基于SYBR Ⅰ实时荧光定量PCR对猪流行性腹泻病毒野毒和疫苗弱毒鉴别诊断方法的建立

本研究参考GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)野毒株和弱毒疫苗株(CV777弱毒疫苗株)在高度保守ORF3基因核苷酸序列的差异,设计一对特异性荧光定量引物,分别建立基于SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR方法。结合熔解曲线分析可见,其野毒株和弱毒疫苗株熔解温度(Tm)分别为(81.84±0.17)℃和(83.16±0.14)℃,扩增产物的熔解曲线分析均只出现1个单特异峰,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪细小病毒、猪流感病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号。结合熔解曲线可直接鉴别猪群中PEDV的感染情况和程度,可对免疫猪群PEDV野毒感染和疫苗免疫做出快速准确的鉴别诊断,尤其是对PEDV弱毒疫苗免疫后仍爆发PEDV野毒感染的研究更有临床意义。     

CSFV强弱毒株双重RT-PCR方法的建立与应用

为了建立一种能在临床上快速鉴别猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)野毒和弱毒疫苗毒的检测方法,试验在对多株CSFV基因组序列比对分析后,选择特异保守区域设计2对引物构建CSFV强弱毒株双重RT-PCR方法,优化其退火温度,并检测该方法的特异性、敏感性及临床应用效果。结果表明:试验建立的双重RT-PCR方法能从CSFV弱毒疫苗毒和临床野毒株基因组中扩增出大小分别为447 bp和343 bp的特异性基因片段;最佳退火温度为55℃;应用该方法分别对繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)弱毒疫苗毒、猪口蹄疫病毒(FMDV)灭活疫苗毒、猪乙型脑炎病毒(JEV)弱毒疫苗毒总RNA和猪伪狂犬病毒(PRV)灭活疫苗毒、猪细小病毒(PPV)灭活疫苗毒、猪圆环病毒(PCV)灭活疫苗毒的总DNA进行检测,均未见特异性条带,特异性好;对CSFV疫苗弱毒的最低RNA检出量为6.28 ng,敏感性高;对临床混合感染病料进行检测,能同时或单独检测到CSFV强毒和CSFV弱毒疫苗毒核酸。说明试验建立的双重RT-PCR方法特异性好,敏感性高,可用于CSFV强弱毒株的检测。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测猪瘟疫苗病毒含量

为建立一种能够快速定量检测猪瘟兔化弱毒疫苗病毒含量的实时荧光定量RT-PCR方法。对GenBank登录的25株猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株基因组全序列进行比较分析,在其高度保守的5′端非编码区设计1对针对猪瘟兔化弱毒疫苗的特异性引物,扩增片段为245 bp,且不与牛病毒性腹泻病毒以及其他猪源病毒发生非特异性反应。应用实时荧光定量RT-PCR法对16份猪瘟脾淋苗和细胞苗进行定量检测,结果表明,102拷贝/μL的总RNA即能得到特异性扩增,在107~102拷贝/μL线性范围内有良好的扩增曲线,并与兔体定型热反应有良好的相关性。该法具有敏感性、特异性、重复性好等优点,可望取代传统的兔热法用于猪瘟疫苗生产过程中的效价测定及指导疫苗的配制,也为猪瘟病毒分子生物学研究提供一种新的有效工具。     

猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株复合实时荧光定量RT-PCR鉴别方法的建立

根据GenBank中的猪瘟病毒强毒和弱毒株基因组序列设计了1对针对猪瘟病毒的通用引物和2条分别针对猪瘟病毒强毒和猪瘟兔化弱毒疫苗株的特异性TaqMan水解探针，建立了一种能区分猪瘟病毒强毒和兔化弱毒疫苗株的复合实时荧光定量RT—PCR检测方法。结果显示，该方法能将我国大陆流行的不同基因亚群的猪瘟病毒强毒株与猪瘟兔化弱毒疫苗株完全区分开来，而不与其他猪源病毒发生非特异反应，分别可检测到初始模板中41．8和81．5个拷贝的病毒RNA，与已建立的复合RT-套式PCR的敏感性相近，两种方法对152份样品检测的符合率达96．9％～100％。通过对8份猪瘟兔化细胞疫苗效价的检测，证实本方法与兔体反应热测定法有一定的相关性，可用于猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗的定量和鉴别检测。     

