猪抗病基因Mx1第14外显子多态性与免疫性能的相关分析

为分析辽宁种猪群体Mx1基因多态性与免疫性能之间的关系,提取猪耳组织DNA,采用PCR-RFLP技术分析荷包猪、大白猪的Mx1基因多态性,通过双抗体夹心酶联免疫分析(ELISA)方法对两个种群中IFN-α、IL-4、SIgA的水平进行分析,显示:Hin6Ⅰ酶切仅检测到荷包猪存在AA、AB、BB三种基因型,基因型频率为0.681 4、0.061 9、0.256 6;荷包猪群体免疫数据整体高于大白猪群体,且波动范围大。结果表明:荷包猪与大白猪Mx1基因频率存在差别,荷包猪群体免疫水平高于大白猪,且携带更多Mx1基因的抗病性基因型。本研究为辽宁种猪资源保存、品种选育和开发利用提供了科学依据。     

藏猪与大约克夏猪Mx1基因CDS区多态性及生物信息学分析

为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性,试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物,采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),采用生物信息学方法分析Mx1基因CDS区编码蛋白质的理化性质、疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构和与其他蛋白质的相互作用,分析SNPs位点对Mx1基因编码蛋白的上述指标的影响。结果表明：在藏猪Mx1基因CDS区存在C867G、A923C、A1241G和C1324A 4个SNP位点,在大约克夏猪中存在A1241G和C1324A 2个SNP位点;其中C867G、A923C和A1241G位点属于错义突变,分别使第289位由天冬氨酸变为谷氨酸,第308位由谷氨酸变为丙氨酸,第414位由赖氨酸变为精氨酸;C1324A为同义突变。Mx1基因CDS区共编码663个氨基酸,编码蛋白质呈酸性、亲水性,二级结构以α螺旋为主;共有55个磷酸化位点,其中有37个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,13...     

藏猪SLA-DRB基因第2外显子PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切酶RsaⅠ对藏猪SLA-DRB基因外显子2进行多态性分析。结果表明：藏猪SLA-DRB基因外显子2在RsaⅠ-RFLP位点上存在7种基因型，以杂合子BC型居多，基因型频率为0.4419，为优势基因型。χ2适合性检验结果表明，藏猪SLA-DRB基因外显子2 的RsaⅠ酶切位点的χ2值为10.14，高于显著水平（P<0.05），说明藏猪SLA-DRB基因在RsaⅠ酶切位点上没有达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

陕西地区荷斯坦牛Mx1基因外显子多态性分析

牛Mx1基因位于1号染色体上,含有14个外显子,编码648个氨基酸。研究以346头陕西地区荷斯坦牛为研究对象,根据GenBank所提供的牛Mx1基因序列,设计15对引物,采用混合DNA池扩增测序和PCR-RFLP的方法对牛Mx1基因的14个外显子进行多态性分析。结果表明,4个SNPs,分别位于外显子3（g.843330T〉C,g.843411A〉G）、外显子4（g.844048C〉T）和外显子7（g.851325T〉C）。其中,外显子4（g.844048C〉T）为同义突变;外显子3（g.843330T〉C,g.843411A〉G）两个位点的突变分别导致了异亮氨酸（Ile）向苏氨酸（Thr）、谷氨酸（Glu）向精氨酸（Arg）的突变;外显子7（g.851325T〉C）位点的突变导致亮氨酸（Leu）变为脯氨酸（Pro）。4个SNPs位点都存在三种基因型,但纯合子的突变频率较低。4个SNPs位点共构建了11种单倍型,其中以H6为最主要的单倍型。结果显示,陕西地区荷斯坦牛Mx1基因存在较丰富的多态性,这将为Mx1基因结构和功能的研究以及将来在育种实践中的应用提供基础资料。     

东串猪Mx1基因第14外显子多态性及组织表达谱分析

为了揭示抗黏液病毒1（myxo-virus resistance 1,Mx1）基因第14外显子在东串猪群体中多态性分布及组织表达特性,试验利用PCR-RFLP技术测定东串猪Mx1基因第14外显子的多态性,同时利用实时荧光定量PCR技术分析其组织特异性表达规律。结果表明,东串猪Mx1基因第14外显子Hin6Ⅰ酶切位点存在G36T突变,可检测到AA、AB、BB 3种基因型,AB为优势等位基因型,A为优势等位基因;东串猪Mx1基因的多态信息含量（polymorphism information content,PIC）值为0.360,表现为中度多态;Mx1基因在淋巴、肺脏、脾脏、十二指肠、空肠、回肠组织中表达量较高。本研究初步揭示了东串猪Mx1基因第14外显子的多态性分布,为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供参考。此外,Mx1基因在多种免疫组织中高表达,可能与机体抵抗病原感染有关。     

