大额牛群体遗传多样性的微卫星标记分析

 利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2~6不等,所有座位平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.0385±0.9999,3.1393±0.9507,0.6490±0.1246和0.5904±0.1334,表明大额牛群遗传多样性比较丰富。F统计量、基因流、Nei氏遗传距离和遗传相似系数等值反映出两个群体遗传差异较小,遗传分化不明显,遗传一致性较大。     

14个微卫星标记分析巢湖麻鸭群体的遗传多样性

利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态信息含量在0.1866-0.9471之间,有效等位基因数为2-6个,基因遗传杂合度变化范围为0.0516-0.8054.群体遗传结构显示巢湖麻鸭核心群存在一定的遗传多样性,可用于巢湖麻鸭的定向选育.     

藏马微卫星标记遗传多样性研究

为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。     

鲁西黄牛群体遗传多样性的微卫星标记研究

本研究采用微卫星标记技术,检测了鲁西黄牛群体的遗传多样性现状.从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的30对微卫星引物中,筛选出6对多态性丰富的微卫星位点,对112个个体的DNA多样性进行了检测,结果共检测到101个基因座,每个座位的等位基因数范围为4-6个.所有座位的平均等位基因数为4.67±0.82,平均有效等位基因数为2.54±0.64,平均杂合度(H)为0.59±0.09,平均期望杂合度为0.41±0.09,平均多态性信息含量(PIC)为0.53±0.09,符合评价遗传多样性的要求.检测结果发现,鲁西黄牛群体的遗传多样性较高.研究结果为鲁西黄牛的保种和合理开发利用提供了科学依据.     

利用微卫星标记分析我国家养水貂的遗传多样性

利用20个微卫星标记对8个水貂群体和类型的488个个体进行DNA多态性测定和统计分析,计算遗传杂合度、多态信息含量、奈氏遗传距离,采用NJ法构建聚类分析图。8个群体的平均杂合度为0.4458～0.4915,多态信息含量0.4846～0.8775,平均0.6926。计算所得的Nei遗传距离、Nei标准遗传距离和NJ聚类图显示,银蓝色水貂与珍珠色水貂聚为一类,丹麦红眼白貂与丹麦标准貂聚为一类。这一研究结果表明我国饲养的水貂遗传多样性较丰富,亚群体遗传分化程度较低。     

基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析

采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P0.05),梁子湖群体与武汉群体间的F_(ST)最小(0.041 8),顺德群体与抚远群体间的F_(ST)最大(0.611 0);AMOVA分析表明:群体间的遗传变异占33.14%,群体内遗传变异占66.86%;Structure分析显示12个群体可分为5个亚群。     

基于微卫星标记的拟鲤遗传多样性及群体遗传结构分析

利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。     

天津地区日本沼虾群体遗传多样性的微卫星分析

为了评估天津地区日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生种质资源遗传背景,采用9对微卫星分子标记(Mn33、Mn37、Mni04、Mni01、Mni06、Mni76、Mni13、Mni40、Mni58)对日本沼虾4个野生群体(YDXH、DLJH、XQLH和YQSK)进行了遗传多样性研究。结果表明,9对微卫星引物在日本沼虾4个群体中的等位基因数(Na)为3～12,有效等位基因数(Ne)为1.976 9～10.816 5,观测杂合度(Ho)为0.285 7～0.975 0,期望杂合度(He)为0.494 2～0.896 7,多态信息含量(PIC)为0.474 9～0.888 0,说明日本沼虾群体的遗传多样性水平较高;分子方差分析(AMOVA)显示,群体中仅有2.04%(P0.01)的遗传变异来源于群体间,97.96%(P0.01)的变异来源于群体内,表明遗传差变异主要存在于个体间;群体间遗传分化指数(Fst)为0.010 4～0.037 7,说明群体间的遗传分化程度并不明显;基于群体间Nei’s遗传距离采用UPGMA法对4个群体进行聚类树构建,永定新河(YDXH)与独流减河(DLJH)首先聚为一支,其次与西七里海(XQLH)聚为一支,最后与于桥水库(YQSK)聚为一支。     

大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析

通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证.     