基于便携式荧光定量PCR仪的猪瘟病毒现场检测方法的建立及应用

为建立猪瘟病毒疫苗株和强毒株一步法双重荧光RT-PCR鉴别检测方法。研究参照GenBank中猪瘟病毒疫苗株以及强毒株特异性基因序列,设计特异引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件,建立了同时检测猪瘟病毒疫苗株和强毒株的双重荧光RT-PCR方法,并验证该方法的特异性、敏感性、重复性。本试验建立的TaqMan-MGB一步法双重荧光定量RT-PCR检测方法可对猪瘟病毒疫苗株和野毒株进行快速鉴别诊断,为猪瘟的净化奠定了基础。     

新型反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别猪瘟强毒和弱毒疫苗方法的建立

对GenBank中登录的25株猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株基因组全序列进行比较分析,在其高度保守区设计1对通用引物,扩增片段为609bp,并在该对引物扩增区域内设计针对疫苗弱毒的特异引物,扩增片段为237bp,建立一种能够区分猪瘟病毒强毒和疫苗弱毒的敏感、特异、重复性好的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别诊断方法。该方法能将我国大陆地区流行的不同基因亚群的猪瘟病毒强毒与疫苗弱毒完全区分开来,且不与牛病毒性腹泻病毒及其他猪源病毒发生非特异反应。应用本试验建立的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)方法可以及早对猪瘟作出准确诊断,并可将强毒感染猪迅速从弱毒疫苗免疫猪群中筛选出来,减少了未感染免疫猪被误杀的可能性。     

猪流行性腹泻病毒野毒株及弱毒疫苗株RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株及弱毒疫苗株快速鉴别检测方法,根据Gen Bank中公布的PEDV野毒株及弱毒疫苗株的ORF3基因序列,在缺失区的两端设计合成1对特异性扩增引物,用以特异性的扩增PEDV ORF3基因片段,根据目的片段大小判断PEDV的毒株类型;通过退火温度等反应条件优化,建立了区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株的RT-PCR鉴别检测方法。结果显示:所建立的RT-PCR鉴别检测方法能特异性区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株;PEDV野毒株扩增出234 bp目的片段,PEDV弱毒疫苗株扩增出185 bp目的片段;与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、A群猪轮状病毒(PRo VA)、猪嵴病毒(PKV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪乙型脑炎病毒(JEV)及猪细小病毒(PPV)均无交叉反应;敏感性试验显示,该方法能检测到病毒滴度为1.3×10~3TCID_(50)/mL。利用该方法对采集自广西部分地区93份临床腹泻样品进行检测,临床腹泻样品中PEDV野毒株阳性率为61.29%(57/93),弱毒株阳性率为5.38%(5/93)。结果表明:该RT-PCR鉴别检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便,能快速、准确地区分PEDV自然感染野毒株和弱毒疫苗毒株,为猪流行性腹泻的快速诊断及病原分子鉴别检测研究提供了可供借鉴的技术手段。     

猪瘟兔化弱毒疫苗中病毒含量实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立敏感、特异的评价猪瘟兔化弱毒(HCLV)疫苗中病毒含量的实时荧光定量RT-PCR方法,参照中国猪瘟石门株兔化弱毒全长序列,在猪瘟兔化弱毒活疫苗基因组5'非编码区设计1对标准品引物、1对特异性引物和1条探针,建立检测猪瘟兔化弱毒活疫苗病毒含量的实时荧光定量RT-PCR方法.该方法检测的敏感度达1.20×10⁵拷贝/mL;对猪繁殖与呼吸综合征、猪乙型脑炎、仔猪副伤寒和猪伪狂犬病4种活疫苗基因组扩增结果均为阴性;重复性试验结果显示,批内变异系数为0.29%～0.39%,批间变异系数为0.32%～0.61%.应用此方法对6个不同厂家生产的7种猪瘟兔化弱毒活疫苗中病毒含量进行了检测,发现不同厂家生产的疫苗中病毒含量存在较大差异.结果表明,建立的猪瘟兔化弱毒疫苗实时荧光定量RT-PCR方法能特异地检测疫苗病毒含量,可用于初步评价猪瘟兔化弱毒疫苗抗原含量.     

