利用SNP标记划分玉米自交系杂种优势类群

利用4550个SNP位点对80份玉米自交系进行遗传分析,质控后剩余79份自交系用于后续分析;多态性信息含量(PIC)平均值为0.39;79 份自交系间的遗传相似度变化范围为 24.9%～99.9%,平均遗传相似度为51.2%。根据遗传距离信息,利用NJ聚类法将79份玉米自交系划分为两大类、7个亚群。一类包含瑞德、黄改、P群和Lancaster;一类包含Iodent、迪卡选系和先锋改良群。其中系谱来源不清晰的玉米自交系均被划分至不同类群中,明确了其优势类群。     

基于 SNP 标记分析玉米品种新科 910 的遗传基础和杂种优势模式

为了分析玉米品种新科 910 的遗传基础和杂种优势模式,利用中玉芯 1 号芯片对新科 910 的双亲自交系（母本K381、父本 H865）进行全基因组扫描,获得多态性标记 4167 个,结果显示,遗传相似度分析、群体聚类分析、主成分分析和群体结构分析结果基本一致。母本 K381 为改良瑞德类群,父本 H865 为塘四平头类群,新科 910 的杂种优势模式为改良瑞德 × 塘四平头,这为新科 910 双亲的后续改良与创新奠定了基础,为杂交组配等育种工作提供了依据。     

SNP标记在玉米分子育种中的应用

SNP是第三代分子标记技术,在玉米分子育种方面具有广泛的应用。对SNP标记的概念、特点和相关的SNP技术类型进行介绍,并从玉米遗传多样性分析、构建遗传图谱及QTL分析、全基因组关联分析、品种真实性和纯度鉴定等方面的应用进行了论述。为SNP分子标记在玉米分子育种中的利用提供一些参考。     

利用 SNP 标记划分玉米地方种质杂种优势类群

利用 1021 个 SNP 标记对 20 份参照物和 100 份地方种质资源的基因型进行分析,结果表明,1021 个 SNP 标记在供试材料中的平均多态性信息含量（PIC）为 0.295,杂合率在 0~29.3% 之间,平均杂合率为 2.5% ;缺失率在 0~19.4% 之间,平均缺失率为 1.7%。120 份地方种质间遗传距离变化范围为 0.453~0.653。根据遗传距离信息,通过 NJ 聚类分析,将供试的 120份地方种质划分为 7 个杂种优势群,划群结果和系谱来源具有较好的一致性,100 份河南地方种质全部聚为一类,被划分为黄源群,表明来自河南的地方种质遗传背景相同,亲缘关系较近,纯合度较高。其中遗传距离最小的 2 个地方种质资源是短腿玉米和黄马牙,纯合度较高,遗传关系最近,遗传距离为 0.010。研究结果可作为杂优模式的选择依据。     

玉米新品种陕单8813的选育

玉米新品种陕单8813是陕西省农业科学院玉米研究所以自选系L102为母本，外引系瓦138为父本杂交育成。2003年通过陕西省农作物品种审定委员会审定。该品种具有产量高，抗病性强，籽粒品质好，适应性广的特点；春播生育期120~130d，夏播100~105d，适合陕西省及其同类地区春播或早夏播种植。     

木荷SNP标记开发及遗传多样性分析

为了开发木荷(Schima superba)基因组的SNP位点，并基于SNP分子标记技术，从DNA分子水平上揭示木荷种质资源遗传多样性和变异规律。本研究选取广东、福建和江西三省的15个群体(种源)、共179个木荷单株为研究材料，采用限制性酶切位点关联DNA测序(RAD-seq)技术，最终获得SNP多态性位点1 6383个，并利用软件分析其遗传多样性和遗传结构。对179个木荷单株进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.074 1；期望杂合度(He)平均值为0.293。对15个木荷群体进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.074；期望杂合度(He)平均值为0.247；群体间遗传距离(d)分布在0.298～0.396，平均值为0.350；平均多态性位点百分比(PPL)为57.93%；各群体的多态信息含量(PIC)分布范围在0.301～0.364，平均值为0.335,15个木荷群体均表现为中度多态性。通过对15个木荷群体进行遗传结构分析、主成分分析和聚类分析，将15个木荷种源大致分为四类。木荷基因组中SNP位点丰富，多态性呈中等偏上，具有较为丰富的遗传多样性，SNP分子标记在木荷的良种选育、...     

