草鱼呼肠孤病毒研究进展

草鱼(Ctenopharyngodon idellus)是我国淡水养殖的主要品种,为四大家鱼之一,尤其在我国气候温暖的南方如长江、珠江水域养殖量极大.然而草鱼在幼苗阶段极易发病,其中威胁最大是草鱼出血病(grasscarp hemorrhage),死亡率可高达90％以上.草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)是草鱼出血病的主要病原,由于其高度传染性与致死性,对我国草鱼养殖业造成了极大的损失.近年来,关于草鱼呼肠孤病毒的研究逐步增多,并且出现了新基因型报道,引起了多方关注.对草鱼呼肠孤病毒的病原学、分子生物学、免疫原性、检测和综合防治等进行综述,并展望未来的研究方向,旨在对该病的防治和深入研究提供指导.     

番鸭源呼肠孤病毒YJL株σNS基因克隆和序列分析

参考GenBank上公布的禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)σ非结构基因(σNS)序列设计合成一对引物,对番鸭源呼肠孤病毒YJL株σNS全基因进行RT-PCR扩增,克隆到pMD18-T载体中,并对克隆产物进行PCR鉴定和测序;YJL株σNS的编码基因位于S4节段,基因全长1192 bp,其5′端和3′端序列分别为5′-GCTTTT和3′-TATTCATC,具有典型的禽正呼肠孤病毒基因末端碱基序列;σNS基因只有一个有效阅读框(24-1127 bp),编码由367个氨基酸组成的σNS蛋白;σNS蛋白的分子质量约为40.57 ku,等电点(PI)为7.875.YJL株与法国MDRV-89026株σNS基因核苷酸的同源性为77.8%,推导氨基酸的同源性为90.2%;与ARV-S1133株σNS基因的同源性为99.4%,推导氨基酸的同源性为99.5%;系统进化树分析表明,YJL株σNS基因和蛋白与S1133株的亲缘关系更近,处在ARV分支上.可见,番鸭源呼肠孤病毒YJL株属于ARV,同时也表明我国发病番鸭群中存在不同基因群的呼肠孤病毒感染.     

番鸭呼肠孤病毒YB株σNS基因的克隆和序列分析

参考GenBank鸡正呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)和番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirns,DRV)σ非结构蛋白(σNS)基因序列设计合成1对引物,对番鸭呼肠孤病毒YB(DRV-YB)株σNS基因进行RT-PCR扩增,克隆到pMD18-T载体中,并对克隆产物进行PCR鉴定和测序...     

禽呼肠孤病毒分离株σ2蛋白基因克隆及序列分析

为了解禽呼肠孤病毒（ARV）广西分离株与常用疫苗株在基因水平上的差异,将从广西某鸡场分离获得的2株ARV（R1、R2）分离株的σ2蛋白基因经RT-PCR扩增后,连接pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α,重组质粒经PCR、双酶切鉴定及序列分析。结果表明,2株ARV分离株的σ2蛋白基因已成功克隆到质粒载体上;经序列分析发现,2株ARV分离株与ARV标准株S1133的核苷酸同源性分别高达99.2%和99.3%,其推导的氨基酸同源性分别高达98.1%和98.4%;两分离株间的核苷酸同源性为99.7%,其推导的氨基酸同源性为98.5%,具有很高的同源性。     

草鱼呼肠孤病毒VP5蛋白的表达与纯化

从草鱼Ctenopharyngodon idellus出血病病原——草鱼呼肠孤病毒GCRV-873株扩增病毒的外壳蛋白(GCRV-VP5)基因,并将GCRV-VP5基因克隆到原核表达载体pET-30α,转化至大肠杆菌E.coli BL-21(DE3)中后,用IPTG诱导培养,获得带有重组质粒菌体的总蛋白。用GCRV-873毒株免疫山羊得到的抗血清作为一抗进行免疫印迹试验,结果在硝酸纤维素膜上检测到在相对分子质量为77 000处有特异性免疫条带,与预测的GCRV-873 VP5蛋白一致,提示大肠杆菌融合表达草鱼出血病病毒的VP5蛋白。表达的融合蛋白主要以不可溶的包涵体形式存在,经柱层析纯化后蛋白纯度可达90%。本试验中获得的融合蛋白可为后期免疫动物提供了抗原,也为建立GCRV免疫学检测方法提供了依据。     

