16S rRNA与Vitek-32对临床感染猪肠球菌鉴定结果比较

【研究目的】旨在研究两种常用的细菌分型方法对感染猪的肠球菌鉴定结果进行比较。【方法】对从河南洛阳、济源、许昌、南阳等地送检病猪体内分离到42株革兰阳性球菌分离纯化后,分别用16S rRNA基因序列和Vitek-32全自动细菌鉴定系统对其进行鉴定。【结果】Vitek-32对42株分离菌中的34株鉴定到种的水平,分别是粪肠球菌(E. faecalis) 10株、屎肠球菌(E. faecium) 2株、铅黄肠球菌(E. casseliflavus) 22株;另有8株未成功鉴定。16S rRNA基因序列分析对42株分离菌成功进行了鉴定,分别为粪肠球菌12株,屎肠球菌30株。通过对两种方法鉴定结果比较发现,Vitek-32鉴定的10株粪肠球菌中除1株被16S rRNA鉴定为屎肠球菌外,其余9株均相同;Vitek-32鉴定的2株屎肠球菌与16S rRNA鉴定结果相同;Vitek-32鉴定的22株铅黄肠球菌除了1株被16S rRNA鉴定为粪肠球菌外,其余全部被鉴定为屎肠球菌;8株未被Vitek-32鉴定的肠球菌中,16S rRNA将其鉴定为2株粪肠球菌和6株屎肠球菌。【结论】在感染猪的肠球菌分型鉴定中,Vitek-32对粪肠球菌鉴定结果与16S rRNA比较具有较高的一致性（75％）;而对于屎肠球菌的鉴定结果与16S rRNA比较出现了较大的差异（93.3％）。     

仔猪感染粪肠球菌的病原鉴定及病原特性初报

旨在对引起河南省三门峡某猪场肥育仔猪发病死亡的病原菌进行鉴定,并对其病原特性进行初步分析。用常规手段分离纯化可疑病原菌,观察其形态染色特性和培养特性,然后利用Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行生化特性鉴定,并进一步检测分离菌株的明胶酶和溶血素等毒力因子表型及其药物敏感性。结果表明：①经细菌分离纯化,得到2个呈链状排列的G＋球菌分离株,分别命名为HE1和HE2株。②经Vitek-32全自动细菌鉴定系统鉴定,2株分离菌均为粪肠球菌（E. faecalis）。③毒力因子表型试验表明,HE1和HE2均具有溶解明胶的能力,且能裂解兔红细胞,其中HE1呈现β型溶血,HE2呈现α型溶血。④动物试验表明,分离菌株对小鼠具有致死作用,其中HE1毒力更强。家兔对上述分离株具有一定耐受性,仅表现出临床症状但不死亡。⑤药敏结果显示分离菌对万古霉素、替考拉宁、利富平和氨苄西林敏感,对诺氟沙星、红霉素、卡那霉素和四环素耐药。粪肠球菌感染可以导致仔猪发病死亡,但不同的粪肠球菌分离株对动物的致死能力有差异。     

零售鲜猪肉中肠球菌的鉴定与毒力基因检测

2007年～2008年间,分别从郑州市5个农贸市场鲜猪肉销售摊点采集了52份猪肉样品,经细菌分离得到30株疑似肠球菌,通过细菌形态学和培养特性的观察,并采用Vitek-32全自动细菌鉴定系统对其进行分析,最终鉴定为肠球菌,其中粪肠球菌(E. faecalis)16株、屎肠球菌(E. faecium)4株、铅黄肠球菌(E.casseliflavus)6株、鸟肠球菌(E.avium)2株、鹑鸡肠球菌(E. gallinarum )2株。药敏试验结果表明：肠球菌对呋喃妥因、万古霉素、替考拉宁和氨苄青霉素有较高的敏感性,对四环索、卡那霉素和红霉索的敏感性较低。经过对肠球菌6种公认的毒力基因cylA、gelE、efaA、ace、AS和esp的检测,发现分离株携带毒力基因不同,7号粪肠球菌携带6种,而12号屎肠球菌则全部为阴性,其它菌株则携带1～5种不等的毒力基因。     

