猪传染性胃肠炎病毒SYBR Green I模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×10-1.0×107拷贝/μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9985。该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测。用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100%相符。     

猪传染性胃肠炎病毒SYBR GreenⅠ模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT—PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值（Ct）与标准DNA模板在1．0×10-1．0×10^7拷贝／μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0．9985。该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测。用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100％相符。     

猪传染性胃肠炎病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据猪传染性胃肠炎病毒和猪肌动蛋白的基因序列设计合成了引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测TGEV的方法。同时对37份现地病料进行检测并与常规RT-PCR方法、TGEV抗原快速检测试剂盒比较。结果,该方法的检测敏感性达到15.3拷贝/μL,且具有很好的特异性和重复性,而常规RT-PCR方法只能检测到1.53×103拷贝/μL。对37份现地病料的检测结果也表明该法(检出17份)比常规RT-PCR方法(检出12份)和TGEV抗原快速检测试剂盒(免疫层析法,检出10份)的敏感性高。     

猪流行性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

根据Gen Bank登录的猪流行性腹泻病毒（PEDV）毒株（登录号KJ960180）的M基因保守序列,设计1对扩增片段大小为299 bp的特异性引物,经PCR扩增、克隆、测序鉴定后,提取质粒作为阳性标准品,建立了PEDV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法。该方法在1.21×10^3~1.21×10^8拷贝/μL范围内呈现良好的线性,相关系数（R2）为0.999,扩增效率为99%,扩增产物的熔解曲线为单个特异峰,产物Tm值为85.5~86℃,最低检测限为1.21×10^1拷贝/μL。本研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、重复性好、成本低且操作简单,适用于PEDV的早期诊断、定量研究和流行病学监测。     

检测猪传染性胃肠炎病毒Taq Man荧光定量RT-PCR方法的建立与初步应用

据GenBank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因的保守区序列设计合成了引物和探针,对荧光定量RT-PCR的反应条件进行了优化,建立了一种特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量RT-PCR方法来检测TGEV。与国外进口的An imal Genetics公司生产TGEV抗原快速检测试剂盒进行比较,符合率达到100%;与常规RT-PCR检测方法相比,灵敏度高100倍。用该方法对辽宁、山东、福建等地的送检疑似病料进行了检测,结果阳性率为24%。试验证明,所建立方法适用于猪传染性胃肠炎病毒的分子诊断、流行病学调查等相关研究。     

3种猪细胞因子mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立猪细胞因子SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank中3种重要的猪细胞因子即猪白细胞介素-2(interleukin-2,IL-2)、α-干扰素(interferon α,IFN-α)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor,TNF-α)的基因序列,设计特异引物扩增目的基因.将3种基因克隆至pMD18-T载体上,得到各自阳性克隆质粒,以3种阳性质粒为标准品建立标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验.结果表明,当标准品稀释度为1×10¹~1×10⁶ 拷贝/μL时,3种基因的Ct值与浓度间具有良好的线性关系,相关系数均≥0.992.熔解曲线分析表明,产物为特异性单峰且重复性较好.应用建立的方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)TJM-F92株免疫的30日龄猪外周血单核细胞(PBMC)中IL-12、IFN-α和TNF-α表达量进行检测,结果发现,免疫了PRRSV TJM-F92株的猪PBMC细胞内3种细胞因子表达量均极显著升高(P< 0.01).研究结果为IL-12、IFN-α和TNF-α的定量分析提供了技术平台.     

实时荧光定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立

本试验旨在建立一种快速、灵敏的诊断小反刍兽疫的方法。本研究通过RT-PCR方法扩增小反刍兽疫病毒N基因,连接到pMD19-T克隆载体上,构建质粒标准品。根据GenBank中中国流行毒株及Nigeria 75/1疫苗株N基因保守序列设计引物,利用SYBR Green Ⅰ法进行实时荧光定量PCR,建立标准曲线,并进行特异性试验、敏感性试验和重复性试验。结果表明,在2.82×10⁰~2.82×10⁷拷贝/μL范围内,Ct值与质粒拷贝数对数值呈良好的线性关系,标准曲线线性关系R²值为0.992;其他病毒无特异性扩增曲线,特异性良好;批内变异系数为0.27%~2.77%,批间变异系数为0.41%~3.39%,重复性较好;检测灵敏度可达2.82拷贝/μL,是普通PCR的1 000倍。用该方法对12份cDNA样品进行检测,9份为阳性,3份为阴性,而普通PCR检测,7份为阳性,5份为阴性,说明本方法比普通PCR灵敏度高。本检测方法的建立对快速、灵敏诊断小反刍兽疫,防止疫情的扩散具有重要意义。     

猪传染性胃肠炎病毒SYBR Green I模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR Green I随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×10-1.0×107拷贝/μ1浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9985.该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测.用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100%相符.     

