不同年龄段川金丝猴肠道菌群结构差异分析

本试验旨在分析幼年、成年、老年川金丝猴肠道菌群结构以及随年龄变化的趋势。将提取的幼年、成年、老年川金丝猴粪样总DNA进行聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCRDGGE),对结果进行UPGMA聚类分析、主成分分析、生物多样性比较。用荧光定量PCR技术检测肠道菌群中真细菌、乳酸杆菌属(Lactobacillus spp.)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、双歧杆菌属(Bifidobacterium spp.)的数量。结果显示:无论是UPGMA聚类分析,还是主成分分析以及生物多样性比较均表明,不同年龄段川金丝猴肠道菌群多样性存在明显差异;指纹图谱中成年与幼年川金丝猴的优势条带较多,老年川金丝猴的优势条带则较少。各年龄段川金丝猴肠道菌群中真细菌的数量都为同一数量级(1011);幼年川金丝猴肠道菌群中Enterobacteriaceae的数量显著少于成年和老年川金丝猴(P0.05);成年川金丝猴肠道菌群中Lactobacillus spp.的数量极显著多于幼年和老年川金丝猴(P0.01);老年川金丝猴肠道菌群中Bifidobacterium spp.的数量极显著少于成年和幼年(P0.01)。由此得出,川金丝猴肠道菌群随年龄增长,多样性呈幼年到成年增加、成年到老年降低的趋势,老年时期优势菌群显著减少;此外,川金丝猴肠道各菌群的数量在不同年龄段有较大差异。     

肉牛黄体期和卵泡期阴道菌群结构的比较研究

为了研究生殖激素对阴道菌群的影响,选取7头健康肉牛,分别采集黄体期和卵泡期阴道分泌物,提取细菌总DNA,根据DGGE克隆测序结果,选择5种特异性细菌,利用荧光定量PCR技术检测各细菌数量。结果表明,总菌、大肠杆菌、鞘氨醇单胞菌和睡眠嗜血杆菌菌群数量在两组间无显著差异(P0.05),但黄体期链球菌属数量显著高于卵泡期(P0.01),卵泡期乳杆菌属数量显著高于黄体期(P0.05)。结果提示,肉牛黄体期与卵泡期的阴道菌群结构存在显著差异。     

不同日粮模式对赤大袋鼠粪样微生物菌群的影响

通过饲喂赤大袋鼠不同模式日粮,运用Mi Seq高通量测序技术研究赤大袋鼠粪样菌群组成及多样性的变化。选取圈养条件下的12只年龄相近、健康状态、营养状况良好的成年赤大袋鼠,随机分成3个处理组,分别饲喂低多汁料低精料(A组)、中等多汁料精料(B组)和高多汁料高精料(C组),各处理组分别收集粪便用于Mi Seq高通量测序。结果显示:各处理组粪样细菌OTU数量相近;各组粪样中所含细菌的种类未出现明显变化(P0.05);在门水平上,各组粪样菌群中优势菌群厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度变化不大,所呈现的变化趋势不显著(P0.05)。在属水平上,未分类瘤胃球菌科(uncultured Ruminococcaceae)和未分类普雷沃氏菌科(uncultured Prevotellaceae),分别为第一和第二位优势菌属,其中处理组二的uncultured Ruminococcaceae显著高于其他2组(P0.05),而uncultured Prevotellaceae显著低于其他2组(P0.05)。结果表明,不同日粮模式对赤大袋鼠粪样菌群不会产生明显影响。与其他哺乳类的食草动物一样,赤大袋鼠粪样中有非常丰富的微生物,厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门。     

哺乳期幼驼与成年母驼粪便菌群多样性分析

【目的】探究准噶尔双峰驼哺乳期幼驼和成年母驼粪便菌群结构组成及多样性变化,为幼驼肠道健康发育提供重要依据。【方法】选取6～7岁体况相近的健康成年母驼12峰,以及出生日期相近(3月龄)的哺乳期母幼驼12峰,母驼与幼驼在相同饲养环境下饲养。采用直肠取粪法采集粪样,用于粪便内容物细菌16S rDNA的V3-V4区测序,并对测序数据进行相应分析。【结果】母驼粪便菌群Chao1和Shannon指数均显著高于幼驼(P<0.05);在门水平上,母驼和幼驼粪便中位于前十的菌均为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、变形菌门、软壁菌门、螺旋体门、TM7、放线菌门、蓝藻菌门和纤维杆菌门,其中幼驼粪便中变形菌门和软壁菌门丰度均极显著高于母驼(P<0.01);在科水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌均为瘤胃球菌科、消化链球菌科、毛螺菌科、梭菌科、克里斯滕森菌科、理研菌科、疣微菌科、拟杆菌科、艰难杆菌科和普雷沃氏菌科,其中母驼粪便中消化链球菌科和梭菌科的丰度均极显著高于幼驼(P<0.01),而幼驼粪便中毛螺菌科的丰度极显著高于母驼(P<0.01);在属水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌属均为梭...     

