一例猪流行性腹泻病毒变异株引起仔猪腹泻的诊断

2020年11月初,福建南平某猪场仔猪发病,临床症状以腹泻、呕吐等为主.为确定病因,采集发病仔猪小肠组织,提取核酸分别检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒和猪德塔冠状病毒等,结果仅检出猪流行性腹泻病毒,且通过对该毒株的S1基因进行扩增、测序与分析,发现该毒株与国内流行变异株对于序列同源性超过97.4％,...     

猪流行性腹泻病毒引起仔猪腹泻的诊断

为了对贵州省某猪场发生的仔猪腹泻疫情进行病原学诊断,采用细菌分离培养、PCR及RT-PCR方法分别对采集的病料进行了细菌、猪流行性腹泻病毒及其他3种病原检测。结果显示,猪流行性腹泻病毒检测样品中出现651 bp目的条带,其他几种病原检测均为阴性,细菌分离培养未见细菌生长。结果表明,此次仔猪腹泻疫情的主要病因为猪流行性腹泻病毒感染。     

猪流行性腹泻病毒(PEDV)辽宁株序列测定及分析

为弄清2014年沈阳某猪场腹泻原因,应用RT-PCR方法对采自该场样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)S1基因扩增,并将产物纯化后测序、分析。结果得到长为2 376 bp的S1基因序列;本病毒与2013年美国暴发毒株以及我国2010年毒株核苷酸和氨基酸同源性较高,而与疫苗株同源性较低;同时存在氨基酸的插入、缺失及糖基化位点的改变;在进化树上,与2010-2011年在我国暴发的猪流行性腹泻病毒为与同一亚群,与2013年美国毒株也有较近的亲缘关系。表明分离到猪流行性腹泻病毒,此病毒已发生部分变异,需给予密切重视。     

猪流行性腹泻病毒JS2017株的分离鉴定及S基因序列分析

为了解江苏省某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,本试验采集腹泻仔猪小肠组织及肠道内容物,通过RT-PCR进行PEDV鉴定。将检测为阳性的病料组织经20μg/mL胰酶处理后,接种到Vero细胞中进行培养,将细胞培养物进行反复冻融后,收获病毒液,进行RT-PCR鉴定。采用分段重叠策略对其S基因进行全基因序列扩增,并在此基础上分析该毒株S基因的核苷酸同源性及遗传进化关系。结果显示,经RT-PCR鉴定,病料组织呈PEDV阳性,阳性病料接种Vero细胞盲传4代后,出现明显的细胞病变,表现为细胞合胞体病变,空泡化,最终裂解脱落。收获的病毒液经RT-PCR鉴定后,确认分离到1株PEDV,命名为JS2017株。核苷酸序列分析表明,JS2017株S基因序列与美国变异株OH1414、加拿大变异株ON-007、中国变异株PEDV-LYG和CH/PDS/2015位于同一进化分支,其核苷酸同源性高达99.0%以上;其中与中国变异株YC2014亲缘关系最近,核苷酸同源性为100.0%;与经典株CV777、DR13株同源性较低,亲缘关系较远。结果表明,本研究分离获得的JS2017毒株是一株PEDV地方流行变异毒株,与2014年中国江苏分离株(YC2014株)亲缘关系最密切,与当前猪流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远。     

10株猪流行性腹泻病毒序列分析

为了分析2015-2018年北方地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,通过RT-PCR分段扩增、测序,获得10株PEDV S基因序列。分析发现,10株S基因核苷酸序列同源性为96.8%～99.4%,推导编码的氨基酸序列同源性为96.5%～99.3%;与参考株核苷酸序列同源性为93.4%～99.5%,与参考株氨基酸序列同源性为92.0%～99.4%。其中,4株序列基因长度均为4 161 nt,编码1 386个氨基酸;6株序列基因长度均为4 158 nt,编码1 385个氨基酸,与目前流行的变异株和经典株CV777相比,这6株S基因推导的氨基酸序列已分别在131位、1 196位出现1个氨基酸缺失,在进化树中已形成多个小分支。由此表明,我国PEDV在流行过程中已出现较大变异。作者研究结果为监测和分析我国PEDV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据。     

