三个不同地理群体真鲷遗传变异的RAPD分析

提要用RAPD技术对取自胶州湾、台湾海峡和北部湾3个野生群体的24尾真鲷进行群体间的遗传变异分析。在事先优化的反应条件下，在使用的60个随机引物中，有31个引物扩增出清晰稳定的片段，共计216条，大小在200—2500bp之间，其中多态性片段176条(多态性片段的比例为81．48％)。群体间的遗传距离分别是0．1645、0．1413、0．1073，台湾海峡与北部湾真鲷的遗传距离最近，胶州湾与台湾海峡其次，胶州湾与北部湾最远。     

中国对虾5个地理群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。     

团头鲂良种雌核发育群体的建立及其遗传变异

为了巩固经15年选育而成的团头鲂良种－浦江一号的成果，并建立纯系以供进一步研究和开发，1999年和2000年，先后对团头鲂选育系三龄鱼（F5）和二龄鱼（F6）进行了雌核发育（抑制第二次成熟分裂）研究。利用UV照射遗传失活的鲤鱼精子诱导，采用冷,凶制团头鲂第二体排出；探索了适合团头鲂二龄及三龄鱼卵的休克温度、起始时间和持续时间，结果发现：二龄鱼和三龄鱼诱导起始时间均在受精后3min效果最好，而在体温度和持续时间上稍有差异，其中三龄鱼在0－2℃冷休克处理30min、二龄鱼在4－6℃冷休克处理20min效果较好。2年期间，建立了源于选育系3尾雌亲鱼的3个雌核发育群体，共获得正常的雌核发鱼后代1000余尾。RAPD分析发现，选育系群体具有引物S8扩增的1100bp条带，而雌核发育群体具有引物S18扩增的860bp条带；雌核发育群体内遗传相似度显著高于选育系群体，其遗传距离仅为选育系群体内遗传距离的54％。     

3个不同地理群体黑鲷遗传变异的RAPD分析

利用RAPD技术对取自胶州湾(青岛)、台湾海峡(厦门)和北部湾(海南)3个天然群体的24尾黑鲷(Sparus macrocephalus)进行群体内与群体间的遗传变异分析.在事先优化的反应条件下,所使用的60个随机引物中,有28个引物扩增出清晰稳定的片段,共计200条,大小在200～2 500 bp,其中多态性片段135条(多态性片段的比例为67.50%).青岛、厦门和海南黑鲷群体内的遗传距离分别是0.106 8、0.093 9和0.120 6,相似系数为0.893 2、0.906 1和0.879 4;群体间的遗传距离分别是0.155 0、0.131 8和0.122 8,其中青岛和海南黑鲷群体间的遗传距离最大,青岛与厦门其次,厦门与海南最小.群体内与群体间都具有较高的遗传变异.用MEGA2.1软件的UPGMA程序和NJ程序进行聚类分析,厦门与海南群体首先聚在一起,其次是青岛群体,两者的结果相一致.     

利用AFLP指纹技术研究中国沿海真鲷群体的遗传变异和趋异

用AFLP指纹技术在中国沿海真鲷群体进行遗传学变异和趋异分析，使用了6对引物：E－ACC／M－CAT、E－AGG／M－CTG、E－AGG／M－CTT、E－AAC／M－CTA、E－ACA／M－CTG、E－AAC／M－CAA，在威海、厦门和北部海湾海区三个野生群体区42个体中检出646个扩增位点（片段大小50－400bp)，其中70％位点在群体内或群体间呈现多态。三个群体的多态位点比例变化在58．4％－64．0％，遗传相似系数变化在0．8425－08200，以威海群体的遗传变异量最大，北部湾群体的最小。三群体空遗传距离和UPGMA谱系图显示，厦门海区与北部湾的真鲷差异较小，可以认为是同一个亚种群的不同群体，黄海真鲷与前二个群体差异比较大，属于另一个不同的亚种群。     

