对PRRSV快速分型的多重RT-PCR方法的建立与应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)欧洲株、美洲经典株与高致病性Nsp2变异株的Nsp2基因间的差异,设计3对特异性扩增引物,建立快速检测PRRSV欧洲株、美洲经典株和高致病性Nsp2变异株的多重RT-PCR方法。利用PRRSV欧洲株、经典株和高致病性Nsp2变异株及其他相关病毒株进行敏感度和特异性试验。结果显示,所建立的多重RT-PCR对欧洲株、美洲经典株与高致病性Nsp2变异株的RNA最小检出量分别为0.050 2、0.055 4、0.056 4ng,与CSFV、TGEV、JEV、SIV的核酸均无交叉反应。用该方法检测病料76份,结果PRRSV欧洲株、美洲经典株和高致病性Nsp2变异株的阳性率分别为0、7.89%和53.9%,未发现3型病毒间有混合感染的情况。检测结果与单一RT-PCR及RT-PCR检测试剂盒检测结果一致,高于病毒分离。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒湘潭分离株GP5基因的遗传进化分析

湖南湘潭某猪场母猪出现流产、死胎等症状,疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染所致,将2头病猪肺脏样本送至实验室进行分子生物学诊断与分析。结果显示:样品均检测为PRRSV阳性,GP5序列同源性分析结果显示:PRRSV湘潭分离株与HP-PRRSV分离株(JXA1、CH-1a和TJ等)核苷酸同源性为94.2%～99.3%;与其它型PRRSV毒株同源性相对较低。遗传进化分析结果显示,研究获得的2株PRRSV毒株与国内流行的高致病性毒株(HP-PRRSV)所属分支相隔较近,提示研究获得的2株PRRSV分离株为高致病性毒株,且其GP5抗原表位存在变异。     

2010年-2011年广东地区PRRSV Nsp2和ORF5基因的遗传变异分析

为了解2010年-2011年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,采用RT-PCR方法扩增所分离的16株PRRSV的Nsp2和ORF5的基因,应用DNA Star、ClustalX2和MEGA5等对所得序列进行比对及遗传变异分析。16株PRRSV的Nsp2和ORF5基因的推导氨基酸序列同源性分别为75.3%～100%和87.5%～100%,与国内高致病性PRRSV代表毒株JXA1的氨基酸同源性分别为74.2%～98.2%和87.5%～99%。Nsp2遗传进化分析显示,这16株PRRSV均属于美洲型毒株,其中15株病毒与以JXA1为代表的国内流行毒株处于同一分支,属美洲亚群Ⅰ;另外1株病毒与VR-2332和疫苗株MLV处在同一分支,属美洲亚群Ⅱ。2010年-2011年广东地区流行毒株仍为高致病性PRRSV,且存在经典疫苗毒株MLV。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1001株和GX1002株全基因组分子特征分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株、GX1002株基因组全长分别为15329和15318 bp。同源性分析结果表明,2个分离株间全基因组核苷酸序列同源性为99.3%,与国内外北美洲型代表毒株间的全基因组核苷酸序列同源性为84.9%~99.5%,与欧洲型代表毒株间的同源性为61.5%~61.9%。序列分析结果表明,2个分离株的NSP2编码区均存在第481和533-561位,共30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但分别在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析结果表明,所有美洲型毒株可分为4个亚群,GX1001株和GX1002株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。上述结果表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。     

广西“猪高热综合征”主要病原调查及PRRSVNsp2基因变异分析

收集广西境内39个市(县)137个不同规模猪场及农村散养户146份病料,经检测发现广西"猪高热综合征"主要病原以PRRSV变异株(NSP2基因缺失)为主,检出率高达59.59%,其次为PCA占41.78%,CSFV占4041%,SIV占10.27%,PRV、HPS均占2.05%.将来自广西不同地区的15株PRRSV变异株(包括1株经典株)与国内外参考毒株部分Nsp2序列进行同源性比较,结果发现广西PRRSV变异株Nsp2序列之间同源性为83.3%～100%,与国内其他变异株同源性为83.2%～98.6%.这些毒株与国内其他变异株有完全一致的缺失特征.广西PRRSV变异株可分为2个亚群,亚群Ⅰ主要以桂西北地区毒株组成,亚群Ⅱ主要以桂东南地区毒株组成.所有的广西PRRSV流行株与国内其他毒株一样均属于美洲型.调查结果显示,广西"猪高热综合征"主要病原PRRSV变异株与PCV、CSFV等其他病原菌混合感染十分严重.其中,二重感染、三重感染分别高达42.53%和22.99%.     