乳酸片球菌的分离鉴定与益生功能的初步研究

为了获取作为微生态制剂的候选菌株。本研究从鸭的空肠内容物中分离到22株乳酸菌,并对菌株ZW001进行研究。通过形态、生理生化、16S rDNA序列分析及系统发育树构建,鉴定为Pediococcus acidilactici（乳酸片球菌）。而且从耐酸、耐胆盐、耐高温及抑菌方面,研究其益生功能。结果表明：乳酸片球菌ZW001具有较好的抗逆性和抑菌特性。总之,菌株ZW001可以作为益生菌的候选菌株应用于饲料工业。     

多菌灵降解菌XJ-D的分离鉴定及特性研究

为了进行多菌灵污染土壤的生物修复,笔者从长期施用多菌灵农药的葡萄园中分离筛选得到1株多菌灵降解菌XJ-D,经Biolog微生物自动分析系统和16S rDNA序列比对,以及系统聚类分析等鉴定菌株XJ-D为红串红球菌（Rhodococcus erythropolis）。多菌灵降解菌XJ-D可利用多菌灵为唯一碳源、氮源进行生长,将其接种在600 mg/L多菌灵的无机盐培养基中,11天时多菌灵的降解率达99.0%,平均降解能力为52.87 mg/(L?d)。     

一例鸡金黄色葡萄球菌感染的分离与药敏试验

采集鸡关节肿胀渗出液、骨髓等进行细菌分离,对分离菌进行形态学观察、革兰氏染色、PCR鉴定、16S rDNA序列测定和药敏试验。经分离培养试验,从病鸡采集样品中分离出1株,在LB固体培养基上呈圆形,表面光滑湿润整齐有隆起,普通PCR检测16S rDNA结果呈阳性,细菌16S rDNA核酸序列Blast比对结果显示为葡萄球菌。分离菌对萘啶酸、磺胺复合物、氧氟沙星、环丙沙星、诺氟沙星具有耐药性。     

龙眼采后腐烂相关细菌与真菌的分离与鉴定

采用稀释涂布平板法,从龙眼腐烂果实中分离细菌和真菌,并结合菌落形态观察以及16S rDNA和ITS序列分析对所分离的细菌和真菌进行鉴定。结果表明,采用稀释涂布平板法,从龙眼腐烂果实中分离得到11株细菌和7株真菌。菌落形态观察以及16S rDNA和ITS序列分析结果表明,所分离的细菌主要鉴定为奥斯陆莫拉菌、短小芽胞杆菌、柠檬明串珠菌、肠膜状明串珠菌和东方醋酸菌。所分离的真菌主要鉴定为淡色生赤壳菌、葡萄座腔菌科真菌、间座壳菌、疖葡萄座腔菌和木贼镰孢菌。从龙眼腐烂果实中分离到的细菌和真菌目前在龙眼采后病害中未见相关报道,对于其致病性检测还有待于进一步的回接验证,以明确导致采后龙眼果实腐烂的主导微生物。     

一株有机磷农药高效降解菌的筛选及酶学性质研究

为了从有机磷农药严重污染的土壤中分离筛选出一株有机磷农药高效降解菌,并对其进行鉴定及其酶学性质研究。通过有机磷农药驯化培养、形态学和生理生化特性及其16S rDNA序列分析等试验对其进行了初步鉴定,并初步研究了pH值、温度、底物及金属离子等外界因素对其粗酶液酶学性质的影响。分离筛选出一株有机磷农药高效降解菌J7-4,经形态学和生理生化特性及其16S rDNA序列分析等试验,初步将其鉴定为施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri),其降解酶为胞内酶,该酶最适pH为9.0,最适反应温度为45℃;最适底物为甲基对硫磷,并且该酶具有广谱降解特性;Mg2+、Ca2+等金属离子对其有不同程度的激活作用,Co2+、Cr3+对该酶有轻微的抑制作用,而Mn2+、Fe3+、Zn2+、Al3+、Hg+、Cd2+、Ba2+、Ag+对该酶有强烈的抑制作用。成功地从有机磷农药严重污染的土壤中分离筛选出了一株有机磷农药高效降解菌J7-4,并对其降解酶的性质进行了初步研究。     

