石斛药理作用研究进展

目的筛选合适的DNA条形码序列并建立高效准确鉴定药用石斛(Dendrobium)的方法。方法以12种药用石斛的82个样品为材料,提取样品总DNA,对核基因片段ITS和ITS2、叶绿体基因片段psbA-trnH和matK序列进行扩增和测序;利用生物信息学软件进行序列特征、DNA条形码序列间隔(barcoding gap)和系统发育分析。结果4条序列扩增成功率均为100%,其中ITS和ITS2测序成功率最高,均为97.6%,其次是matK为96.3%,psbA-trnH为95.1%;ITS和ITS2序列与其他序列相比,种内和种间存在重叠的部分较少,具有条形码序列间隔。系统发育树表明：ITS和ITS2序列能够成功区分12种药用石斛及混伪品,psbA-trnH序列未能把叠鞘石斛(D. aurantiacum Rchb. f. var. denneanum)、双斑叠鞘石斛(D. aurantiacum Rchb. f. var. zhaojuense)和流苏石斛(D. fimbriatum)以及混伪品全部区分开,matK序列未能把叠鞘石斛和流苏石斛区分开;4条序列联合构建的系统发育树与ITS和ITS2单序列构建的系统发育树相似。结论以ITS和ITS2序列为主,psbA-trnH和matK序列为辅的DNA条形码鉴定方法能够对药用石斛及其混伪品进行快速准确的鉴定。     

基于ITS2序列的藏当归及易混植物DNA分子鉴定

笔者所在实验室长期从事藏药基源鉴定与药物开发,为了确保试验药材的质量及临床安全用药,运用ITS2条形码技术对采自西藏的藏当归及相似植物进行分子鉴定.首先,利用试剂盒提取植物叶片的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增,双向测序后运用SeqMan组装.而后,基于ITS2 Database中的Annotate注释方法去掉两端...     

基于ITS2和matK序列的红景天属植物条形码鉴定研究

本研究旨在开发一种准确快速鉴别红景天属植物的方法。选用14种红景天属植物进行ITS2和matK序列的测定,并对其进行序列特征和系统发育分析。ITS2和matK条形码序列的扩增成功率均为100%。ITS2序列测序成功率为94.7%,matK序列的测序成功率为100%。系统发育分析表明ITS2序列能够区分大花红景天、西藏红景天和长鞭红景天,但是不能把柴胡红景天和狭叶红景天区分开;matK序列能够区分大花红景天和柴胡红景天,但是不能把西藏红景天和长鞭红景天区分开,也不能把异鳞红景天、长毛圣地红景天与互生红景天区分开。基于ITS2和matK序列联合构建的系统发育树能够区分14种红景天属植物。以ITS2和matK序列组成联合序列的DNA条形码鉴定方法能够对14种红景天植物进行快速准确的鉴定。     

DNA条形码技术在部分菱属植物分子鉴定中的应用

为了弥补形态学鉴定方法的不足,本研究利用DNA条形码技术,选取标准基因序列对部分菱属植物进行初步的分子鉴定。通过对浙江、江苏2省南湖菱、两角菱、四角菱的ITS,mat K和rbc L序列扩增及多重序列比对,探寻菱属植物的分子鉴定方法。克隆了菱属植物692 bp的ITS序列、878 bp的mat K序列及685 bp的rbc L序列,其中mat K和rbc L序列不存在变异位点,不能用于鉴定菱属植物;ITS序列存在20个变异位点,包括6处插入/缺失和14处碱基置换,在部分菱属植物的分子鉴定中具有应用价值。     

菌物DNA条形码技术的研究进展

DNA条形码技术是通过对一个DNA片段的分析比对,进而对物种进行鉴定的方法。研究的基因片段可以是1个或多个,进而完成物种识别和鉴定或者发现新物种。该项技术的优势在于整个鉴定过程不受研究对象不同发育阶段的影响。由于菌物具有独特而复杂的生活史,因此对菌物的鉴定工作相对较困难。世界上许多科学家都尝试过寻找适合于大多数菌物的标准DNA条码,但还没有找到能满足条件的基因片段。笔者对DNA条形码技术的发展历史、目的基因片段的筛选和研究进展等方面进行了综述,并讨论了DNA条形码技术存在的问题和今后研究的方向。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

