黑龙江省主栽马铃薯品种遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术,对黑龙江省34份马铃薯主栽品种遗传多样性进行分析。结果显示,从45对引物中筛选出20对引物能在34份马铃薯品种间扩增出较好多态性片段,共扩增出DNA条带170条,多态性条带84条,多态性比率为49.4%,每对引物平均可扩增出4.2条多态性条带。聚类分析表明,34份马铃薯品种间相似系数为0.514~0.903,平均相似系数为0.671;供试材料可分为3大类7亚类。研究表明,黑龙江省主栽马铃薯品种的遗传相似性较高,遗传多样性程度较低。     

贵州马铃薯栽培品种遗传多样性的SRAP分析

为辅助育种中合理选配亲本,减少育种的盲目性,加快遗传改良进程提供可靠依据,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对11份马铃薯栽培品种的遗传多样性进行分析,利用随机的40对SRAP引物对11份马铃薯品种的基因组DNA进行特异扩增。结果表明:20对引物扩增出55个多态性条带,多态性引物比达24%,平均每对引物产生2.9个多态性条带;11份马铃薯品种间的SRAP标记遗传相似系数为0.18～0.95,当遗传相似系数为0.53时,将11份品种分为2大类群,其中,第Ⅰ类群可进一步分为Ⅰ-A和Ⅰ-B 2个亚簇;聚类分析表明,参试马铃薯品种间的遗传多样性相对丰富,遗传差异较大。     

苦楝SRAP分子标记及遗传多样性分析

[目的]为快速分析苦楝Melia azedarach不同种源提供方法,揭示苦楝遗传多样性,为苦楝的开发、利用及选择育种提供一定的理论依据.[方法]从783对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,对苦楝国内全分布区的37个种源和肯尼亚1个种源样品进行SRAP遗传多样性分析.[结果]20对引物组合共扩增出242条谱带,其中多态性条带101条,多态性百分率平均值为40.89％,每对引物组合扩增条带5～17条,平均每对引物扩增条带12.1条;其多态性信息量(Polymorphism information content,PIC)值介于0.188 ～0.488,平均值为0.299.基于UPGMA法聚类以0.350为阈值可将38个苦楝种源划分为7类,在此基础上,去掉2个种源,将其余36个种源划分5个地理类群.[结论]SRAP分子标记可以很好地反映苦楝的遗传多样性,聚类类群划分结果有明显的地理趋势和气候生态特征.     

苦楝SRAP分子标记及遗传多样性分析

【目的】为快速分析苦楝Melia azedarach不同种源提供方法,揭示苦楝遗传多样性,为苦楝的开发、利用及选择育种提供一定的理论依据。【方法】从783对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,对苦楝国内全分布区的37个种源和肯尼亚1个种源样品进行SRAP遗传多样性分析。【结果】20对引物组合共扩增出242条谱带,其中多态性条带101条,多态性百分率平均值为40.89%,每对引物组合扩增条带5~17条,平均每对引物扩增条带12.1条;其多态性信息量（Polymorphism information content,PIC）值介于0.188~0.488,平均值为0.299。基于UPGMA法聚类以0.350为阈值可将38个苦楝种源划分为7类,在此基础上,去掉2个种源,将其余36个种源划分5个地理类群。【结论】SRAP分子标记可以很好地反映苦楝的遗传多样性,聚类类群划分结果有明显的地理趋势和气候生态特征。     

SRAP分子标记分析糯玉米自交系的遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对46个糯玉米自交系进行遗传多样性研究及杂种优势群划分。结果表明:46个糯玉米自交系可分为9个类群,分析结果与这些自交系综合性状的差异性表现基本一致。参照部分糯玉米自交系进行的配合力测试结果来看,高产组合的双亲基本都在不同的类群,而类内杂交较难产生优良的杂交组合,这也从实践角度说明SRAP标记技术对糯玉米杂种优势群的划分是合理可信的。     