我国五个青蛤地理群体遗传变异的RAPD分析

本文利用RAPD方法对我国浙江、江苏、辽宁、天津和福建沿海青蛤地理群体的遗传变异和遗传结构进行了分析。从60条随机引物中,筛选出其中12条扩增效果好、条带清晰的引物进行扩增。结果表明,青蛤遗传多样性较丰富,五个群体的多态度在0.249～0.307之间,平均为0.278,按递减依次为江苏>福建>辽宁>浙江>天津;经分子方差分析(AMOVA),10.69%的遗传变异来自于群体间,89.31%来自于群体内,遗传分化除辽宁与江苏、天津群体间不显著外,其它群体间分化显著;根据遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析表明,浙江群体与江苏群体,辽宁群体与天津群体分别先聚在一起,最后与福建群体聚类;S11、S424、S228、S4254个引物可以区分这五个青蛤地理种群,作为群体特征标记。     

漠斑牙鲆引进群体子一代遗传多样性的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对引进群体漠斑牙鲆Paralichthys lethostigma 子一代48个个体的遗传多样性进行了分析,筛选的40个10bp的随机引物中,25个引物产生了稳定性好,可重复性强的谱带。共检测到154个位点,其中多态位点有122个,多态位点的比例为79．22％,有效等位基因数为1．5629±0．3631,Nei＇s基因多样性指数为0．3184±0．1843,Shannon信息指数是0．4651±0．2574。结果表明,漠斑牙鲆处于较高的遗传多样性水平。     

彭泽鲫两个雌核发育克隆与三个鲫鱼品系的RAPD分析

在发现彭泽鲫种群内两个不同雌核发育克隆 (H和L) 的基础上, 对彭泽鲫两个克隆和银鲫(D系)、缩骨鲫、野鲫共 5个鲫鱼品系进行RAPD分析。结果 30个引物中有 22个扩增效果良好, 统计分析表明, 彭泽鲫 (L) 与银鲫 (D) 的遗传相似率最高 (0 909091); 彭泽鲫 (H)、缩骨鲫和野鲫三者间的遗传相似率也较大, 其中彭泽鲫 (H) 和缩骨鲫的相似率 ( 0 862069 ) 高于二者与野鲫的相似率 (分别为0 828571、0 830986)。聚类分析结果也表明, 彭泽鲫 (L) 与银鲫 (D系) 的亲缘关系非常接近, 暗示二者可能具有相同的遗传起源; 彭泽鲫 (H)、缩骨鲫和野鲫三者间的亲缘关系次之, 其中彭泽鲫 (H) 和缩骨鲫的亲缘关系较近, 推测二者可能起源于野鲫; 而彭泽鲫 (L) 与银鲫 (D系 ) 二者与彭泽鲫 (H)、缩骨鲫和野鲫三者之间的亲缘关系较远, 说明它们之间存在明显的遗传分化。     

三种体色黄鳝的RAPD分析

采用20个随机引物对洞庭湖区三种不同体色的黄鳝群体(分别以A、B、C区分)进行随机扩增多态性DNA分析。结果12个引物的扩增效果良好,统计学分析表明,黄鳝A与黄鳝B的遗传距离较小(0 054107)且与A、B两个群体内的遗传距离(分别为0 045000、0 038217)相近,说明黄鳝A、B两个群体的遗传差异不明显;而黄鳝C与黄鳝A的遗传距离(0 123654)以及黄鳝C与黄鳝B的遗传距离(0 134074)均明显大于黄鳝A与黄鳝B的遗传距离,且由引物S326和S462扩增出的5条特异性谱带可以作为区分黄鳝C与黄鳝A、B两个群体的遗传标记,说明黄鳝C与黄鳝A、B两个群体之间遗传差异性十分明显。     

网箱养殖大黄鱼遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳方法(PAGE)和RAPD技术对象山港网箱养殖大黄鱼群体遗传多样性进行检测。结果表明，所分析的12种同工酶共记录了27个基因座位，其中3个基因座位Est-2、Est-3和m-Adh-2为多态，其多态座位比例为11．111％，平均杂合度为0．0279。16个RAPD随机引物共检测出119个位点，其中多态位点20个(16.81％)，个体间的遗传相似系数为0．844～0．972，遗传变异度为0．0927，Shannon多样性指数为6．326，多样性值为0．0532。不论是同工酶电泳分析结果还是RAPD分析结果，均表明象山港网箱养殖大黄鱼遗传多样性水平较低。     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