基于DNA条形码的桑黄真菌分子鉴定

DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种利用生物基因组内短遗传标签进行分类鉴定的方法。桑黄自古以来是一种名贵中药材,而市售桑黄主要依托简单的形态鉴定造成混淆众多。近年来大量研究表明,桑黄类真菌种类至少有7个种,并且其药效也不尽相同。【目的】为更准确、高效对桑黄类真菌进行鉴定,本研究以采集自西藏、吉林和浙江的3种桑黄子实体为材料,筛选最佳DNA条形码与相应PCR条件。【方法】利用组织分离获得3种桑黄纯培养菌株,分别编号为1713、1714和HS菌株。利用ITS、NL、rpb1、rpb2和ef1-α等7组DNA条形码分别对3种桑黄进行PCR扩增、测序、比对和发育树分析,并结合形态学特征,确定其最适DNA条形码和分类学地位。【结果】结果表明,ITS和NL条形码对3种桑黄均能够获得单一目的条带;rpb1Y、rpb2B和rpb2Y条形码特异性低,扩增后获得多个条带;而rpb1B和ef1-α条形码均无法获得条带。通过多序列比对,结合形态分析,确定1713菌株为桑黄纤孔菌(Inonotus sanghuang),而1714和HS菌株均为鲍姆纤孔菌(Inonotus baumii)。【结论】本研究确定ITS和NL为桑黄分子鉴定的最佳DNA条形码,其PCR最适退火温度范围分别为58～59℃和49～50℃,为桑黄真菌快速鉴定提供参考依据。     

绿茶DNA提取方法及分子鉴定研究（英文）

[目的]为绿茶产品品质鉴定提供依据。[方法]以绿茶为原料,通过改进的CTAB方法来提取分离绿茶总DNA。并利用所得绿茶DNA采用ISSR分子标记对10个绿茶产品进行鉴定。[结果]所采用改进的CTAB微量提取DNA法,可以得到高质量的绿茶总DNA,1.0g茶样DNA含量在101～498μg/g之间,平均249μg/g。采用ISSR分子标记检测结果表明,ISSR标记能有效地区别不同的绿茶产品。[结论]该研究为进一步研究绿茶分子鉴定技术提取了参考依据。     

基于DNA条形码技术识别新疆蝗蝻（英文）

【目的】分析DNA条形码技术用于鉴定新疆蝗蝻的可行性,同时对这些样本进行了系统发育分析。【方法】利用目前广泛应用的DNA条形码识别技术,以新疆地区的蝗蝻为靶标扩增其线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基I(mitochondrial cytochrome coxidase subunit I gene,mtD NA COI)基因(658 bp),联合运用相似性方法 (BLAST in NCBI and species identification tool at BOLD Systems v3)和NJ聚类分析对所获得的蝗蝻碱基序列进行物种鉴定,系统发育分析则采用ML建树法。【结果】研究表明所采集到的蝗蝻均能准确确定其分类地位;在系统发育分析中,如果按照国际通用OSF分类体系,Oedipodinae则为一单系群,而按夏氏分类体系,研究支持将原本属于斑翅蝗亚科的小车蝗属归为飞蝗亚科,有关的系统发育关系如下:(((飞蝗属+车蝗属)+小车蝗)+斑翅蝗属)。然而,按夏氏分类体系,网翅蝗亚科未能形成一单系群,其下五属之间的系统发育关系为:(土库曼蝗属+((草地蝗属+异爪蝗属)(戟纹蝗属+米纹蝗属)))。【结论】由此推断基于COI基因的DNA条形码技术及综合运用相似性方法和NJ聚类分析可以用于蝗蝻的快速准确鉴别,该方法在蝗虫早期防治过程的种类鉴定中具有重要的应用价值。在系统发育分析中,658 bp的COI序列虽能解决部分系统发育问题,然而,丰富的样本量及包含更多系统发育信息的基因片段或数据集则有助于提供更全面正确的系统发育关系。     

入境旅客非法携带番石榴中实蝇幼虫的分子鉴定

[目的]探索DNA条形码技术在实蝇快速鉴定中的应用。[方法]利用DNA条形码技术和BOLD系统,选取线粒体细胞色素氧化酶I(COI)基因片段,针对截获入境旅客非法携带的番石榴中实蝇幼虫进行序列测定、比对和分析,并对培养后的成虫进行形态学分类从而验证分子分类的结果。[结果]检测的11头实蝇幼虫全部鉴定为橘小实蝇[Bactrocera dorsalis(Hendel)]。[结论]为河北出入境检疫部门初步探索DNA条形码技术在实蝇快速鉴定中的应用及提升检疫工作的时效性奠定了技术基础。     

