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1.
任永丽  代金彩  赵年桦  赵贺  魏杰  聂竹兰 《水产学报》2022,46(12):2274-2285
为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析(AMOVA)均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。贝叶斯法(BI)构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。  相似文献   

2.
半滑舌鳎DNA的群体遗传变异   总被引:11,自引:1,他引:10  
采用AFLP、RAPD和线粒体细胞色素b基因(Cytb)片段序列分析技术对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)群体遗传变异进行研究。分别采用5对选择性引物和18条随机引物对半滑舌鳎3个群体(黄海野生群体、渤海野生群体、养殖群体)进行分析。AFLP和RAPD分析结果表明,黄海群体的遗传多样性高于渤海群体,养殖群体的遗传多样性最低。利用Shannon多样性指数和基因分化系数进行遗传变异来源估算,结果表明,遗传变异主要来自于群体内。同其他鱼类相比,半滑舌鳎群体遗传多样性水平较低。对黄海、渤海野生群体共37个个体的线粒体Cytb基因片段序列进行分析,共检测出5种单倍型,渤海群体内个体序列完全相同,共享单倍型H1;在黄海群体中除检测到单倍型H1外,还检测到其余4种单倍型。Cytb序列分析结果表明,黄海群体遗传多样性较渤海群体丰富,个体间序列变异很小,个体间核苷酸差异数在0~1之间,两群体间无显著遗传差异。通过比较3种分子标记对半滑舌鳎群体间遗传差异的检测和群体间遗传距离的计算,显示AFLP标记对群体间遗传差异的检测最为灵敏,是一种理想的分子标记。  相似文献   

3.
为了解东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)大、中、小3种表型群体间的遗传分化和结构,利用线粒体NADH脱氢酶亚基2(ND2)基因,对东南太平洋大、中、小3种表型群,共90尾性成熟茎柔鱼样本进行群体遗传学研究.ND2基因序列测序结果显示3个表型群总的单倍型多样性指数(Hd)为0.818,核苷酸多样性指数(P...  相似文献   

4.
本研究采用线粒体COI序列为分子标记,探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术,获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示:COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点,定义14种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508~0.803,核苷酸多样性为0.002 41~0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自于群体内,遗传分化指数(FST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示,单倍型分化为2个分支,但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明,鲢群体没有显著偏离中性选择,群体大小保持相对稳定。  相似文献   

5.
通过线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)和细胞色素b(Cytb)基因2个分子标记对阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)冬生群体与秋生群体的遗传变异进行了研究,并检验了冬生群体在时间上的遗传差异。结果显示,基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为11、0.535±0.066、0.002 24±0.001 59和1.243。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为7、0.528±0.058、0.002 65±0.001 89和1.222。2个分子标记均揭示:阿根廷滑柔鱼2个产卵群体具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。单倍型邻接树、分子方差分析(AMOVA)及两两群体间的遗传分化系数F st均表明,阿根廷滑柔鱼2个产卵群体间的遗传差异不显著,不存在显著的群体遗传结构。此外,冬生群体在时间上的遗传差异也不显著,。可见,阿根廷滑柔鱼产卵群体间具有频繁的基因流。推测与该物种为大型洄游性种类,生命周期短,以及海洋环流有关。  相似文献   

6.
分析长鳍吻鮈群体遗传结构和遗传多样性,为研究过度捕捞、水电开发等人类活动对长鳍吻鮈的长期生态学效应及其物种适应机制提供基础数据,同时也为该物种保护策略的制定和调整提供科学数据支持。2014和2015年,于长江上游干流江津、宜宾、皎平渡和格里坪采集长鳍吻鮈,利用线粒体控制区序列的特异性引物,通过PCR扩增以及序列测定,获得125份长鳍吻鮈线粒体控制区序列。结果表明:125尾长鳍吻鮈样品共检测到多态位点25个,单倍型30种,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.785和0.00140;中性检验(Tajima's D为-1.97524,P0.05;Fu's Fs为-31.374,P=0.000)和序列错配分布结果表明,长江上游长鳍吻鮈历史上经历过"遗传瓶颈"和种群扩张;分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间的遗传变异绝大部分来源于群体内部(99.07%),群体间无显著遗传分化(Fst=0.00933,P0.05);单倍型网络、Kinura 2-Parameter遗传距离和平均基因流均显示,4个长鳍吻鮈群体间存在广泛的基因交流,群体间无遗传分化。各群体间没有显著遗传分化,基因交流频繁,可将长江上游长鳍吻鮈作为单一的进化显著单元(ESU)进行管理。  相似文献   

