13个鸡品种NLRC5基因外显子8多态性分析

本研究采用PCR-SSCP方法对13个鸡品种的NLRC5基因外显子8的多态性进行了SNP检测,共检测到2个等位基因,2种基因型,其中北京油鸡、固始鸡、皖南三黄鸡、大骨鸡群体中检测到AA和AB两种基因型,其余群体中只检测出AA基因型。序列分析结果显示,在NLRC5基因外显子8的43bp处存在G/A突变,将该突变翻译为氨基酸仍然为缬氨酸,因此该突变是一个同义突变;卡方适合性检验结果显示:13个鸡品种均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);根据群体遗传变异分析,13个鸡品种均处于低度多态或无多态(PIC<0.25)。本研究为NLRC5基因作为一种新兴研究的抗性基因是否能为鸡抗病性状选育工作的分子标记提供了初步的参考。     

如皋鸡NLRC5基因外显子8多态性及其与部分免疫指标的关联分析

采用PCR-SSCP技术对中国地方鸡种如皋鸡NLRC5基因外显子8多态性进行检测,结果检测到AA和AB2种基因型,基因型频率分别为0.867 9和0.132 1,X2适合性检验表明如皋鸡NLRC5基因外显子8等位基因的分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。序列分析结果显示,NLRC5基因外显子8存在G43A同义突变。测定部分免疫指标,分析不同周龄如皋鸡个体免疫指标的差异以及12周龄如皋鸡2种基因型与免疫指标间的关联性,结果表明：IgM含量和IgG含量变化比较一致,随周龄不断降低;2周龄IgM含量显著高于4、6、8、10、12周龄（P〈0.05）;12、10、8周龄IgG含量极显著低于2、4、6周龄（P〈0.01）;淋巴细胞转化率在12周龄达到最大值为33.742%,极显著高于其他周龄（P〈0.01）;12周龄AA型个体的IgM和IgG含量、淋巴细胞转化率均高于AB型个体,但差异并不显著（P〉0.05）。     

三鸡种NLRC5基因编码区SNPs及其与部分免疫性状的关联分析

本研究通过检测鸡NLRC5基因编码区域单核苷酸多态位点,以期分析与免疫性状相关的遗传标记。采用PCR-SSCP方法对3个鸡品种NLRC5基因编码区SNPs进行检测,仅在外显子8区域发现多态位点,其中在文昌鸡中检测到AA、BB和AB 3种基因型,如皋鸡中检测到AA和AB 2种基因型,安卡鸡中仅存在AA基因型。序列分析结果显示,NLRC5基因外显子8存在G43A同义突变。测定部分免疫性状,分析不同鸡品种之间以及不同基因型与免疫性状间的关联性,结果表明:安卡鸡H/L值、ND抗体滴度、IL-1浓度均显著高于如皋鸡和文昌鸡(P0.05),AI抗体滴度极显著低于其他2个品种(P0.01),如皋鸡SBRC抗体滴度最高,但3个品种之间差异不显著(P0.05);不同基因型同免疫性状之间,AA型个体各项性状值均优于AB和BB型个体,但是差异不显著(P0.05)。综合分析,中国地方品种文昌鸡、如皋鸡的抗性优于安卡鸡种,AA型可能是NLRC5基因在机体免疫应答能力的有利基因型。     

细菌内毒素对鸡NLRC5受体及IFN基因转录的影响

本研究旨在探讨鸡NLRC5受体及IFN基因对不同细菌内毒素的诱导表达变化,为禽类NLRC5受体的分子功能及其参与先天免疫调控的作用机制提供理论依据.用不同浓度的(0、0.1、1.0、10.0 μg·mL-1)来自致病性大肠杆菌(E.coli,EC)和肠炎沙门氏菌(S.enteriditis,SE)的2种内毒素(LPS)分别刺激鸡天然巨噬细胞系(HD11)2、4和6h,在不同的时间点收集细胞,提取总RNA,并设计相关引物,利用荧光定量PCR分析鸡NLRC5受体以及下游功能基因IFNA和IFNB的转录量变化,探讨HD11细胞对不同来源的细菌内毒素的免疫反应.研究表明:与对照组相比,1.0和10.0μg·mL-1的EC-LPS、SE-LPS均能诱导HD11细胞产生免疫应答,但0.1μg·mL-1组未能诱导成功;不同细菌LPS诱导的免疫应答时间不一致,经EC-LPS诱导的NLRC5和IFNB基因均在刺激后6h达到转录高峰,与2、4h差异显著(P＜0.05),与对照组差异极显著(P＜0.01);但IFNA基因在2、6h达到高峰,而在4h下降,呈“V”型转录趋势.SE-LPS诱导的NLRC5和IFNA、IFNB转录量随时间均保持一直上升的趋势,在6h达到高峰,且与对照组及2、4h差异显著(P＜0.05).结果表明NLRC5受体与IFNA和IFNs共同参与了细胞对细菌内毒素的免疫应答,NLRC5基因可能对鸡先天免疫功能具有调节作用.     

