基于微卫星标记的钱塘江中下游三角鲂亲本群体和自然捕捞群体遗传多样性及遗传结构

为掌握三角鲂Megalobrama terminalis不同群体的遗传多样性及遗传结构,以钱塘江中下游4个良种场亲本群体(湖州的景山JS和明兴MX群体,杭州的瓜沥镇GLZ和萧乡XX群体)和1个钱塘江自然捕捞群体(BL)为研究对象,利用微卫星分子标记结合毛细管电泳基因分型技术,基于8对荧光标记SSR引物对来自5个群体的768尾样本进行了扩增和基因分型测序。结果表明：各群体单个位点检测到的等位基因数(N_a)平均值为(10±1)～(39±7),有效等位基因数(N_e)平均值为(6.60±0.98)～(14.22±3.08),5个群体Shannon’s信息指数(I)平均值为(2.02±0.14)～(2.85±0.21),其中,明兴亲本群体的N_a、N_e和I值最小,BL群体的这3项指标明显高于其他群体;5个群体的观测杂合度(H_o)平均值为(0.96±0.02)～(0.98±0.01),在绝大多数位点上H_o均大于期望杂合度(H_e);分子方差分析显示,...     

基于微卫星标记的青弋江水系光唇鱼群体遗传变异

为探讨长江支流青弋江水系光唇鱼的群体遗传变异,基于微卫星标记分析其5个采样点共105个样品的遗传多样性与遗传结构。光唇鱼5个群体均有较高的遗传多样性,其平均等位基因数(Na)为5.250～8.375、平均有效等位基因数(Ne)为3.580～4.415;平均观测杂合度(Ho)为0.618～0.677、平均期望杂合度(He)为0.669～0.774;平均多态信息含量(PIC)为0.629～0.699、平均Shannon多样性指数(I)为1.359～1.566。群体间Nei’s遗传距离(0.116～0.322)较小,群体遗传分化指数(FST)和分子方差分析(AMOVA)结果一致表明群体间无显著遗传分化。基于群体间Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,秧溪河和浦溪河群体、麻川河和泾县群体分别聚为一支,最后与旌德群体聚在一起。这是由于群体间遗传距离与其栖息地之间距离远近显著相关。     

基于EST-SSR标记的油松种子园遗传多样性分析

以河北省平泉七沟油松(Pinus tabulaeformis)良种基地育种群体为研究对象,利用EST-SSR引物对来自4处种源的153个油松无性系进行了遗传多样性分析。在12个位点上共检查到62对等位基因,平均等位基因数为5.17;各位点的平均期望和观测杂合度(He和Ho)分别为0.414和0.403,近交系数(Fis)为0.018 6;4个种源群中大窝铺、东陵和七沟3个群体的平均有效等位基因数(Nea)、等位基因丰富度(AR)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)基本一致,都略高于宽城群体;平均群体差异系数(Fst)偏低,仅为0.015 6;种源群体间的差异系数(Pairwise Fst)极低,仅在0.009 9～0.071 7之间;NJ树图和主成分分析(PCA)的结果,显示各无性系的亲缘关系较为接近。综上,平泉油松种子园育种群体的遗传多样性水平较丰富,但是无性系之间的亲缘关系较近,群体结构不清晰。     

新疆褐牛种群遗传多样性分析

[目的]检测新疆褐牛的遗传多样性及其不同居群(杂交类型)的亲缘关系.[方法]采用8对微卫星分子标记对新疆褐牛的4个群体进行遗传多样性与遗传结构分析.[结果]在192个个体扩增得到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(A)为9.4个新疆褐牛群体的平均预期杂合度(HE)为0.716 2,平均观察杂合度(H0)为0.695 4,群体处于遗传平衡状态.群体平均多态信息含量和平均杂合度较高,4个群体8个位点的平均多态信息含量分别为0.673 6、0.622 0、0.626 5和0.541 3.群体基因流BM2133位点最大(7.0965),BM1824位点最小(2.112 8),各位点平均基因流为4.008 9,4个群体间存在一定的基因交流.4个群体间的遗传变异为5.87;,另外94.13;的遗传变异由个体间的差异产生.基因流不是主导新疆褐牛种群遗传结构的关键因素.聚类分析显示4个群体可按遗传距离分为两类.[结论]新疆褐牛4个群体的遗传多样性丰富,可作为育种材料培育牛的新品种与新疆褐牛新类型.     

