4种重要虫媒病的核酸液相芯片高通量检测方法的建立

为建立可检测鹿流行性出血热病毒(EHDV)、阿卡斑病毒(AKV)、蓝舌病病毒(BTV)和水泡性口炎病毒(VSV)的液相芯片快速检测技术,用DNAStar软件对GenBank中BTV的VP7基因、EHDV的VP7基因、AKV的N基因和VSV的NP基因序列进行序列分析,设计针对这些基因的特异性探针并标记生物素,分别与不同编号的荧光编码微球偶联后再与这些病毒相应基因的PCR产物杂交反应,用液相芯片检测仪(Liquichip 200)检测荧光信号建立了以上4种虫媒病的快速液相芯片检测方法。检测结果显示,该方法具有较好的特异性,偶联特异性探针的微球只与相应的病毒基因的PCR产物反应,而不与其他虫媒病病毒反应;检测灵敏度达到50~100个TCID50。本研究建立了可以同时检测鹿流行性出血热病毒、阿卡斑病毒、蓝舌病病毒和水泡性口炎病毒的快速高通量液相芯片技术,为其他类似病毒的快速高通量检测提供了借鉴和经验。     

赤羽病病毒RT-PCR检测方法的建立

利用BHK 2 1细胞繁殖赤羽病病毒 (AKV)美国株 ,以 30 %蔗糖垫底超速离心浓缩病毒。根据病毒SRNA序列设计 3对引物 ,初步建立了检测AKV的RT PCR方法 ,850bp扩增产物的序列与已知序列同源性 99%以上。人工攻毒鼠检测特异灵敏。     

印第安纳型水疱性口炎病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

根据印第安纳型水疱性口炎病毒（VSV）L蛋白的序列，设计了一套特异性引物，建立了检测VSV核酸的一步法RT-PCR方法，并用该法检测了不同的组织样品。结果显示，人工感染VSV小鼠组织检测为阳性，而口蹄疫、猪水疱病、猪瘟、猪生殖与呼吸综合征等病料检测均为阴性，表明该方法具有较好的特异性。     

5种人兽共患病病毒多重RT-PCR检测方法的初步建立

为建立可同时检测裂谷热病毒(RVFV)、戊型肝炎病毒(HEV)、狂犬病毒(RV)、水泡性口炎病毒(VSV)及口蹄疫病毒(FMOV)5种人兽共患病病毒的多重RT-PCR快速检测方法,本研究根据GenBank登录的上述5种病毒的全基因组序列,设计了5对多重PCR引物,通过优化反应条件,建立检测以上5种病毒的多重RT-PCR方法.通过对同一种属的其他病毒及相关病毒的检测,确定方法的特异性;通过对体外转录合成的RNA进行定量检测的方法,确定方法的敏感度.实验结果表明:在同一RT-PCR反应体系中可同时检测以上5种病毒,扩增片段长度分别为499 bp、137 bp、274 bp、224 bp、389 bp;而对新城疫病毒(NDV)、赤羽病病毒(AKAV)、牛流行热病毒(BEFV)和乙型脑炎病毒(JBEV)的检测均为阴性;5种病毒RNA的最低检测拷贝数分别为2.91×104、3.14×1 03、1.25×103、6.65×103和2.38×104.利用该方法对11份RV已知阳性样本和7份HEV已知阳性样本检测结果均呈阳性.本研究建立了一种快速、可同时检测5种人兽共患病病毒的多重RT-PCR检测方法,该方法具有良好的特异性和较高的敏感性.     

多重RT-PCR检测猪口蹄疫病毒、猪水泡病病毒和猪水疱性口炎病毒的研究

建立了一种同时检测猪口蹄疫病毒(FMDV)、猪水泡病病毒(SVDV)和猪水疱性口炎病毒(VSV)三种病原体的多重RT-PCR方法。参照文献报道的基因序列,设计合成了三对特异性引物;PCR扩增条件进行优化后,用这三对引物对同一样品中的FMDV、SVDV、VSVRNA模板进行扩增,结果同时得到了三条特异性条带,大小与试验设计相符:FMDV(208bp)、SVDV(862bp)、VSV(638bp),且对猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)核酸扩增结果为阴性;三种病毒RNA模板检出的最小量均为10fg。试验证明,此方法经济、快速、敏感、特异,可用于FMDV、SVDV和VSV这三种猪水泡性疾病的鉴别诊断及流行病学调查。     

