飞行时间质谱法检测肉兔IGF-IR基因的多态性

应用MassARRAY单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS)基因分型法检测肉兔胰岛素样生长因子1受体(Insulin-like Growth Factor 1 Receptor, IGF-IR)的多态性(SNPs),为今后建立肉兔辅助标记选择奠定基础。以家兔IGF-IR基因序列为模板,利用PCR扩增测序法筛查了肉兔IGF-IR基因的9个SNPs。为进一步验证筛选的准确性,应用MALDI-TOF-MS针对384只肉兔检测了5个SNPs。结果显示,平均检出率为98%,能够准确检测出3种常见的基因型。所检SNP位点的平均最小等位基因频率(MAF)为0.45,平均多态信息含量(PIC)为0.36。本研究运用的方法快速、可靠、准确度高,为以后开展肉兔生长性状基因的SNP分型和检测等奠定了基础。     

绵羊孕酮受体基因的PCR-SSCP分析

作者设计3对引物,采用PCR-SSCP方法检测孕酮受体（progesterone receptor,PGR）基因DNA结合区和配体结合区序列在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊和湖羊）和低繁殖力绵羊品种（多赛特和特克赛尔）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对绵羊繁殖力的影响;对小尾寒羊PGR基因外显子5、6和9克隆测序,结合GenBank提供的绵羊PGR基因部分编码序列,拼接出绵羊PGR基因DNA结合区和配体结合区的完整序列,推导出编码的氨基酸序列;并将人、兔、狗、绵羊、小鼠和大鼠的PGR基因这两个区域的核苷酸与氨基酸序列进行比较。结果表明,PGR基因DNA结合区和配体结合区序列在所检测的4个绵羊品种中都不存在单核苷酸多态性;人、兔、狗、绵羊、小鼠、大鼠PGR基因DNA结合区和配体结合区的核苷酸序列同源性分别为88.6%~97.2%和84.4%~96.3%,氨基酸序列同源性分别为97.6%~100%和96.3%~99.6%。可见,哺乳动物PGR基因DNA结合区和配体结合区序列保守性很强,这两个区域可能不是影响绵羊高繁殖力的功能结构域。     

5号染色体两候选SNP基因定位以及与绵羊臀尾性状的关联分析

脂尾(臀)性状是绵羊逆境生存的耐逆性状,其臀尾部大量储积脂肪的基因组变异研究目前仍是空白。本研究以国外新近报道的5号染色体上存在的可能与尾脂性状相关联的两处SNP为研究对象,分别采用PCR-RFLP和PCR-SSCP的方法检测两SNP在我国尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊、细毛羊以及藏羊群体中的多态性、基因型与等位基因分布,验证两SNP是否可作为我国低脂绵羊新品种培育的分子标记。研究结果表明:两SNP在我国脂尾(臀)型阿勒泰羊、湖羊与瘦尾型中国美利奴羊细毛羊和藏羊群体中高度分化,两SNP的T等基因与A等位基因在瘦尾型绵羊品种中高频出现,存在与瘦尾性状密切相关的趋势,提示此两个SNP可作为选育低脂绵羊新品种的有效分子标记。     

SNP技术及其在畜牧业中的应用

单核苷酸多态性（sNP）是继限制性片段长度多态性和微卫星之后,新发展起来的第3代分析标记,具有密度高、双等位基因、易实现自动化检测的特点。作为新的遗传标记,SNP已广泛应用于基因定位、克隆和遗传多样性的研究。本文对SNP的概念、检测方法及其在畜牧业研究生产中的应用作一综述。并提出了SNP研究中遇到的一些问题。     

飞行时间质谱法检测水牛黑素皮质素受体4基因多态性

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)检测水牛黑素皮质素受体4(MC4R)基因的多态性(SNPs),为今后建立水牛辅助标记选择策略奠定基础。以水牛MC4R基因序列为模板,利用PCR扩增测序法筛查了水牛MC4R基因13个SNPs。为进一步验证筛选的可靠性,应用MALDI-TOF-MS针对380头水牛检测了8个标记的基因型。结果显示,平均检出率为98.0%,能够准确的检测出3种常见的基因型。所检SNP位点的平均最小等位基因频率(MAF)为0.24,平均杂合度为0.28,平均多态信息含量(PIC)为0.23。本研究建立的基于PCR测序法联合MALDI-TOF-MS检测水牛MC4R基因多态性的方法,具有快速、可靠和准确的特点,为今后开展水牛生产性状基因的SNP分型和检测等研究奠定了基础。     