基于 SRAP 分子标记分析果桑种质资源遗传多样性

选取适宜海南地区生长的34份果桑资源,通过可靠的SRAP分子标记技术,进行果桑种质的遗传多样性分析研究,探索果桑种质之间的亲缘关系。结果表明：从100对SRAP引物组合中筛选获得16对扩增多态性高的引物组合,共扩增清晰的条带108条,其中多态性条带93条,平均多态性比率为86.11%,平均每对引物组合扩增6.75条。针对遗传多样性指数进行分析,结果表明,观测等位基因数（Na）为1.8704,有效等位基因数（Ne）为 1.5200,Nei''s 基因多样性指数（H）为 0.3022,Shannon''s 信息指数（I）为 0.4510。统计遗传相似系数为0.491~0.954,表明34份果桑种质之间遗传多样性比较高。根据UPGMA 聚类分析图,在遗传相似系数为0.32处,供试34份果桑种质可归属为五大类群,其中第Ⅰ类群27 份,占 79.41%,包括大部分果桑供试材料;第Ⅱ类群3 份种质,占8.82%,分别为嘉陵30号、云桑2号、本地桑HNQZ01;第Ⅲ类群和第Ⅳ类群各1份种质,分别为红宝石和长果桑,分别占 2.94%;第Ⅴ类群包括 2份种质,分别为香金葚、长相思,占5.88%。研究结果将为果桑种质资源的鉴定、评价及优良品种选育提供科学依据。     

苦荞地方品种SRAP标记遗传多样性分析

利用从120对SRAP标记中筛选出的多态性丰富的23对引物组合,分析主要来源于湖北鄂西南地区的28份苦荞麦农家品种的遗传多样性。聚类分析结果表明,28份苦荞麦品系分属两大不同的类群,第一大类包括3个不同的亚类;第二大类包括两个亚类。主成分分析结果显示,两大类群间存在相互渗透的情况,说明材料间存在一定的亲缘关系和种质渗透。经综合比较分析,推断湖北省鄂西南地区是我国苦荞麦的一个生态分布中心。     

辽宁地区主栽杨树品种的SRAP标记遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术对17个采自辽宁不同地区的杨树材料进行了遗传多样性研究。结果表明:利用31对SRAP引物共扩增出685个多态性条带,平均每个引物扩增出23.2条带,多态性比率为95.3%,各品种之间的遗传相似系数在0.3622～0.9475,平均相似系数为0.6549。通过UPGMA聚类分析将17个杨树材料分为4个群,其划分结果与传统分类基本一致,证明SRAP标记是一种适于杨树遗传多样性研究的分子标记技术。聚类结果表明,品种间遗传差异最小是银中杨和毛白杨,差异最大的是意大利45杨和毛白杨;2个小胡杨的种内遗传差异最小,而2个意大利45杨的种内遗传差异较大。     

基于SRAP标记的任豆遗传多样性分析

【目的】研究任豆Zenia insignis种群遗传多样性,为有效保护任豆种质资源并进行遗传改良提供理论基础。【方法】在建立任豆SRAP-PCR反应体系的基础上,对17个任豆种源进行遗传多样性分析,并利用UPGMA聚类分析,对任豆种源进行类群划分。【结果】12对引物组合共扩增出151条带,平均每对引物获得12.58条。其中,多态性条带106条,平均每对引物8.83条,平均多态率为70.39%。种源间多态位点比率为38.96%~72.73%,平均为59.66%;基因多样性指数为0.175 5~0.313 3,平均为0.256 8;Shannon信息指数为0.249 4~0.450 2,平均为0.369 1;观测等位基因数(na)为1.519 5~1.727 3,平均达1.600 0,种源水平的na为1.724 9;有效等位基因数(ne)为1.330 5~1.577 3,平均达1.471 3,种源水平的ne为1.502 6;种源间的遗传一致度为0.703 1~0.886 5;遗传距离为0.120 5~0.352 3。根据聚类结果,将任豆17个种源分为3个地理类群:第1类为广西和贵州种源,第2类为广东、湖南和广西种源,第3类为云南种源,地理距离相近的种源基本上聚在同一类。【结论】任豆种源间和种源个体间均存在较丰富的遗传多样性,且种源内更丰富,遗传改良时应更注重种源内个体的选择。任豆种源间基因流不高,且根据聚类结果划分的3个类群的地理格局明显,应是由任豆特定的生活环境造成的隔离所致。     