我国猪流行性腹泻病毒分子遗传变异研究浅析

猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒引起猪的一种急性、高度传播的肠道疾病。近年来PEDV基因变异毒株不断出现,造成了猪流行性腹泻防疫失败现象不断增多,导致其流行趋势增强。阐述了近年来国内有关PEDV的S1、M和ORF3基因的研究进展,从分子生物学角度对PEDV进行遗传进化分析总结,为该病的防控以及流行病学研究提供参考。     

近期暴发仔猪流行性腹泻的探讨

2011年底,全国很多地区暴发猪流行性腹泻疫情,给我国的养猪业造成了巨大的损失.福建省福州、厦门、南平等地也发生多起仔猪流行性腹泻,经济损失巨大.采用RT-PCR检测证明是猪群感染了流行性腹泻病毒(PEDV),对扩增片段进行测序,结果表明检测到的流行性腹泻病毒的S基因发生了变异,是由流行性腹泻病毒变异株引起的.S基因序列分析发现该毒株与韩国毒株同源性高.猪流行性腹泻病毒(PEDV)经典毒株与变异毒株共存.许多专家采用多种防控措施,获得很多经验,但都不理想.对于流行性腹泻病毒的防控,借鉴外国的经验,采用青岛易邦的流行性腹泻病毒变异株冻干活苗口服防疫效果明显,初生乳猪的发病率降低至5%,死亡率降低至2%.     

猪流行性腹泻病毒反向遗传学及其研究进展

猪流行性腹泻病毒（PEDV）是高度接触性肠道传染病猪流行性腹泻（PED）的病原,是有囊膜的单股正链RNA病毒,基因组全长约28 kb。2010年以来,PEDV G2型高致病性毒株不断发生变异,给全国乃至全球的养猪业造成巨大的经济损失。反向遗传学系统,即构建RNA病毒的全长感染性克隆。近年来,PEDV主要基于靶向RNA重组、BAC系统和体外连接3种方法来建立全长感染性cDNA克隆。文章简述了反向遗传学的原理和方法。靶向RNA重组利用冠状病毒RNA的高同源重组的特点来实现病毒的拯救;BAC系统利用pBeloBAC11载体克服PEDV基因组中含有的毒性序列所导致的cDNA在高拷贝质粒中不稳定的困难;体外连接技术主要利用PEDV基因组本身存在的限制性内切酶的酶切位点或通过改造的酶切位点在体外将病毒分片段地连接成全长的cDNA克隆。另外,文章还总结了近年来基于反向遗传学技术的PEDV相关的研究进展。PEDV反向遗传学是研究PEDV病毒基因组结构功能及设计减毒活疫苗的有效工具,利用反向遗传学技术探究S基因等毒力相关基因,探究其突变或缺失对病毒致病机制的影响,揭示PEDV毒力衰减的分子机制,有望设计出具有良好免疫原性且避免毒株返毒和重组减毒活疫苗。总之,PEDV反向遗传学是研究PEDV基因组结构及功能、病毒宿主相互作用及致病机制的一种重要方法,同时也是设计PEDV减毒活疫苗一种合理有效的途径。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

猪流行性腹泻病毒LN-2015-1株分离鉴定及其S基因的变异分析

为了解辽宁猪流行性腹泻病毒(PEDV)来源及变异特性,经PCR诊断,细胞分离,细胞病变观察、RT-PCR以及S基因序列鉴定,成功分离1株PEDV毒株(LN-2015-1)。S基因序列分析显示,与CV777毒株相比,除点突变外,分离株还出现最长9bp的插入,6bp的缺失和13bp连续突变。氨基酸也存在最长3aa插入和2aa缺失,同时存在4处连续3个及以上的氨基酸突变,抗原表位分析表明在5个表位区共发生16个氨基酸的突变。同源性分析显示与HB-HA2015毒株的同源关系最近,序列相似性为99.2%,与2010年以来国内外代表变异毒株同源性较高,达到98.5%~98.8%,而与2010年以前的传统同源性较低,在93.2%~95.6%之间;进化树分析显示该毒株与近年来国内外流行的变异毒株属于同一群,并且与HB-HA2015形成一小的分支,而与传统毒株进化距离较远。     