三鸡种白细胞介素-1β基因多态与血清中白细胞介素-1含量相关性分析

本研究旨在通过检测鸡白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)基因部分区域单核苷酸多态位点,以期查找与血清中IL-1含量相关的遗传标记。根据红色原鸡IL-1β基因序列设计2对引物,利用PCR及单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism,SSCP)方法对如皋鸡、文昌鸡和安卡鸡进行单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphism,SNP)分析,并利用试剂盒ELISA法对56日龄血清IL-1含量进行检测。结果表明血清中IL-1含量安卡鸡极显著高于如皋鸡(P0.01)和文昌鸡(P0.001)。IL-1β基因476位点发生G→A突变、482位点发生T→C突变、1 215位点发生C→T突变、1 507位点发生T→C突变。对多态位点和IL-1含量作关联分析,只发现1 215位点与IL-1含量有关,TT基因型个体IL-1含量显著高于CC型个体。本研究初步表明IL-1β基因1 215多态位点可以作为抗病育种中的候选遗传标记。     

分子标记技术在绵羊育种中的应用现状分析

分子标记是以个体间核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平上的遗传多样性的直接反应。分子标记技术是在DNA水平上进行多态性分析的一种技术手段,具有效率高、准确度高的特点,在绵羊育种中有着广泛的应用。分子标记技术不仅可以对绵羊的基因进行定位,而且可以对绵羊群的遗传结构进行分析,重要的是可以进行绵羊的标记辅助育种,对绵羊的育种起重要作用。作者介绍了以Southern杂交、PCR扩增、重复序列和单核苷酸多态性（SNP）为基础的分子标记技术的基本原理及优缺点,重点介绍了这些分子标记技术在绵羊的体尺、屠宰、繁殖等性状中进行标记辅助选择时的应用,揭示了在实际生产中分子标记技术对于绵羊选种与选配、提高其经济价值的重要意义,并基于目前分子标记技术在绵羊育种中的运用,以及未来分子标记技术的应用作出展望。     

乌珠穆沁羊FS H R基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP).结果未发现多态.测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明:绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%.提示:为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据.     

乌珠穆沁羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性（SNP）。结果未发现多态。测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明：绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%。提示：为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据。     

分子标记技术在绵羊育种中的应用现状分析

分子标记是以个体间核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平上的遗传多样性的直接反应。分子标记技术是在DNA水平上进行多态性分析的一种技术手段,具有效率高、准确度高的特点,在绵羊育种中有着广泛的应用。分子标记技术不仅可以对绵羊的基因进行定位,而且可以对绵羊群的遗传结构进行分析,重要的是可以进行绵羊的标记辅助育种,对绵羊的育种起重要作用。作者介绍了以Southern杂交、PCR扩增、重复序列和单核苷酸多态性(SNP)为基础的分子标记技术的基本原理及优缺点,重点介绍了这些分子标记技术在绵羊的体尺、屠宰、繁殖等性状中进行标记辅助选择时的应用,揭示了在实际生产中分子标记技术对于绵羊选种与选配、提高其经济价值的重要意义,并基于目前分子标记技术在绵羊育种中的运用,以及未来分子标记技术的应用作出展望。     

Polymorphism of LAMB1 Gene and Its Association Analysis with the Fiber Diameter in Fine-wool Sheep

This study aimed to research the single nucleotide polymorphism (SNPs) of LAMB1 gene exon and its correlation with the fiber diameter in Fine-wool sheep.Based on DNA pools with the Re-sequencing technology to gain SNPs data,totally screened 20 SNPs of LAMB1 gene exon regions,at the same time,combining with direct sequencing method,PCR-SSCP and bioinformatics software to verify the accuracy of 10 missense mutations.The genetic effects of LAMB1 on fiber diameter at Xinjiang Kunes farm were analyzed by the GLM of SAS,totally 300 sheep.The results showed that 20 SNPs of LAMB1 gene were screened,which included 10 synonymous mutation SNPs and 10 non-synonymous mutation SNPs,after the validation,there were 7 missense mutation SNPs which led to the nature of protein change,3 SNPs were not mutated.LAMB1 protein became increasingly hydrophobic after mutating,predicting that was insoluble protein.TT genotype in the fiber diameter of the individual value was significantly higher than TC and CC genotypes on SNP5(P<0.05),GG and TT genotypes in the fiber diameter of the individual value was significantly higher than GT genotype on SNP9 (P<0.05).Although,all of the SNPs were completely detected by DNA pool with the Re-sequencing technology and minimized the false positives,it still need to be validated by direct sequencing.The results revealed that LAMB1 gene existed highly genetic diversity,mutated SNPs were unevenly distributed in exons,SNP5(rs159769941) and SNP9(rs159769901) could be considered as an effective genetic markers of Fine-wool sheep on fiber diameter.     