禽呼肠孤病毒C-98、T-98分离株S4基因的克隆与序列分析

参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV 176)S4基因序列设计两对引物,分别提取禽呼肠孤病毒T-98和C -98分离株病毒总RNA,应用RT - PCR技术扩增病毒的S4基因,将纯化的目的DNA与pEASY - T1载体连接、转化后测序.应用计算机软件将所测定序列与参考毒株序列进行比较,结果显示,S4基因核苷酸序列长为1 192bp,均含1个完整的开放性阅读框(24-1 127).ARV T - 98和ARV C - 98分离株S4基因的核苷酸同源性很高,为99.9％;与参考毒株ARV 1733、ARV S1133、ARV 750505、ARV 601SI、ARV 919、ARV T6、ARV OS161和DRV YJL S4基因的核苷酸同源性均较高,在99.4％ -99.9％之间;与ARV 601G、ARV 1017 -1、ARV 916、ARV 918和DRV S14S4基因的核苷酸同源性在80.1％ -83.6％之间;与NBV、BRV和MRV 3的S4基因核苷酸同源性在2.4％-53.1％之间.进化树分析显示:11株禽呼肠孤病毒分离株和ARVT - 98、C -98分离株的S4基因可分成3个不同的系谱.     

草鱼呼肠孤病毒RT-PCR检测方法的建立及临床应用

为了解草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)的感染流行情况及早期临床诊断的需要,研究并建立了该病毒的RT-PCR检测方法。根据GenBank中GCRV VP6蛋白基因保守序列设计引物,以GCRV弱毒疫苗株GCHV-892总RNA为模板,RT-PCR反应扩增出712 bp的目的条带,并对PCR反应体系和反应程序进行了优化,测定了该方法的敏感性和特异性。敏感性试验结果表明以含VP6蛋白基因的重组质粒为模板,该PCR方法的最低检测限为102copies.μL-1,特异性试验表明该引物仅能扩增GCRV核酸,而与白斑综合征病毒(WSSV)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、病毒性神经坏死病毒(VNNV)无交叉反应性。应用所建立的RT-PCR方法检测了7份疑似出血病草鱼病样,3份病料获得了阳性扩增,随机挑选其中的1份阳性样品经克隆后测序,结果显示与GenBank中已知序列最高有99%的相似性。     

番鸭呼肠孤病毒的分离与鉴定

从番鸭肝“白点病”患鸭的肝脾匀浆中分离到7个病毒分离株。在电镜下观察到病毒粒子呈球形，无囊膜，有可见的双层衣壳结构，外壳直径75nm，内核直径50nm；病毒核酸型为RNA；不凝集鸡、鸭、兔、豚鼠红细胞，与禽呼肠孤病毒有一定的抗原相关性；对番鸭胚和鸡胚成纤维细胞可致感染细胞圆缩、融合，出现多核细胞和巨细胞，胞浆内有近核包涵体；试验感染1日龄敏感雏番鸭死亡率达100％，临床及病理变化与自然感染发病的番鸭基本一致，并可回收到该病毒。结果表明，目前国内流行的番鸭肝“白点病”病原为呼肠孤病毒科正呼肠孤病毒属番鸭呼肠孤病毒。     

应用dsRNA测序技术检测草鱼呼肠孤病毒的混合感染

从草鱼(Ctenopharyngodon idellus)出血病疑似病料提取物感染的草鱼肾细胞(CIK)中提取病毒基因组dsRNA,电泳显示出水生呼肠孤病毒基因组的典型特征。应用简化的FLAC(full-length amplification of cDNA)技术扩增得到病毒的4个全长基因组片段进行测序分析。核酸序列BLAST分析表明:其中3个基因组片段与GCRV-873第5、9、10片段高度同源,另外1个基因组片段与GCRV-HZ08第11片段高度同源;因此推测病料中同时存在两种不同的病毒核酸,但也可能存在一种杂合病毒。根据已发表的GCRV-HZ08第5、9、10片段设计了3对引物对分离的病毒总RNA进行RT-PCR检测并测序,结果显示这3个片段与GCRV-HZ08第5、9、10片段均具有99%同源性,表明是由于混合感染而存在两株不同病毒的核酸dsRNA,两株病毒分别命名为GCRV-JX01和GCRV-JX02。首次运用dsRNA测序法检测出了GCRV病毒的混合感染,为草鱼呼肠孤病毒的流行病学和防控提供了一种新的技术选择。     

