滩湖杂羊多胎基因(FecB)TaqMan探针SNP分型的研究

研究绵羊多胎基因FecB在滩湖杂羊群体中的多态性,可辅助开展滩羊多胎新品种(系)的培育工作。该试验利用TaqMan探针对滩湖杂羊G0、 G₁和G₂代242份样品进行,通过对FecB基因的SNP进行分型,研究FecB基因在滩羊和湖羊杂交后代种群中的多态性及遗传规律。FecB基因来源于骨形态发生蛋白受体1B (bone morphogenetic protein receptor type 1B, BMPR1B),该基因外显子第746位A突变为G即为FecB。而FecB基因在滩湖杂羊群体中具有3种基因型,分别为BB型(突变型)、 B+型与++型(野生型)。结果表明:G0代群体中BB、 B+、++基因型频率分别为2.56%、 14.10%和83.33%, B、+等位基因频率为9.62%和90.38%; G₁代群体中BB、 B+、++基因型频率分别为28.17%、 38.73%和33.10%; B、+等位基因频率为47.54%和52.46%; G₂代群体中BB、 B+、++基因型频率分别为18.18%、 5...     

大通牦牛IGF-I基因多态性及其与生长性能相关性的研究

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-I基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析.结果显示:PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB 3种基因型,A(B)等位基因频率分别为0.902 8(0.097 2);对IGF-I基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失/插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型(P<0.05);18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型(P<0.05),说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型.     

3个绵羊群体BMPR-IB基因的遗传多态性及其对产羔数的影响

【目的】比较滩羊、蒙古羊和小尾寒羊BMPR-IB基因的多态性,分析不同基因型对产羔数的影响,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。【方法】利用PCR-RFLP方法检测和分析BMPR-IB基因的多态性,通过最小二乘分析方法研究不同基因型对产羔数的影响。【结果】(1)滩羊和小尾寒羊均发现了++、B+和BB3种基因型,其基因型频率分别为0.660,0.240,0.100和0.118,0.353,0.529,+和B的基因频率分别为0.780,0.220和0.294,0.706,蒙古羊仅表现++1种基因型;滩羊、小尾寒羊BMPR-IB基因位点的多态信息含量(PIC)分别为0.439和0.501,表现为中度多态(0.250.5);(2)小尾寒羊BB基因型个体平均产羔数较B+基因型多0.541只,差异达显著水平(P<0.05),较++基因型多1.208只,差异达极显著水平(P<0.01);滩羊BB基因型个体平均产羔数较B+和++基因型分别多0.076和0.159只,差异均不显著(P>0.05)。【结论】(1)小尾寒羊和滩羊BMPR-IB基因编码序列第746位相邻2个碱基处发生了与布鲁拉美利奴绵羊(Booroola Merino)相同的突变(A746G);(2)BMPR-IB基因位点的突变基因B可能是控制小尾寒羊和滩羊多胎性能的主效基因,或者是与之紧密连锁的遗传标记,可以用于提高繁殖力的标记辅助选择和育种工作。     

BMPR-IB基因作为多浪羊高繁殖力候选基因的研究

[目的]以骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)基因作为多浪羊的高繁殖力候选基因,研究该基因对多浪羊产羔性状的影响.[方法]采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术检测多浪羊BMPR-IB基因的单核苷酸多态性;用最小二乘法分析不同基因型与产羔数的相关性;并对基因型纯合个体进行测序.[结果]BMPR-IB基因在多浪羊中存在三种基因型即野生型++、突变杂合型B+和突变纯合型BB;基因型频率分别为0.741、0.254和0.005;B和+等位基因频率分别为0.132和0.868.BB基因型与++基因型相比在BMPR-IB基因编码区第746位碱基处发生了和Booroola绵羊相同的突变(A→G).B+基因型的平均产羔数比++基因型多0.51只(P<0.01),差异极显著.[结论]BMPR-IB基因是影响多浪羊多胎性状的一个主效基因,可作为一个分子标记用于多浪羊的选育.     