细毛羊LAMB1基因外显子多态性及其与羊毛纤维直径的关联性分析

试验旨在研究LAMB1基因外显子在细毛羊中的多态性及其与羊毛纤维直径的关联性。基于DNA池重测序技术获得的SNPs数据,共筛选LAMB1基因外显子区域20个SNPs,利用直接测序法、PCR-SSCP及生物信息学软件对10个错义突变SNPs的准确性进行验证,利用SAS 8.1的GLM程序分析其对新疆巩乃斯种羊场育种核心群300只细毛羊的遗传效应及与被毛纤维直径的关联性。结果表明,20个SNPs中10个是同义突变SNPs;10个错义突变SNPs验证后7个发生错义突变,导致蛋白性质改变,3个呈假阳性。突变后LAMB1蛋白疏水性更强,预测是不可溶性蛋白。SNP5中TT基因型个体纤维直径显著高于TC和CC基因型个体（P<0.05）,SNP9中GG和TT基因型个体纤维直径显著高于GT基因型个体（P<0.05）。虽然DNA混池全基因组重测序技术完整地检测到基因的SNPs,并将假阳性最小化,但还需要对结果进行验证。研究揭示LAMB1基因外显子多态性丰富,突变SNPs在外显子中分布不平衡,LAMB1基因SNP5（rs159769941）和SNP9（rs159769901）可以考虑作为影响细毛羊被毛纤维直径的有效遗传标记。     

Study on the Relationship between the Polymorphisms of PRLR Gene and Lactation Traits in Jiangyue Donkeys

In this study, the single nucleotide polymorphism of prolactin receptor (PRLR) gene and its correlation with the lactation traits in Jiangyue donkeys was tested, and the molecular genetic marker of breeding Jiangyue donkeys was explored.120 individuals were analyzed association of PRLR gene polymorphism with lactation traits in Jiangyue donkeys. Genetic polymorphism of PRLR gene flanking region was detected by PCR-SSCP method. The results showed that there was 1 mutation in PRLR gene and 2 genotypes of AA and AB, and allele A was the dominant allele. The SNP g.29764584 C>G was identified of PRLR gene by sequencing, and it was a synonymous mutation, did not cause amino acid changes. Statistical results indicated that the SNP was significantly associated with average daily milk yield and protein percentage in Jiangyue donkey (P<0.05),there was no significant in the lactin percentage(P>0.05). The mutation might be as crucial DNA genetic marker for lactation performance selection in Jiangyue donkeys.     

疆岳驴催乳素受体基因多态性及其与泌乳性状间的相关性分析

试验旨在研究疆岳驴催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）基因多态性及其与泌乳性状间的关系,探寻可用于疆岳驴选育的分子遗传标记。随机选取120头疆岳驴,对疆岳驴的泌乳性能指标进行测定,并运用PCR-SSCP方法对疆岳驴PRLR基因侧翼区进行多态性分析。结果显示,PRLR基因在疆岳驴群体中存在2种基因型：AA和AB,A为优势等位基因;测序结果显示,PRLR基因的碱基突变位置为g.29764584 C>G,该突变为同义突变,没有导致编码的氨基酸发生改变;经关联分析,PRLR基因AB基因型个体平均日泌乳量显著高于AA基因型（P<0.05）,AA基因型个体乳蛋白率显著高于AB基因型（P<0.05）,在乳糖率上差异不显著（P>0.05）。疆岳驴PRLR基因突变与泌乳性状存在关联性,推测PRLR基因可以作为疆岳驴乳用型选育的分子遗传标记之一。     