草鱼呼肠孤病毒JX-0901株FQ-PCR检测方法的建立及其在定量分析中的应用

根据GCRV JX-0901株S7基因保守区设计特异性引物和TaqMan探针,建立了针对GCRV JX-0901株病毒的TaqMan实时荧光定量PCR(FQ-PCR)检测方法,并利用FQ-PCR方法对该毒株在不同鱼类细胞中的增殖情况和不同温度条件下的稳定性进行了定量分析。结果显示,建立的FQ-PCR方法的Ct值与标准品在1.0×101～1.0×108拷贝/μL浓度范围呈良好的线性关系,R2高达0.999;该方法有较好的敏感性和特异性,最低模板检出量为10个拷贝,只能特异地检测出GCRV JX-0901,不能检出其他鱼类常见病毒。该毒株能在10种常见鱼类细胞中增殖,其中在L8824细胞中的增殖量最大,含量达到4.1933×107拷贝/μL;此外,该毒株对温度敏感性较弱,病毒在48、56℃条件下放置96 h后才失去对CIK细胞感染性,而在4、15、28、37℃条件下放置32d,-20℃条件下储存2年仍具有较高的含量和较强的感染性。     

草鱼hepcidin基因cDNA克隆、序列分析与表达

运用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplication ofcDNA Ends,RACE)技术获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)hepcidin基因全长cDNA,为774 bp,包括ORF 282 bp、5’UTR 117 bp和3’UTR 383 bp,3’UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号(AATAAA)和1个mRNA不稳定基序(ATTTA)。推定编码93个氨基酸,与其它鱼类hepcidin的序列同一性为27.9%～51.6%;SignalP 4.0软件预测信号肽位于1～24位。在邻接(neighbor-joining,NJ)法构建的系统进化树中,草鱼hepcidin前体肽和其他已报导的鱼类hepcidin前体肽聚为一枝。实时定量PCR(quantitative real-time polymerasechain reaction,qPCR)检测结果显示hepcidin基因mRNA主要表达于肝脏、脾脏、头肾和眼等组织;柱状黄杆菌注射后4～48 h,hepcidin基因在肝脏、脾脏和头肾中表达均显著上调。研究亮点:克隆到草鱼抗菌肽hepcidin一个新基因的全长cDNA,阐明了其所编码的hepcidin与其它脊椎动物hepcidin具有类似的结构与功能;证明其广泛分布于各组织中,参与了对细菌的免疫应答,是固有免疫的重要组成部分。     

CSFV陕西分离株SXCDK全基因的克隆与分析

[目的]分离猪瘟病毒(CSFV)SXCDK株,测定其全基因组序列,研究其分子特性及与其他毒株的亲缘关系,为猪瘟病毒分子流行病学研究积累材料.[方法]从陕西省西安市采集疑似猪瘟病料进行病毒分离,获得猪瘟病毒SXCDK株.根据GenBank上发表的猪瘟病毒全基因序列及相关参考文献,合成11对引物,应用RT-PCR技术分11...     

鸡新城疫病毒ND-xx08株 HN 基因的克隆及分析

为克隆并分析新城疫病毒ND-xx08株 HN 基因,将其分离、纯化、培养,提取其病毒的基因组RNA,RT-PCR扩增获得与HN基因预期大小一致的DNA片段,克隆到pMD18-T载体,经EcoR I和Hind III进行双酶切鉴定和测序鉴定.ND-xx08 HN基因的序列长度为1 716 bp,共编码571个氨基酸.与已发表的24株 NDV HN序列的同源性分析表明,其核苷酸序列的同源性在80.0%～98.4%,氨基酸同源性在87.2%～98.2%.研究结果表明,ND-xx08具有强毒株的特性.     

鲤白细胞介素-8基因组DNA的克隆及序列分析

在白细胞介素-8(IL-8)cDNA全长序列的两侧--非翻译区设计一对引物,以提取的鲤脾脏基因组DNA为模板进行PCR扩增,并将扩增产物回收、纯化,连接到pMD18-T载体上,再转化到DH5α大肠杆菌感受态细胞中,并对插入片段进行测序,获得了鲤IL-8基因组DNA的全长序列.结果表明:鲤IL-8DNA全长为943 bp,由4个外显子和3个内含子组成,与已知其它物种的排列非常相近,说明在进化过程中其拼接位点非常保守,符合GT-AG规则;对系统发生的分析证明,鲤与斑马鱼的亲缘关系较近,与哺乳动物亲缘关系较远;将鲤的IL-8基因组结构与人、猪、狗、虹鳟的基因组结构进行比较,发现IL-8基因在由鱼类到哺乳动物的分子进化过程中较为保守,外显子基本保持稳定,而内含子的变化较大.     