几种动物病毒的基因芯片检测技术

分别用水疱性口炎病毒、蓝舌病病毒、口蹄疫病毒、猪瘟病毒、牛病毒性腹泻病毒、鹿流行性出血热病毒和赤羽病病毒各一段高度保守的基因片段构建质粒，在此基础上制备了芯片探针。提取样品中的核酸，经反转录和荧光标记后滴加到芯片上进行特异性杂交，对杂交结果扫描检测，可同时对上述7种动物传染病进行快速、准确的诊断，此方法敏感性高，特异性强，适合于大批动物高通量检疫。     

多重PCR同时检测口蹄疫病毒、猪水疱病病毒和水疱性口炎病毒

根据基因库中的口蹄疫病毒（FM—DV）,猪水疱病病毒（SVDV）和水疱性口炎病毒（VSV）各基因序列,设计了与FMDV,SVDV和VSV互补的3对特异性引物,对样品中的cDNA模板进行了多重PCR扩增及反应条件的优化,结果同时得到与设计相符合的3条特异性条带,分别为189bp,125bp和300bp。用这3对引物对病毒样品cDNA模板进行多次扩增,均能稳定得到与设计相符合的3条特异性条带。本试验能特异、敏感、快速地鉴定FMDV,SVDV和VSV。     

赤羽病病毒套式RT-PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中已发表的赤羽病病毒(AKAV)的S基因序列,设计了3条特异性引物,建立了检测AKAV的套式RT-PCR方法。特异性试验表明,该方法可以特异扩增出AKAV的S基因片段,但从牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、传染性牛鼻气管炎病毒(IBRV)等13种对照病毒中均不能扩增出目的条带。敏感性试验表明,套式RT-PCR能够扩增10-5稀释度的病毒RNA(核酸含量约1.18 ng/μL),比普通RT-PCR高出1 000倍。用此方法检测130份奶牛血清样品与1份流产胎儿病料,均未检测到阳性样本,但AKAV在血清模拟样品中可被有效检出。研究结果表明,该方法灵敏、特异,为AKAV的检测提供了一个快速、有效的手段。     

几种外来动物病毒多重普通和实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用

为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在采集的临床样本检测中进行初步应用验证。结果显示：建立的PPRV/BTV8/EHDV1三重实时荧光定量RT-PCR检测方法仅对PPRV、BTV8和EHDV1有特异荧光信号,检测敏感度可达10^1.70～10^2.08copies/μL DNA;建立的PPRV/BTV8/EHDV1/AHSV四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测PPRV、BTV8、EHDV1和AHSV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;2种方法对羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、牛病毒性腹泻等临床相似的病毒均无扩增。在925份临床样本中检测出1例PPRV核酸阳性样本;经核苷酸序列测定及BLAST比对确定为谱系IV型PPRV毒株序列。本试验所建立的三重实时荧光定量...     

水疱性口炎病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立与应用

本研究建立荧光定量RT-PCR鉴别检测水疱性口炎病毒的方法。针对Gen Bank登录的水疱性口炎两血清型-新泽西型(VSV-NJ)和印第安纳型(VSV-IND)的L基因保守区,设计1对引物和2条探针。通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了Taq Man荧光定量RT-PCR快速检测VSV的方法。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3 h以内,具有很好的特异性和重复性,可以实现水疱性口炎病毒的快速检测分型。通过对342份临床样品进行检测,结果表明,所建立的检测方法适用于样品中水疱性口炎病毒的直接检测。     

蓝舌病毒群特异性RT—PCR检测技术及其应用

目的:建立一种适于蓝舌病毒(BTV)群特异性基因检测的RT-PCR方法。方法:根据本实验室设计的一对BTVNS1基因通用型检测引物建立BTV群特异性RT-PCR检测技术;对不同血清型BTV及鹿流行性出血热病毒(EHDV)进行检测,验证其特异性;同时,利用该方法检测血清模拟样品及抗病毒血清样品。结果:所设计的检测方法特异性好,与EHDV无交叉反应,可检测至少17个血清型BTV,并能有效检出不同病毒浓度的模拟样品及不同型的血清样品。结论:建立的RT-PCR方法可用于BTV群的特异性通用检测。     

RT-PCR检测猪传染性胃肠炎病毒的研究

根据GenBank发表的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)纤突蛋白S基因的5′端核酸序列设计了1对引物。该对引物扩增的目的片段长度为690bp。在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立了TGEV的RT-PCR检测方法。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒一步多重RT-PCR检测方法的建立及应用

