪种可分为两类：一类为皖南花猪;另一类又聚为两小支,一小支为安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪,另一小支为皖北猪、皖南黑猪、枞阳黑猪和定远猪。结论8个安徽地方猪种遗传多样性丰富,群体内存在一定程度的近交和基因流动。结果为安徽地方猪种的保护和利用提供了理论依据。     

基于SSR分子标记的辽西地区驴群体遗传多样性分析

中国驴种质资源丰富,辽宁西部地区是中国重要的驴养殖区域,为了解辽宁西部地区驴群体的遗传多样性,该研究使用13个微卫星标记对辽西地区三个驴群体(即建平三粉驴、建平灰驴、阜蒙三粉驴)进行遗传多样性分析。通过统计3个群体的等位基因数、杂合度和多态信息含量,计算其遗传距离并构建NJ聚类树。结果表明,13个微卫星标记在3个群体中共检测出93个等位基因,平均多态信息含量为0.6036、平均有效等位基因数为3.3434、平均期望杂合度为0.6486; 3个群体的平均等位基因数是5.3077～6.6920个,期望杂合度是0.6424～0.6508。根据遗传距离构建的NJ聚类树显示,3个群体分为两支:建平灰驴独立为一支,建平三粉驴和阜蒙三粉驴聚为一支。可见,3个群体遗传多样性处于高度多态性水平,且存在一定程度的遗传分化。     

江西4个地方鹅品种遗传多样性的微卫星标记分析

通过选用31个多态性较好的微卫星标记,检测江西4个地方鹅品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(P IC)和群体间的遗传距离(DA)。结果表明:31个微卫星位点中有25个微卫星位点在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析;4个鹅品种的杂合度都较高,平均杂合度为0.584 6~0.643 4,其中最高的是广丰白翎鹅(0.643 4),最低的是莲花白鹅,而且杂合度的高低与P IC值的大小表现出较高的一致性。用DA的U PGM A法进行聚类分析,结果4个鹅品种被聚为3类,莲花白鹅与丰城灰鹅聚为第1类,广丰白翎鹅自聚为第2类,兴国灰鹅自聚为第3类。     

利用微卫星标记分析湖南4个地方鹅品种遗传多样性

通过选用31个多态性较好的微卫星标记,检测了湖南4个地方鹅品种的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离.结果表明,31个微卫星位点中有25个微卫星位点在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析.4个鹅品种中,平均杂合度范围是0.5010 ～ 0.6705,各鹅种的杂合度都较高,最高的是酃县白鹅(0.6705),最低的是武冈铜鹅,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性.对DA遗传距离的计算表明,用UPGMA法进行聚类分析,结果4个鹅品种被聚为3类:道州黑鹅与酃县白鹅聚为第1类;武冈铜鹅自聚为第2类;溆浦鹅自聚为第3类.     

应用微卫星标记研究中国15个地方白羽鹅品种遗传多样性

利用22个微卫星DNA标记对中国15个地方白羽鹅种进行遗传分析。结果表明：22个微卫星标记中3个为高度多态座位，1个低度多态座位，其余均为中度多态座位。平均杂合度最高的是太湖鹅（0．7105），最低的是皖西白鹅（0．5838）。织金白鹅与溆浦鹅遗传距离最近，为0．0417，而太湖鹅与四川白鹅最远，为0．7259。通过UPGMA法15个地方白羽鹅聚为3大类：织金白鹅、溆浦鹅、闽北白鹅、右江鹅、莲花白鹅、武冈铜鹅、同始鹅、浙东白鹅、籽鹅聚为第一类，广丰白翎鹅、皖西白鹅聚为第二类；酃县白鹅、百籽鹅、太湖鹅、四川白鹅聚为第三类。本研究证明中国地方鹅群体的遗传多性样比较丰富，具有较高的选择潜力。     

五个绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星标记对5个绵羊品种(藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特)进行了遗传多样性分析.结果表明:5个绵羊群体的8个微卫星位点共发现105个等位基因,平均每个位点有13个,其中,在OarFCB128位点检测到的等位基因数最多,在BM8125位点检测到的等位基因数最少.多态信息含量、有效等位基因数及群体杂合度数据表明,小尾寒羊遗传变异最大,其次是蒙古羊、兰州大尾羊、藏羊,无角道赛特变异最小.根据Nei氏遗传距离用NJ法和UPGMA法构建的聚类图表明,兰州大尾羊与蒙古羊聚为一类,遗传距离最近,与无角道赛特距离最远.     

滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析

选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估.     

福建地方鸡种和江西泰和乌鸡微卫星遗传多样性分析

利用筛选出的6个微卫星标记对福建德化黑鸡、白绒乌鸡、金湖乌鸡、河田鸡以及江西泰和乌鸡等优良地方鸡种进行遗传多样性分析.结果表明,所选的6个微卫星标记均呈高度多态(平均多态信息含量即PIC均大于0.5).5个地方鸡种的平均杂合度为0.716-0.729,均具有较高的杂合度,表现出丰富的遗传多样性.采用邻结法(NJ)对Ne i氏遗传距离(DA)进行聚类分析,结果表明,5个鸡种被聚为2类,泰和乌鸡与河田鸡先聚为一小类(DA=0.0957),然后再与金湖乌鸡聚为一类(DA=0.1553);德化黑鸡与白绒乌鸡则聚为另一类(DA=0.1980).聚类结果基本反映了各鸡群的地理分布和选育现状.     

利用微卫星DNA标记分析贵州3个地方猪种的遗传多样性

1材料与方法 1．1材料 采集3个地方猪种血液样品,共90份（表1）。采集个体品种特征明显,公母各半。     

利用微卫星DNA标记分析贵州3个地方猪种的遗传多样性(英文)

[Objective] The research aimed to provide the genetic basis for the protection, development and utilization of Guizhou local pig breeds. [Method] From 27 pairs of porcine microsatellite primers recommended by Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) and International Society for Animal Genetics (ISAG), six pairs (S0155, SW240, IGF1, SW951, SW857, SW24) were selected for microsatellite DNA detection of three Guizhou local pig breeds, including Nuogu Pig, Kele Pig and Guanling Pig. Subsequently, their genetic diversities were analyzed. [Result] The three pig breeds were high polymorphic at the six microsatellite loci (PIC>0.5). The Nei's standard genetic distance of them was 0.206 3-0.481 5. The genetic distance between Nuogu Pig and Kele Pig was the closest, and that between Nuogu Pig and Guanling Pig was the furthest. [Conclusion] The three Guizhou local pig breeds are in high genetic diversities. Nuogu Pig is a special type of Kele Pig, an excellent Chinese local pig breed.     

利用微卫星DNA标记分析贵州3个地方猪种的遗传多样性

[目的]为贵州地方猪种的琛护开发与利用提供遗传学依据。[方法]根据联合国粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）联合推荐的27对猪微卫星引物,从中筛选出6对（S0155,SW240,IGF1,SW951,SW857,SW24）,用于对糯谷猪、柯乐猪、关岭猪3个贵州地方猪群体进行微卫星DNA检测,进而分析其遗传多样性。[结果]3个品种（类型）猪呈高度多态（PIC〉0．5）,Nei氏标准遗传距离为0．2063～0．4815。群体间遗传距离最远的是关岭猪与糯谷猪,最近的是柯乐猪与糯谷猪。[结论]3个贵州地方猪种的遗传多样性较好;糯谷猪是中国优良地方猪种柯乐猪中的一个特殊类型。     

利用微卫星标记分析3个鹅品种的遗传多样性

为进一步验证伊犁鹅与非洲雁的起源,以伊犁鹅、灰雁、非洲雁为对象,利用微卫星标记技术对3个鹅品种资源的遗传多样性进行研究。结果表明,5对微卫星引物在3个品种的平均期望杂合度(He)为0.513 5~0.644 7,平均多态性信息含量(PIC)为0.425 8~0.588 3。3个品种的平均杂合度都较高,非洲雁最高(0.573 7),伊犁鹅最低(0.546 6),说明各鹅品种的杂合度和遗传多样性水平都较高,而且杂合度的高低与PIC的大小有较高的一致性。通过计算Nei’s标准遗传距离发现,3个品种的遗传距离较远;UPGMA聚类结果将新疆的伊犁鹅和灰雁聚为一类,再与非洲雁聚到一起。     