猪传染性胃肠炎病毒与猪呼吸道冠状病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法建立与应用

本研究根据Genbank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因和S基因保守区序列设计合成了两对引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测TGEV的方法。该方法能有效地鉴别序列密切相关的猪传染性胃肠炎病毒与呼吸道冠状病毒。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3个小时以内,具有很好的特异性和重复性。通过对39份临床样品进行检测,结果表明所建立的检测方法直接检测样品中猪传染性胃肠炎病毒。     

新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较.结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰.对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号.对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍.组内和组间变异系数均小于2％,重复性好.该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法.     

猪传染性胃肠炎病毒RT-PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank上发表的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)基因序列,针对TGEVN基因全序列设计合成了一对引物,以TGEV疫苗株为模板,建立了检测TGEV的RT-PCR方法。应用该方法对TGEV疫苗株RNA进行扩增,获得与预期大小相符,长度为1168bp的特异性目的片段;测序结果与已报道的TGEV不同毒株的序列同源性达到95%～97%;敏感性测定该RT-PCR可扩增到18pg的TGEV-N-cDNA;对猪传染性胃肠炎(TGE)的病料进行RT-PCR鉴定,可检测出TGEVN基因片段。结果表明建立的RT-PCR方法对TGEV的检测敏感性高、特异性强,可用于TGEV感染的诊断和流行病学调查。     

基于DPO引物检测猪传染性胃肠炎病毒real-time RT-PCR方法的建立及应用

为建立快速、特异性检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的方法,以TGEV的N基因为靶基因,利用双启动寡核苷酸引物(dual priming oligonucleotide,DPO),建立了检测TGEV的real-time RT-PCR方法。结果显示,与常规引物相比,DPO引物的特异性强,有3个以上碱基与模板发生错配,将导致扩增效率极大降低或终止扩增反应,同时DPO引物有效退火温度范围较宽,在40～65℃均能高效地扩增靶基因,不需要对退火温度进行优化。本研究建立的方法灵敏度高,对TGEV核酸的最低检测限可达1.52×10~1 copies/μL,同时利用该方法对10种病毒株进行检测,仅TGEV为阳性,显示了良好的检测特异性。该方法的检测重复性好,以质粒标准品为模板的组内、组间重复性检测结果的变异系数均小于1.00%。利用建立的方法对采集的213份仔猪腹泻临床样品进行检测,共检出TGEV阳性样本31份,阳性率为14.55%,与常规RT-PCR方法检测结果的符合率为93.55%,与基于N基因测序结果的符合率为100.00%。本研究基于DPO引物建立的检测TGEV的real-time RT-PCR方法,为TGEV的准确检测和流行病学调查提供技术支持。     

猪传染性胃肠炎病毒检测基因芯片的构建

采用PCR扩增制备TGEV的靶基因并进行纯化,对基因芯片的最佳靶基因点样质量浓度、探针质量浓度、杂交温度、杂交时间进行筛选,选择构建检测芯片的最适靶基因,进行基因芯片探针最佳标记方法试验.结果表明,质粒PCR扩增和采用异丙醇沉淀纯化的靶基因质量好,基因芯片最佳靶基因点样质量浓度为200mg/L,最佳探针质量浓度为3 000 μg/L,预杂交时间为1 h,杂交时间为3～6 h,杂交温度为48℃,以S、S3、sM、M、N、ORF7、POL等7个靶基因为构建TGEV检测芯片的最适靶基因,确定了多重PCR扩增标记TGEV探钟的最佳体系,Cy3-dCTP标记浓度为2.5 μmol/L,构建的TGEV检测芯片与标记的混合探针杂交效果好.     

猪传染性胃肠炎病毒RT-PCR检测方法的建立及临床应用

根据Gen Bank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因,针对其保守序列,设计并合成1对引物,可特异性扩增长度为590 bp目的条带,成功建立了检测TGEV的RT-PCR方法。以等量同一浓度的同一TGEV阳性病毒液进行重复性试验,其3次扩增特异性条带大小均为590 bp。以猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV),猪瘟病毒(CSFV)、猪蓝耳病病毒(PRRSV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪轮状病毒(RV)进行特异性试验,其结果显示仅TGEV扩增得到预期特异性目的条带。以TGEV阳性病毒液提取的c DNA用紫外分析仪确定核酸质量浓度为1 g/L后,用dd H2O按10倍稀释,稀释度为10-1~10-5,其均能扩增出590 bp特异性条带。在猪传染性胃肠炎高发季节的2013年9月至2014年1月对四川成都、德阳、绵阳、遂宁、南充各地猪场送检的疑似猪传染性胃肠炎感染病猪的临床样品15份,进行检测,其猪传染性胃肠炎阳性率为100%。并且对四川成都、德阳、绵阳、遂宁、南充各地猪场保育舍随机采集的1~10周龄仔猪临床样品500份,进行检测,其1~2周龄仔猪传染性胃肠炎阳性率为17%,病死率为100%,3~4周龄仔猪传染性胃肠炎阳性率为14%,病死率为78.6%,5~6周龄仔猪传染性胃肠炎阳性率为9%,病死率为44.4%,7~8周龄仔猪传染性胃肠炎阳性率为4%,病死率为25%,9~10周龄仔猪传染性胃肠炎阳性率为1%,病死率为0%。从地区来看,在这500份样品中,成都、德阳、绵阳、遂宁、南充地区此病的阳性率分别为15%,6%,10%,6%,8%。以上结果显示所建立的TGEV RT-PCR检测方法,重复性好,特异性强,敏感性高,可用于该病的临床诊断。     

