西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染情况调查及多位点基因序列分析

为了解西南部分地区非人灵长类贾第虫的感染情况及其集聚体和基因亚型分布,收集了西南地区部分动物园、养殖场以及试验动物养殖基地的207份猕猴、长臂猿、金丝猴和食蟹猴新鲜粪便,采用饱和蔗糖漂浮法处理样品,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin(bg)、tpi和gdh基因,扩增产物经测序后进行分子生物学分析。结果表明:西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染率为7.73%(16/207),16份阳性样品均为集聚体B(assemblage B)。感染的品种包括猕猴、长臂猿及食蟹猴。长臂猿感染率最高(38.89%),不同品种非人灵长类贾第虫感染率差异极显著(P<0.01)。所有阳性样品均成功扩增出bg、tpi和gdh三个基因的特异性产物。多位点基因序列分析和种系进化树分析结果显示,bg及tpi基因位点多态性变异明显,gdh位点多态性变异较小。本次调查结果表明,西南部分地区非人灵长类所携带的贾第虫具有人兽共患风险。     

中国南海周边犬类贾第虫感染情况调查与基因序列分型

贾第虫是一种人兽共患肠道寄生原虫,在全世界范围内传播,其感染率与地区和环境有非常大的关系。为了解中国南海周边国家和地区犬类贾第虫感染情况,判断海洋隔离是否是影响贾第虫传播的重要因素,自2018年6月至2019年7月,从中国广州、越南胡志明市、马来西亚吉隆坡、新加坡和菲律宾马尼拉分别采集犬类粪便样本616份。提取每个地区犬类粪便样本的DNA,以贾第虫磷酸丙糖异构酶(triose phosphate isomerase)基因TPI和BG(genotyping at the beta giardin)基因制作巢式PCR引物。提取的犬粪基因组DNA为模板进行巢式PCR扩增,确定其阳性感染率,PCR阳性产物经测序并将结果与GenBank中的贾第虫序列比对,判断其分型。结果发现,616份样品中,有48份样品检验结果为贾第虫感染阳性,阳性率为7.79%(48/616)。不同地区感染率分别是:中国广州4.81%、越南胡志明市6.90%、马来西亚吉隆坡9.09%、新加坡2.86%和菲律宾马尼拉11.52%。其中48份样品在TPI和BG位点分别检测到条带,阳性率分别为7.63%和5.19%。阳性样品再经过对于BG及TPI基因位点的测序比对,得知BG位点有集聚体B型(3.33%)、集聚体C型(86.67%)、集聚体D型(10%),TPI位点有集聚体B型(2.12%)、集聚体C型(85.1%)和集聚体D型(12.76%)。综上,中国南海周边地区存在贾第虫感染,公共卫生相对较好地区感染率较低,犬源贾第虫基因分型分布未明显受到海洋地域隔离影响。     

四川部分地区断奶前犊牛贾第虫感染调查和基因分型研究

为调查四川部分地区断奶前犊牛贾第虫感染和基因亚型分布情况,采集了278份断奶前犊牛(1月龄以下)新鲜粪便,采用饱和蔗糖漂浮法处理样品并提取DNA,经巢式PCR扩增β-giaidin(bg)、tpi和gdh基因,对阳性样品贾第虫基因型进行鉴定。结果显示,四川部分地区断奶前犊牛贾第虫总感染率为9.35%(26/278)。bg、tpi和gdh基因序列分析表明,本次分离的贾第虫种类均为集聚体E。多位点基因序列和进化树分析显示,基于bg、tpi和gdh三个基因位点均分别鉴定出7种亚型,分别发现3、2、2种新基因亚型(bg: E13、E14、E16;tpi: E21、E24;gdh: E18、E19)。本研究表明,四川地区断奶前犊牛存在贾第虫感染,虫种类型主要为集聚体E,同时该型在四川地区遗传多样性较高。     

五步蛇源隐孢子虫分离株的分子鉴定

【目的】采用分子生物学方法鉴定1个五步蛇(Deinagkistrodon acutus)源隐孢子虫分离株,了解中国蛇隐孢子虫感染的种类分布。【方法】利用巢式PCR方法,扩增隐孢子虫18S rRNA基因特异性片段,对PCR产物进行限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和同源性分析,构建其种系发育进化树。【结果】成功扩增出18S rRNA基因目的片段,PCR产物经SspⅠ酶消化后获得的酶切结果和先前报道的蛇隐孢子虫(Cryptosporidium serpentis)一致。获得的840 bp 18S rRNA基因序列与C.serpentis同源性达到99.8%。种系发育进化树分析表明,该分离株与C.serpentis位于同一分支,节点支持值达100%。【结论】本研究获得的五步蛇源隐孢子虫分离株为C.serpentis,说明C.serpentis有更宽的感染宿主范围。     