梅山猪Mx1基因第14外显子多态性及其与繁殖性能的关联分析

为了探讨梅山猪Mx1基因第14外显子的多态性及其对梅山猪繁殖性能的影响,本研究采用PCR-RFLP方法对所采个体Mx1基因第14外显子进行DNA扩增并检测其多态性,同时利用广义线性模型(GLM)分析不同基因型与繁殖性能间的关系。PCR-RFLP结果表明,梅山猪Mx1基因第14外显子Hin6Ⅰ酶切位点存在G36T突变,共检测到2种等位基因,分别定义为:A、B,其中B基因为优势等位基因;共检测到3种基因型,分别定义为:AA、AB、BB,其中BB基因型为优势基因型;关联分析结果表明,在初产母猪中,总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、断奶仔猪数(LBW)、初生重(BW)及断奶重(WW)这5个繁殖性状在Mx1基因的3种基因型中的差异均存在BB >AB >AA的趋势,BB基因型为有利基因型;且在总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数和断奶重中表现出显著差异性(P<0.05);但在经产母猪中均没有显著差异(P>0.05)。本研究结果提示,Mx1基因第14外显子多态性对梅山猪初产母猪的繁殖性能有显著的遗传效应,而对经产母猪的繁殖性能没有显著的影响。     

苏太猪Mx1基因第14外显子多态性及其与繁殖性能的关联分析

采用PCR-RFLP方法对苏太猪Mx1基因第14外显子的多态性进行分析,PCR产物经Hin6Ⅰ酶切后,共检测到3个等位基因,6种基因型.卡方检验结果表明,苏太猪在Mx1基因Hin6 I酶切位点已经达到Hardy-Weinberg平衡状态.基因型为BC的种母猪第3胎总产仔数、产活仔数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重均显著高于基因型为BB的个体 (P ＜0.05),也高于基因型为AA、AB、AC和CC的个体,但是差异不显著(P ＞0.05).通过测序在扩增片段中新发现了3种类型的碱基突变,前2个分别导致了Thr和Glu向Ala和Arg的替换,最后一个突变不引起氨基酸的变化,且后两个突变位点为BB基因型所特有;本研究提示Mx蛋白Glu→Arg 的突变位点可能与其抗病毒能力有关.     

藏猪脂蛋白脂酶基因内含子6遗传变异分析

藏猪是我国特有的能适应高海拔地区的地方小型瘦肉型猪种。本研究采用PCR—RFLP技术检测藏猪群体中脂蛋白脂酶（LPL）基因内含子6的Sma Ⅰ酶切多态性。结果发现,藏猪群体中AB为优势基因型,等位基因A和B的频率分别为65．18％和34．82％,与国内许多地方猪种不同。本研究在藏猪群体LPL基因内含子6内还发现另外5个突变位点。     

野猪和16个国内外猪种Mx1基因第14外显子多态性分析

采用PCR—RFLP方法对野猪和国内外16个猪种Mx1基因第14外显子的多态性进行分析,共检测到3个等位基因,6种基因型。其中外来猪种和松辽黑猪中出现AA、CC和AC3种基因型;野猪和中国地方猪种中出现AA、BB和AB3种基因型;培育猪种中苏太猪中存在全部基因型。B等位基因仅在野猪和中国地方猪种中出现,而C等位基因仅在外来猪种和具有外来猪种血统的培育猪种中出现。根据Mx1基因第14外显子多态位点的基因频率构建的系统发生树也显示,中国地方猪种和外来猪种间的基因型分布存在明显差异,外来猪种和具有外来猪种血统的两个培育猪种聚在一起,野猪和中国地方猪种聚于另一类群,其中枫泾猪、二花脸和梅山猪首先聚在一起,且与野猪的遗传距离最近。野猪和藏猪中AB基因型的频率较高,分别为0．515和0．302,枫泾猪、二花脸和梅山猪中AB基因型频率为0．348-0．591。推测AB基因型可能具有较高的抗病毒能力,而且太湖猪（枫泾猪、二花脸和梅山猪）可能是进行猪流感病毒抗病育种的较好素材。     

