属(Hemibarbus)三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚/氯仿提取法提取了唇、花和长吻鱼鳍组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1140bpCytb基因片段,纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3.1软件分析,并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明:(1)三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13.7%,变异位点201个,转换颠换比为4.6;(2)属三种鱼类成一单系群,唇与花亲缘关系较近。     

钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究

为研究钱塘江粗唇(鮠)与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇(鮠)的细胞色素b基因片段序列.用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树.     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术,对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段,序列碱基组成平均是T为29．1％,C为32．3％,A为23．2％,G为14．0％,A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G,平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中,亮氨酸（Leu）所占的比例最高,为16．03％。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

盘丽鱼属鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列和亲缘关系分析

通过测定盘丽鱼属鱼类绿盘丽鱼(S.aequifasciataaequifasciata)、褐盘丽鱼(S.aequifasciataaxelrodi)和盘丽鱼(S.discus)线粒体DNA细胞色素b(mtDNAcytb)基因全序列,结合对GenBank中蓝盘丽鱼(S.aequifasciataharaldi)该序列的比较分析,共检测到23个变异位点,占全序列的2.02%,其中22个为转换,1个为颠换,碱基替换多发生在密码子的第三位点。盘丽鱼与其它3种盘丽鱼属鱼类的遗传距离在0.005～0.01之间,而绿盘丽鱼、褐盘丽鱼和蓝盘丽鱼彼此间的遗传距离在0.012～0.014之间,由此推测盘丽鱼似还没有分化到种的水平;本文还在绿盘丽鱼、褐盘丽鱼、蓝盘丽鱼和盘丽鱼4种盘丽鱼属鱼类的cytb基因比较分析的基础上构建了系统进化树。     

南海金线鱼属Nemipterus鱼类COⅠ和Cyt b基因片段的比较分析

基于线粒体细胞色素b(Cyt b)和细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,运用PCR直接测序法,对采自南海的金线鱼(Nemipterus virgatus)、日本金线鱼(N.japonicus)、深水金线鱼(N.bathybius)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)及GenBank中的六齿金线鱼(N.hexodon)、裴氏金线鱼(N.peronii)及红金线鱼(N.furcosus)的序列进行了分析,并比较分析了它们间的序列差异。Cyt b基因序列片段(425 bp)和COⅠ基因序列片段(507 bp)的分析均显示日本金线鱼和红棘金线鱼之间序列差异和遗传距离均最小,COⅠ基因片段中为分别0.25%和0.003,Cyt b基因片段中为0和0,两者亲缘关系非常近;几种金线鱼之间尚未达到属的水平,裴氏金线鱼仍属于金线鱼属;两目的片段的NJ系统树均显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂在一起聚为一支,而日本金线鱼和苏门答腊金线鱼属于不同的发育分支;红棘金线鱼和日本金线鱼是最新分化种,金线鱼则是最早分化种;几种金线鱼类的分化时间大约在中更新世时期。比较属间的系统发育关系,旨在为金线鱼属鱼类分类提供依据,进而对鱼类资源的评估与保护措施提供基础参考。     

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140bp,A、T、G、C含量分别为313（28％）、358（31％）、170（15％）、300（26％）,A＋T〉C＋G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33．4％,G的使用率较低,为17．1％;密码子第3位A的使用率高,为34．2％,而G的使用率较低,仅为7．9％;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11．％,远高于其他氨基酸。     

4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析

从鲷科鱼类中黄猪鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalusM)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA扩增出约430bp的细胞色素b(Cytb)基因，经Clastal X同源排序后得408bp序列，对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius turnifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30．7％)，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生在密码子的第3位点。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21．7％。用MEGA2．1软件中的NJ法构建的分子系统树，将上述8种类分为4组，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点一致；而传统分类上把犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷归为3个不同属，在本研究分子系统树中，这3个属却聚成一支。本研究目的在于从分子水平上阐明鲷科鱼类的分类与系统进化关系。     