应用微卫星标记分析一个日本锦鲤人工养殖群体的遗传多样性

采用12对微卫星引物,对一个日本锦鲤(Japanese koi)人工养殖群体的遗传多样性进行了检测.结果表明:该日本锦鲤群体在12个微卫星位点的平均等位基因数(Na)为4.916;群体的平均观测杂合度(Ho)为0.177 8;平均期望杂合度(He)为0.636 6;平均多态信息含量为0.554 9,表明其遗传多样性呈中等水平.     

尼罗罗非鱼生长性状相关微卫星标记的筛选与验证

为筛选尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长相关微卫星分子标记用于指导其选育工作,选用29个微卫星标记对尼罗罗非鱼高要F₀群体、高要F₁群体、番禺群体和海南群体的生长性状(体质量、全长、体长、头长、体高和体宽)进行了关联性分析和基因型间比较。结果表明：在高要F₀群体中29个微卫星位点共检测到242个等位基因,平均等位基因数(N_a)为8.345,平均观测杂合度(H_o)为0.621,平均多态性信息含量(PIC)为0.842,各位点PIC值均大于0.5,具高度遗传多样性;29个微卫星标记中有6个标记(GM114、GM213、GM423、GM642、UNH130和UNH985)在高要F₀群体中与至少一种生长性状显著相关(P<0.05);GM213、GM642、UNH130和UNH985 4个标记的不同基因型个体对应的生长性状在高要F₁群体中存在显著性差异(P<0.05),说明其在不同世代中遗传稳定;初筛生长相...     

利用微卫星标记分析两个吉富罗非鱼群体的遗传差异

[目的]评价不同吉富罗非鱼群体的遗传多样性,筛选出鉴别不同群体的分子标记,为吉富罗非鱼种质资源保护及其新品种选育提供理论依据.[方法]对48尾来自两个不同群体的吉富罗非鱼进行尾静脉采血,抽提其基因组DNA,应用微卫星标记技术判定其等位基因和基因型,然后采用GenAlEx 6.2、Cervus 3.0和Populations软件进行数据分析,计算有效等位基因数(Ne)等群体遗传多样性相关参数,对两个吉富罗非鱼群体进行遗传差异分析.[结果]从50对微卫星引物中筛选出23对扩增产物稳定、条带清晰、特异性好的引物,扩增出的DNA片段大小在110～388 bp.利用23个微卫星位点,从两个吉富罗非鱼群体中共检测到89个等位基因和163种基因型,平均每个位点的等位基因数(Na)3.8个、基因型7.1种.两个吉富罗非鱼群体的平均观察杂合度(Ho)分别为0.6383和0.5957,平均期望杂合度(He)分别为0.5759和0.5559;23个位点在两个群体中平均多态信息含量(PIC)分别为0.5131和0.4942,平均固定系数(FIS)分别为-0.1184和-0.0718;两个群体间的遗传距离(DA)为0.1287,平均遗传分化系数(FST)为0.135.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个位点在两个群体中扩增的条带存在明显差异.[结论]两个吉富罗非鱼群体遗传多样性水平较高,均存在杂合子过剩现象,群体间遗传分化程度中等,具有较强的环境适应能力,且选育空间大.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个微卫星位点可作为鉴别两个吉富罗非鱼群体的分子标记,也可用于分子标记辅助育种研究.     

北部湾皮氏叫姑鱼的遗传多样性分析

[目的]分析北部湾两个野生皮氏叫姑鱼的群体遗传多样性和遗传结构,为其种质资源的合理开发利用提供参考依据.[方法]利用已开发的皮氏叫姑鱼微卫星标记对北部湾临高县西海域(N 20°20′,E 109°40′)和乐东县西海域(N 19°30′,E 107°80′)的两个野生群体进行遗传多样性和遗传结构分析.[结果]筛选出的7个微卫星位点中有4个位点(Jobe50、Jobe45、Jobe24、Jobe13)呈多态性.4个多态位点的等位基因数(No)介于10~13个,平均10.75个,期望杂合度(He)为0.772~0.844,观测杂合度(Ho)为0.827~0.892,多态信息含量(PIC)为0.824~0.847.两个皮氏叫姑鱼群体各多态位点的群体内近交系数(Fis)为-0.114~0.015,总群体近交系数(Fit)为-0.049~0.031,群体内有明显的杂合过剩现象;群体遗传分化系数(Fst)为0.016~0.082,基因流(Nm)为2.804~28.236.[结论]两个北部湾野生皮氏叫姑鱼群体均具有中等遗传多样性,有明显杂合过剩的现象,群体间存在较大的基因流,群体遗传分化水平较低,临东县西海域群体的遗传多样性水平高于乐东县西海域群体.     