一例夏季猪流行性腹泻的诊断

猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV）引起的以腹泻、呕吐、脱水和哺乳仔猪高死亡率为主要特征的一种高度接触性肠道传染病[1]。新生仔猪感染后严重脱水至死亡,死亡率可达100%,1～2周龄感染,死亡率高达90%,随日龄的增加,感染造成的死亡率将逐渐降低,但是易形成僵猪。PEDV的感染在不同地区有明显差异,以亚洲PEDV引起的仔猪死亡率较高,而在我国则更加严重,并且其感染率明显高于猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus,TGEV）和猪轮状病毒（PoRV）[2-3]。 PEDV与TGEV属于冠状病毒科冠状病毒属,2种病毒感染后所引起的临床症状极为相似,难以鉴别诊断。延缓肥育猪出栏时间,增加饲养成本,给养猪业造成严重损失。2013年7月高温季节四川某大型猪场之肥育场突然暴发猪流行性腹泻,现将确诊与处置情况报道如下。     

10株猪流行性腹泻病毒云南分离株的S基因克隆及分子特征

自2013年来,猪流行性腹泻病(PED)的暴发给云南省养猪业带来严重的经济损失。本研究对2018年来自云南4个地区的42份病料中分离出的6株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的部分S基因进行扩增,并结合在2013年所分离到的来自云南4个地区的4株PEDV流行株,进行分子特征和遗传进化分析。结果显示:这2年的分离株和CV777株相比,2018年分离株的核苷酸和氨基酸突变位点增加了12个和7个,且有3个丝氨酸突变都是在COE结构域(69、101和146)。系统发育分析表明,2018和2013年分离株的核苷酸和氨基酸的同源性为95.6%～98.8%,95%～98.8%;分别与CV777株相比,核苷酸和氨基酸的同源性差异较小(94.9%～95.5%和92.7%～95.4%;94.5%～95.2%和93.4%～94.2%),亲缘关系都较远。2013年的分离株主要分布在G2b亚群,而2018年的分离株主要分布在G2a和G2c亚群,具有遗传多样性。N-糖基化和磷酸化位点预测分析显示,在216位上预测的N-糖基化位点由NSSI→NSSF,尤其是COE结构域中的丝氨酸取代而导致其可预测磷酸化。这些变异很可能会影响其抗原性和疫苗效果,导致PEDV控制效果不好。本研究阐明了云南部分地区PEDV流行毒株的分子流行病学和遗传特征,为该地区PED的防控奠定理论基础。     

猪流行性腹泻病毒变异株的鉴定和分子特征分析

为查明山东省某猪场流行性腹泻的病因,本研究对该猪场病死仔猪进行病理学检查,并对采集的7份仔猪腹泻样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)的套式RT-PCR检测。病理学检查发现病猪的肠道肿胀、变薄、出血,肠绒毛皱缩、变短、边缘粗糙。套式RT-PCR结果显示,7份样品均为PEDV阳性;对其中两份PEDV阳性病料进行S基因扩增,分析其遗传变异,结果显示这两株PEDV野毒株的S基因与参考疫苗株CV777的同源性为92.3%~92.4%,与其他野毒株的同源性为96.6%~98.6%。PEDV的遗传进化树结果显示,PEDV分为两个进化分支G1和G2,G1包括CV777等疫苗株及中国和韩国早期的部分毒株,G2则是PEDV变异株为主的分支,包括本试验分离的野毒株及近年来美国、中国等国的野毒株,这些毒株都存在两个插入突变和1个缺失突变。结果表明,变异株已成为PEDV的流行优势毒株,且这些变异位点有可能成为鉴定PEDV变异株的分子特征。     

一例猪流行性腹泻的诊断

猪流行性腹泻(PorcineEpidemicDiarrhea,简称PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的,一种以患病猪食欲下降、呕吐及严重腹泻等为主要临床特征的急性、接触性肠道传染性疾病[1]。该病在寒冷季节多发,特别是冬春交替时节。     

猪流行性腹泻病毒变异株M和N双基因的融合表达及免疫原性分析

为了获得具有良好免疫原性的猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株M和N双基因融合蛋白,本研究采用RT-PCR方法分别扩增PEDV变异毒株M、N基因,利用限制性内切酶依次将其定向克隆至pMD18-T载体,将串联的N和M融合基因片段亚克隆至pGEX-KG原核表达载体,构建pGEX-NM双基因重组质粒,转化BL21表达菌,经IPTG诱导获得了以包涵体表达的N-M双基因融合蛋白,融合蛋白经Western blot检测能够被兔抗PEDV阳性血清识别,将融合蛋白免疫BALB/c小鼠制备多克隆抗体,经间接ELISA检测其抗体效价高达1∶12 800以上。本研究获得了具有良好免疫原性的N-M双基因融合蛋白,为M和N蛋白抗原表位鉴定以及结构与功能研究、PEDV变异机制与免疫机制研究、PED新型疫苗和诊断试剂研究奠定了基础。     