猪瘟病毒野毒株与疫苗株双重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立猪瘟病毒(CSFV)兔化弱毒疫苗(C株)与野毒株的快速鉴别检测方法,本研究根据GenBank登录的CSFV C株与野毒株的E2基因序列差异,设计2对特异性引物,建立了同时检测C株与野毒株的双重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。应用该方法对CSFV野毒和疫苗株的最低检出量为10拷贝;检测牛病毒性腹泻病毒Ⅰ型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型4种病毒均呈阴性;批内、批间重复试验的变异系数均低于3%。应用该方法检测从黑龙江省各地区猪场采集的600份样品,结果表明野毒株的阳性率为30.5%。该方法可应用于CSFV野毒株和C株的鉴别检测。     

猪瘟病毒野毒株与疫苗株酶切检测方法的建立、优化及应用

为有效鉴别猪瘟病毒强毒株(Shimen)与弱毒疫苗株(HCLV),根据GenBank上已发表的猪瘟病毒囊膜糖蛋白E2基因高度保守区设计一对特异性引物,在其跨越区内部有Shimen株独有的限制性内切酶Bgl Ⅱ酶切位点,采取酶切RT-PCR产物的方法鉴别Shimen株和疫苗株,同时对该方法的特异性和敏感性进行检测。结果表明,应用该方法从Shimen株和疫苗株中均能扩增出一条大小为750 bp的特异性片段,疫苗株的RT-PCR产物不能被Bgl Ⅱ酶切,Shimen株的RT-PCR产物则被酶切为大小分别为520和230 bp的两条带。此方法可扩增猪瘟病毒的E2基因保守片段,对病毒RNA的最小检出量为3.96×10^-4 μg/mL。采用此方法检查了30例临床疑似猪瘟病料,结果3例感染猪瘟病毒强毒,21例为猪瘟弱毒疫苗株,其他为猪瘟阴性。     

鉴别猪瘟野毒与疫苗毒的单一与二重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种对猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）临床样本快速、简便的检测技术,以区分猪瘟（classical swine fever,CSF）野毒和疫苗毒感染,为规模化猪场CSF净化奠定基础。通过对GenBank中CSF野毒、疫苗毒及近源病毒的基因组全序列比对,发现CSF兔化弱毒疫苗株3’-NTR独立存在富含T的插入序列,根据这一特点分别在该插入序列的上、下两端设计2对单一RT-PCR引物并选择特异保守区域设计了二重RT-PCR引物,优化筛选能够鉴别CSF野毒与兔化弱毒疫苗的PCR反应条件,建立了能鉴别CSF野毒和疫苗毒的单一与二重RT-PCR鉴别诊断方法。敏感性和特异性分析表明,单一RT-PCR检测CSFV各引物最低核酸检测量分别为2.2 pg（单一RT-PCR中的1对引物）和1.7 pg（单一RT-PCR中的另外1对引物）;二重RT-PCR检测CSFV各引物最低核酸检测量分别为8.2 pg（CSF野毒）和6.7 pg（CSF疫苗毒）,两种方法均检测不到PRV、PRRSV、JEV、BVDV、PCV2的DNA/RNA。采用该方法对146份可疑临床样品进行检测,结果表明CSF疫苗毒与野毒在能繁母猪、育肥猪、保育猪和哺乳仔猪中的二重感染率分别为6.3%、7.4%、8.3%、8.6%。本研究建立的单一与二重RT-PCR方法都具有敏感性强、特异性优、重复性好的特点,该研究对规模化猪场猪瘟的净化具有十分重要的参考价值。     

运用全基因组扩增方法制备重组瘟病毒

病毒RNA的全基因组扩增为病毒致弱提供了一种新的方法。作者曾报道了一种复苏瘟病毒的全基因组扩增方法。边界病病毒-Gifhorn基因全长cDNA扩增子经长链RT-PCR扩增获得,然后用扩增子的RNA转录物拯救感染性病毒。本试验运用全基因组扩增方法高效、稳定地扩增了3株瘟病毒毒株:疫苗株C、典型猪瘟病毒Paderborn强毒株及牛病毒性腹泻病毒CP7株。扩增子被直接克隆至一个稳定的单拷贝细菌人工染色体中,以感染的RNA转录物为模板扩增产生了全长瘟病毒DNA。     