玉米新品种陕单623的选育及栽培技术

陕单623是由西北农林科技大学多年杂交选育的玉米新品种。该品种具有高产、稳产、品质优、抗病性强等特点。总结了该品种的特征特性及栽培技术要点,以供参考。     

早熟玉米新品种陕单972的选育及特征特性

陕单972是西北农林科技大学农学院玉米研究所以自选自交系K22作母本,外引系京7作父本杂交育成的紧凑型玉米新品种,该品种具有生育期短、品质优良、抗逆性好、丰产、稳产、适应性广和制种产量高等优点,适宜于陕西省夏播区、长城沿线、秦岭山区等早熟春播区及一年两熟区种植,受广大用户欢迎。     

广西玉米骨干自交系的SSR分群及杂种优势模式分析

本研究对广西14个玉米骨干自交系与5个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种(黄早四、Mo17、丹340、掖478和B73)进行SSR分析,旨在探讨广西玉米骨干系跟国内5大玉米杂种优势群之间的遗传关系.结果表明,交51、HI、武125与黄早四同属于四平头群;苏BC、钦8、5公与丹340同属于旅大红骨群;M9、双M9与Mo17同属于兰卡斯特群;CML165、陕72-1-1-1、7239、南60-1与B73同属于瑞德群;花83-2、CML161与掖478同属于PN群.本研究还分析了广西的玉米杂种优势模式,结果表明广西玉米育种中应用的杂种优势模式主要为"兰卡斯特群×旅大红骨群"和"非瑞德群×瑞德群".研究结果将对当地今后选育新型玉米自交系和杂交组合具有重要指导意义.     

优质蛋白早熟玉米单交种陕单17的选育研究

优质蛋白早熟玉米单交种陕单17是西北农林科技大学农学院专用玉米研究室,1996年用高赖氨酸自交系Y77QPM为母本,用高赖氨酸自选自交系Y76QPM为父本杂交育成。经过2000—2001年国家玉米区试黄淮海A组试验,2002年国家玉米区试黄淮海夏玉米组生产示范试验,表现出赖氨酸含量0.46%,蛋白质含量11.53%,较普通玉米对照农大108早熟6天,综合抗性好,产量与普通玉米对照接近,可籽粒饲用和粮饲兼用等特点。推荐国家审定,适宜在陕西乃至黄淮海区夏播或春播地区推广种植。陕单17QPM早熟、抗倒、抗病,采用普通玉米骨干杂优模式“黄改系×兰卡斯特群”,采取回交、自交交替转育,其亲本导入亚热带种质,组材新,方法优,它的籽粒品质是本届区试中唯一达到国家普通玉米一等,食用玉米一等,饲用玉米一等,优质蛋白玉米二等的品种,黄淮海夏播区新一代优质蛋白玉米接班品种,该品种已申报国家植物新品种保护。     

基于RNA-seq技术的玉米SNP和InDel标记分析

高温已对玉米(Zea mays L.)生产造成了巨大危害.为了给耐高温胁迫玉米品种选育提供可用的分子遗传标记,本研究以耐高温和高温敏感的两个玉米品种为实验材料,通过花粉总RNA提取、mRNA纯化、反转录、转录组文库构建及测序等工作,对获得的转录组数据进行SNP和InDel分子标记分析.结果显示:高质量碱基数据量平均为6...     