细菌内毒素对鸡NLRC5信号通路相关基因转录的影响

通过LPS刺激鸡成纤维细胞系(DF-1),分别在0、2、4、6、8、12、18和24h等8个时间点采集细胞,提取总RNA,并设计相关引物,应用荧光定量PCR方法检测NLRC5信号通路相关基因(NLRC5、NF-κB、MHC-I、IL-6、IL-18、STAT1、STAT3和TLR4)mRNA表达变化规律。结果显示,LPS刺激后,NF-κB、MHC-I、IL-6、IL-18和STAT3的转录水平均呈现先显著下降(P0.05)后上升的趋势,NLRC5和TLR4先显著上升后下降的趋势(P0.05),STAT1的mRNA转录水平无显著性变化(P0.05)。研究表明LPS刺激能够引起鸡DF-1细胞产生免疫反应,鸡NLRC5对NF-κB的转录起负调控作用。     

山羊NFAT5基因启动子区多态性与生长性状的关联分析

本研究旨在挖掘和鉴定山羊活化T细胞核因子5(Nuclear Factor of Activated T-cells 5,NFAT5)启动子区中单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms,SNP）位点与山羊生长性状间的关系。实验利用SNapShot技术对3个山羊品种（麻城黑山羊、波尔山羊和黑头羊）NFAT5基因启动子区SNP位点进行基因型检测，并与山羊生长性状进行关联分析。结果表明，c.-454C>G位点在3个山羊群体中等位基因C均为优势等位基因；通过关联分析发现，在100头黑头羊个体中c.-454C>G位点与周岁体重（P<0.01）、体斜长（P<0.05）和胸围（P<0.05）存在相关，且CC纯合基因型为优势基因型。综上所述，在育种进程中选择优质基因型个体可提高黑头羊周岁体重、体斜长和胸围，对黑头羊新品种选育具有重要意义，同时可为山羊生长性状的分子标记挖掘和利用提供一定的理论依据。     

猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

为揭示猪肌分化因子(myogenic differentiation 1,MyoD1)基因启动子区多态性,本试验分别以野猪×从江香猪二元杂交猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用DNA池和直接测序技术,筛选MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区SNP位点,利用生物信息学软件预测SNP位点对核心启动子区、CpG岛和转录因子结合位点的影响。结果表明,在MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区筛查到3个SNPs位点,分别为A-39G、T+150C和C+227G;生物信息学软件预测发现,A-39G位点附近出现重要转录因子结合位点消失和新位点生成;CpGIslandsearcher软件分析得到多态位点突变前后CpG岛大小及GC含量发生改变,据此推测猪MyoD1基因5'UTR区域的A-39G位点对调控启动子功能元件有重要影响。     

鸡NRF1基因启动子区生物信息学分析

NRF1 (Nuclear Respiratory Factor 1)是调控线粒体功能的重要转录因子.笔者前期研究发现NRF1负调控鸡PPARγ基因,并抑制鸡前脂肪细胞的分化.但是,目前鸡脂肪生成中影响NRF1基因表达的机制尚不清楚.本研究重点开展了鸡NRF1基因启动子区的生物信息学分析.利用NCBI获得鸡NRF1基因...     