3 个中华鳖群体遗传多样性的微卫星标记分析

为了给武昌湖中华鳖的遗传资源保护和利用提供较为准确的基础数据,利用微卫星标记技术,对中华鳖武昌湖野生群体和2个养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:武昌湖鳖群体、日本鳖群体、黄沙鳖群体的平均等位基因数(Na)分别为11.5、9.1、7.9,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.3、3.7、3.1,平均观测杂合度(Ho)分别为0.5667、0.5222、0.4462,平均期望杂合度(He)分别为0.6987、0.5953、0.5648,多态信息含量(PIC)分别为0.6672、0.5551、0.5303,武昌湖群体遗传多样性较高。基于Nei's遗传距离和遗传分化指数显示,目前武昌湖群体中华鳖种质资源保存较好。     

尼罗罗非鱼8个养殖群体遗传差异的微卫星分析

利用18对微卫星引物对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)国内外8个养殖群体进行遗传差异分析.结果表明:(1)8个群体的平均等位基因数(Na)为3.61～5.11,平均有效等位基因数(Ne)为2.81～3.76,平均观察杂合度(Ho)为0.861 1～0.925 0,平均期望杂合度(He)为0.603 9～0.697 7,平均多态信息含量(PIC)为0.522 9～0.637 3.表明这8个养殖群体具有丰富的遗传变异.(2)在对8个群体的遗传距离和遗传相似度进行估算基础上所作聚类分析表明, 8个群体分为两大支,3个"吉富"群体明显聚为一支,其他5个群体聚为一支, 反映了这8个群体的亲缘关系.(3)微卫星引物UNH187可以初步作为区分"新吉富"尼罗罗非鱼和其他尼罗罗非鱼群体的特异性标记.     

文昌鸡群体内遗传变异分析

利用17个微卫星位点对海南文昌鸡群体内的遗传变异情况进行了分析,结果表明,13个位点处于哈代-温伯格平衡状态,2个位点处于不平衡状态,2个位点处于极不平衡状态。文昌鸡群体内平均杂合度(H)为0.7608;多态信息含量(PIC)为0.6899,平均有效等位基因数(Ne)为5.0254,群体杂合度和多态信息含量都相对较高,说明文昌鸡群体内的遗传变异较大,具有较高的选择潜力。     

基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究

利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。     

青鱼生长相关SNP标记在不同地理群体中的验证

单核苷酸多态性分子标记(single nucleotide polymorphism, SNP)是目前常用的分子标记辅助育种的工具之一。本研究在前期构建的青鱼(Mylopharyngodon piceus)高密度连锁图谱和QTL定位结果的基础上,利用体质量QTL区间中的2个SNP标记在3个青鱼群体中进行验证,目的是为了检测通过QTL定位得到的SNP是否存在并能应用于其他地理群体,利用对分子标记的侧翼序列进行基因型组成分析、遗传多样性分析及中性检验等方法,对3个群体的2个SNP侧翼序列进行分析。遗传多样性结果显示,snp8107的扩展片段的单倍型多样性(H_d)在邗江群体、湘江群体和石首群体中分别为0.782、0.515和0.497;各位点的观测杂合度(H₀)为0.067～0.533,平均为0.239;期望杂合度(H_e)为0.127～0.506,平均为0.306;多态信息含量(PIC)为0.117～0.374,平均为0.246。中性检验显示3个群体在历史上可能发生过瓶颈效应导致稀有等位基因丢失的现象,结合遗传多样性结果推测,...     

基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究

利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。     

枫泾猪微卫星基因座的遗传多样性分析

为分析枫泾猪的遗传多样性,采用ISAG/FAO联合推荐的30个猪微卫星标记,以等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、固定指数等遗传参数为指标,评估了枫泾猪群体内的遗传变异情况.结果显示,30个微卫星座位上共检测到128个等位基因,平均观察等位基因数(Na)与平均有效等位基因数(Ne)分别为4.266 7±1.3374和3.012 9±0.875 5;平均观察杂合度(H.)、平均期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.839 5±0.2829、0.635 6±0.1573、0.6291±0.1557;各微卫星座位的多态信息含量(PIC)在0.0200～0.7674之间,平均PIC为0.5684±0.1618;30个微卫星座位中,仅座位S0355和S0068处于统计学意义的Hardy-Weinberg平衡状态(P=1.0000、P=0.2945),其他座位均处于不平衡状态.该研究结果可为枫泾猪的保护利用提供理论依据.     