基于线粒体COI基因的17种菱蜡蝉亚科昆虫DNA条形码研究（半翅目：蜡蝉总科：菱蜡蝉科）

通过对菱蜡蝉科Cixiidae菱蜡蝉亚科Cixiinae 9属17种昆虫的mt DNA COI基因序列进行研究,探讨DNA条形码在菱蜡蝉亚科昆虫中快速识别和准确鉴定的可行性.采用MEGA 5对序列进行比对和遗传距离分析,基于COI基因序列构建ML、MP、NJ、ME系统发育树.结果显示：属间平均遗传距离为0.133,介于0.102 ～0.147之间;属内种间平均遗传距离为0.047,介于0.025～ 0.079之间;地理种群间平均遗传距离为0.039;介于0.024～0.064之间.系统发育树显示：同属物种聚为一小支,分支置信度高达97％ ～ 100％;同一地理类群聚为一支,分支置信度高达98％ ～100％.结果表明应用基于COI基因片段的DNA条形码对菱蜡蝉亚科昆虫分类鉴定是可行的.     

Molecular phylogeny of Bactrocera species （Diptera： Tephritidae） inferred from mitochondrial 16s rDNA sequences

The fruit flies of the Bactrocera （Diptera： Tephritidae） are one of the major economically important insects in Asia. So far, there are at least seven species found in Chongqing, China. By using mitochondrial 16s rDNA sequences, the phylogenetic relationships among seven Bactrocera species, Bactrocera cucurbitae （Coquillett）, B. tau （Walker）, B. diaphora （Hendel）, B. caudata （Fabricius）, B. scutellata （Hendel）, B. dorsalis （Hendel）, and B. minax （Enderlein） were investigated. Nucleotide diversity within species ranged from 0.3% to 10.9%. According to the result, B. cucurbitae （Coquillett）, B. tau （Walker）, B. diaphora （Hendel）, and B. caudata （Fabricius） have no enough sites to be distinguished among the other species in the 347bp nucleotide sequences of the 16s rDNA gene. At the same time, excluding B. scutellata （Hendel） and B. minax （Enderlein）, the other species recognition sites are not only too little but also discontinuous. Phylogenetic trees calculated from both maximum parsimony and neighbor-joining phylogenetic analysis methods showed that B. cucurbitae and B. tau were closely related, B. diaphora （Hendel） and B. caudata （Fabricius） also had a close relationship. B. minax （Enderlein） has a furthest relationship from the other 6 species. From the results, we can infer that the our data supports previous classification of Bactrocera based on morphological characters in other words, but the Bactrocera subgenera, Zeugodacus is polyphyletic.     

鱼卵和仔稚鱼鉴定技术研究进展

鱼卵和仔稚鱼是鱼类繁殖的早期幼体形态,其分布、数量和种类对于渔业资源的可持续发展和生物学研究具有重要意义,鱼卵和仔稚鱼鉴定是这一研究的重要环节。鱼卵和仔稚鱼的鉴定先后历经了形态学鉴定和分子鉴定两个技术发展阶段。简述鱼卵和仔稚鱼鉴定在渔业资源普查和科学研究中的重要意义以及2种主要鉴定技术的研究进展,为鱼卵和仔稚鱼鉴定研究提供基础知识。     

苔藓植物DNA条形码的研究进展

[目的]概述DNA条形码在苔藓植物中的研究进展,为将该技术更广泛地用于苔藓植物研究提供参考。[方法]结合DNA条形码技术的发展及其在动、植物研究中的应用,概述了该技术在苔藓植物研究中的现状及研究进展,并呼吁建立专门的机构对苔藓植物进行系统的DNA条形码研究策略,加快苔藓植物的研究。[结果]DNA条形码技术已在动植物研究中得到了广泛的应用,在植物研究中尚未获得理想的被广泛认同的DNA条形码。但研究发现,各种候选片段为苔藓植物分子生物学的发展提供了便利的检测手段。随着该技术的逐步发展完善,其将会在苔藓植物的科学研究中发挥越来越大的作用。[结论]DNA条形码技术是近年来生物学研究的热点,该技术在生命科学、法医学、流行病学、医药及食品质量控制等领域均具有广泛的应用前景,其将极大地促进人类监测、了解以及利用生物多样性的能力。该研究为DNA条形码技术在苔藓植物研究中的应用提供了参考。     