大通牦牛IGF-Ⅰ基因多态性及其与生长性能相关性的研究

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-Ⅰ基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析．结果显示：PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB3种基因型,A（B）等位基因频率分别为0．9028（0．0972）;对IGF-Ⅰ基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失／插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型（P＜0.05）;18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型（P＜0.05）,说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型．     

绵羊微卫星OarJL36和FecB基因的多态及连锁分析

 【目的】阐明微卫星座位OarJL36与小尾寒羊高繁殖力主效基因FecB之间的连锁关系,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供依据。【方法】分析与FecB基因最紧密连锁的微卫星座位OarJL36在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊和湖羊）与低繁殖力绵羊品种（特克塞尔和多赛特）中的遗传多态性,探讨该微卫星与小尾寒羊FecB基因的连锁不平衡关系。【结果】高繁殖力小尾寒羊和湖羊在骨形态发生蛋白受体IB（bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB）基因编码序列第746位碱基处发生了与Booroola Merino绵羊相同的FecB突变（A746G）,低繁殖力特克塞尔和多赛特绵羊则未发生这种突变;小尾寒羊BB、B+、++型频率分别为0.500、0.386和0.114,湖羊BB、B+、++型频率分别为0.800、0.200和0.000;微卫星座位OarJL36在4个绵羊品种463个个体中共检测到10个等位基因和31种基因型,最小等位基因为160 bp,最大等位基因为200 bp;182 bp等位基因在小尾寒羊（n = 308）和湖羊（n = 60）中处于优势等位基因,频率分别为0.696和0.925,在特克塞尔（n = 47）和多赛特绵羊（n = 48）中的频率分别为0.085和0.125,在BB型小尾寒羊（n = 154）和BB型湖羊（n = 48）中该等位基因频率更高,分别为0.916和0.938,而在++型小尾寒羊（n = 35）中的频率为0.129;OarJL36在小尾寒羊、湖羊、特克塞尔、多赛特以及BB、B+、++型小尾寒羊和BB、B+型湖羊中的多态信息含量分别为0.475、0.139、0.661、0.768、0.152、0.588、0.843、0.115和0.212;连锁不平衡分析显示小尾寒羊FecB基因B等位基因与OarJL36微卫星座位182 bp等位基因之间存在较强的连锁关系,但仍有一定的重组（D′=0.614）,而+等位基因与OarJL36微卫星座位上的160、192、196、200 bp等位基因完全连锁（D′=1.000）。【结论】OarJL36微卫星座位182 bp等位基因与小尾寒羊FecB基因B等位基因之间存在较强的连锁关系,是与小尾寒羊多羔主效基因紧密连锁的一个遗传标记。     

BMPR1B基因在寒泊肉羊世代选育中的遗传变异及其与产羔性状的关联分析

为了探讨BMPR1B(A746G)基因在寒泊肉羊世代选育中的遗传变异及其与产羔数的关系,本试验分析了不同选育世代寒泊肉羊BMPR1B基因型和基因频率,基因型对不同世代母羊产羔数的影响。结果表明BMPR1B基因突变纯合型BB个体从第一世代就开始出现,BB基因型频率随选育世代增加呈现增加趋势,从G1到G2世代,BB基因型频率显著增加。G1世代B+基因型母羊产羔数高于++基因型,但差异不显著。G2世代BB基因型母羊产羔数达到3.0,显著大于B+(1.89)和++(1.24)基因型个体(P0.01)。G1和G2世代BMPR1B基因型母羊对初产日龄和产羔间隔均无显著影响(P0.05)。结果提示BMPR1B基因作为分子标记可显著提高寒泊肉羊新种群母羊产羔数。     

秦川牛GH基因第5外显子的多态性及其与体尺性状的关联性

【目的】研究秦川牛生长激素基因第2外显子的多态性,及其与部分体尺性状指标的相关性。【方法】以502头2周岁左右秦川牛为研究对象,利用PCR-RFLP技术检测生长激素基因上存在的单核苷酸多态性(SNPs),并分析其与秦川牛体尺性状的关联性。【结果】在GH基因第5外显子中发现了2处SNPs,分别为错义突变和同义突变。位点1经AluⅠ酶切后产生AA、AB和BB 3种基因型,A、B等位基因频率分别为0.825 7和0.174 3;卡方检测显示,该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery不平衡状态;关联分析表明,该位点不同基因型个体之间在体高、胸围、体斜长和尻长上差异显著。位点2经AflⅡ酶切后产生CC和CD 2种基因型,C和D等位基因的频率分别为0.902 4和0.097 6;卡方检测显示,该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery不平衡状态;关联分析表明,该位点不同基因型个体间在腰角宽、坐骨端宽和尻长上差异显著。第5外显子2个位点合并基因型分析结果表明,双杂合基因型个体各体尺性状均显著高于其他基因型组合,并且多标记位点的组合效应高于单标记位点。【结论】组合ABCD各体尺性状数值均高于AB和CD基因型,组合ABCD可能是影响牛体尺性状的最佳基因型组合。     