安氏隐孢子虫ITS-1基因PCR检测方法的建立

[目的]建立针对安氏隐孢子虫的PCR快速检测方法,为安氏隐孢子虫的检测和分子流行病学调查提供技术支撑.[方法]根据GenBank中安氏隐孢子虫的ITS-1基因序列设计1对特异性引物,建立基于ITS-1基因的PCR方法,并通过特异性试验、敏感性试验、临床检测以及与经典巢式PCR检测方法进行比较等,验证其可行性.[结果]基于ITS-1基因的PCR检测方法能扩增出安氏隐孢子虫的特异条带,而对猪源隐孢子虫、贝氏隐孢子虫、微小隐孢子虫、牛泰勒氏虫、牛巴贝斯虫、伊氏锥虫、食道口线虫的扩增结果均为阴性;将测序结果进行BLAST比对,发现其与GenBank中安氏隐孢子虫的同源性均在99%以上.敏感性最低可检测每克牛粪中5个卵囊;用于检测广西不同地区的1613份牛粪样品时,与经典巢式PCR检测方法相比,发现两者的阳性检出率均为11.72%,且吻合率达100%.[结论]安氏隐孢子虫ITS-i基因PCR检测方法具有快速、敏感、特异的特点,适用于安氏隐孢子虫的检测和分子流行病学调查分析.     

四川省部分地区成年山羊十二指肠贾第虫感染调查与基因分型研究

【目的】了解四川省部分地区成年山羊贾第虫Giardia duodenalis感染情况以及感染虫种基因型。【方法】在四川省12个养殖场采集了342份成年山羊的新鲜粪便,采用多位点基因分型技术,通过巢式PCR扩增bg、tpi和gdh基因位点,对阳性样品的PCR产物进行了测序分析。【结果】342份成年山羊粪样中贾第虫的总感染率为14.91%(51/342)。所有阳性样品感染的虫种基因型均为集聚体E。51份阳性样品在bg、tpi和gdh这3个基因位点分别成功鉴定出4(E5、E8、E17、E18)、2(E2、E4)和2(E3、E4)种基因亚型,并且在bg位点发现了2种新的基因亚型(E17、E18)。【结论】四川省部分地区成年山羊存在较为严重的贾第虫感染,虫种类型主要为集聚体E,且具有一定的遗传多样性。     

郑州市郊规模化奶牛场十二指肠贾第虫集聚体的鉴定

为了解河南省郑州市郊规模化奶牛场十二指肠贾第虫感染和基因型分布情况,以2个规模化大型奶牛场的363份新鲜粪便样品为对象,进行多位点(SSUrRNA、TPI、GDH和BG基因)PCR扩增和测序。奶牛场十二指肠贾第虫总感染率为42.7%(155/363),A养殖场感染率为44.2%(84/190),B养殖场感染率为41.0%(71/173),两场间十二指肠贾第虫的感染率差异不显著(P0.05)。断奶前奶牛(0～60 d)和断奶后奶牛(61～180 d)的感染率分别为49.2%(100/203)和34.3%(55/160),不同年龄段奶牛的感染率差异极显著(P0.01)。共发现四种贾第虫集聚体:集聚体E (n=149)、集聚体A (n=3)、集聚体B (n=1)和A/E混合集聚体(n=2),且两场均发现人兽共患集聚体。结果表明,郑州市郊规模化奶牛场十二指肠贾第虫的感染率较高,存在散播风险。     

长春地区绵羊和兔隐孢子虫分子流行病学调查

采用抗酸染色法分别对长春地区287份兔粪便样品和167份绵羊粪便样品进行隐孢子虫检查,确认阳性的样品用巢武PCR-RFLP方法扩增隐孢子虫Small-Subunit rRNA基因,选择限制性内切Ssp Ⅰ和Vsp Ⅰ分别对该目的片段单酶切,PCR产物测序后进行RFLP及系统发育分析.结果共检出97份兔粪便和45份羊粪便含有隐孢子虫卵囊,感染率为33.8%和26.9%.巢式PCR-RFLP检测发现由绵羊和兔粪便中分离的隐孢子虫分别是C.parvum和C.bovis,系统发育分析显示隐孢子虫虫种形成了2个群,一个群包括C.parvum,C.boris,C.baileyi,C.meleagridis,C.feti,和C.wrairi,另一个群包括C.andersoni,C.muris和C.serpentis.     