沉香属植物的遗传多样性及分子鉴定研究进展

沉香是世界性名贵的传统药材及天然香料,应用历史悠久。瑞香科沉香属（Aquilaria Lam.）植物是 目前生产沉香最主要的树种。随着沉香产业发展和市场需求增加,沉香属树种被过度开采,野生资源日渐枯竭,严 重威胁到种质资源多样性和可持续发展。为更好地利用及保护沉香资源,该文基于沉香属植物的遗传多样性及分子 鉴定相关文献资料,结合国内外市场调研,分析沉香产业发展现状;深入国内广东、海南、广西、福建等省份,海 外马来西亚、越南等国家,系统调查沉香种质资源开发利用情况;对国内外沉香属植物遗传多样性和分子鉴定研究 进行总结和展望,从表型性状、DNA 分子标记、DNA 指纹鉴定技术、核基因组水平等 4 个方面综述沉香属植物遗 传多样性研究进展,从 DNA 指纹图谱、核质基因片段的 DNA 条形码、DNA 条形码组合其他分子鉴定方法等 3 个 方面总结沉香属植物分子鉴定研究的现状,提出沉香属植物在分子遗传学研究中存在的问题和研究趋势,以期为沉 香种质资源研究提供参考。     

基于形态与分子数据鉴定苹果异胫小卷蛾

采用DNA条形码技术,对珠海出入境检验检疫局从南非进口的鲜橙和鲜葡萄中截获的3头卷蛾幼虫进行分子鉴定,采用通用引物LC01490/HC02198对其线粒体C0I基因的部分序列进行PCR扩增和测序,并与GenBank数据库和DNA条形码数据库BOLDSYSTEMS v3中的已知序列比对,结果与GenBank中20条苹果异胫小卷蛾的序列同源性达99％以上,与BOLDSYSTEMS v3中46条苹果异胫小卷蛾的序列同源性达99％.结合幼虫的形态特征,综合判定该幼虫为苹果异胫小卷蛾Thaumatotibia leucotreta.     

DNA分子标记技术在红菇分子鉴定中的应用进展

总结了近年来国内外8种主要分子标记技术在红菇分类鉴定、遗传多样性及进化关系等方面的研究进展,介绍了IGS、ITS、LSU区域的标记技术以及限制性长度片段多态性(RFLP)、随机扩增片段多态性分析(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、微卫星序列(SSR)和微卫星间隔序列(ISSR)等分子标记技术的原理和方法.     

亚麻分子标记技术研究进展

近年来，分子标记辅助改良农作物品种在国内外取得了较大的进展．各种标记方法的广泛使用极大地加快了新品种的选育速度。随机扩增DNA多态性分子标记因其灵敏度高、速度快、可对整个基因组进行标记。且费用和技术难度较低，易于应用而备受青睐，已在农作物高产、优质、抗病虫害等性状和作物品系鉴定，构建高密度遗传图谱等方面得到了较多的应用。     

杜鹃花属(Rhododendron L.)植物DNA条形码鉴定——参考序列库、分子标记与栽培品种野生亲本溯源

杜鹃花属(Rhododendron L.)植物作为重要观赏和中药植物,市场前景广阔,发展潜力巨大。本文通过归纳杜鹃花属植物的分类、鉴定相关问题,发现利用DNA条形码可有效解决杜鹃花属植物(品种)的鉴定问题。基于杜鹃花属植物的具体情况,本文对序列参考数据库建设、分子标记开发以及杜鹃花品种的野生亲本溯源三方面内容进行综述,并结合GenBank中1 311条杜鹃花属DNA序列及作者测序获得的463条序列,初步建立杜鹃花属DNA条形码数据库,并通过非加权组平均法利用matK与psbA-trnH序列联合建立UPGMA树,部分杜鹃花属栽培品种可与野生种聚为一支。综合说明DNA条形码技术可用于对杜鹃花属栽培品种开展初步的野生亲本溯源。