乳酸高产乳酸菌株的分离与筛选

乳酸作为一种天然有机酸广泛应用于食品、纺织业、化学和制药工业。为了满足乳酸的市场需求,降低生产成本,筛选高产乳酸菌株并应用于工业生产成为当前研究的重点。本研究从自然酸菜发酵液中分离筛选出一株乳酸高产的乳酸菌11MZ-5-1,发酵72 h时,乳酸含量达(24.88±0.21)g/L。利用生理生化及16S r DNA序列分析法对菌株进行鉴定,构建系统发育树,确定种属地位。结果表明,菌株11MZ-5-1的生长温度范围为20~45℃,最适生长温度为30~37℃;Na Cl耐受浓度为0%~12%,最适生长范围为0%~4%;p H耐受范围为3.5~7.5,最适生长为p H 5.5~6.5。16S r DNA部分序列长度为1438 bp,与干酪乳杆菌Lactobacillus casei str.Zhang相似性最高,达99%。结合形态学观察及理化特性,该菌株鉴定为L.casei。L.casei 11MZ-5-1产酸量高,作为食品发酵剂可以缩短发酵周期,抑制杂菌生长,在乳酸工业生产领域有广泛的应用前景。     

含羞草、山蚂蟥等几种豆科植物根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP分析

为揭示云南省豆科植物根瘤菌的资源多样性,采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析技术对云南省8个地区含羞草、山蚂蝗等几种不同豆科植物分离的48株根瘤菌菌株进行了遗传和表型多样性研究。16S rDNA PCR产物经HinfⅠ、MspⅠ、RsaⅠ和HaeⅢ4种内切酶消化后产生22种遗传图谱类型;数据经MVSP3.0软件聚类后,所有供试菌株在70%的相似性水平上分为4个分支,经16S rDNA全序列分析,确定分支Ⅰ为伯克霍尔德属(Burkholderia)类群,含1株菌株;分支Ⅱ为贪铜菌属(Cupriavidus)类群,含5株菌株;分支Ⅳ为根瘤菌属(Rhizobium)类群,包括29株菌株;而分支Ⅲ没有和参比菌株聚在一起,经测序为狭长平胞属(Stenotrophomonas)类群。通过对菌株的抗生素抗性、耐盐性、生长温度范围、BTB产酸产碱反应以及对3-酮基乳糖利用情况共计28个表型性状测定,结果显示所有菌株耐盐性较强,多数菌株可耐受60℃的高温。实验表明,分离自云南省的这些菌株具有丰富的遗传和表型多样性。     

缢蛏致病菌气单胞菌的分子生物学鉴定

从患病缢蛏（Sinvnovacula constricta）中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌。对该菌株的16S rDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对。16S rDNA序列分析表明：12#菌与多株气单胞菌的16S rDNA的同源性均在95%以上。在细菌系统分类学中应归属于气单胞菌属。从构建的系统发育树中可以看出：12#菌与点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）。     

聚乙烯醇(PVA)降解菌1-21的筛选及鉴定

摘要：聚乙烯醇（以下简称PVA）废水污染严重,生物方法降解PVA可显著降低处理废水的成本,因此筛选高效PVA降解菌对PVA废水的治理十分重要。采集的土壤样品经85℃水浴及富集培养,并采用I2-KI及硼酸染色法进行初筛,初筛选到PVA降解菌9株,初筛菌株经摇瓶发酵培养并对其发酵液进行PVA降解酶酶活力测定,复筛得到4株PVA降解酶酶活力较高的菌株,其中菌株1-21的酶活最高为1.136 U/mL,通过对该菌株形态学观察、生理生化实验及16S rDNA序列分析,初步鉴定该菌株属于为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）,与相应标准菌株BCRC 11601的16s RNA序列相似度达99.77%,为用生物方法高效处理PVA废水提供优势菌株。     