7.
为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。  相似文献   

8.
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体最低。由群体间遗传距离、系统进化树和单倍型网络关系图发现,东海区海域三疣梭子蟹种群间存在基因交流,亲缘关系的远近不以地理位置的远近为依据;AMOVA分子方差分析结果显示,三疣梭子蟹的遗传变异主要来自群体内,而群体间无显著遗传分化,不存在明显的地理趋势。  相似文献   

9.
福建近海竹荚鱼线粒体DNA控制区和细胞色素b遗传多态性   总被引:3,自引:0,他引:3  
测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt 6)序列.获得了长度为861~866 bp的控制区全序列.60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093.930 bp的cyt 6部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.3360 cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型.竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽东群体.构建的单倍型系统树未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇,群体间的遗传距离(0.01)也较小.分子方差分析(AMOVA)显示,2个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化.中性检验和核苷酸不配对分析显示,福建近海竹荚鱼近期经历过种群扩张.种群扩张、扩散能力和东海环流可能促进闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼群体间频繁的基因交流,并导致群体间较高的遗传同质性.  相似文献   

10.
为探讨长江口中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)放流亲蟹与野生群体的遗传多样性和遗传结构的差异,对77个放流和野生亲蟹个体进行了线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列的比较分析,结果表明:所检测的样本共计77个COⅠ基因序列(630 bp)中,变异位点(V)41个,简约信息位点(P)37个,A+T(61.7%)的含量明显高于C+G(38.3%),表现出较为明显的碱基组成偏倚性;两个群体共检测出15种单倍型,其中单倍型Hap-1出现频率最大,为两个群体所共享,放流和野生群体各具有5种独有单倍型;两个群体的单倍型多样性指数(H)为0.825,核苷酸多样性指数(π)为0.004 66,平均核苷酸变异数(K)为2.910,其中野生群体的单倍型多样性指数(0.833)和核苷酸多样性指数(0.007 70)均高于放流群体(0.810和0.002 11)。AMOVA分子方差分析表明,长江口中华绒螯蟹放流与野生群体总的遗传变异主要来自群体内,其中96.53%遗传变异来自各群体内部,3.47%遗传变异来自群体间。群体内遗传分化指数(FST)野生群体(0.034 75)高于放流群体(0.034 57),两个群体间遗传分化指数(FST)为0.034 66(P0.05),两个群体遗传分化不显著。两个群体间的基因流(Nm)为13.93(Nm1),表明放流群体和野生群体的基因交流较为频繁。  相似文献   

11.
为探明大坝建设及过度捕捞等可能会对圆筒吻鮈资源造成的影响,采用线粒体DNA Cyt b基因序列对长江中上游宜宾、泸州、合江、江津、巴南、涪陵和黄冈7个圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)群体进行研究,分析其遗传多样性及遗传结构。结果表明:在获得的998 bp序列长度中检测到14个变异位点,140尾样本定义15个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.625、0.000 77,说明圆筒吻鮈种群遗传多样性较贫乏。分子变异方差分析(AMOVA)表明圆筒吻鮈地理群体间未出现显著遗传分化。单倍型Network网络分析呈星型结构,邻接系统发育(NJ)树显示单倍型没有出现高支持率的分支,表明群体内部没有发生遗传分化。中性检验、错配分布及BSP分析均表明圆筒吻鮈发生历史种群扩张事件,种群扩张发生在0.06 Ma(百万年前)。综上表明,圆筒吻鮈的群体遗传多样性较低,群体间遗传分化不显著,建议将圆筒吻鮈群体作为一个整体就地保护,并在今后应加强长期监测。  相似文献   

12.
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005~0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点...  相似文献   

13.
研究洞庭湖不同地理群体河蚬的遗传多样性和遗传结构,为其资源合理开发和有效保护提供参考。在6个样点共采集河蚬126只,以线粒体细胞色素b基因部分序列为分子标记,分析扩增与测序后基因序列的单倍型及多样性、核苷酸多样性,计算群体间遗传分化指数等。获得长531bp的序列片段,共检出5种单倍型,变异位点10个;平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.559和0.006。6个河蚬群体间的遗传距离为0.006~0.007;遗传分化指数和AMOVA分析显示,河蚬群体间遗传分化低,遗传变异主要来自群体个体内。最大似然法构建的系统进化树中,单倍型DTH1和DTH5聚为一支,DTH2、DTH3、DTH4聚为另一支。中性检验结果显示洞庭湖河蚬群体相对稳定,没有经历过瓶颈效应和突然的群体萎缩等历史事件。洞庭湖6个河蚬群体间不存在显著的遗传差异,可将其作为一个整体进行管理和保护。  相似文献   