2013年-2014年江西地区PRRSV分离株NSP2及ORF5基因的遗传变异分析

为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。     

2013年-2014年江西地区PRRSV分离株NSP2及ORF5基因的遗传变异分析

为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。     

一株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及遗传变异分析

为了解广西地区的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异及流行情况,本实验室从广西某发病猪场采集到的猪肺脏组织中检测到1株PRRSV,命名为GXNN1839,并对该毒株进行病毒的分离鉴定、GP5和Nsp2的测序分析。结果显示:该毒株可在PAM细胞上分离增殖,有明显的细胞病变,通过IFA试验可以检测到细胞内PRRSV N蛋白的表达;对分离株的GP5基因测序和遗传演化分析显示,该毒株为美洲型PRRSV,且与美国病毒株NADC30在同一分支上,同源性分析表明,GXNN1839与北美病毒株NADC30的同源性最高,为93.1%,与我国分离的NADC30-like病毒株CHsx1401的同源性为91.7%,与VR-2332、CH-1a的同源性分别是87%、86.7%,与高致病性病毒株JXA1的同源性为86.7%,与欧洲株Lelystad-virus(LV)同源性为62.0%;Nsp2氨基酸序列对比显示,该毒株具有和北美毒株NADC30相同的131个氨基酸的不连续缺失(111+1+19)。该毒株的分离为下一步研究PRRSV NADC30-like病毒株致病性和了解广西地区的PRRSV的遗传变异及防控措施提供了借鉴意义。     

仔猪圆环病毒2型与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒混合感染的诊断与病毒变异分析

2010年,山东某规模化猪场2月龄仔猪群暴发未知疫病,发病率在80%以上、死亡率在50%以上。结合临床症状、剖检病变,以及PCR或RT-PCR检测,证实该猪场发生PCV-2与高致病性PRRSV混合感染。并且细菌病排查证实还混合感染了猪肺疫。通过对感染的PCV-2ORF2基因、PRRSV Nsp2基因部分序列进行分析显示,PCV-2毒株进化来源差异较大,毒株间核苷酸序列同源性仅为94.2%,但均属于2b基因型,在我国均广泛流行;高致病性PRRSV毒株序列同源性在99.7%以上,说明毒株进化来源同一,并且与近期报道毒株序列的同源性在99%以上,而与2006年分离毒株的序列同源性在95.8%～97.2%之间。以上结果表明,该猪场感染了不同进化来源的PCV-2,所感染的高致病性PRRSV高度同源,但相比2006年报道毒株已经发生一定程度的变异。     

PRRSV CH－1a株致弱过程中不同代次病毒结构蛋白基因遗传变异分析

对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)CH-1a株致弱过程中不同代次病毒(S39、S70、S148、S171)及国内分离株(GD3、JS1、JS5)的结构蛋白基因(ORF2～ORF7)进行了克隆和测序,并与国内外毒株序列进行比较和系统发育进化分析.结果表明,PRRSV CH-1a株各传代毒株和国内分离毒株各个结构蛋白序列均存在不同程度的变异,与GenBank上的登录序列进行了比对,发现GP2～GP5同源性在83.1%～100%,M蛋白同源性在95.4%～100%,N蛋白同源性在87%～100%,其中以GP2、GP3和GP5发生突变几率较大;另外,发现PRRSV CH-1a不同代次病毒GP5的H38突变为Q38(S70),L146突变为Q146(S148),而2006年分离的PRRSV变异毒株由F39突变为I39,而且分离毒株的毒力明显强于经典毒株.进化分析表明,GD3毒株与2006年～2007年分离的毒株以及PRRSV CH-1a株的亲缘关系均较近,处于二者的中间位置.     

山东PRRSV流行株ORF5、ORF6、ORF7基因序列的分子特征

采用RT-PCR技术对2001～2007年分离自山东地区10株(ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ、SD1、SD2、SD3、SD4、SD5、SD6和SD7)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)进行ORF5、ORF6和ORF7基因的扩增、克隆和测序,与已知序列的毒株的相应片段进行同源性分析比较,并对其分子特征进行分析.结果表明:该10株病毒仍属北美洲型,其中2001～2002年分离的SD1株、SD2株和2006年分离的SD6株核苷酸序列之间的ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为99.2%,99.8%,100%,均与北美洲原型代表株(VR-2332株)和疫苗毒MLVRespPRRS Repro USA遗传距离较近,同属一大分支;2006～2007年分离的PRRSV ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ 、SD3,SD4,SD5, SD7分离株ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为97.8%～100%,99.4%～99.8%,99.2%～99.7%,均与国内96年Ch-1a和2002年HB-1株及2006年分离鉴定的国内高致病性分离株(JXA1、Shanghai、HEB1)同属一个大的分支.首次证实目前山东省同时存在高致病性PRRSV和传统PRRSV,并且有由传统PRRSV向高致病性PRRSV演化的趋势.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)协同感染细菌性疾病的分析研究