耐低温兼性厌氧淀粉酶产生菌Y89的筛选及酶学特性

从石家庄污水处理厂活性污泥中筛选得到一株兼性产淀粉酶菌株Y89,经形态学、生理生化和16S rDNA序列分析,鉴定为类芽胞杆菌属 (Paenibacillus sp.)。该菌株为耐低温菌,它的最适生长温度为16℃,最适氯化钠浓度5%,最佳pH值为6.0,pH 5.0-9.5范围内均能生长, 培养72-124h为生长稳定期,在40℃进行水浴反应,该菌株酶活较高,为386.13U/ml。     

一株贝莱斯芽孢杆菌的分离与鉴定

为获得高温高效分解茶渣的菌株。利用高温特殊生境分离方法,从废弃茶渣中分离到有分解茶渣作用的5株菌,其中Fb菌株产生的蛋白酶、纤维素酶的活力均最高。经形态学、生理生化特性以及生长特性等研究,并克隆Fb菌株的16S rDNA基因序列和gyrB基因序列,进行系统发育学分析。结果表明,Fb属贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),可耐受55℃的高温。最适生长条件为：装液量30 mL、摇床转速分120 r/min、培养温度42~45℃、初始pH 5.0~7.0、培养时间16 h、盐度1.0%~6.0%。本研究首次在茶渣中分离筛选出贝莱斯芽抱杆菌,为茶渣开发研究提供理论依据。     

松毛虫肠道产蛋白酶菌株的筛选鉴定及培养条件研究

为了获得产蛋白酶能力高的细菌资源。采用酪蛋白平板法从松毛虫肠道中分离筛选得到16株产蛋白酶的菌株。通过比较透明圈大小和测定发酵后酶活力,筛选出一株产酶能力较高的菌株2N01。根据序列比对结果,构建关于2N01的系统发育树,将其鉴定为Enterobacter hormaechei。研究培养条件对该菌株生长的影响,确定2N01产酶培养的最适温度是40℃,最适pH 8.0,培养72 h左右出现产酶峰值,酶活力达50.07 U/mL。通过研究表明,菌株2N01是产蛋白酶的较好材料,具有一定的应用前景。     

一株病原真菌拮抗菌的分离与鉴定研究

本实验室从食用菌的栽培料从分离得到一株产抗真菌物质的菌株MAF-1。经检测其对1株土壤未知真菌、一些炭疽病菌、木霉、梢腐病原菌具有良好的抑制效果。经生理生化实验及16S rDNA 同源性序列分析,鉴定该菌株为短小芽孢杆菌属(Bacillus pumilus)。     

番茄灰霉病菌拮抗细菌B21的鉴定

对分离于叶片表面能较强抑制番茄灰霉病菌生长的拮抗细菌B21菌株进行了鉴定。通过形态特征、生理生化特征观察,利用PCR技术对菌株B21 16S rDNA序列作全序列分析,序列结果在GeneBank中进行Blast同源序列检索,再用DNAStar软件与Bacillus属的其它种进行同源性分析,结果显示B21与已报道的B. subtilis 16S rDNA序列（登陆号AY172513）有99.93%的相似性,且两者在系统发育树中处于同一个分支。确定B21为枯草芽孢杆菌（B. subtilis）的一个菌株。     

兔源抗动物腹泻益生菌Tu-1的分离、鉴定及耐受性研究

本研究旨在从健康兔肠道内分离出一株对大肠杆菌有拮抗活性的菌株,并对其鉴定到属。选用平板抑菌圈法,从兔子盲肠中分离得到64株对大肠杆菌有拮抗作用的细菌,对其中14株拮抗作用较强的菌株进行了复筛,其中抑菌圈直径大于20mm的4株,抑菌圈直径在15mm~20mm的8株,另外2株拮抗作用较小,其中Tu-1对大肠杆菌的拮抗作用最强,抑菌圈直径达到21.4mm。在耐受性实验中,Tu-1对酸性环境、胆酸盐和高渗透压均表现出耐受性。对其形态及生理生化特征进行了研究分析,发现与芽孢杆菌相似,将所测得的16S rDNA序列用BLAST软件在GenBank数据库中进行比对,选取序列相似性高的菌株,用Clustal X(1.8)软件进行16S rDNA相似性分析,Neighbor-Joining法构建系统发育树。Tu-1与Bacillus velezensis的相似性水平均达到99.77%,鉴定该菌为Bacillus velezensis。