Genetic diversity of Nile tilapia populations revealed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)

Genetic diversity of the Nile tilapia Oreochromis niloticus collected from the river Nile (Cairo, Assuit and Qena) and two Delta lakes (Burullus and Manzalla) in Egypt was examined by the analysis of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Of 25 primers examined,21 primers produced 230 RAPD bands. The percentage of polymorphic bands in Manzalla (29.4%) and Burullus (24%) populations was low compared with Assuit (30.54%), Cairo (33.5%) and Qena (44.84%) populations. The highest percentage of polymorphic bands was observed in the Qena population,suggesting a greater potential for use in breeding programs. The molecular phylogenetic tree constructed by unweighted pair‐group method of analysis shows Manzalla and Burullus populations strongly linked and separate from the Assuit and Cairo populations, with Qena population as outgroup. The data serve as a baseline analysis of the current genetic diversity found among O. niloticus populations in Egypt.     

3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。     

方斑东风螺2个养殖群体遗传变异的RAPD分析

运用RAPD技术对方斑东风螺(Babylonia areolata Lamarck)泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性进行研究。选取21个10 bp随机引物对方斑东风螺2个群体各20个个体进行RAPD分析,21个引物共检测出222条带。泰国养殖群体的多态位点比例为70.27%,Shannon多样性信息指数为0.1858,Nei’s基因多样性指数为0.249 1,群体内个体间平均遗传相似率为0.7920,平均遗传距离为0.2080;海南养殖群体的多态位点比例为73.87%,Shannon信息指数为0.2044,Nei’s基因多样性指数为0.2615,群体内个体间平均遗传相似率为0.7620,平均遗传距离为0.2380。群体内遗传变异占种内遗传变异的76.81%,群体间遗传变异占23.19%。以上分析表明,方斑东风螺泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性水平仍较高,但海南群体的遗传多样性水平比泰国群体要高。     

光裸星虫遗传多样性的RAPD分析

采用12个随机引物对北海、三亚、厦门地区的光裸星虫进行RAPD分析,结果表明,光裸星虫北海、厦门、三亚种群平均多态位点比例分别为73·39%、84·20%和87·00%,平均遗传多样性指数分别为0·2450、0·2958和0·2670。北海种群和三亚种群遗传距离(Dbs)为0·1225;北海种群与厦门种群的遗传距离(Dbx)为0·2947;三亚种群与厦门种群的遗传距离(Dsx)为0·2193。在聚类分析树上,厦门种群最先从聚类树上分支出来。OPH-02-880和OPO-09-510为厦门种群的特征性片段,可作为种群鉴别的依据。     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析

对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。     

北部湾光裸星虫3个地理群体遗传多样性

利用微卫星DNA分子标记对广东湛江乌石(ZJ)、广西北海山口(BH)与越南锦普(JP)3个光裸星虫(Sipunculus nudus)野生群体的遗传多样性进行分析。结果表明,20个微卫星座位中有3个位点(Snu08、Snu10、Snu14)呈现单态,17个多态微卫星座位中的等位基因数介于2～9之间,多态信息含量(PIC)介于0.097～0.797之间。每个群体中有5个位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡,在位点Snu18上3个群体均偏离Hardy-Weinberg平衡。3个光裸星虫野生群体均表现出中等程度的遗传多样性水平,锦普群体遗传多样性水平高于北海和湛江群体。群体间F-统计量分析表明,群体遗传分化处于低等分化水平,差异不显著(Fst=0.019～0.049,P>0.05);基于DA遗传距离构建的NJ和UPGMA聚类树均显示,地理位置相邻的群体聚在一起。研究表明,3个光裸星虫地理群体均具有中等的遗传多样性,杂合度均偏低,群体间存在较大的基因流,杂合子明显缺失;群体间已产生遗传分化,但分化水平还较低。     

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增,结果表明,17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带,分子量在200～2000bp之间,其中多态位点为86个,占58．11％;群体的Shannon多样性指数为0．1905,Nei基因多样性指数为0．2280;个体间最大遗传距离为0.212,最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。