基于SRAP分子标记的油梨种质资源遗传多样性分析

【目的】基于SRAP分子标记分析油梨种质资源的遗传多样性,为油梨种质资源新品种选育及创新利用提供理论依据。【方法】以50份油梨种质为材料,从184对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰且多态性较好的引物组合,利用其对油梨种质材料进行PCR扩增,基于扩增结果,利用PopGene 1.32计算遗传多样性指数;利用NTSYS 2.1的UPGMA （非加权组平均法）计算遗传相似系数,并进行聚类分析。【结果】从184对SRAP引物组合中筛选出17对扩增条带清晰且多态性较好的引物,利用该17对引物对50份供试油梨种质材料进行PCR扩增,共扩增出322条条带,其中多态性条带有206个,平均每条引物扩增出12.12条,多态比率为63.75%。50份油梨种质材料的观测等位基因数（N_a）为1.0844~1.4034,平均为1.2493;有效等位基因数（N_e）为1.0067~1.6028,平均为1.3390;Nei’s遗传多样性指数（H）为0.0642~0.1466,平均为0.1439;Shannon’s信息指数（I）为0.0634~0.1759,平均为0.1308。大岭2号与油梨种质4号的遗传一致度最高（0.9237）,遗传相似系数最大（0.92）,同时二者之间的遗传距离最小（0.1365）,表明大岭2号与油梨种质4号种质间的亲缘关系最近。油梨种质5号与Fuerte间的遗传一致度相对最小（0.3765）,且二者间的遗传距离最大（0.8253）,说明油梨种质5号和Fuerte的亲缘关系相对最远。在遗传相似系数0.48处,50份油梨种质被分为四大类群,海南白沙油梨种质集中在第Ⅲ类群,海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质在第Ⅰ、Ⅱ和Ⅳ类群中均有分布,表明海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质的遗传多样性均较丰富。【结论】海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质的遗传多样性相对较丰富,可为油梨亲本选配和育种等方面的创新利用提供材料基础。     

基于ISSR分子标记的冬种马铃薯品种遗传多样性分析

以引进的冬种马铃薯品种为研究对象,通过ISSR-PCR分子标记技术对36个马铃薯品种进行分子标记鉴定,分析其遗传多样性,用DNA提取试剂盒提取马铃薯总DNA,筛选合适的引物,建立PCR扩增体系.结果表明:提取的总DNA质量较好,利用筛选出的9个引物经过PCR扩增后共得到81条清晰的条带,平均多态性条带比率达80.25％;聚类分析结果表明,36个马铃薯品种之间的遗传相似系数为0.78～0.91,以遗传相似系数0.80为阈值可以把36个马铃薯品种分为4大类,为冬种马铃薯的选育提供理论依据.     

芦笋种质资源的SRAP遗传多样性分析

为了更深入地揭示芦笋品种（系）的遗传多样性,本研究采用SRAP技术对国内外12 个芦笋栽培种和杂交种的遗传多态性进行分析。结果表明,从170 对引物中筛选出29 对多态性强、条带清晰的引物,每对引物产生12~36 条谱带,共产生551 条谱带,其中多态性条带343 条,占总带数的61.21%。平均每个引物扩增的DNA带数是20.41 条,多态性带数是12.7 条。采用NTSYSpc2.1 软件对SRAP扩增结果进行聚类分析,12 份芦笋材料的相似系数在0.39~0.97 之间,平均相似系数为0.69。在Coefficient=0.69处划等值线,可将12份芦笋材料划分为4类。第一类：‘鲁芦笋一号’、‘88-5’、‘格兰德’、‘07-1’和‘06-6’。第二类：‘阿波罗’、‘泽西巨人’和‘阿特拉斯’。第三类：‘西班牙达玛斯’。第四类：‘荷兰全雄’、‘UC800’和‘西德全雄’。     