芯片技术在畜禽育种中的应用研究进展

中国畜禽品种资源丰富,且有许多优良性状基因,但这些优良性状基因并没有被充分利用,因此,在基因水平上开展遗传资源的开发和利用是畜禽经济性状改良的重要方向。目前,虽然传统系谱选择方法在育种工作中发挥了重要作用,但存在准确率低、育种周期长等缺点。随着分子生物学技术的快速发展,近年来先进的基因组测序和基因分型技术大大促进了畜禽育种方法的革新。从低通量、耗时的限制性片段多态标记（RFLP）到如今高通量、高密度的单核苷酸多态性（SNP）标记,基因检测效率有了大幅度提高。基因芯片技术在分子标记辅助选择和全基因组选择育种研究中逐渐得到广泛应用,成为畜禽育种的新技术手段和新热点。主要介绍了高、低密度SNP芯片技术在畜禽育种中的研究及应用,并简述了其技术优势、存在问题及挑战、应用展望,旨在表明基因芯片技术必将会成为畜禽分子育种工作中一项重要的基础技术,在畜禽种业快速发展过程中起到重要的推动作用,以期为基因芯片技术在畜禽育种中得到进一步应用提供理论参考,推进中国畜禽育种遗传进展,提升中国畜禽种业的科技竞争力。     

京海黄鸡斑联蛋白基因外显子9 SNP位点及其与屠宰性能的相关性研究

以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白(zyxin)基因外显子9的SNP,探讨zyxin基因该位点多态性与京海黄鸡屠宰性状之间的关系。结果发现该位点存在1个SNP突变位点,表现为3种基因型:AA、AB和BB。统计分析表明,公鸡的胸肌重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05),活体重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05);母鸡的活体重、头重、爪重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05),全净膛重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05)。     

单核苷酸多态性在猪育种中的应用

单核苷酸多态性(single nucleotide polgmorphisms,SNP)作为第3代分子遗传标记,已广泛应用于动物遗传育种、基因定位、克隆和遗传多样性等方面的研究。笔者对SNP的概念、检测方法及在猪育种上的研究进行了详细的阐述,并对SNP的应用前景进行了展望。     

变性高效液相色谱检测技术在微生物领域的应用

变性高效液相色谱法（DHPLC）是一种高通量筛选DNA序列变异的新技术。本文从该技术的工作原理、主要特点以及其在耐药检测、基因分型和鉴定、混合微生物分离鉴定等微生物领域的应用方面作了较详细的综述。     

信阳水牛GHRH基因第二外显子的SNPs检测

[目的]检测信阳水牛群体GHRH基因的SNP多态性。[方法]以56头信阳水牛为材料,采集血样,提取基因组DNA,以GenBank公布的牛GHRH基因(gi:194719389)序列作为参照序列,设计PCR引物,采用PCR-SSCP和DNA测序方法对该基因第二外显子的进行突变检测。[结果]经SSCP分析发现,这些个体总共出现六种不同的带型。测序结果表明:位于GHRH基因的4 461bp、4 529bp、4 845bp、5 053bp和5 058bp处分别存在C→T、T→G、G→A、G→A和G→T五个单核苷酸突变。[结论]表明该基因在信阳水牛群体中单核苷酸多态较为丰富。     

Efficient screening of the cystinuria-related C663T Slc3a1 nonsense mutation in Newfoundland dogs by denaturing high-performance liquid chromatography.

Cystinuria in Newfoundland dogs is a metabolic disease associated with a nonsense mutation in the exon 2 of the Slc3a1 gene. Similar to type I human cystinuria, heterozygote carriers are not affected by the disease and do not reveal differences in urinary concentration of dibasic amino acids when compared with normal dogs. However, through a recessive mode of inheritance, these dogs are able to transmit the disease to their offspring. Early detection of mutation carriers through cost-effective reliable methods is therefore essential for the implementation of breeding methods aimed at the eradication of the disease. Denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) is a recently developed technique for rapid and efficient screening of nucleotide polymorphisms in polymerase chain reaction-amplified products. This technique was used for the identification of the C663T Slc3a1 mutation in Portuguese Newfoundland dogs. Polymerase chain reaction products amplified from a region containing the C663T locus were subjected to DHPLC analysis, and results were double checked by DNA sequencing. Results showed the presence of the mutation in 6 of the 22 dogs tested. Urine biochemical parameters correlated well with the number of mutated Slc3a1 copies, and homozygotes for the C663T mutation were the only dogs diagnosed with cystinuria. Sequence analysis confirmed the DHPLC results, demonstrating that the technique could be a reliable alternative to sequencing for the rapid and cost-effective identification of mutations in canine breeds.