禽流感病毒RT-PCR及多重RT-PCR检测技术的建立

研究建立了禽流感病毒（AIV）A型、H5、N1、H9、N2亚型特异性RT-PCR及HS／N1、H9／N2、A／H5／Nl多重RT-PCR检测技术，用于检测或同时检测和鉴别A型及H5N1、H9N2亚型AIV。所建立的RT-PCR和多重RT-PCR从核酸提取、基因扩增到产物分析在3～4h内即可完成，经对36株AIV及相关病毒分离物检测，与病毒分离鉴定的结果完全一致，且与相关病毒或其他亚型无交叉反应。采用多重RT-PCR检测80份棉拭子样品，并与病毒分离鉴定方法比较，二者H5N1、H9N2亚型的鉴定结果完全吻合。结果表明，该方法具有快速、敏感、特异等优点，为临诊样品中AIV型及H5N1、H9N2亚型鉴定和诊断的有效方法。     

猪传染性胃肠炎病毒重组N蛋白间接ELISA抗体检测方法的建立

为建立一种检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)血清抗体的间接ELISA方法,将TGEV的N基因片段克隆到p ET-28a载体中,转化至大肠杆菌BL21感受态细胞中进行诱导表达,并对表达的蛋白进行Western-blot鉴定。以纯化的重组N蛋白作为包被抗原,最终建立了检测TGEV抗体的间接ELISA方法。该ELISA方法与猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸系统综合征病毒(PRRSV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪圆环病毒2型(PCV2)等5种病毒阳性血清不发生交叉反应,表明建立的ELISA方法具有良好的特异性。本研究可为猪传染性胃肠炎的流行病学调查、诊断与防控奠定基础。     

Real-time RT-PCR和RT-PCR方法快速检测犬瘟热病毒

由犬瘟热病毒(CDV)引起的犬瘟热(CD),是犬的一种高度接触性、急性传染病[1].CDV感染范围广泛,自然宿主包括犬科动物(犬、狼、豺、狐等),鼬科动物(貂、臭鼬、黄鼠狼等),浣熊科动物(浣熊、小熊猫、大熊猫等),还可感染灵长类动物(如日本猕猴等),甚至有CDV感染人的病例.除病毒分离、病理包涵体检查、血清学检测、核酸探针、原位杂交等方法外,RT-PCR方法是目前检测CDV最常用的方法[1-3].     

Molecular biology of transmissible gastroenteritis virus

The causative agent (TGEV) of porcine transmissible gastroenteritis belongs to the Coronaviridae, a family of enveloped viruses with a positive, single-stranded RNA genome. Important progress has recently been made concerning the molecular biology of TGEV. The research work of our group has been focused on two main aspects: genome structure and functional domains of the envelope proteins. TGEV genomic RNA is organised into seven regions. The sequence of six of them, i.e. the 3' most 8300 nucleotides, has been established from cDNA clones. Three genes encoding the structural proteins, the peplomer protein E2, the transmembrane protein E1 and the nucleoprotein, have been identified. Additional open reading frames allowed for the prediction of four non-structural polypeptides, the role of which remains to be discovered. The remaining part of the genome (estimated length 20 kb) is thought to encode the polymerase. Expression of TGEV genes involves the production of six subgenomic mRNAs, which together with the virion RNA, form a 3' terminal nested set. The peplomer glycoprotein E2 (220 kDa) is 1431 residues long and highly glycosylated. Several domains were identified, including a C-terminal anchoring region and at least four major antigenic sites, which cluster in the amino half part of the molecule. Two sites containing most of the critical neutralisation determinants are highly conserved among TGEV strains. The glycoprotein E1 (29kDa) is mostly embedded in the membrane and plays a crucial role in the virion architecture. However, a short N-terminal domain protruding out of the particle mediates complement-dependent neutralisation, and induces alpha interferon synthesis, likely through a direct interaction with the lymphocyte membrane.