为了解湖北某养殖场猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）流行毒株的遗传变异和临床感染情况,试验采集10份疑似PRRS发病仔猪的肺脏、淋巴结等临床样品,应用RT-PCR方法扩增PRRSV的Nsp2部分基因用于定性检测分析,并对扩增的其中2份PRRSV阳性样品进行ORF5基因核苷酸序列测定,结合不同疫苗毒株开展同源性比对分析。为进一步揭示病因,通过多重PCR方法对10份发病猪的肺脏和12份鼻拭子样品进行了相关致病菌的鉴定,并对其中的2株不同病原菌开展药敏试验。结果显示,10份临床样品中有5份检测到美洲型变异PRRSV,病原阳性率为50%。ORF5全基因序列分析表明,2个流行毒株间的核苷酸同源性为99.7%,与以TJM-F92、JXA1-R、HuN4-F112等为代表的高致病性致弱疫苗毒株核苷酸同源性最高,为96.7%~97.0%;与美洲型标准毒株VR2332的同源性分别为87.6%和87.9%;与国内较早分离的经典毒株（CH-1R和R98株）的核苷酸同源性分别为92.9%和87.4%、87.7%。患病猪临床常见感染模式为PRRSV+PM+SS、PRRSV+PM或PRRSV+HPS,2株主要致病菌药敏试验表明,多杀性巴氏杆菌对头孢曲松、阿莫西林等药物高度敏感,猪链球菌对阿莫西林、氨苄西林、阿奇霉素等药物高度敏感。本研究揭示了该场保育猪的发病病原,并从分子水平明确了临床PRRSV与不同疫苗毒株的亲缘关系,为弱毒疫苗的合理选择使用和综合防控PRRS提供了实践依据。     

两株高致病性PRRSV ORF6和ORF7基因克隆及序列分析

应用RT PCR方法从实验室分离的两株高致病性PRRSV SX、ZQ株中扩增出ORF6和ORF7,将其分别克隆、测序。用DNAStar 软件分析所测序列,并与VR 2332株、LV株、周边国家及国内分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树,结果ORF6、ORF7核苷酸与北美洲型的同源性为91.1％～100％,与欧洲型的同源性为66.2％～70.7％,推导氨基酸与北美洲型的同源性为91.2％～100％,与欧洲型的同源性为62.3％～82.3％。证明新分离到的PRRSV SX株、ZQ株仍属北美洲型。SX株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.8%、100%;ZQ株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.6%、99.7%。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株的致病性研究

为了解PRRSV安徽分离株的致病性,用从安徽省某发病猪场的病死仔猪组织中分离到的SCH07毒株接种40日龄健康仔猪,对其进行临床症状、病理剖检、病理组织学观察及抗体检测,结果表明：该毒株能引起仔猪高热、呼吸困难等明显临床症状和肺脏、淋巴结肿大、出血等剖检变化,病理组织学观察可见显著的间质性肺炎等病变,攻毒后第7天试验组仔猪血清中首次检测到抗体,并有一头在第15天死亡,证实安徽省已经出现临床高致病性PRRSV毒株。     

应用灭光定量RT-PCR方法检测PRRSV变异株在仔猪体内动态分布

为进一步了解高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株(HuN4株)在体内的动态分布规律和特点,探讨病毒对组织器官的嗜性,本研究将HuN4株和细胞传代致弱毒株HuN4-F65人工感染40日龄健康仔猪,分别于感染后1 d、3 d、5 d、7 d、10 d、14 d、21 d和28 d各迫杀2头,并应用建立的荧光定量RT-PCR方法对脑、颌下淋巴结、扁桃体、肺脏、肝脏和十二指肠等组织及血清中的PRRSV进行定量检测.结果显示:感染后HuN4组各器官病毒载量比HuN4-F65组高100倍,病毒栽量峰值期出现在感染后7 d,随后呈下降趋势.HuN4株在仔猪体内分布广泛,在21 d的试验期内持续存在,并且各器官的病毒载量呈正态分布规律;而HuN4-F65株血清病毒载量较低,并且集中在单核巨噬细胞相对密集的扁桃体和颌下淋巴结,与HuN4株主要嗜性器官肺脏相比发生了改变.     