基于细胞色素b基因序列的鲌亚科鱼类系统发育研究

采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属(Parabramis)间、鲌属(Culter)与原鲌属(Cultrichthys)间、细鳊属(Rasborinus)与半属(Hemiculterella)、属(Hemiculter)间有较近的亲缘关系,在系统演化关系上,细鳊属、半属、依氏鱼属(Ishikauia)较为原始,鲌属与原鲌属、鲂属与鳊属互为姐妹群,为较特化群。     

小沙丁鱼属鱼类Cytb序列的比较分析

对小沙丁鱼属中的青鳞小沙丁鱼、裘氏小沙丁鱼、金色小沙丁鱼、天立体小沙丁鱼线粒体细胞色素b基因部分序列(402 bp)进行测定,并比较分析了种间的序列差异.10尾样品中共检测到9种单倍型.同源基因序列分析显示T、C、A、G碱基的平均含量分别为:28.9%、28.2%、23.9%、19.0%,其中A+T含量高于G+C含量,与其他鱼类同源序列碱基特点相似.利用Kimura-2模型分析得到种间遗传距离为0.1616~0.2653,基于Cytb基因片段序列,构建的NJ树显示青鳞小沙丁鱼与裘氏小沙丁鱼亲缘关系较近,短体小沙丁鱼与金色小沙丁鱼亲缘关系较近.依据分子进化速率推测4种小沙丁鱼发生分歧的时间约为800万年到1300万年前的中新世中、晚期,略早于其他鱼类.     

鲇细胞 b基因序列变异及遗传多样性分析

从４个种群的鲇（Ｓｉｌｕｒｕｓａｓｏｔｕｓ）线粒体ＤＮＡ（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡ,ｍｔＤＮＡ）扩增出约５００ｂｐ的细胞色素ｂ基因,经ＣｌｕｓｔａｌＸ同源排序后得４００ｂｐ序列。用ＰｏｐＧｅｎ３２软件计算遗传距离和遗传一致度。１７个个体间的遗传 距离的变化范围为０～０．０２１１,遗传一致度的变化范围为１～０．９７９１。结果显示,在长江上游的支流中,雅砻江种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的４个个体中,其细胞色素ｂ基因的序列完全一致;岷江种群和乌江种群在该基因片段上有一定的变异。沅江上游的贘阳河种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的５个个体中,其细胞色素ｂ基因的序列完全一致。但各个种群间在该基因片段上差异较大。在４个种群的鲇Ｃｙｔｂ基因比较分析的基础上,构建了遗传关系聚类图,雅砻江、岷江、乌江、贘阳河４个种群各聚为一支后,雅砻江和岷江２个种群再聚为一支,乌江和贘阳河２个种群再聚为另一支。     

鲇细胞色素b基因序列差异及遗传多样性分析

从4个种群的鲇(Silurus asotus)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)扩增出约500 bp的细胞色素b基因,经Clustal X同源排序后得400 bp序列.用PopGen32软件计算遗传距离和遗传一致度.17个个体间的遗传距离的变化范围为O～0.0211,遗传一致度的变化范围为1-0.9791.结果显示,在长江上游的支流中,雅砻江种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的4个个体中,其细胞色素b基因的序列完全一致;岷江种群和乌江种群在该基因片段上有一定的变异.沅江上游的海阳河种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的5个个体中,其细胞色素b基因的序列完全一致.但各个种群问在该基凶片段上差异较大.在4个种群的鲇Cytb基因比较分析的基础上,构建了遗传关系聚类图,雅砻江、岷江、乌江、潕阳河4个种群各聚为一支后,雅砻江和岷江2个种群再聚为一支,乌江和潕阳河2个种群再聚为另一支.     