RT—PCR快速诊断猪流行性腹泻

猪流行性腹泻病毒(PEDV)属于冠状病毒,是一种猪肠道病原性腹泻病毒.其感染猪表现的临床症状与猪传染性胃肠炎(TCE)十分相似.虽然通过细胞培养可以进行病毒分离、诊断PEDV感染,但是PEDV只能在Vero细胞中繁殖,而且通常需要胰蛋白酶参与的情况下盲传数代,因此,有必要建立一种病原鉴别诊断方法.     

猪流行性腹泻病毒变异株疫苗免疫剂量和血清中和效价研究

为了研究猪流行性腹泻病毒变异毒株灭活疫苗的免疫剂量及免疫后抗体的中和效价,选择初产母猪于产前42 d首次免疫,后海穴注射,间隔21日以相同剂量和方法加强免疫,免疫剂量分别为0.5 mL、1.0 mL、2.0 mL和4.0 mL,采集母猪血清和仔猪血清,采用变异强毒株、经典毒株CV777进行血清中和试验分析免疫抗体效价,ELISA抗体检测试剂盒检测血清IgG抗体效价。结果表明,2 mL、4.0 mL免疫剂量组血清抗体与变异毒株中和效价均≥1∶128,与CV777中和效价≤1∶64,二免后母猪血清IgG抗体S/P值均2.0,仔猪断奶时母猪血清抗体S/P≥1.4,0.5 mL、1.0 mL免疫组抗体中和效价、S/P值均较低。确定2 mL为最佳免疫剂量,加强免疫后血清抗体中和效价≥1∶128,对母猪损伤小,经济效益高。     

一例仔猪腹泻的病原学诊断

为了解某猪场仔猪腹泻发生的原因,对病死仔猪进行病原学诊断.结果：检测出PCV20RF2特异性片段,并分离鉴定到埃希氏大肠杆菌,未发现TGEV与PEDV感染,表明导致仔猪腹泻的原因是PCV2继发感染大肠杆菌所致.     

猪流行性腹泻病毒云南省流行毒株S1基因序列分析

为深入了解云南省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）的流行现状及现有疫苗株的保护效果,从2017—2022年云南省PEDV感染临床阳性样品中扩增出9份样品的PEDV S1基因,利用生物信息学方法,对9份样品S1基因进行了遗传进化树构建、同源性分析和氨基酸突变位点分析等。结果显示：2份样品位于G1基因群,其余7份位于G2基因群的G2b基因亚群。7份G2b基因亚群样品的核苷酸和推导氨基酸同源性较高,与G2基因群的AJ1102和L/W/L疫苗株处于不同基因亚群且同源性较低,并在第13、139、289和363位发生了不一致的突变位点;与现有疫苗株相比,在抗原中和位点COE区域以及其他区域,有明显的抗原性变化。结果表明：云南省存在G1基因群和G2b基因亚群PEDV同时流行,但以G2b基因亚群为主;流行株和疫苗株间存在较远的遗传和亲缘关系,以及氨基酸突变和抗原性差异,这很可能是导致目前PED控制不理想的原因,因此需要研发安全有效的疫苗。     

6株猪流行性腹泻病毒贵州株S基因序列分析

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）S基因的特点,掌握其遗传变异情况,本试验设计3对特异性引物对6株PEDV贵州株S基因进行全基因RT-PCR扩增、克隆及序列测定;应用生物信息学软件将6株PEDV贵州流行株与参考毒株进行同源性与系统进化分析。结果显示,6株PEDV贵州流行株S基因的全基因长为4 161 bp,编码1 387个氨基酸,与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.3%~98.8%之间,氨基酸同源性在91.6%~98.9%之间;进化树分析结果显示,6株流行毒株与美国毒株、越南毒株和山东毒株亲缘关系较近;与CV777株、LZC、Brl、83P-5亲缘关系较远。结果表明,PEDV贵州地方流行毒株S基因编码的氨基酸存在一定程度变化,近年来呈现变异趋势。本研究可为贵州省PEDV的防控提供一定的理论依据。