基于SNP标记的爆裂玉米农家品种遗传多样性

为了评价广西爆裂玉米农家品种的遗传多样性,利用56K SNP芯片技术对中国广西45个爆裂玉米农家品种、中国2个爆裂玉米杂交种和6个南美爆裂玉米种质进行全基因组扫描,获得多态性标记14 338个,基因分型为6 种类型。其中A/G类型最多,为5 805个;A/T类型最少,为149个。1号染色体的多态性SNP位点最多,为2 302个;10号染色体最少,为848个。45个农家品种间平均遗传相似系数为0.62,变幅为0.41~0.99,总体遗传相似度高。聚类分析将参试品种划分为三大类群,相同来源的农家品种大多聚在一起;主成分分析显示大部分农家品种聚在一起,与杂交品种和南美品种之间没有交集,表明农家品种遗传相似性较高,与杂交品种和南美品种遗传差异较大。     

基于SNP分子标记的泰山/泰科麦系列小麦遗传解析

对不同年份育成的21个小麦品种（系）进行全基因组扫描,通过分析遗传距离和染色体区段/位点,明确其亲缘关系远近和遗传差异。分析可知,获得的2029个SNP基因位点在B基因组拥有较高的遗传多样性,其次是A和D基因组;在7个同源群中,第3和第6同源群呈现出较高的遗传多样性,而第1和第4同源群的遗传多样性较低;21条染色体中,3A、1B、6B染色体的遗传多样性较高,而1A、6A的遗传多样性偏低。对21份供试材料依据审定（育成）年份分析其群体的平均遗传距离,不同年份品种间的平均遗传距离先增大后减小,遗传多样性逐渐降低;21份供试材料间的遗传相似系数在0.69~0.99之间,大致可聚为4个类群,同一年份的品种一般聚在一起,与其系谱关系吻合。构建并分析供试材料的基因型图谱发现,00s、10s和现在育成的小麦品种（系）共有SNP和共有染色体区段分别主要在A、D和B基因组,对应已发表性状同不同年份育种目标吻合。同时发现21份供试材料均含有25个共同SNP位点,分布在1A、5A、6A、7A、2B、3B、6B、1D、2D、3D和7D染色体上,且每条染色体上分布的SNP位点数目均不相同,通过对应已发表性状进一步证实在品种（系）组配与选育过程中注重产量、株高、分蘖数、抽穗期、灌浆速率和抗病等性状的选择。以上研究结果可为今后小麦新品种组配和选育提供参考依据。     

基于SSR标记的不同组群杂交中籼稻亲本配组优势分析

本研究利用48个SSR标记将12个不育系(保持系)、8个恢复系划分为4个组群,并利用NCⅡ设计共配制96个组合,研究不同组群亲本配组的杂种优势表现。研究结果表明,不育系和恢复系分别被分为3和2个组群,共产生6种配组模式,两系主栽不育系×扬稻6号类群恢复系(G2×G3)、三系保持系×三系恢复系(G4×G1)、扬稻6号类群不育系×三系恢复系(G3×G1)三类配组模式杂种优势明显。进一步研究显示遗传距离与杂种优势之间相关不显著。生育期是三系恢复系与两系主栽不育系配组(G2×G1)杂种低产的限制因子。扬稻6号类群不育系×三系恢复系(G3×G1)是一种新的杂种优势模式,因此,筛选、培育与扬稻6号属于同一类群的新型不育系,可进一步拓宽现有三系恢复系的利用范围,提高籼型杂种优势利用水平。     

四种天麻基于SLAF测序的SNP标记开发与分析

为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系,开发特异性SNP(Singlenucleotidepolymorphism)标记位点。实验通过对4种不同种或不同产地的同种天麻共28个样品进行SLAF测序,首次在天麻种质资源中得到SLAF标签并开发SNP标记,通过De nove测序技术,构建SLAF文库,利用GATK和SAMTOOLS技术开发SNP标记。共获得75.95 M高质量的reads数据,471001个SLAF标签,其中多态性SLAF标签19675个,并开发出60238个群体SNP。对SNP标记的分析的结果表明,作为主要栽培种的天麻(W)由于长时间的人工培育,也许使得其遗传进化体系与其他的天麻种质资源存在较大差异。另外,所有样品中SNP标记的杂合率普遍高于20%,突出了天麻这一物种广泛的杂合性。而且,利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记。     