大鳞副泥鳅mtDNA Cytb基因序列分析及分子系统发育研究

对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。     

2种相手蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

测定了红螯相手蟹和褶痕相手蟹线粒体12s rRNA基因部分片段的序列,前者为572 bp,后者为576 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为42.5%、37.6%、11.9%、8.0%;42.0%、37.0%、12.5%、8.5%;不包括8处插入/缺失位点,两序列间有48个变异位点,核苷酸差异率为8.42%,其中转换30个、颠换18个,转换与颠换比约1.67.对国内外相手蟹长度为383 bp的12SrRNA基因同源序列进行分析,A T含量为76.6%～81.4%,明显高于G C的含量,且存有84个多态位点.系统发生树的拓扑结构显示,所有的相手蟹分别聚为3大支,代表着3个不同的属即相手蟹属、栉齿蟹属和仿相手蟹属;这与形态学分类结果相一致.     

石爬(鱼兆)属2种鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较研究

对采于青海省玛柯河的6尾黄石爬(鱼兆)和四川省都江堰的1尾青石爬(鱼兆)线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因进行了PCR扩增并进行序列测定。结果表明,黄石爬(鱼兆)6个个体均属同一单倍型。在Cyt b基因全长1140 bp中,2种鱼类存在29个变异位点(2.54%),其中23个(79.3%)突变位点为转换,6个(20.7%)突变位点为颠换。2种鱼类序列差异偏低,提示分化较晚,致使物种间在Cyt b基因上未能积累丰富的碱基变异。黄石爬(鱼兆)遗传多样度较低,可能与其栖息环境的改变有关。     

齐口裂腹鱼基于Cyt b基因序列多态性研究

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法获得了齐口裂腹鱼玛柯河和大渡河2个种群25个个体线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因的全序列(1140 bp),分析了种群遗传多样性和遗传结构.25个序列经比对后,发现12个(1.05%)多态性位点,共定义了8个单倍型,其中有一个单倍型(hp2)为2个种群所共享.遗传多样性分析结果表明,齐口裂腹鱼玛柯河种群的单倍型多样度(h =0.5606±0.1540)和核苷酸多样度(π =0.0007±0.0005)均明显偏低,这可能与近年来自然环境的恶化及人为活动的影响有关.系统发育分析和AMOVA分析结果综合表明,齐口裂腹鱼玛柯河种群与大渡河种群的基因交流受到一定程度的限制,自然种群出现明显的分化现象.     

2种大眼蟹线粒体COI基因序列的比较研究

测定了宽身大眼蟹(Macrophthalmus dilatatum)和日本大眼蟹(M.japonicus)线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因片段的序列,其长度均为658bp,A、T、G、C的含量宽身大眼蟹为27.4%、30.9%、17.3%、24.4%,日本大眼蟹为25.8%、32.0%、17.4%、24.7%。宽身大眼蟹只有1种单倍型,日本大眼蟹出现2种单倍型,2种间有123(124)个变异位点,核苷酸差异率为18.69%(18.85%),其中转换68(69)处,颠换55(55)处,转换与颠换比约为1.2(1.3);种间差异远大于种内个体间差异(0.61%)。2种大眼蟹的AT(57.9%)含量明显高于GC含量,与其他蟹类COI基因研究结果相似。系统发生树的拓扑结构支持大眼蟹科与弓蟹科亲缘关系相对较近,二者为姊妹群关系。     

２种大眼蟹线粒体ＣＯＩ基因序列的比较研究

测定了宽身大眼蟹(Macrophthalmus dilatatum)和日本大眼蟹(M. japonicus)线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因片段的序列, 其长度均为658bp, A、T、G、C的含量宽身大眼蟹为27.4%、30.9%、17.3%、24.4%,日本大眼蟹为25.8%、32.0%、17.4%、24.7%.宽身大眼蟹只有1种单倍型,日本大眼蟹出现2种单倍型,2种间有123(124)个变异位点,核苷酸差异率为18.69%(18.85%),其中转换68(69)处,颠换55(55)处,转换与颠换比约为1.2(1.3);种间差异远大于种内个体间差异(0.61%).2种大眼蟹的AT(57.9%)含量明显高于GC含量, 与其他蟹类COI基因研究结果相似.系统发生树的拓扑结构支持大眼蟹科与弓蟹科亲缘关系相对较近,二者为姊妹群关系.