绵羊微卫星471U和FecB基因多态性及连锁分析

以高繁殖力(小尾寒羊和湖羊)及低繁殖力(特克塞尔和道塞特)4个绵羊品种为研究对象,分析与绵羊高繁殖力主效基因FecB紧密连锁的微卫星基因座471U在高繁殖力和低繁殖力绵羊品种中多态性,探讨该微卫星基因座与小尾寒羊FecB基因的连锁不平衡关系。结果表明:高繁殖力品种小尾寒羊和湖羊在骨形态发生蛋白受体IB(BMPRIB)基因编码序列第746位碱基处发生了FecB突变(A746G),而在低繁殖力的特克塞尔和道塞特绵羊中未检测到该突变;小尾寒羊BB、B+、的基因型频率分别为0.494、0.392和0.114,湖羊BB、B+的基因型频率分别为0.815和0.185。471U基因座在4个绵羊品种的466只个体中共检测到3个等位基因和5种基因型;小尾寒羊(316只)、湖羊(54只)、特克塞尔(48只)、道塞特(48只)和BB型(156只)、B+型(124只)、型(36只)小尾寒羊以及BB型(44只)、B+型(10只)湖羊群体中优势等位基因大小分别为200、204、200、200、200、200、200、204、204bp,其频率分别为0.767、0.926、1.000、0.625、0.808、0.730、0.722、0.943、0.850。连锁不平衡分析显示,小尾寒羊FecB基因B等位基因与471U基因座200bp等位基因以及+等位基因与471U基因座204bp等位基因均存在一定的连锁不平衡(D′分别为0.430、0.444)。     

Lpin1基因多态性与黄牛经济性状的关联研究

以6个黄牛品种502个个体为材料,利用PCR-SSCP和DNA测序相结合的方法检测脂素1(Lpin1)基因的多态性,并分析该基因多态性与秦川牛经济性状的相关性。结果发现,黄牛Lpin1基因存在3个SNPs:31735A>G、46137A>C和65969G>A,分别位于内含子1、外显子6和内含子15,其中位于外显子6的突变导致脂素蛋白质第82位的组氨酸变为脯氨酸,为错义突变。3个SNP多态位点与秦川牛的体尺和肉质性状的关联分析表明,31735A>G位点GG基因型个体的胸深、胸围、背膘厚显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);46137A>C位点AC和CC基因型个体的背膘厚显著高于AA基因型个体(P<0.05),CC基因型个体的眼肌面积和大理石花纹评分等级显著高于AA基因型个体(P<0.05);65969G>A位点AA基因型个体的胸深、胸围、眼肌面积和背膘厚显著高于BB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的大理石花纹评分等级显著高于AA和AB基因型个体(P<0.05)。可见,Lpin1基因可能是影响秦川牛眼肌面积、大理石评分和背膘厚性状的主效QTL或者是与之紧密连锁,可作为秦川牛品质改良的辅助选择标记。     

湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性

脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

BMPR-IB、BMP15和GDF9基因作为滩羊繁殖性状主效候选基因的研究

以控制绵羊高繁殖力的BMPR-IB、BMP15和GDF9基因为候选基因,采用PCR-RFLP方法分析滩羊BMPR-IB,BMP15和GDF9基因多态性与繁殖性状的关系.试验结果表明,滩羊的BMPR-IB基因出现了两个SNP位点,且在相应位置发生了与Booroola羊相同的突变(A746G),该基因++基因型在滩羊群体内是优势基因型,但是双胎母羊和其后代的BB和B+基因型频率均高于单胎母羊,双胎羔羊和单胎母羊++和B+基因型频率最小二乘均值差异显著(P<0.05),两个母羊群体各基因型之间平均产羔数差异不显著(P>0.05),从而推测含有BMPR-IB基因突变的滩羊具有产双羔的潜力,可以作为滩羊选种选育的一项指标.而BMP15基因的B4突变(G→T)和GDF9基因的G8突变(C→T)在滩羊上不表现多态性,因此排除了BMP15基因的B4突变和GDF9基因的G8突变是影响滩羊繁殖性能的可能性.     