一种基于PCR的水稻SNP标记检测方法

旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析,本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料,从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点,建立SNP的高效检测体系。选用其中的1个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度,分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增亲本及杂交后代Wx的基因型,两者结果完全一致。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析,聚类分析显示,245个品种间的遗传相似系数在0.64～0.97之间。以遗传相似系数0.64为阈值,可以将245个水稻品种分为2个类群,这2个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为2个亚群。结果表明材料间存在明显的群体结构,能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测,方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂,便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。     

基于EST-SSR和SNP标记的大麦麦芽纯度检测

大麦麦芽作为啤酒酿造的主要原料之一,其纯度决定了麦芽原料的均一性,进而影响加工工艺和啤酒品质。为高效准确地鉴定麦芽纯度,在啤酒企业进行麦芽原料采购和质量监测时提供参考依据。本研究分别利用EST-SSR和SNP标记定性检测了按比例预混的麦芽样品纯度,并利用SNP标记定量检测了4份送检的麦芽盲样纯度。结果表明,EST-SSR标记能定性检测混杂度高于10%的麦芽样品,而SNP标记能够有效鉴定混杂度低至5%的麦芽样品。SNP标记对纯度定量检测的单次抽样的测定值与真实值之间的误差在3%以内。比较发现,本研究所用的两类分子标记均可用于麦芽样品的纯度检测,但基于KASP技术的SNP标记可以满足麦芽纯度的快速定量检测需要。     

基于SNP和SSR标记的小麦品质性状的QTL定位

为给小麦品质性状的标记辅助选择提供备选分子标记,并进一步定位和克隆小麦部分品质相关性状的QTL,本研究利用普通小麦Heyne×Lakin杂交F2代单粒传获得的145个F8代重组自交系(Recombinantinbred line, RIL)群体,构建了含有2 082对标记(1 980对SNP标记和102对SSR标记)、总长度为2 120.13 cM的遗传连锁图谱,并利用该图谱对小麦连续两年的品质性状(蛋白质含量,湿面筋含量,淀粉含量和Zeleny沉降值)进行了 QTL分析。结果表明,共检测出11个QTL,其中,蛋白质含量有2个QTL,位于2A和5A染色体上,可解释的表型变异率6.94% 12.55%;湿面筋含量QTL有1个,位于5A染色体上,可解释的表型变异率8.40%~ 12.96%;淀粉含量QTL有3个,位于2A和5A染色体上,可解释的表型变异率9.78%~11.23%;Zeleny沉降值QTL有5个,位于2A、5A和7D染色体上,可解释的表型变异率4.75% 20.15%。其中5A染色体上存在这些品质性状QTL富集区,同时具有“一因多效”QTL位点。这个区段的发现,为小麦品质育种提供了参考依据。     

Application of Molecular Markers in Studying on Crop Heterosis

概述了分子标记的种类，分析了杂种优势研究中常用的几种分子标记的原理、特点。综述了分子标记在作物杂种优势群划分和杂种优势利用模式构建、杂种优势预测以及杂种优势遗传基础研究中的利用现状。并对分子标记在杂种优势研究中的进一步利用进行了展望。     

基于单拷贝SNP标记的棉花杂交种纯度高通量检测技术

利用有代表性的材料进行SNP位点的全基因组扫描分析与综合评估,基于KASP技术开发1套适用于我国棉花杂交种纯度高通量检测的核心SNP组合。从63K的棉花全基因组芯片中筛选获得具有单拷贝特性的SNP标记分别为5474个(中棉所TM-1基因组版本)和1850个(南京农大TM-1基因组版本)。根据芯片扫描分析结果,权衡考虑位点多态性、分型效果、纯合率与杂合率等因素,最终从每条染色体上优选1个杂交种杂合率高且分型效果理想的核心SNP位点,合计26个。采用KrakenTM软件将SNP位点转化成KASP标记,利用SNPline平台进行SNP分型检测,实现了对大量样品的高通量基因分型,尤其适用于品种纯度快速检测,为SNP标记技术在棉花品种鉴定及指纹数据库构建等方面的应用奠定基础。