基于Taqman-MGB探针的猪瘟病毒野毒株荧光RT-PCR检测方法的研究

应用MGB荧光RT-PCR技术对猪瘟病毒野毒株进行实时定量检测,以实现对猪瘟病毒野毒株与疫苗株的鉴别诊断。以猪瘟病毒5’端非编码区为扩增靶区,通过鉴别诊断位点的筛选、引物、探针和反应条件的优化,建立了猪瘟病毒野毒株荧光RT-PCR检测方法。试验结果表明,该方法的检测灵敏度为10拷贝/反应或3.0 TCID50/反应;对猪瘟病毒野毒株的检测结果均为阳性,而对猪瘟病毒疫苗株和其他猪源病毒的检测结果均为阴性,表明该方法具有较好的特异性;对515份临床样品的检测结果表明,该方法与RT-nPCR测序法的检测符合率为98.3%;猪瘟病毒人工感染猪实验结果表明,猪瘟野毒感染猪发病前2-4天即可被检测出阳性,疫苗免疫株检测结果始终为阴性。     

可视化猪瘟病毒基因芯片鉴别检测方法的建立

为建立一种能够快速鉴别猪瘟病毒野毒和疫苗弱毒株的临床检测方法,本实验针对猪瘟病毒野毒株及疫苗弱毒株分别设计了特异性鉴别引物及探针,利用RT-PCR方法特异性扩增目的基因后进行芯片杂交反应并显色,直观判定检测结果,经反应条件优化建立了一种鉴别检测猪瘟病毒的基因芯片方法,并对该方法的特异性、敏感性及重复性进行了试验.结果显...     

猪瘟病毒野毒株RT-LAMP可视化检测方法的建立

本研究旨在建立一种可视化检测猪瘟病毒(CSFV)野毒株的反转录.环介导等温扩增方法(RT-LAMP).根据CSFV的NS5B基因序列设计一套RT-LAMP引物,以样品的cDNA为模板,利用Bsf DNA聚合酶,在62℃恒温条件下进行扩增,扩增产物中加入sYBR Green I染料直接或在紫外光下观察判定扩增结果.该方法可检测出不同基因型的CSFV厂野毒株,其检出极限为2.5 TCID_(50)的CSFV,与实时荧光定量RT.PCR方法的敏感性相当;特异性试验表明,该方法对猪瘟免化弱毒疫苗株(HCLV)、牛病毒性腹泻病毒以及其它常见猪源病毒均无扩增反应;通过对126份不同样品进行检测比较,该方法与实时荧光定量RT-LAMP检测方法的符合率达100%.与引物.探针能量转移PCR方法的符合率为98.4%.该方法无需特殊仪器,是一种适用于基层的快速、简便的CSFV野毒鉴别检测方法.     

RT-PCR法快速检测与鉴别诊断猪瘟病毒野毒株和三个兔化弱毒疫苗株的研究

基于猪瘟病毒基因组中富含T的插入序列建立起的简捷一步法RT-PCR技术,用于同步检测与鉴别野毒株和疫苗株。依据猪瘟病毒兔化弱毒疫苗株3′NTR独立存在富含T的插入序列,设计特异性的扩增引物,使用简捷一步法RT-PCR或巢式PCR之后用琼脂糖凝胶电泳或多毛细管电泳方法进行分析,能检测到并且准确鉴别在临床标本中的古典猪瘟病毒野毒株和兔化猪瘟疫苗株。这些检测技术至少可用于3个兔化弱毒疫苗株LPC、HCLV和C-株的检测。野毒株RT-PCR检测限量是6.3TCID50/mL,巢式PCR检测限量是0.63TCID50/mL。在前一次研究中,在猪瘟兔化弱毒疫苗株的基因组的3′NTR发现有12～13nt的富含T的插入序列;本次研究中,在LPC/PRK和LPC/TS兔化疫苗株的基因组中发现2个长为42和36nt富含T的插入序列。这些长为12、36、42nt富含T的插入序列增加PCR片段的大小,有利于遗传标记对猪瘟病毒野毒型和不同兔化疫苗株间的快速检测和鉴别。     