14.
根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈(Maccullochella peelii)引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体COI的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTAL X(1.83)软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5.0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数(H)为5,单倍型多样性(Hd)为0.300,核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)为分别为0.00073和0.473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNA COI基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。  相似文献   

15.
使用线粒体COⅠ基因部分序列作为遗传标记,分析了中国海南岛8个弹涂鱼(Periophthalmus modestus)地理群体的遗传多样性、遗传分化、种群历史动态,以为更好的保护弹涂鱼种质资源提供依据。采集的236尾弹涂鱼样本的COⅠ基因片段序列共检测到59种单倍型,总体单倍型多样性较高(0.861±0.019),核苷酸多样性偏低(0.004 39±0.000 24);基于单倍型的邻接关系树没有呈现与地理群体成谱系的结构;分子方差分析表明,遗传变异主要来自群体内(99.36%);遗传分化指数(Fst)显示,三亚与临高、东方两个群体存在中等程度遗传分化;群体间基因交流频繁,核苷酸不配对分布和中性检验表明,部分地方群体曾经发生过扩张。海南岛弹涂鱼整体遗传分化程度不高(Fst=0.006 37),是一个随机交配的群体,遗传多样性较低,建议加强弹涂鱼资源的保护。  相似文献   

16.
为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。  相似文献   

17.
不同地理群体裸体方格星虫遗传结构及种群分化研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究对福建长乐、古雷、晋江海区裸体方格星虫自然群体91个个体的线粒体COI基因进行序列测定,并与厦门、北海、三亚3个地理群体15个个体的线粒体COI基因序列进行了比较分析。在106个个体中共发现193个核苷酸多态位点和52个单倍型,长乐、古雷、晋江海区3个地理群体中单倍型多样性指数(h)在0.626到0.972之间,核苷酸多样性(π)在0.00155到0.01325之间,表现出较高的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示1.97%的变异存在于群体内,而群体间的遗传变异为98.03%,群体间变异是总变异的主要来源。构建的单倍型系统关系树显示单倍型聚合为A、B、C、D 4个不同的具有高支持率的分支,表明我国沿海至少存在4个线粒体具显著差异的类群,并可能存在隐蔽种。单倍型最小拓展网络图揭示裸体方格星虫类群A存在福建沿海和北部湾两个明显的分支,是否可提升为亚种有待进一步考证。研究结果为中国沿海裸体方格星虫种质资源保护、人工苗种放养及遗传育种工作的开展提供了依据。  相似文献   

18.
不同倍性团头鲂群体的线粒体DNA 分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
测定了来自5个不同倍性团头鲂(Megalobrama amblycephala)群体(4n-F1、正交3n、反交3n、异源3n、二倍体2n)57个个体的线粒体DNA控制区、细胞色素b基因、16S rRNA基因和COⅡ基因序列,通过对这4段基因序列的联合分析,研究了5个不同倍性团头鲂群体的遗传变异。这4个基因片段的长度分别为:控制区937bp,细胞色素b基因1140bp,16S rRNA基因片段564bp,COⅡ基因片段642bp。将4个基因片段合并为1条总长度为3283bp的片段:在这条3283bp片段中,T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为27.18%、25.45%、30.71%、16.66%。57个个体中确定了55种单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,五群体的单倍型多样度在0.9848-1.0000之间,显示不同倍性团头鲂群体内单倍型类型丰富。5个群体内各序列平均核苷酸差异数(目在8.000-24.273之间,核苷酸多样性指数(π)在0.2483%~0.7866%之间:群体间遗传距离范围为0.0039~0.0106,显示不同倍性团头鲂群体遗传多态性丰富。核苷酸多样性指数(π)、平均核苷酸差异数(K)和核苷酸序列间平均遗传距离在5个群体间的变化趋势一致,由大到小依次为反交3n、异源3n、正交3n、同源4n-F1、二倍体2n。而且,反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的核苷酸多样性指数(π)、平均核苷酸差异数(K)以及核苷酸序列间平均遗传距离均显著大于2n群体(P〈0.05)。结果表明,反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的遗传多样性水平显著高于2n群体。[中国水产科学,2008,15(2):222-229]  相似文献   

19.
茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)~(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)~(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及Fst分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。  相似文献   

20.
不同地理群体乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性   总被引:2,自引:2,他引:0  
为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fst)、基因交流值(Nm)和分子方差分析(AMOVA)均表明,3个乌鳢群体具有较高的遗传分化,白洋淀群体和平原县群体间存在一定的基因交流。  相似文献   

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