CODEHOP克隆鲫鱼HSP90基因及其同源性分析

本研究旨在分析热休克蛋白90(HSP90)基因的保守性,并为寻找新的HSP基因,探索HSP90的应用提供理论数据。利用CODEHOP设计简并引物,采用PCR方法克隆鲫鱼的HSP90序列,并将扩增的序列克隆到pMD18-T载体中构建克隆载体后进行测序,再将测序结果通过BLAST进行同源性比对并构建系统进化树。结果显示,鲫鱼与鲤鱼的同源性为99%;与斑马鱼的同源性为92%。本试验设计出的引物简并度较低,Tm值的修改较为灵活,产物特异性强,为研究鲫鱼的功能基因提供基础保障,并为热休克蛋白在进化上的保守性研究奠定理论基础。     

传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)基质蛋白、5a、5b 蛋白基因的克隆和序列分析

参考 Gen Bank上的传染性支气管炎病毒 (IBV)序列 ,自行设计合成了 3条引物 ,对 IBV青岛腺胃分离株 (SD/97/ 0 2 ) RNA进行 RT- PCR扩增 ,扩增含基质蛋白 (M)及 5 a、5 b蛋白基因的约 1.6 5 kb的片段 ,对 PCR产物进行克隆后测序。序列分析显示 ,M蛋白基因与其他 IBV相应的基因同源性在 90 .33%～ 92 .75 %之间 ,氨基酸序列比较 ,同源性在 89.82 %～ 94.2 5 %之间 ;5 a基因与其他 IBV的基因同源性在 84.34 %～ 87.37%之间 ,氨基酸同源性在 81%～82 %;5 b基因与其他 IBV的基因同源性在 91%～ 92 %之间 ,氨基酸同源性在 93%左右。     

猪、鼠、羊补体C3d分子cDNA的克隆及序列分析

为比较不同动物的补体C3d基因序列,本研究参考已报道的人、鼠、牛的C3d基因序列设计引物,分别从小鼠、猪、羊的肝脏组织中扩增获得鼠、猪、羊的补体C3d基因.以鼠、猪、羊的肝脏中提取总RNA为模板,通过RT-PCR扩增出C3d分子的cDNA克隆到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌,经酶切鉴定后进行序列测定,并利用生物信息学工具软件对3种C3d蛋白的理化和生物学性质进行分析.鼠C3d基因与人、猪、羊C3d基因的同源性分别为83%、82%、81%,牛和羊C3d基因的同源性为94%.鼠、猪、羊的补体C3d分子与受体CR2结合的功能区同源性很高,只有个别位置氨基酸发生了突变,可能具有相同的结构和功能.     

C型产气荚膜梭菌β毒素基因核苷酸序列的测定与分析

为了研究C型产气荚膜梭菌β毒素基因的遗传变异特点,试验采用生物软件设计扩增产气荚膜梭菌β毒素基因的引物,PCR扩增产物纯化后测定核苷酸序列,然后与参考序列进行同源性比对。结果表明:所测菌株与参考菌株核苷酸序列同源性依次为99.5%、99.8%、99.9%,推导的氨基酸序列同源性依次为99.4%、99.4%、99.6%,碱基突变以A-G、C-T之间的转换为主。     

多浆旱生植物霸王液泡膜H+-PPase基因片段的克隆及序列分析

根据其他植物H⁺-PPase基因的保守序列设计一对简并性引物,以霸王叶片总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出H⁺-PPase基因片段并克隆到PUCm-T载体。阳性克隆经PCR鉴定后进行测序,序列分析结果表明,克隆到3个同源的序列片段(898 bp),编码299个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的高等植物H⁺-PPase基因核苷酸序列的同源性均在69%以上、氨基酸序列的同源性达78%以上。     

牛病毒性腹泻病毒P20和P14基因的克隆及序列分析

参考GenBank中BVDV Oregon C24V株的基因组序列设计两对引物,利用套式PCR方法扩增P20基因,扩增出预期525 bp的目的片段.扩增产物克隆至pMD18-T载体,经酶切鉴定获得阳性重组质粒并对其进行测序.测序结果与参考序列Oregon C24V比较,二者的核苷酸同源性仅为80.95%,推导氨基酸同源性为87.50%.测序结果经NCBI上的Blast(Http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)同源性比较,克隆得到的基因与Osloss株同源性最高,核苷酸同源性为93.65%,推导氨基酸同源性为95.83%.根据P20的测序结果,参照GenBank中BVDV Osloss株设计一对引物,扩增P14基因,经同源性比较,扩增的P14基因与Osloss株核苷酸同源性为94.77%,推导氨基酸同源性为95.10%,通过系统发生分析,推测P20基因和P14基因与Osloss株在进化上比较接近.     

番鸭呼肠孤病毒ZJ99株σC蛋白基因的克隆与序列分析

参考已发表的番鸭呼肠孤病毒(mDRV)的S4序列设计了S4对扩增σC蛋白基N的引物，对mDRV ZJ99株的RNA抽提物进行RT—PCR扩增，获得了特异性的扩增片段。将PCR产物克隆测序，序列经同源性比较，发现mDRV ZJ99株σC蛋白基N序列与福建MW9710株对应基N的同源性为99．5％，与法国89026株对应基因的同源性为94．2％，与法国89330株对应基因的同源性为95．0％；相应的氨基酸序列同源性分别为98．9％、94．1％、93．7％。基于σC基因及其推导氨基酸序列的蛋白质结构及物理化学性质预测结果，与国外学者对mDRV σC蛋白的报道相似。     

利用iCODEHOP设计简并引物克隆益生菌FGM通透酶基因片段

作者通过iCODEHOP在线设计细菌通透酶的简并引物,以发酵黄芪菌FGM基因组DNA为模板进行TouchdownPCR扩增,得到740 bp PCR产物,将产物经pGEM-T Easy载体连接,转化至JM109中,筛选阳性株并测序。序列通过BLAST x检索与GenBank进行同源性比对后,结果表明,此DNA产物序列与其他菌属来源的通透酶蛋白序列具有相似性,所克隆的序列即为FGM通透酶基因片段。用iCODEHOP在线设计的简并引物可信性强,阳性率高。FGM通透酶基因的成功克隆为细菌发酵黄芪机理研究提供了依据。     

鸡传染性支气管炎病毒M41、4/91及疫苗株Ma5、H52、H120 N基因的克隆与序列分析

参照IBVN基因序列,设计一对引物通过RT-PCR扩出IBV标准强毒株株M41,传支变异株4/91和疫苗株Ma5、H52、H120的N蛋白基因序列,基因产物大小为1.23kb。序列分析结果表明,M41株与Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为92.2%～92.9%,而经4/91与M41、Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为91.2%～92.0%,结果表明这几个毒株N基因是相对保守的。     

盐生植物小花碱茅外整流K┼通道SKOR基因片段的克隆及序列分析

为研究小花碱茅(Puccinellia tenuiflora)K+/Na+选择性运输的分子机制，根据已知的外整流K+通道高度保守区设计一对简并性引物，以小花碱茅根总RNA为模板，采用RT PCR方法克隆SKOR基因片段。序列分析结果表明,该基因片段长度为555 bp，编码185个氨基酸；该序列与其他已报道的高等植物SKOR核苷酸序列的同源性在66%以上，氨基酸序列同源性在55%以上。