The Polymorphism Analysis of Mx1 gene in Pig Populations from Different Genetic Background

In order to explore the polymorphisms of myxovirus resistance (Mx1) gene in pig populations from different genetic background,we cloned Mx1 gene and tested the polymorphisms on exon 2 of Mx1 gene in Min pig, crossbred from wild boars in Changbai Mountain with Min pig (crossbred wild boars) and Large White pig population using high resolution melting (HRM). The results showed that four Mx1 mRNAs were cloned from Min pig and crossbred wild boars, and they had whole ORF which was 1 992 bp in length and coded 663 amino acids. In the four Mx1 mRNA, there were 30 SNPs in nucleotide and 17 mutations in amino acid. The location of SNPs displayed that almost mutations located on two sides of the function domains in Mx1 protein. The polymorphism data in HRM test showed that the DD genotype was the dominant genotype which had the highest frequency in three populations. The DD genotype frequency was 100% in Large White pig population, 62.5% in crossbred wild boars, and 56.2% in Min pig.Some novel mutations in both nucleotide and amino acid on exon 2 region were explored in polymorphism test. In conclusion, there was more polymorphism of Mx1 gene in Min pig and crossbred wild boars.     

不同遗传背景猪群体黏病毒耐药蛋白1基因多态性分析

为探讨不同遗传背景猪黏病毒耐药蛋白1（myxovirus resistance,Mx1）基因的遗传多态性,本试验采用RT-PCR方法扩增克隆出猪Mx1基因并进行生物信息学分析,采用高分辨率熔解曲线法（HRM）对民猪、长白山野猪与民猪杂交猪（简称野杂猪）和大白猪3个群体Mx1基因外显子2区多态性进行分析。结果显示,从民猪及野杂猪中成功克隆出4条Mx1基因mRNA序列。该序列含有1个1 992 bp的完整开放阅读框（ORF）,编码663个氨基酸。比较发现4条Mx1基因序列中共含有30个SNPs位点,其中17个SNPs位点引起了氨基酸序列的变异。功能结构域分析发现,大部分氨基酸突变位点位于Mx1基因功能结构域两侧。HRM多态性分析显示,Mx1基因外显子2区DD基因型作为优势基因型在3个群体中具有最高的基因型频率,其中大白猪中DD基因型频率为100%,野杂猪为62.5%,民猪为56.2%。基因多态性分析还发现该区域存在更多的核苷酸及氨基酸突变位点,表明民猪和野杂猪Mx1基因存在更丰富的基因多态性。     

猪Mx1基因真核表达载体的构建及表达

根据GenBank中猪Mx1基因序列设计并合成引物,对Mx1基因ORF区全长1 992个碱基进行扩增。将扩增片段与pVax1载体连接,构建pVa-Mx1-ORF真核表达载体。将构建的表达载体导入BHK-21和HEK-293细胞进行表达,用RT-PCR和间接免疫荧光对表达产物进行鉴定。结果表明,所构建的pVa-Mx1-ORF表达载体在BHK-21和HEK-293细胞中成功表达。     

猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。     

Polymorphism of Mx1 Gene Exon 14 and its Relationship with Reproductive Performance in Meishan Pigs

To analyze the effect of different genotypes in Mx1 gene exon 14 on the reproductive performance in Meishan pigs,PCR-RFLP method was used to amplify DNA and detect the polymorphisms of Mx1 gene exon 14, and the relationship between different genotypes and the reproductive performance was further analyzed by generalized linear model (GLM) in this study.The results of PCR-RFLP showed that there was a G36T mutation on Hin6 Ⅰ restriction site in Mx1 gene exon 14 and three genotypes were detected named as AA,AB and BB,in which BB was a dominant genotype.The results of correlation analysis showed that the reproductive performance of three genotypes in Mx1 gene presented the increasing tendency of BB >AB >AA in total number born (TNB),number born alive (NBA),little size at weaning (LBW),birth weight (BW) and weaning weight (WW) in gilts sows on the whole.Moreover,there was significant difference in TNB,NBA,LBW and WW in gilts sows (P< 0.05).However,there was no significant difference among all reproductive performance in multiparous sows (P >0.05).The results of this study indicated that the polymorphisms of Mx1 gene exon 14 had significantly genetic effects on production performance in Meishan gilts sows instead of multiparous sows.