鲤白细胞介素-8基因组DNA的克隆及序列分析

在白细胞介素-8(IL-8)cDNA全长序列的两侧——非翻译区设计一对引物,以提取的鲤脾脏基因组DNA为模板进行PCR扩增,并将扩增产物回收、纯化,连接到pMD18-T载体上,再转化到DH5α大肠杆菌感受态细胞中,并对插入片段进行测序,获得了鲤IL-8基因组DNA的全长序列。结果表明:鲤IL-8DNA全长为943 bp,由4个外显子和3个内含子组成,与已知其它物种的排列非常相近,说明在进化过程中其拼接位点非常保守,符合GT-AG规则;对系统发生的分析证明,鲤与斑马鱼的亲缘关系较近,与哺乳动物亲缘关系较远;将鲤的IL-8基因组结构与人、猪、狗、虹鳟的基因组结构进行比较,发现IL-8基因在由鱼类到哺乳动物的分子进化过程中较为保守,外显子基本保持稳定,而内含子的变化较大。     

PCV2海南株全基因组的克隆与序列分析

为了研究猪圆环病毒2型(PCV2)海南株的分子特征,采用PCR方法从疑似PCV2感染的猪组织病料中扩增基因并进行序列分析.结果表明:8株PCV2海南株均属于PCV2b型,其中7株为PCV2b-1C亚型,1株为PCV2b-1A/1B亚型.PCV2海南株的ORF2基因的长度均为705 bp,编码234个氨基酸.Cap蛋白的抗原表位区发生了一定的变异.8个PCV2海南株的ORF2基因之间核苷酸序列相似性及推导的氨基酸序列相似性分别为95.3％～99.7％和93.6％～100％.海南株与国内分离株(AY682994,AF381175,JX945577,JX682407,AY180397)的核苷酸序列相似性为91.0％～99.9％,推导的氨基酸相似性为91.0％～99.6％.海南株与国外分离株(NC_005148,JQ994268,KJ187306,AF201307,AF454546,AY754020)的核苷酸序列相似性为90.0％～97.0％,推导的氨基酸相似性为88.0％～97.9％.海南株与疫苗株SH的核苷酸序列相似性为98.2％～100.0％,推导的氨基酸相似性为94.9％～100.0％.海南株与疫苗株LG的核苷酸序列相似性为90.6％～91.7％,推导的氨基酸相似性为89.7％～91.0％.这些数据为海南地区PCV2的防控和疫苗株选择提供了理论依据.     

瓯江彩鲤酪氨酸酶基因的克隆与序列分析

瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)是分布在我国瓯江流域的一种鲤科鱼类,色彩艳丽,体形优美,深受人们喜爱。瓯江彩鲤有5种基本体色:"全红"、"大花"、"麻花"、"粉玉"和"粉花",是研究鱼类体色遗传的良好材料和理想模型。酪氨酸酶(tyrosinase)是影响黑色素合成的关键酶,其转录的提前终止会导致黑色素无法合成。采用RACE技术从瓯江彩鲤皮肤转录本中克隆5种体色酪氨酸酶基因全序列,并对序列进行分析。发现在瓯江彩鲤的5种体色中,酪氨酸酶基因cDNA序列长度存在差异:"全红"为2 100 bp,"麻花"为2 107 bp,"大花"为2 073 bp,"粉玉"为1 976 bp,"粉花"为2 111 bp;且每种体色都存在两种类型酪氨酸酶基因(TYR-1,TYR-2)的转录。这两种酪氨酸酶基因mRNA所翻译成的氨基酸序列仅在一二级结构上有所差异,而在结构域和三级结构上不存在差异。但酪氨酸酶基因的这些差异是否与瓯江彩鲤体色相关还有待后续的证明。研究亮点:在国内外首次克隆了鲤的酪氨酸酶基因,发现不同体色瓯江彩鲤均转录完整的酪氨酸酶基因,且每种体色都存在两种酪氨酸酶的mRNA转录。揭示了5种体色瓯江彩鲤酪氨酸酶基因的序列差异,对进一步研究该基因与体色的关系提供了依据。     

滇重楼辣椒轻斑驳病毒分离物的鉴定及全基因组序列分析

滇重楼(Paris polyphylla var. yunnanensis)是多年生草本植物,其药用部位为地下根茎,是一种重要的中药材。为明确侵染滇重楼的病毒病原,对采自云南省曲靖市的滇重楼进行透射电镜观察、DASELISA和RT-PCR技术检测。在透射电镜下观察到杆状病毒粒子,大小为(200～300)nm×(20～36)nm。对采集到的7份病样进行DAS-ELISA检测,结果表明,其中5份病样呈阳性。通过RT-PCR技术扩增、克隆获得1个全长为6 357 bp的曲靖分离物PMMoV-QJ的全基因组序列。将PMMoV-QJ的全基因组序列与国内外已经报道的10个PMMoV分离物进行同源性分析比对,其同源性为99.42%～99.81%。基于全基因序列的系统发育分析表明,PMMoV-QJ与韩国分离物亲缘关系密切。本研究明确了该分离物的亲缘关系,从分子水平鉴定该分离物,为后续滇重楼病毒病的预防提供理论依据。