健康与腹泻断奶仔猪肠道菌群的研究

为了解腹泻仔猪肠道菌群的变化,从而科学有效地防治断奶仔猪腹泻,选择吉林农业科技学院实习猪场的35日龄断奶仔猪20头,分成健康组(10头)和腹泻组(10头),采用无菌手术的方法,从活体仔猪肠道内采集肠内容物,进行细菌的分离培养及鉴定。结果表明:从十二指肠、回肠、结肠三种肠段中测得8种细菌,随着肠段的后移细菌数量逐渐增加。健康仔猪肠道内有益优势菌群为乳杆菌拟杆菌双歧杆菌;腹泻仔猪肠道内有害优势菌群为大肠杆菌沙门氏菌。腹泻组仔猪肠道内乳杆菌、拟杆菌、双歧杆菌的数量较健康组明显下降,大肠杆菌、沙门氏菌的数量较健康组明显上升,差异均显著(P0.05),肠球菌、梭菌、葡萄球菌的数量无显著变化(P0.05)。     

ST酿酒酵母基因工程菌对大鼠肠道菌群的影响

为了研究ST酿酒酵母基因工程菌对大鼠肠道菌群的影响,试验将90只SPF级SD大鼠随机分为空白对照组、工程菌组及酵母菌组,分别灌服生理盐水、工程菌菌液、酿酒酵母菌菌液,持续21 d后连续3 d灌服大肠杆菌H10407菌液,分别收集灌胃7,14,21天及攻毒后的各组大鼠粪便,提取粪便细菌DNA,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)、实时荧光定量PCR检测了ST酿酒酵母基因工程菌对肠道菌群微生物可操作单元(OTU)和肠道5种重要细菌(类杆菌、梭菌、肠球菌、双歧杆菌和乳杆菌)数量的变化,并测定了肠道菌群pH值。结果表明:在灌胃期间,工程菌组及酵母菌组的OTU值和双歧杆菌、梭菌数量极显著高于空白对照组(P0.01),其他细菌数量均不同程度升高。各组pH值均呈现下降趋势,第21天时,工程菌组及酵母菌组pH值极显著低于空白对照组(P0.01)。攻毒产肠毒素大肠杆菌后,工程菌OTU值和类杆菌、乳杆菌、双歧杆菌数量均极显著高于其他两组(P0.01),pH值极显著高于空白对照组(P0.01)。与灌服前相比,工程菌组的OTU值、细菌数量及pH值均变化幅度最小。说明ST酿酒酵母基因工程菌能够改善肠道菌群结构,丰富肠道菌群多态性,降低pH值,增加有益菌群的数量。当动物机体受到产肠毒素大肠杆菌感染时,ST酿酒酵母基因工程菌能够有效降低产肠毒素大肠杆菌对肠道菌群的破坏,发挥预防保护作用,维持肠道内菌群稳定。     

聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术分析1只死亡野生川金丝猴胃肠道菌群多样性

本试验旨在对1只死亡野生川金丝猴的胃肠道菌群多样性及其克隆测序条带的系统进化树进行分析。取死亡野生川金丝猴胃肠道内容物,进行聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析,结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分分析(PCA)检测菌群多样性并构建系统进化树。结果显示:1)野生川金丝猴整个胃肠道栖息着大量细菌,且来自胃、小肠的样品聚为一大簇,来自大肠的样品聚为一簇,而来自粪便的样品单独聚为一簇。2)从DGGE图谱上共回收18个条带,细菌种类鉴定主要是5个菌门,分别为变形菌门(Proteobacteria,38.89%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.22%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,5.56%)、放线菌门(Actinobacteria,5.56%)、疣微菌门(Verrucomicrobia,5.56%)和不可培养菌(uncultured bacterium,22.22%)。其中,变形菌门和厚壁菌门分布于整个胃肠道。3)菌群的系统进化树分析表明,仅有1种不可培养菌与已鉴定的粪肠球菌进化分类相似,而其他不可培养菌与已知的菌种进化分支差异较大,说明在野生川金丝猴的胃肠道中仍有大量的菌群信息未被鉴定。结果提示,本试验测定的1只死亡野生川金丝猴的胃肠道优势菌群为变形菌门,菌群多样性随着胃肠道由前至后的顺序呈现高—低—高的趋势。     