Establishment and Application of a Multiplex RT-PCR Assay for Differential Detection of Classical,Highly Pathogenic and Vaccine Strains of North American Genotype PRRSV

To establish a rapid method for differential detection of classical, highly pathogenic and TJM-F92 vaccine strains of North American genotype porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), a multiple RT-PCR assay was established. In this assay, two pairs of primers were designed according to the genomic sequences of classical, highly pathogenic and TJM-F92 vaccine strains of PRRSV. The assay could only detect PRRSV, but not detect CSFV, FMDV, PRV and PCV2. The detection limit of the method was as little as 1.13×10³ copies/μL of templates. The established assay was successfully used to detect 349 clinical samples and 119 samples were positive for PRRSV, of which 5 samples were positive for classical PRRSV (C-PRRSV), 107 samples for highly pathogenic PRRSV (HP-PRRSV) and 7 samples for TJM-F92 vaccine strain (V-PRRSV), while 7 samples were positive for HP-PRRSV and V-PRRSV. The results indicated that the established multiple RT-PCR assay could be used for differential detection and epidemiological investigation of PRRSV.     

PRRSV美洲型经典株、变异株和疫苗株多重RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的快速鉴别检测方法,本研究针对PRRSV美洲型经典株、高致病性变异株以及TJM-F92疫苗株的Nsp2基因序列特点,设计2对特异性引物。经优化反应条件后,建立了能同时检测并区分PRRSV美洲型经典株、变异株及疫苗株的多重RT-PCR方法。该方法特异性强,与猪其他病毒间不存在交叉反应;敏感性高,对重组质粒标准品的检出下限为1.13×10³拷贝/μL。应用所建立的方法对349份临床疑似病料进行检测,结果检出PRRSV阳性119份,其中美洲型经典株5份、变异株107份、TJM-F92疫苗株7份,且有变异株和TJM-F92疫苗株混合阳性7份。表明本研究成功建立了PRRSV美洲型经典株、变异株及TJM-F92疫苗株的多重RT-PCR鉴别检测方法,可用于PRRSV的临床检测及流行病学调查。     

Isolation and Identification of Highly Pathogenic PRRSV from a Pig Farm

[Objective] To identify suspected cases of highly pathogenic PRRSV from a pig farm. [Method] The suspected cases of highly pathogenic PRRSV were conducted pathologic anatomy, the gene of PRRSV N protein was amplified by RT-PCR and its sequences were determined and analyzed. [Result] The nucleotide sequence of N protein of N7/N8 isolate shared the consistency of 97.0% with highly pathogenic strains(JXA1, Hu N4, SX-1 and TJ), and that of isolate N9 shared the consistency of 97.3% with highly pathogenic strains, indicating the infected virus in the pig farm was highly pathogenic PRRSV. [Conclusion] This research provides a reference for the diagnosis of highly pathogenic PRRSV infec-tion in swine production.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株E11105 N基因的序列分析与原核表达

为研究PRRSV N蛋白的结构、功能以及N蛋白在病毒致病中的作用,以临床分离PRRSV毒株E11105为研究对象,采用Primer Premier 5.0设计一对特异性引物,经RT-PCR扩增出N基因片段,利用相关分子生物学软件对N基因序列进行分析;将N基因克隆连接到pColdⅠ原核表达载体上,经PCR、双酶切鉴定及序列测定后,得到重组质粒pColdⅠ-N,将pColdⅠ-N转入大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞中,IPTG诱导表达后用SDS-PAGE蛋白电泳及Western blot验证分析。结果显示,分离株E11105N基因与北美洲型代表株VR-2332、欧洲型代表株Lelystad virus(LV)、中国2006年暴发的高致病性PRRSV代表株JXA1、中国代表株CH-1a的核苷酸序列同源性分别为93.3%、34.7%、99.2%、95.4%,氨基酸序列同源性分别为94.4%、15.3%、94.4%、99.2%;系统进化树显示,E11105株N基因与美洲型代表株VR-2332、中国高致病性JXA1毒株的亲缘关系较近;分离株E11105N基因所编码蛋白不存在跨膜区;二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,分别占20.33%和63.41%;预测该蛋白可能存在5个较为明显的B细胞优势抗原表位。SDS-PAGE蛋白电泳结果表明,重组N蛋白主要存在于菌体沉淀中,分子质量约为16.7ku;Western blot结果显示,带His标签的重组表达蛋白能被His单克隆抗体识别,显色后条带约为16.7ku,与SDS-PAGE蛋白电泳的条带大小一致。