基于SRAP标记的国兰种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建

【目的】探究国兰种质资源遗传多样性水平,并构建分子指纹图谱及分子身份证,为在分子水平上鉴定国兰种质提供技术支撑,也为国兰种质资源开发、保存利用及种质创新奠定基础。【方法】以收集于华南及邻近地区的139份国兰栽培品种和野生种质为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,由13条正向引物和16条反向引物随机组成208对SRAP引物,每对引物用品种‘宋梅’和‘大勋’扩增产物进行筛选;PCR扩增产物应用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳胶图进行人工读带,并计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数,并进行遗传多样性分析。用NTSYS-pc2.10e软件UPGMA方法进行聚类分析,并计算遗传相似性系数。采用引物对组合的方法,构建139份国兰种质资源数字指纹图谱。【结果】从208对SRAP引物中共筛选出17对多态性好且重复性高的引物,对供试材料进行PCR扩增,共扩增出DNA条带489条,其中多态性谱带484条,多态性比率(PPB)为98.89%,观测等位基因数平均值为2.00,多态性信息含量平均值为0.94,每个位点的有效等位基因数平均值为1.49,Nei’s基因多样多样性指数平均值为0.30,Shannon信息指数平均值为0.45。UPGMA聚类分析表明,139份国兰种质资源的遗传相似系数变化范围为0.51-0.91。在相似系数为0.70时,可划分为6个类群。用SRAP多种引物组合方法可有效区分所有材料,并构建出139份国兰种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。根据聚类结果可以将国兰种质分为４组：一为春兰组,由春兰种质单独构成;二为建墨兰组,主要由建兰和墨兰种质组成;三为寒蕙兰组,主要由寒兰、蕙兰和杂交系组成;四为剑莲兰组,由春剑和莲瓣兰种质组成。而四组之间剑莲兰组与寒蕙兰组亲缘关系最近,与建墨兰组次之,与春兰组亲缘关系较远。【结论】所试国兰种质具有较丰富的遗传多样性水平,基于17对SRAP引物组合所构建的139份国兰种质的分子身份识别体系具有唯一性和高效性,SRAP标记是在分子水平鉴定国兰种质的有效方法之一。     

基于ddRADseq的马铃薯品种遗传多样性分析

[目的]收集国内外马铃薯品种(系)资源,研究马铃薯种质群体结构和遗传多样性,开发SNP分子标记,为马铃薯品种鉴定、分子标记辅助选择育种奠定基础.[方法]提取马铃薯嫩芽基因组DNA,利用限制性内切酶MseI和SacI进行双酶切建库,质量检测合格后用Illumina HiSeq平台进行双末端测序,用BWA软件将测序数据与马...     

利用SRAP标记分析春兰种质资源遗传多样性

利用SRAP分子标记对42份春兰品种及1份多花兰、1份春剑及3份杂交兰进行遗传多样性分析。筛选出的15对引物组合共扩增出185个位点,其中多态性位点184个,平均每对引物组合产生12.27个多态性位点。引物组合Me8-Em16的Nei’s基因多样性数H（0.3993）、shannon信息指数I值（0.5794）和有效等位基因数Ne（1.7280）都是最高值。47份材料的遗传相似系数变化范围为0.63~0.80,UPGMA 聚类分析表明,在遗传相似系数为0.662处,将47份材料划分成五大类群.本研究较好地揭示了47份材料亲缘关系的远近,为春兰各品种间的分类和杂交亲本的选择提供重要理论依据。     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

水稻育成品种遗传基础的宽窄及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素。为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择,选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的18个粳稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,选取的30对SSR引物有28对具有多态性,多态性位点百分率为93%。这些多态性引物在18个材料中共扩增出144条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均5.14/位点。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将18份材料分为4个类群,同一生态型的稻种基本聚为一类,部分不同生态型的稻种聚在一起,说明这几个品种之间有了一定的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。育种亲本的选择不能单单考虑生态型。     

微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析

从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段     

文心兰种质遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记分析文心兰部分种质资源的遗传多样性,采用30对引物组合对33份文心兰种质进行扩增,从中筛选出19个多态性较高的引物组合,共产生277条多态性条带,平均每个引物组合产生14．6个多态性条带,相似系数在0．280-0．927。通过聚类分析发现,在值为0．37时,可将33份文心兰种质划分为4大类群。第1类厚叶大花品种,第1I类为厚叶小花品种,第III、第Ⅳ类均为薄叶品种。结果表明,文心兰种质的聚类与其遗传背景有很大的关系。