11种鲈形目鱼类ITS2特征及系统应用

ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体5.8S和28S基因之间的非编码序列。为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式,本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5科11种鱼类为研究对象,共获得了444条ITS2克隆序列,其长度范围为332～515 bp。比较种内不同序列的长度发现,金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在24 bp的差异,剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在32 bp的差异,这2种鱼类的差异较为明显;其余9种鱼类的长度相对比较保守,长度差异小于14 bp。依据11种鱼类的保守位点数、变异位点数、简约信息位点数、单倍型数、保守位点比例、单倍型多样性指数、核苷酸多样性等特征分析发现,种内存在着不同程度差异,特别是金带细鲹的ITS2序列存在着Type A、Type B和Type C 3种类型,各类型间差异较大。根据序列的多样性特征推断,金带细鲹和剑鱼的进化方式为非协同进化;蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、吉打副叶鲹(Alepes djedaba)和日本竹筴鱼(Trachurus japonicas)的长度和变异位点均存在着一定程度的差异,但差异并不明显,视为不严格的协同进化;泰拉鰆鲹(Scomberoides tala)、布氏鲳鲹(Trachinotus blochii)、尖吻鲈(Lates calcarifer)、射水鱼(Toxotes chatareus)和军曹鱼(Rachycentron canadum) 5种鱼类为协同进化;另外,协同和非协同进化状态与分类系统没有相关性。序列比对发现,大甲鲹种内存在着由协同进化方式演变为非严格的协同进化方式的过度序列;在金带细鲹的3个不同个体中,序列间存在着从协同进化、非严格的协同进化演变为非协同进化的3种进化方式。基于ITS2序列构建的11种鱼类的邻接系统树显示,每种鱼类的克隆都分别按种单独聚为一支,鲹科7属鱼类各属也是单独聚支,表明ITS2不仅可以用在种类的分子鉴定,同时也可以作为分子标记应用于鲹科和属级水平的系统关系研究。     

七种骨舌鱼核糖体序列特征及遗传发育分析

利用核糖体DNA序列探讨了骨舌鱼科(Osteoglossidae)高阶元的分子系统发育关系.采用分子标记技术,分析测定了现存的7种骨舌鱼核糖体基因,获得了巨骨舌鱼(Arapaima gigas)、尼罗异耳骨舌鱼(Heterotis niloticus)、双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)、费...     

通过核基因ITS2片段研究四种鲇形目鱼类进化

采用鲇形目鱼鱼类通用引物扩增了鲇形目鱼类4种鱼,长吻(Leiocassi longirostris)、南方南方大口鲇(Si-lurus meridionalis)、黄颡鱼(Pseudobagrus fulvidraco)、斑点叉尾(Ictalurus punctatus)核DNA的ITS2片段,并构建UPMGA,NJ,ME和MP系统树。结果显示:根据遗传距离,斑点叉尾和黄颡鱼的亲缘关系最近(D=0.0661),接下来是黄颡鱼和南方大口鲇(D=0.1100),南方大口鲇和长吻(D=0.1184),斑点叉尾和南方大口鲇(D=0.1266),黄颡鱼和长吻(D=0.1490),斑点叉尾和长吻的亲缘关系是最远的(D=0.1503)。结果表明:长吻最早分化,其次是南方南方大口鲇和黄颡鱼,而斑点叉尾分化最晚。     

半滑舌鳎hsd11b1l和hsd11b2基因的克隆及其温度响应的表达规律

皮质醇在鱼类应对外界环境压力的过程中起到重要调控作用,而hsd11b1l和hsd11b2具有调节体内皮质醇浓度的重要功能.本研究克隆了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)hsd11b1l和hsd11b2基因的cDNA全长序列,分析了其序列特征,研究了其时空表达特征及温度响应的表达规律.结果显示,hs...     

半滑舌鳎hsd11b1l和hsd11b2基因的克隆及其温度响应的表达规律

皮质醇在鱼类应对外界环境压力的过程中起到重要调控作用,而hsd11b1l和hsd11b2具有调节体内皮质醇浓度的重要功能。本研究克隆了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis) hsd11b1l和hsd11b2基因的cDNA全长序列,分析了其序列特征,研究了其时空表达特征及温度响应的表达规律。结果显示,hsd11b1l cDNA全长为1650 bp,开放性阅读框长度为864 bp,编码287个氨基酸;hsd11b2 cDNA全长为4526 bp,开放性阅读框长度为1209 bp,编码402个氨基酸。半滑舌鳎不同组织和性腺发育时期的表达分析结果显示,hsd11b1l在肝脏中表达量最高,在卵巢的表达量是精巢的2倍,且在6月龄和3龄鱼的卵巢中呈现较高表达;而hsd11b2主要在精巢中表达,在6月龄鱼的精巢中表达量最高,随后表达量急剧降低,在卵巢中各个时期几乎不表达。半滑舌鳎温度响应的表达结果显示,高温(28℃)处理2个月后,与正常温度(22℃)对照组相比,hsd11b1l和hsd11b2在雄鱼中的表达量均显著降低(P<0.05);高温短期应激48 h,hsd11b1l表达在雌鱼和雄鱼中均显著降低,hsd11b2表达仅在雄鱼中有显著下调(P<0.05)。本研究探讨了hsd11b1l和hsd11b2基因在半滑舌鳎性别分化过程中的表达规律,为研究环境温度与半滑舌鳎性别分化之间的关系奠定了基础。     