抗性淀粉对饮食诱导肥胖大鼠排便状况及肠道菌群的影响

本试验旨在探讨抗性淀粉(RS)对饮食诱导肥胖(DIO)大鼠排便状况及肠道菌群的影响,为合理利用RS提供依据。选用100只健康雄性SD大鼠,随机分为2组,对照组10只饲喂基础饲粮,高脂组(HF组)90只饲喂高脂饲粮,7周后根据体重从HF组筛选出DIO大鼠27只,随机分为3组,每组9只,分别为HF组(饲喂高脂饲粮)、高脂饲粮抗性淀粉组(HFRS组,饲喂含10%RS的高脂饲粮)、高脂饲粮抗性淀粉+硫酸葡聚糖(DS)组(HFRS+DS组,饲喂含10%RS的高脂饲粮),试验期间HFRS+DS组每天用5%DS 1 m L灌胃,其他组分别用蒸馏水1 m L灌胃,试验期5周。于第7、12周收集新鲜成形大便1 g,稀释后用选择性培养基进行肠球菌、肠杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、类杆菌检测并计数菌落总数。结果表明:1)试验第7周时,与对照组相比,HF组大鼠粪便湿重、粪便含水率以及粪样中肠球菌、双歧杆菌、乳酸菌、类杆菌数量显著降低(P0.05),粪便颗粒数、粪样中肠杆菌数量显著升高(P0.05)。2)试验第12周时,与对照组相比,HF组DIO大鼠粪便湿重、粪便含水率以及粪样中肠球菌、双歧杆菌、乳酸菌、类杆菌数量显著降低(P0.05),粪便颗粒数、粪样中肠杆菌数量显著升高(P0.05);与HF组相比,HFRS组DIO大鼠粪便湿重、粪便干重、粪便含水率以及粪样中肠球菌、双歧杆菌、乳酸菌、类杆菌数量均显著升高(P0.05),粪便颗粒数、粪样中肠杆菌数量显著降低(P0.05);与HFRS组相比,HFRS+DS组DIO大鼠粪便湿重、粪便含水率以及粪样中双歧杆菌、乳酸菌、类杆菌数量显著降低(P0.05),粪样中肠杆菌、肠球菌数量显著增加(P0.05)。由此可见,本试验条件下,RS可改善DIO大鼠排便状况和高脂饲粮造成的肠道菌群紊乱。     

成年马鸡肠道正常菌群的检测

为了解成年健康马鸡的肠道菌群结构.采用滴注接种法,在选择性培养基上需氧或厌氧培养后,定性定量检测4种马鸡新鲜粪便中的细菌浓度,并对其进行比较分析.所检测的细菌(大肠杆菌、肠球菌、乳酸杆菌、拟杆菌、双歧杆菌、真杆菌、梭菌、链球菌和葡萄球菌)浓度统计分析结果表明,4种马鸡新鲜粪便中同种细菌浓度之间差异均不显著.本研究对马鸡的其他相关基础研究具有一定的借鉴作用.     

PCR-DGGE分析白犀牛粪样菌群多样性

为研究不同食谱下白犀牛粪样菌群多样性变化,分别采集5头以青草为主食谱和以干草为主食谱的犀牛粪样,提取总细菌核酸,利用基于16S rRNA基因的变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术进行菌群分析。结果表明:在2种食谱条件下,5头犀牛粪样细菌DGGE图谱均出现较多条带;同一食谱时,5头犀牛样品存在较多共有条带。相似性分析显示,所有犀牛样品间的相似性较高,大于55%。各个体间,犀牛B、C和E样品归于同一簇,相似性大于70%;更换食谱后,未出现样品归于同一簇规律。与夏季青草为主食谱相比,冬季更换以干草为主食谱后,5头犀牛粪样细菌菌群的Shannon多样性指数显著升高(P<0.05)。结果提示,不同季节更换食谱在一定程度上会影响犀牛粪样菌群区系。