猪附红细胞体PCR诊断方法的建立

据猪附红细胞体重庆株16S rRNA基因的序列特点设计合成种特异性引物,建立了猪附红细胞体PCR诊断方法.该方法能特异性扩增840 bp的猪附红细胞体16S rRNA基因片段,而对牛温氏附红细胞体、羊附红细胞体、猫血巴尔通氏体CA株、绵羊肺炎支原体、猪肺炎支原体、假单孢茵、大肠杆茵、沙门氏茵、肝片吸虫、葡萄球菌等的基因组DNA没有扩增条带出现.对猪附红细胞体基因组DNA的最小检测量为0.16 fg.通过对30份临床样品的检测,21份猪附红细胞体感染为阳性,其余为阴性.结果表明:建立的PCR诊断方法具有很高的敏感性和特异性,可用于猪附红细胞体的临床诊断和流行病学调查.     

利用多重PCR技术检测羊肉中掺杂狐狸肉的方法研究

本研究根据山羊、绵羊和狐狸线粒体16S rRNA基因间序列差异,设计特异性引物,其扩增片段大小分别为401、450 bp和300 bp,从而可在一个PCR反应中同时鉴别山羊、绵羊和狐狸三种源性成分,检测灵敏度高。     

郑州市山羊隐孢子虫感染情况调查与分析

为了对郑州市山羊隐孢子虫感染情况进行初步了解并分析虫株的种类和遗传进化关系,应用饱和蔗糖漂浮法对郑州市不同县市采集的276份山羊粪便样品进行山羊隐孢子虫感染情况检测,并应用PCR扩增部分阳性样品的核糖体18S rRNA基因序列,对获得的基因序列进行分析,确定所获得的隐孢子虫分离株的种类和遗传进化关系。结果表明,郑州市山羊隐孢子虫感染率为3.26%。序列比对和遗传进化分析表明,获得的9个山羊隐孢子虫分离株核糖体18S rRNA基因序列同源性为97.4%～99.9%,与已知牛隐孢子虫(Cryptosporidium bovis)分离株的同源性超过98.8%,且分离株与牛隐孢子虫属于同一大分支,与其他虫株所属分支相隔较远,表明获得的9个山羊隐孢子虫分离株均为牛隐孢子虫。综上,郑州市存在山羊隐孢子虫病的流行情况,均为牛隐孢子虫感染,会对人畜健康造成较大的威胁,亟须制定并实施相应的防控措施。     

基于nuc基因的奶牛乳房炎性金黄色葡萄球菌PCR检测方法的建立

基于PCR扩增的高效性,建立了以耐热核酸酶基因(nuc)为靶标基因特异性检测奶牛乳房炎性金黄色葡萄球菌的PCR方法。本实验从分离获得的205株染色为革兰阳性、形态为葡萄串状的菌株中随机选取50株进行16S rRNA基因测序和nuc基因扩增。结果显示,其中有40株葡萄球菌均可扩增出约279 bp的条带,其余10株葡萄球菌均未扩增出预期大小的条带。传统生化鉴定及16S rRNA基因测序结果表明,40株扩增出约279 bp条带的分离株均为金黄色葡萄球菌,未扩增出预期大小条带的10株菌均是葡萄球菌属的其它种。这一结果表明,nuc基因的PCR扩增可作为金黄色葡萄球菌特异性检测的分子标记。     

牛源环孢子虫套式PCR检测方法的建立及初步应用

 【目的】 建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法并初步应用于临床检测。【方法】根据牛源环孢子虫18S rDNA序列，设计1对保守引物和1对特异性引物，建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法。通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件，进行特异性和敏感性试验。并对168份临床样品进行了检测。【结果】该套式PCR能特异性地扩增出牛源环孢子虫基因组DNA中相应片段，与艾美耳球虫、隐孢子虫、贾第虫等10种相关原虫基因组DNA无交叉反应；最低能检测到2.85×10-2 fg的阳性参照DNA；对临床样品检测结果表明PCR技术检查阳性者显微镜检查都为阳性。【结论】建立的套式PCR方法具有高度的特异性和敏感性，有较好的临床应用价值。     

新疆南疆绵羊牛无浆体病的流行病学调查

为了调查新疆南疆地区绵羊牛无浆体病的流行情况,试验从南疆喀什、和田、阿克苏和巴州四个地区21个县市采集绵羊血液样品共637份。以巢式PCR扩增绵羊血液样品中牛无浆体的16S rRNA特异性片段。PCR扩增片段为551 bp的样品为阳性样品,表示感染了牛无浆体。结果表明:新疆南疆绵羊牛无浆体的总体感染率为52. 9%,其中喀什、和田、阿克苏、巴州地区的感染率分别为55. 3%、53. 3%、51. 3%、43. 3%。说明新疆南疆绵羊牛无浆体的感染率较高,为绵羊牛无浆体病的诊断和防控提供流行病学资料。     