本研究旨在建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的一步多重RT-PCR检测方法.通过多序列比对以及反应条件的优化,从4对引物中精选了3对特异性和敏感性较好、扩增片段分别为228、345和490 bp的引物,并应用所建立的方法对4种分离株的细胞毒和组织毒、田间样品及临床症状相似的疾病猪瘟和猪伪狂犬病毒做了检测;并对田间及实验室样品进行符合率试验,对阳性样品进行重复性试验.与常规RT-PCR法进行比较,证明该方法比常规RT-PCR法敏感性提高了10倍;而且利用该方法可使检测时间大大缩短;特异性试验证实该方法无交叉反应;阳性和阴性样本的符合率均为100％;3次阳性样品重复性检测结果完全相同;稳定性试验显示该试剂盒至少可保存1年以上.本研究所建立的PRRSV一步多重RT-PCR检测方法的敏感性高、特异性强、操作简便、省时、结果重复性好,不仅适用于临床病例尤其低微含量样品的诊断,而且在筛查隐形带毒动物及兽医检疫方面具有重要的应用价值.     

RT—PCR检测猪传染性胃肠炎病毒

根据猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）纤突蛋白S基因的5′端核酸序列设计了1对引物。该对引物扩增的目的片段长度为886bp。在优化RT－PCR反应条件的基础上，建立了检测TGEV的RT－PCR方法。用此RT－PCR方法检测56份猪腹泻粪样，同时用夹心ELISA法作对照。结果显示，RT－PCR法检测的20份阳类粪样，用夹心ELISA法检测有14份呈阳性，两者的符合率为89％。RT－PCR法比夹心ELISA法敏感性更高，可用于TGEV的诊断和流行病学调查。     

新型鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中已发表的1型鸭病毒性肝炎(duck hepatitis virus type 1,DHV-1)和新型鸭病毒性肝炎(new type duck hepatitis virus,N-DHV)全基因序列,在非同源区域设计一对新型鸭病毒性肝炎特异性引物P1/P2,对鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鹅细小病毒细胞毒、流感病毒等鸭常见病病原进行RT-PCR扩增.结果表明引物特异性良好,引物P1/P2仅能特异性扩增出N-DHV的638bp基因片段;敏感性试验结果表明:N-DHV RNA最低检出量为21 pg.同时对临床样品的检测中发现DHV-1和N-DHV存在混合感染的情况.该方法的建立为鸭病毒性肝炎病毒尤其是新型鸭病毒性肝炎病毒的鉴定及快速诊断提供了可靠的依据.     

Ⅰ型鸭肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-1)的基因序列,应用Oligo软件对DHV-1的保守基因3AB设计引物,以江西分离株(JXau-F)的RNA为模板进行RT-PCR扩增,得到预期大小的目的基因。通过对该方法的敏感性和特异性的检测,结果表明,建立的利用RT-PCR检测DHV-1的方法具有良好的敏感性和特异性。该法最低模板检测量为20 pg,且只能检测出DHV-1,对新城疫病毒、传染性法氏囊病毒、鸭瘟病毒、鹅细小病毒和健康的鸭肝组织均不能检出。克隆、测序证实了扩增基因的正确性。通过对临床病料检测结果表明,该方法可用于Ⅰ型鸭肝炎病毒的快速鉴别诊断。     

RT—PCR和RFLP对我国部分传染性支气管炎病毒分离株分型

用2 对引物分别对4 株传染性支气管炎病毒(IBV)标准毒株(Gray、M41、H120、MA5)和5 株国内地方分离株(KF8、18KF7、QF3、XF7、XF18)进行RT-PCR,结果均获得了与预期大小一致的片段。对此2 种PCR 产物进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析,分别用3 种限制性内切酶(HaeⅢ、HinfⅠ、PvuⅡ)进行酶切,根据不同的酶切图谱将测试的IBV 毒株分为不同的基因型。2 对引物的PCR 产物酶切分型结果基本一致。9 株IBV 毒株分为3 种基因型,即H120、M41、XF7、XF18、MA5 和KF8 属于Ⅰ型,Gray 属于Ⅱ型,QF3、18KF7 属于Ⅲ型     

多重PCR检测猪瘟病毒、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒

根据猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)和猪伪狂犬病病毒(PRV)3种病原体的基因保守序列，分别设计了与CSFV的E2基因、PPV的VP2基因和PRV的gⅡ基因序列互补的3对引物。用这3对引物对人为混合的样品中的PPV和PRV的DNA模板及CSFV反转录后的cDNA模板进行多重PCR扩增和多重PCR反应奈件的优化，结果同时得到3务与试验设计相符的288bp(CSFV)、575bp(PPV)700bp(PRV)特异性条带；敏感性检测结果表明，该多重PCR可以检测到14．5ng／L的CSFV、27．1pg／L的PPV、31．4ng／L的PRV的核酸模板。