利用微卫星标记分析北京油鸡的遗传多样性

[目的]探讨北京油鸡的遗传多样性。[方法]采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群的192个个体进行遗传多样性检测,并通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）分析群体内的遗传变异情况。[结果]在29个微卫星标记中共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数在2～14个,平均等位基因数为5．90个;多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0．53和0．59,均大于0．5,表现为高度多态性;除5个位．羔（MCW0069、ADI_0112、MCW0183、LE10234和MCW0016）外,其余24个微卫星位点都处于基因平衡状态。[结论]北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性。北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存。     

用20个微卫星标记研究鲁西黄牛和渤海黑牛的遗传多样性

用20个微卫星座位分析了鲁西黄牛、渤海黑牛及用作参照的秦川牛品种的遗传多样性。3个中国黄牛品种在20个座位的等位基因数为4~25个,平均等位基因数接近9个。各座位等位基因长度与欧洲普通牛相似,但平均等位基因数高于报道的欧洲普通牛和部分中国其它黄牛品种。3个品种在不同座位均发现部分特有基因,以渤海黑牛居多,在3个座位检测到7个特有基因。平均有效等位基因数达到6个以上,平均杂合度接近0.8,平均多态信息含量约为0.85,这几项变异参数在3个品种间没有明显差异,但高于欧洲普通牛群体和报道的中国部分黄牛群体的相应值。结果表明,3个品种在当地生态条件下,经数千年的选育积累了丰富的遗传变异,属宝贵的遗传资源。遗传相似度分析结果显示,渤海黑牛先与秦川牛聚为1类,再与鲁西黄牛聚在一起,引证了鲁西黄牛受瘤牛血统影响较大的结论。     

应用30个微卫星标记分析枫泾猪和小梅山猪的遗传多样性

为丰富枫泾猪与小梅山猪的种质特性,评价其保种效果,制订有效的保种方案,对枫泾猪与小梅山猪群体的遗传多样性进行分析,采用ISAG/FAO联合推荐的30个微卫星标记,分析2个猪群的遗传多样性。结果表明:枫泾猪的有效等位基因数(ne)、多态信息含量(PIC)、基因杂合度(He)、基因丰度(R)分别为(3.012 9±0.875 5)、(0.568 4±0.161 8)、(0.635 6±0.157 3)、(4.266 7±1.337 4),小梅山猪的遗传多样性参数中除平均观察等位基因数(na)与基因丰度外,其余均低于枫泾猪;2个群体间的遗传分化系数(Fst)与遗传距离(D)分别为0.005 3、0.008 7;枫泾猪与小梅山猪的遗传多样性较丰富,遗传分化程度小,均出现杂合子过剩现象,建议加强纯种繁育。     

利用微卫星标记分析腾冲雪鸡的遗传多样性

腾冲雪鸡是近年品种资源调查工作中发现的一个地方优良畜禽品种,具有羽毛洁白无斑、肉骨乌黑、肉质好、抗病性强等优良特性。为了从分子水平阐明其种质特性,采用PCR凝胶电泳技术对腾冲雪鸡33个微卫星座位(位于家鸡24条染色体上)进行了遗传变异检测。检测的样本量为53个个体,随机采自该鸡主产区自然群体,共检测到142个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到8个不等,平均等位基因数为4.3030±1.2621个;群体平均期望杂合度及平均多态信息含量分别为0.6664±0.1368和0.6118±0.1443。研究结果表明:腾冲雪鸡群体内存在丰富的遗传变异,遗传多样性较高。     