羊附红细胞体PCR诊断方法的建立及应用

根据羊附红细胞体16S rRNA基因序列设计特异性引物,建立了羊附红细胞体的PCR诊断方法.该方法能扩增羊附红细胞体16S rRNA基因片段,对大肠杆菌、羊无形体、羊源支原体、猪附红体和假单孢菌基因组DNA没有扩增出条带,所能检测羊附红细胞体DNA的最低量为1.82 pg/mL.运用所建立的方法对从重庆市荣昌县采集的110份羊血样进行附红细胞体检测,其中13份羊附红体感染阳性,表明该方法特异性和灵敏度高,可用于急性羊附红细胞体病和临床带菌羊的检测.     

宠物豚鼠隐孢子虫感染情况调查及其虫种鉴定

为了解宠物豚鼠隐孢子虫感染情况,用饱和蔗糖溶液漂浮法对郑州某宠物市场55份豚鼠粪便和免疫抑制后的30只豚鼠新鲜粪便样本进行检查。结果发现,隐孢子虫总感染率分别为12.7%和80%,卵囊呈近圆形,卵囊大小为5.3μm×4.7μm〔(5.0～5.5)μm×(4.4～4.9)μm〕,卵囊指数为1.11。基于18SrRNA基因位点,对调查中发现的7个隐孢子虫分离株进行PCR扩增,PCR-RFLP和测序结果显示,7个分离株均为维瑞隐孢子虫。宠物豚鼠隐孢子虫感染较为普遍,感染虫种是维瑞隐孢子虫,且豚鼠在免疫抑制后,其隐孢子虫感染率显著增高。     

猪弓形虫PCR检测方法研究及初步应用

以微线粒体MIC3基因作为弓形虫特异的遗传标记,建立了猪弓形虫特异PCR检测方法。经过试验摸索出猪弓形虫PCR检测的最佳反应条件,对敏感性和特异性进行研究,该方法能特异性地扩增出弓形虫基因组中相应片段,与微小隐孢子虫,贾第虫、旋毛虫和球虫等相关寄生虫基因组DNA无交叉反应;最低能检测到10个弓形虫速殖子的DNA。该方法的各项指标达到了弓形虫的检测要求。     

袋鼠源隐孢子虫分离株分子鉴定与种系发育关系分析

【目的】对云南某动物园袋鼠粪样中分离到的1株隐孢子虫分离株进行种/基因型的分子鉴定,为云南动物园的袋鼠隐孢子虫病防控提供理论依据。【方法】针对隐孢子虫小亚基核糖体RNA基因序列设计引物,进行巢式PCR扩增,并对扩增产物进行测序和序列比对;使用DNAMAN和MEGA7.0等软件进行同源性分析并构建系统发育进化树,以确定该袋鼠源分离株与其他源隐孢子虫间的亲缘关系。【结果】成功扩增出隐孢子虫阳性片段。BLAST结果表明：获得的袋鼠源隐孢子虫分离株与鼠隐孢子虫(Cryptosporidium muris)一致,同源性可达100%。种系发育进化树表明：该分离株与鼠隐孢子虫处于同一分支,亲缘关系最近,属于胃寄生隐孢子虫的鼠隐孢子虫。【结论】该园袋鼠存在隐孢子虫感染,鉴定为具有人兽共患潜能的鼠隐孢子虫。本研究首次报道了中国袋鼠感染鼠隐孢子虫。     

猪附红细胞体特异性基因的克隆和序列分析

为分析吉林省流行的猪附红细胞体基因序列,根据发表的猪附红细胞体16S rRNA基因序列设计引物,扩增出长度约为541 bp的基因片段,并成功地将该基因克隆到pGEM-T Easy载体.将经Not Ⅰ酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序,与发表的附红细胞体基因序列进行比较,试验所获得的核苷酸序列与猪附红细胞体16S rRNA基因序列非常相近,同源性为97.8%～100%,从而证明吉林省所流行的猪附红细胞体属于16S rRNA基因群.     

马巴贝斯虫PCR检测方法的建立及应用

根据已发表的马巴贝斯虫18S rRNA基因序列,设计并合成一对特异性引物,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增出一条约936 bp的基因片段,并成功地将该基因克隆于pGEM-Teasy载体,经PCR鉴定后进行序列测定.结果表明,所克隆的目的基因与GenBank中发表的序列同源性达到98.4%.并利用特异性引物初步建立了马巴贝斯虫病PCR检测技术.