利用荧光多重PCR技术分析8个兔品种遗传多样性

[目的]揭示8个兔品种的遗传多样性。[方法]采用荧光-多重PCR技术,筛选出多态性较好的18对微卫星引物,对苏系长毛兔、皖系长毛兔、美系獭兔、新西兰白兔、福建黄兔、闽西南黑兔、九疑山兔和比利时兔进行遗传多样性检测。[结果]8个兔品种在18个微卫星座位上的基因频率存在一定的差异;8个兔品种的平均多态信息含量为0.418 5～0.548 9。福建黄兔的平均多态信息含量最高,为0.548 9;苏系长毛兔的平均多态信息含量最低,为0.418 5。平均遗传杂合度也出现了类似的结果,说明福建黄兔的遗传多样性最丰富。根据各品种之间的遗传距离,将8个兔品种分为3大类:苏系长毛兔、皖系长毛兔、美系獭兔、九疑山兔和闽西南黑兔聚为第1类群,新西兰白兔和福建黄兔聚为第2类群,比利时兔为第3类群。[结论]该研究可为家兔种质资源的有效保护和合理利用提供理论依据。     

微卫星标记OarFCB128在5个绵羊品种中的遗传多样性研究

[目的]研究微卫星标记OarFCB128在5个绵羊品种中的遗传多样性。[方法]利用微卫星标记OarFCB128对5个绵羊品种（藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特）的基因频率、多态性信息含量、有效等位基因数和杂合度进行分析。[结果]微卫星标记OarFCB128在藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特中的多态信息含量、有效等位基因数及群体杂合度分别是0.8404、0.8922、0.9075、0.9094、0.7728,7.2414、11.5140、12.6820、12.8750、5.2674,0.8619、0.9131、0.9211、0.9223、0.8102。[结论]微卫星标记OarFCB128在绵羊品种中的多态性丰富,可用于绵羊遗传多样性评估。     

用微卫星标记评估中国水稻主栽品种的遗传多样性

【目的】为正确评估中国水稻(Oryza sativa L.)主栽品种的遗传多样性提供依据。【方法】应用位于水稻)12条染色体上已筛选的24个微卫星(simple sequence repeats, SSR)标记组合（每条染色体2个），分析63个主栽常规稻品种和杂交稻组合亲本(2002年推广面积达6.67×104 ha（100万亩）)的遗传变异。【结果】共检测到135个等位基因，平均每个标记5.6个；多态性频率（frequency of polymorphisms, FP）变动范围为0.486～0.840，平均0.682。水稻恢复系比保持系/不育系遗传差异大；与常规籼稻品种相比，常规粳稻品种的遗传多样性较低。聚类分析表明，中国籼稻品种主要来自华南稻区和长江流域稻区，粳稻品种则分布于北方稻区和太湖流域(江苏和浙江省)，表现出明显的地域分布特点。【结论】作者认为，应用微卫星标记所作的中国水稻品种聚类分析与传统系谱分析趋势一致，结果更为精确。     

部分黄牛品种(群体)遗传多样性分析

 用 4个微卫星位点分析了延边牛、南阳牛、西门塔尔牛、皮埃蒙特杂种牛和韩国牛的遗传结构。结果表明 ,4个位点平均基因多样性为 0 .5 7,IDVGA 11位点最高 ,为 0 .6 6 ;5个品种的遗传多样性平均为 0 .5 7,南阳牛达0 .6 6 ,延边牛和韩国牛的多态性相对较低 ,西门塔尔、皮埃蒙特杂种的观测多样性明显低于期望的多样性 ,反映存在选择和近交 ;延边牛和韩国牛、西门塔尔牛与皮埃蒙特杂种牛之间有很高的基因流 ,说明它们的来源相近 ,由于品种间杂交 ,延边牛和西门塔尔牛、皮埃蒙特杂种牛和南阳牛之间也有较大的基因流 ;群体间遗传距离与基因流结果相符。     

SPF莱航鸡种群的微卫星多态性分析

【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。