鸡肝脏型脂肪酸结合蛋白基因启动子活性分析

PCR扩增鸡L-FABP基因5′侧翼区约2kb的DNA片段,进行克隆并测序,构建了鸡L-FABP基因报告基因系列缺失载体,瞬时转染进入人肝癌细胞系,利用双荧光素酶报告基因系统测定了荧光素酶活性。在线分析软件发现鸡L-FABP基因启动子区存在HNF-1、SREBP-1、AP-1、C/EBP、Oct-1、TATA、CCAAT、GATA-1等调控元件,没有发现CpG岛。报告基因结果表明鸡L-FABP基因启动子-2 076bp/-20bp区域具有最强的启动子活性,-522bp/-20bp区域启动子活性最弱;C/EBPα可以显著的抑制鸡L-FABP基因的表达,这些结果为深入研究鸡L-FABP的表达调控机制奠定了基础。     

内蒙古绒山羊角蛋白5基因启动子克隆及序列分析

试验旨在了解角蛋白5(keratin 5, K5)可能的调控序列。本研究根据UCSC公布的牛K5基因5'侧翼区设计PCR引物,扩增了内蒙古绒山羊K5基因部分启动子序列。通过产物纯化、连接、转化,并对测序结果进行了生物信息学分析。结果扩增得到内蒙古绒山羊K5基因启动子序列长度为1452 bp(GenBank登录号为:JQ277735),与牛和人相应序列的相似性分别为91.5%和74%。转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游－101 bp位置;含有两个TATA 盒,分别位于翻译起始位点上游－129—－124 bp(ATAAAA)和－178—－174 bp(TTAAT)位置;通过在线分析软件预测发现(按5'→3')SRY,MZF1,v-Myb,SRY,AP-1,CDP CR,HNF-4,AML-1a,HSF2,AP-4,AP2,AP2,Sp1,Nkx-2,Sp1和GATA-1转录因子结合位点。其中,转录因子SRY(TGTGTTT),和CDP CR(GATTGATGGC)是绒山羊特有的;转录因子HNF-4,AML-1a,HSF2,AP-4,AP2,Sp1,Nkx-2和GATA-1(AGCCATCATG)在绒山羊、牛和人K5启动子上的结合位点高度保守。两个最小增强子分别位于翻译起始位点ATG上游－140—－91 bp和－114—－67 bp位置,含有24 bp(GCGGCTCCCAGGTAACAGAGCCGC)重叠区,预测其与绒山羊K5基因的转录调控有关。试验确定了内蒙古绒山羊K5基因启动子的转录起始位置、转录因子结合位点及最小增强子序列,为进一步研究绒山羊K5基因的表达调控机制奠定了理论基础。     

Polymorphism identification and cardiac gene expression analysis of the calsequestrin 2 gene in broiler chickens with sudden death syndrome

1. Sudden death syndrome (SDS) in broilers is a cardiac disease associated with ventricular tachycardia (VT) and ventricular fibrillation (VF); however, its pathogenesis at the molecular level is not precisely determined.

2. Downregulation and mutations of calsequestrin 2 (CASQ2), a major intracellular Ca²⁺ buffer, have been associated with VT and sudden cardiac death (SCD) in humans but in chickens there is no report describing CASQ2 abnormalities in cardiac diseases.

3. In order to better understand the molecular mechanisms predisposing the myocardium to fatal arrhythmia in broilers, the mRNA expression level of chicken CASQ2 gene (chCASQ2) in the left ventricle of dead broilers with SDS was determined and compared to healthy broilers using quantitative real-time PCR (qPCR). To determine the probable mutations in chCASQ2, PCR and direct sequencing were also done.

4. Results showed a reduction in chCASQ2 expression in broilers dead by SDS. Three novel mutations (K289R, P308S, D310H) which are absent in healthy broilers were observed in chCASQ2.

5. It is concluded that susceptibility to fatal cardiac arrhythmia in SDS may be associated with changes in intracellular Ca²⁺ balance due to mutation and downregulation of chCASQ2.

     

乳铁蛋白基因启动子元件调控效应分析

本试验先后进行2轮载体构建及转染试验,对牛乳铁蛋白基因启动子元件调控效应进行了分析。首先进行第1轮载体构建及转染试验：采用PCR方法,利用4对引物从牛乳铁蛋白基因5′调控区-1 799向3′端依次缺失500bp进行调控序列扩增,将获得的扩增片段替换pEGFP-N1的CMV启动子,构建了4个重组载体,将重组载体转染牛乳腺上皮细胞（BMEC）,经筛选获得稳定的单克隆细胞,测定并比较各组细胞的荧光强度。在以上试验基础上,为进一步精确确定牛乳铁蛋白基因启动子顺式调控元件序列,进行第2轮载体构建及转染试验,方法同第1轮。结果表明,牛乳铁蛋白基因上游调控序列-1 323～-1 372存在负调控元件,-1 372～-1 560存在正调控元件。     