虾夷扇贝群体的遗传结构及微卫星标记与体尺、体重的相关性分析

选用39个虾夷扇贝Patinopecten yessoensis多态性微卫星分子标记对大连獐子岛海域虾夷扇贝一个家系群体（以獐子岛海域底播虾夷扇贝和日本产野生虾夷扇贝为父母本交配产生的F1代）的有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）等进行了检测,以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡。结果表明：在39个基因座位中共检测到105个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为2—4个不等,等位基因片段大小为95～440bp,平均等位基因数为2．70个,平均有效等位基因数为2．40个,观测杂合度平均值0．6280,期望杂合度平均值为0．5240,平均多态信息含量为0．4556,经卡方检验（P〈0．01）值显示多于半数的位点都发生了偏离。采用SAS8．2软件中的一般线性模型（GLM）对39个微卫星标记与虾夷扇贝群体的生长性状进行连锁显著性检验。结果表明：在39个微卫星座位中,HLJX202位点与体重、壳长、壳高、壳宽都显著相关,HLJX109、HLJX196位点与体重、壳长、壳高显著相关,HLJX183位点与壳长、壳高显著相关,而HLJX128和HLJX236位点分别只与壳宽和体重显著连锁。     

虾夷扇贝群体的遗传结构及微卫星标记与体尺、体重的相关性分析

选用39个虾夷扇贝Patinopecten yessoensis多态性微卫星分子标记对大连獐子岛海域虾夷扇贝一个家系群体(以獐子岛海域底播虾夷扇贝和日本产野生虾夷扇贝为父母本交配产生的F1代)的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)等进行了检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡。结果表明:在39个基因座位中共检测到105个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为2⁴个不等,等位基因片段大小为954个不等,等位基因片段大小为95⁴40 bp,平均等位基因数为2.70个,平均有效等位基因数为2.40个,观测杂合度平均值0.6280,期望杂合度平均值为0.5240,平均多态信息含量为0.4556,经卡方检验(P<0.01)值显示多于半数的位点都发生了偏离。采用SAS 8.2软件中的一般线性模型(GLM)对39个微卫星标记与虾夷扇贝群体的生长性状进行连锁显著性检验。结果表明:在39个微卫星座位中,HLJX202位点与体重、壳长、壳高、壳宽都显著相关,HLJX109、HLJX196位点与体重、壳长、壳高显著相关,HLJX183位点与壳长、壳高显著相关,而HLJX128和HLJX236位点分别只与壳宽和体重显著连锁。     

灵昆鸡群体微卫星DNA遗传多样性研究

为阐明灵昆鸡群体遗传变异和遗传结构状况,采用23个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,检测其等位基因。结果表明,共检测到174个等位基因,23个座位都呈现出多态性,23个微卫星座位的等位基因数在3～12个,平均等位基因数为7.5个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.758和0.723。分析结果表明灵昆鸡自然群体遗传多样性较丰富。     

用微卫星荧光标记分析小麦及其近缘属种的遗传多样性

应用微卫星(SSR)荧光标记技术,对小麦及其10个近缘属种57份材料进行分析。43对引物共检测出7 580个等位变异,每个引物每个模板平均检测出3.09个等位变异。聚类分析表明57份材料被聚成11类,还发现栽培二粒小麦、普通小麦亲缘关系较近,与其他材料亲缘关系较远。聚类结果与现有的植物学分类结果一致。     

利用微卫星标记分析滩羊群体的遗传多样性及遗传分化

利用10对微卫星标记对小尾寒羊、宁夏牧区园区白滩羊、保种场滩羊和黑滩羊的遗传多样性和遗传分化进行分析,根据DC和DA遗传距离构建系统树。结果表明:10个微卫星座位中共检测到167个等位基因,每个座位在每个群体均检测到5个以上的等位基因。座位和群体期望杂合度均在0.8左右;座位平均多态信息含量为0.722 3～0.838 5;园区白滩羊平均多态信息含量为0.794 6,保种场白滩羊平均多态信息含量为0.778 4,黑滩羊平均多态信息含量为0.772 3,群体平均多态信息含量为0.772 3～0.794 6。群体间表型分化系数为0.089 3,总群体近交系数为0.674 0,群体内近交系数为0.642 0。运用DC和DA遗传距离,分别采用UPGMA和NJ法构建的系统聚类图基本一致。综合遗传分化系数、遗传距离及聚类图,结果提示,滩羊与小尾寒羊群体间遗传分化程度最大,黑滩羊与白滩羊群体间存在一定的遗传分化,2个白滩羊群体间遗传分化程度相对最小。