陕北白绒山羊DGAT1基因外显子14多态性及其与部分生长和胴体性状的关系

【目的】探讨陕北白绒山羊DGAT1基因的SNPs及其与部分生长、胴体性状的相关性,为陕北白绒山羊分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】测定234只陕北白绒山羊的部分生长、胴体指标,利用PCR-SSCP技术分析其DGAT1基因外显子14的多态性及与生长和胴体性状的关系。【结果】该座位存在一个突变位点(G→A),此SNPs导致甘氨酸(G)突变为谷氨酸(E);该群体的该位点有1对等位基因A和B以及3种基因型AA、AB和BB,A基因为优势等位基因,AA型为优势基因型,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;AA型与BB型之间、AB型与BB型之间均在断奶重、周岁重、胸围和管围4个性状上差异极显著(P<0.01),但AA型与AB型之间在此4个性状上差异不显著(P>0.05);3种基因型间在其他性状上差异均不显著(P>0.05);在初生重、周岁重和胸围上均表现为BB型>AA型>AB型,在断奶重、体高和管围上均表现为BB型>AB型>AA型。【结论】该基因的此突变位点与绒山羊育种指标具有一定的相关性,通过提高BB型的频率可望改善绒山羊的生长发育及胴体性状;DGAT1基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因,也可作为绒山羊肉用性能的分子标记。     

郏县红牛POU1F1基因第6外显子HinfⅠ、AluⅠ和PstⅠ位点遗传变异及其与生长发育的关系

【目的】研究POU1F1基因第6外显子HinfⅠ、AluⅠ和PstⅠ酶切位点多态性对郏县红牛生长发育性状的遗传效应。【方法】以144头郏县红牛为研究材料,用PCR-RFLP方法检测POU1F1基因第6外显子HinfⅠ、AluⅠ和PstⅠ基因座多态性,并分析其基因型间遗传变异与生长发育的关系。【结果】451bp的POU1F1基因第6外显子片段被HinfⅠ酶切后表现多态;AA、AB和BB基因型频率分别为0.1875,0.3056和0.5069,A和B等位基因频率分别为0.3403和0.6597,处于Hardy-Weinberg不平衡状态;该位点纯合度为0.5510,杂合度为0.4490,有效等位基因数为1.8148,多态信息含量为0.3482,属中度多态,可作为该群体遗传资源评价的建议性指标。而POU1F1基因第6外显子AluⅠ和PstⅠ基因座均未检测到多态性,仅发现AA基因型,表明这些基因座比较保守。HinfⅠ多态性与郏县红牛生长发育性状的相关分析表明,不同基因型与郏县红牛体高、腰角宽、胸围、尻长、十字部高、管围、体质量等指标均无显著相关性(P>0.05);BB基因型个体体长显著高于AB和AA基因型个体(P<0.05),提示B等位基因可能对体长有显著影响。【结论】BB基因型可作为郏县红牛体长性状标记辅助选择的DNA标记。     

湘西黄牛IGF–IR基因的群体遗传多态性及其 与生长性状的关联分析

为探讨湘西黄牛的分子遗传特征,寻找与湘西黄牛生长性状相关的分子标记,用PCR和基因测序技术检测了湘西黄牛IGF–IR基因部分序列的碱基突变,并采用PCR–RFLP方法进行了群体遗传多态性分析。结果表明:PCR扩增序列为616 bp,与预期结果相符,测序的序列中存在34个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中1个SNP已有报道(g.551GT),33个SNPs为首次发现;g.551GT位点在湘西黄牛群体中存在A和B 2个等位基因,A为优势等位基因,检测到AA、AB和BB 3种基因型;该位点在湘西黄牛群体中呈中度多态,达到了Hardy–Weinberg平衡状态(P0.05);将湘西黄牛IGF–IR基因的多态性与其生长性状进行关联分析,结果表明,g.551GT位点对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重无显著影响(P0.05)。     