Polymorphism of 5'-region of the bovine growth hormone receptor gene

Genes coding for growth hormone (GH) and GH receptor (GHR) are candidates for quantitative trait markers in farm animals. This work describes a search for nucleotide sequence polymorphisms within the 5′‐region of the bovine GHR gene. Two new single nucleotide polymorphisms were found: restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) at a Fnu4HI/TseI site (C/T transition at position ?1104), and at a Sau96I site (C/T transition at position ?262). The Fnu4HI/TseI polymorphic site is located within the 1.2‐kbp LINE‐1 retrotransposon upstream of the P1 promoter, while the Sau96I RFLP locates in the P1 promoter for exon 1A. The appearance of the Sau96I RFLP was studied in representatives of two bovine species, Bos taurus and Bos indicus. An absolute correlation was observed between Sau96I genotype and the insertion/deletion of LINE‐1.     

Polymorphism of insulin‐like growth factor 1 gene is associated with breast muscle yields in chickens

Insulin‐like growth factor‐1 (IGF1) plays an important role in muscle development in chickens. In this study, an F2 chicken population of 362 individuals, obtained from an intercross between high breast muscle yield line males and low breast muscle yield (LB) line females, was constructed for investigating the associations between IGF1 gene and breast muscle yields. The IGF1 sequence was investigated in the grandparents. There were no differences in the exon sequences. However, sequence analysis of the IGF1 promoter revealed a known single nucleotide polymorphism (g.570C > A) in LB line grandparents. PCR – restriction fragment length polymorphism was used for screening the F2 population, which was evaluated for body weight (BW), carcass weight (CW), breast muscle weight (BMW), and breast fillet weight (BFW). Significant associations with the polymorphism were detected for BMW, BFW, BMW% and BFW%, although there were no associations between the polymorphism and BW or CW. The allelic effect on BMW, BFW, BMW% and BFW% acted in additive and dominance modes. We confirmed that the g.570C > A polymorphism is significantly associated with breast muscle yields in the F2 population. Therefore, this polymorphism in the IGF1 gene may help improve breast muscle yields by marker‐assisted selection.     

6个猪种FUT1基因的多态性分析

α(1,2)岩藻糖转移酶基因1(α-1,2-Fucosyltransferase gene,FUT1)是可以调节大肠杆菌F18侵染猪小肠、并引起仔猪水肿和腹泻的一个抗性基因。采用PCR-SSCP方法,检测了FUT1基因在大白猪、长白猪、杜洛克、马身猪、山西黑猪、晋汾白猪6个猪种中的多态性。结果表明:在大白猪、长白猪和杜洛克这3个引进品种中,存在A、B、C 3种单倍型,A单倍型的平均分布频率为0.58;而在地方品种马身猪及其培育品种山西黑猪和晋汾白猪中只发现了单倍型A。经测序比对发现B单倍型第5位碱基发生了C→A的转换,第145个碱基处发生了T→C的突变;而单倍型C的第372位碱基A发生缺失。大白和杜洛克2个种群Hardy-Weinberg不平衡,FUT1基因在国外引进猪种大白、长白、杜洛克种群多态性丰富。     

藏猪生长激素(GH)基因HaeⅡ多态性分析

用PCR-RFLP方法检测了94个藏猪个体的生长激素(GH)基因的HaeⅡ多态性。结果发现了5个HaeⅡ酶切位点,3种等位基因(A、B、C),3种基因型(AA、BB、BC)。A、B、C3种等位基因的频率分别为14.5%、74.5%、11.0%,经T检验,发现3种基因频率之间差异达到极显著水平(P<0.01)。     

匍匐翦股颖HSP26.7基因启动子的表达分析

为研究匍匐翦股颖HSP26.7基因启动子在植物抗逆方面的功能,克隆了匍匐翦股颖的一个小热激蛋白HSP26.7基因的启动子并进行了序列分析;构建了同时具有该启动子序列和GUS报告基因的植物表达载体,并通过农杆菌侵染法转化拟南芥植株.结果显示:该启动子存在HSE,ABRE等响应高温和其他胁迫的调控元件,受高温胁迫强烈诱导,...