聚合酶链反应检测鉴别鸡毒霉形体强毒株和弱毒疫苗株的研究

根据鸡毒霉形体(MG)强毒株和弱毒疫苗株基因组结构特点，分别设计合成2对引物XZ1、XZ2和XZ45、XZ16，建立了可检测MG强、弱毒株的PCR方法。以引物XZ1、XZ2对MG强毒株和弱毒株进行的PCR，均可扩增出732bp的特异性片段；而以另1对引物XZ45、XZ46对MG弱毒株进行PCR，可扩增出524bp的特异性片段，但对鸡毒霉形体标准强毒株和野毒株的PCR，则扩增不出任何条带。特异性试验表明，这2对引物对其他种类鸡毒霉形体及其他对照禽病病原核酸模板的扩增均为阴性。敏感性试验结果显示，2对引物PCR均能检出100fg的MGDNA。研究结果表明，通过上述2对引物的2次PCR扩增，在数小时内即可鉴别出MG毒株是强毒株还是弱毒疫苗株。     

猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法的建立

本研究旨在建立猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法。根据Shimen株设计1对特异性引物,建立猪瘟病毒RT-PCR-RFLP检测方法;对20份疑似猪瘟临床样品进行检测,并对检出的山东8株流行野毒株和2株疫苗株PCR产物进行克隆与序列分析,验证上述方法。结果RT-PCR扩增片段为825bp,产物经RFLP分析,野毒株的PCR产物能被ApaⅠ酶切为322bp和503bp 2个片段,兔化弱毒疫苗株则不能被酶切,检测出RNA的最低浓度为0.028 6μg.mL-1;8株流行野毒株都含GGGCCC序列(ApaⅠ酶切位点),2株疫苗株相应序列为GAGCCC,不能被ApaⅠ酶切;8株流行野毒株属于基因2群,2株疫苗株与HCLV遗传关系近,为基因1群。建立了可鉴别猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP检测方法,为猪瘟的防控提供有效手段。     

小反刍兽疫疫苗毒与野毒实时荧光RT—PCR鉴别检测方法的建立

为了建立鉴别检测小反刍兽疫疫苗毒与野毒的快速分子生物学检测方法,通过对自行测序的疫苗毒基因组序列及GenBank中登录的野毒基因组序列进行比对分析,设计了2套引物和TaqMan荧光探针,对实时荧光RT-PCR反应条件进行优化,建立了小反刍兽疫疫苗毒与野毒实时荧光RT-PCR鉴别检测方法。特异性试验证实,该检测方法只能检测到目的病毒核酸,表明其具有良好的特异性。灵敏性试验发现,检测疫苗株的最低检测限可达1．38mg／L的总RNA,检测野毒株的最低检测限为0．16mg／L的核酸。对同一样品进行重复性检测,检测的荧光扩增曲线阈值完全重舍,证明其重复性极好。从180份临床样品中,检测出2份疫苗病毒株阳性样品,其余均为阴性。结果表明,本研究所建立的实时荧光RT-PCR方法能对小反刍兽疫疫苗毒及野毒进行鉴别检测,具有特异性好、灵敏度高、重复性极好的优点,是开展小反刍兽疫疫情监测的有力工具。     

多重聚合酶链反应快速检测鉴别鸡毒支原体强毒株和弱毒疫苗株的研究

根据鸡毒支原体强毒株和弱毒疫苗株基因组的结构特点，设计合成了二对引物XZ1，XZ2和XZ45、XZ46，建立了一种同时检测鉴别MG野毒株和弱毒疫苗株的多重PCR技术。试验结果表明，用这两对引物对MG强毒株和弱毒疫苗侏进行多重PCR，强毒株只扩增出732bp一条带，而弱毒疫苗株则可同时扩增出732bp、524bp二条带，而对其他种类鸡支原体和其它禽病病原的扩增不出现任何条带，结果均为阴性；敏感性测定结果表明，该多重PCR最低能检出1Pg的MG强毒株和弱毒疫苗株的DNA模板。