牦牛SMAD4基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析

【目的】研究牦牛SMAD4基因SNPs与生长性状的关系，探寻与牦牛生长性状相关的分子标记。【方法】采用DNA测序和单倍型分型技术，对青海牦牛SMAD4基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析，并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。【结果】牦牛SMAD4基因在内含子区域存在6个突变位点，其中g.393A>G、g.555A>G、g.6525A>G和g.18360C>T均存在3种基因型，g.582A>T和g.6492C>T均存在2种基因型。连锁不平衡分析发现，6个位点间不存在强连锁不平衡效应。单倍型分析发现，在14种不同的单倍型中，单倍型H₁的发生频率最高。关联性分析表明，g.393A>G位点与体斜长、胸围和管围均显著相关（P<0.05），g.555A>G位点与体斜长显著相关（P<0.05），g.582A>T位点与体质量和体高均显著相关（P<0.05），g.6492C>T位点与体高显著相关（P<0.05），g.6525A>G位点与体质量显著相关（P<0.05），g.18360C>T位点与胸围显著相关（P<0.05）。基因型组合发现，单倍型H₁H₁₄可能是影响牦牛生长性状的最优组合。【结论】牦牛SMAD4基因内含子区域上的6个位点与生长性状显著关联，可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。     

不同绵羊群体BMP4基因多态性与产羔数关系分析

以BMP4基因为候选基因,采用PCR-SSCP方法,分析了小尾寒羊和无角陶赛特及其杂交F1代、F2代的BMP4基因的不同基因型频率,并对该位点不同基因型与产羔数之间的关系进行了分析。结果显示:小尾寒羊BB、B+、++基因型频率分别是1.0%、29.7%、69.2%;无角陶赛特BB、B+、++型频率分别为0、80.8%、19.2%;陶寒F1代BB、B+、++基因型频率分别为5.3%、39.4%、55.3%;陶寒F2代BB、B+、++型基因型频率分别为0、5.0%、95.0%。小尾寒羊的基因型++、B+、BB平均产羔数分别为(1.00±0.00)、(1.67±0.11)、(2.40±0.13),经χ2检验,差异极显著(P<0.01);陶寒F1代的基因型++、B+、BB平均产羔数分别为(2.00±0.00)、(2.45±0.53)、(2.00±0.00),经χ2检验,++、BB组与B+组的平均产羔数间的差异极显著(P<0.01);B基因不能提高无角陶塞特母羊产羔数。     

中国4个牛品种LHX4基因的多态性及遗传效应研究

利用PCR-SSCP和DNA测序技术,对秦川牛、南阳牛、郏县红牛和中国荷斯坦牛（共计817个个体）的LHX4基因外显子5及其两侧部分内含子序列进行多态性分析,并结合南阳牛的生长指标,分析不同基因型的遗传效应。新发现3处单核苷酸突变位点,分别是NW₀01493443:g.42757G>A、NW₀01493443:g.42768A>G和NW₀01493443:g.42917T>C,并因此形成AA、AB和BB 3种基因型。4个牛群体中,AA基因型的频率分别为0.766 2、0.771 70、.723 4和0.891 3。群体间的χ2检验结果揭示,不同牛品种的基因型频率差异不显著（P>0.05）。南阳牛群体中不同基因型个体与生长指标间的相关性分析结果显示,AA基因型个体的6月龄体质量显著大于其他基因型个体（P<0.05）,暗示该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。     

策勒黑羊BMPR-IB、MTNR1A和PTGS2基因的RFLP分析

[目的]寻找与绵羊多胎性状相关的DNA标记,为提高绵羊繁殖力的标记辅助选择提供科学依据.[方法]试验以策勒黑羊为主要研究对象,利用PCR-RFLP、DNA测序等技术,对BMPR-IB、MTNRlA和PTGS2基因的遗传多态性进行研究.[结果]策勒黑羊BMPR-IB基因具有多态性,存在三种基因型:++、B+和BB;MTNR1A和PTGS2基因不存在多态.[结论]验证了BMPR-IB基因的A746G突变位点是策勒黑羊多胎性的主效基因,而MTNR1A和PTGS2基因与策勒黑羊繁殖性能关系不大.