哈氏仿对虾线粒体16S rRNA和COⅠ基因的序列比较及其与仿对虾属之间的系统进化分析

为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得哈氏仿对虾线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较和系统进化分析。16S r RNA基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.76%、19.48%、26.74%和17.88%;COⅠ基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.36%、12.68%、30.54%和21.43%;A+T含量显著高于G+C含量。16S rRNA基因片段长度为558 bp,共检测出1种单倍型,没有多态性位点;COⅠ基因片段长度为688 bp,共检测出7种单倍型,6个多态性位点。COⅠ基因片段比16S r RNA基因片段变异丰富,更适于哈氏仿对虾种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的系统进化分析结果不太一致,结合形态学分析表明,哈氏仿对虾是仿对虾属独立的分支,与细巧仿对虾和亨氏仿对虾种类亲缘关系较近。根据COⅠ基因片段的遗传距离推测出仿对虾属的大致分化时间发生在中新世末期至上新世早期。     

太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了 4个序列在我国几种牡蛎的种类鉴别及相关研究的应用潜力     

我国近海浒苔漂浮种类ITS与18S rDNA序列相似性分析

2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象.实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对.结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔.18S rDNA序列分析结果也支持这个判断.根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01和RD-03),其中RD-01为浒苔属.浒苔主要漂浮种类与目前采集到的三地定生浒苔样本ITS全长序列比对存在一定差异,歧化度小于0.3%.     

DNA riboprinting analysis of Tilapia species and their hybrids using restriction fragment length polymorphisms of the small subunit ribosomal DNA

Morphometric, meristic and DNA riboprinting analyses of Tilapia species and their hybrids inhabiting the River Nile were examined. Morphometric data showed striking similarities and overlapping among Tilapia species, making it impossible to differentiate these species. Meristic characteristics revealed that Tilapia species could be identified into four major groups (Oreochromis niloticus, O. aureus, Sarotherodon galilaeus and Tilapia zillii). The lateral line scales differed significantly between the four Tilapia species, while the number of fin rays in the dorsal and anal fins differed significantly, differentiating three species (but not between O. niloticus and O. aureus). Restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) of nuclear small sub‐unit ribosomal RNA (18S srRNA) gene were used to differentiate the species. Polymerase chain reaction‐restriction fragment length polymorphisms data provided a unique pattern for each species with a specific restriction enzyme. Two hybrids of Tilapia designated H₁ and H₂ were detected. The endonucleases SacII and ApaI differentiated H₁ and H₂. This research revealed a monophylogenetic relationship among all the studied Tilapia species.     

马氏珠母贝IGF2BP1基因的鉴定及对矿化相关基因表达的影响

胰岛素样生长因子2结合蛋白( IGF2BPs)是一种重要的RNA代谢调控因子,涉及多个不同的生物学过程。本研究鉴定了一个马氏珠母贝IGF2BP1基因,命名为PfIGF2BP1-1,该基因cDNA全长为7348 bp,ORF长 1818 bp,编码605个氨基酸。多序列比对和系统进化分析表明,PfIGF2BP1-1有2个RRM结构域和4个KH结构域,与其他物种来源的IGF2BPs同源。实时荧光定量PCR结果显示,PfIGF2BP1-1 在马氏珠母贝的8个组织中均有表达,在肌肉组织表达最高,其次为足和外套膜组织。利用pET-32a 原核表达载体构建了含有PfIGF2BP1-1成熟多肽区的重组质粒并成功表达蛋白。在IPTG浓度为0.5 mmol/L,37 ℃培养8 h的条件下诱导表达PfIGF2BP1-1蛋白最佳。PfIGF2BP1-1蛋白刺激马氏珠母贝外套膜原代细胞,引起壳基质蛋白基因Accbp、MSI7、Nacrein的表达水平显著上升(p < 0.05),表明PfIGF2BP1-1蛋白可诱导壳矿化相关基因的表达参与马氏珠母贝的生物矿化过程。