中华鳖黄河群体选育世代F_1、F_2及F_3遗传变异微卫星分析

以中华鳖黄河群体的选育基础群体(F0)和太湖群体为对照群体,采用微卫星标记技术对黄河群体的选育世代F1、F2及F3的遗传变异进行了测定和分析。结果表明:(1)从所筛选的10个微卫星位点中,5个测试群体共检测出240个等位基因;平均等位基因数(Na)为4.60～5.30,平均有效等位基因数(Ne)为3.24～3.59,平均观察杂合度(Ho)为0.483 3～0.530 0,平均期望杂合度(He)为0.594 9～0.645 9,平均多态信息含量(CPI)为0.534 0～0.568 4,这些遗传参数表明中华鳖存在丰富的可供选育用的遗传多样性基础。(2)F1、F2及F3选育世代的遗传多样性参数Ho、He及CPI一致地显示出随着选育代数的增加而降低的明显趋势,证明以生长、体色、体型等表型指标为直观选育指标的群体选育,对遗传型指标产生了可检测到的影响。(3)黄河群体的选育基础群体和3个选育世代在聚类分析中聚为一支,而太湖群体单独为一支,显示中华鳖的黄河、太湖两大地理群体间存在较大遗传分化,3代选育并未改变这一历史性格局。     

两个人工选择奥利亚罗非鱼群体系统发育 及其遗传多样性分析

[目的]了解人工选择偏好对奥利亚罗非鱼遗传多样性的影响,为今后人工选育及生产提供参考依据.[方法]对两个奥利亚罗非鱼群体(那马群体和武鸣群体)各70尾个体的线粒体DNA的D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因进行测序及系统进化研究,并选用20对微卫星标记对其遗传多样性进行分析.[结果]基于D-loop区序列两个群体共检测出32个单倍型,其中共享单倍型6个;基于CoI基因共检测出23个单倍型,其中共享单倍型16个;基于Cytb基因共检测出14个单倍型,其中共享单倍型10个.基于D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因单倍型分别构建的系统发育进化树显示,武鸣群体和那马群体的个体交错在一起,地理差异不明显,且采用NJ法和ME法构建系统发育进化树的进化拓扑结构基本相似.20对微卫星引物均能在奥利亚罗非鱼中获得稳定有效的扩增条带,其中有18个微卫星位点呈多态性;那马、武鸣群体的平均等位基因数(Na)分别为6.5000和7.9444,平均有效等位基因数(Ne)分别是3.9857和4.7268,平均观测杂合度(Ho)分别为0.7123和0.7752,平均期望杂合度(He)分别为0.9614和0.9711、平均Nei期望杂合度分别为0.7017和0.7636,均表现为武鸣群体略高于那马群体.两个群体的遗传分化系数(Fst)在不同微卫星位点间差异明显,其变化范围为0.0173(GM241)~0.2318(UNH868),平均0.0997;从单群体近交系数(Fis)和总群体近交系数(Fit)来看,所有微卫星位点的数值均为负值.[结论]经短期人工选择的武鸣群体奥利亚罗非鱼遗传多样性较被长期人工选择的那马群体遗传多样性丰富,即短期内的不同人工选择偏好对线粒体DNA的遗传影响较小.     

许氏平鲉微卫星标记的开发及评价

采用磁珠富集法筛选具多态性的许氏平鲉微卫星标记,并用一个野生群体对其多态性进行了评价。三引物PCR法筛选出58个阳性克隆进行了测序,共得到47个含微卫星核心的DNA序列,筛选出15对具有多态性的微卫星引物。所有位点上共得到66个等位基因片段,每个位点的观测等位基因数(A)为2~14个,平均等位基因数为4.4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)范围分别为0.062 5~0.968 8、0.061 5~0.929 1。每个位点的多态信息含量(PIC)显示,有6个位点表现出高度或中度多态。经Bonferroni校正后,HJ2-32、HJ4-27、HJ4-45和HJ4-47四个位点的等位基因频率显著偏离了Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡检测表明,各位点间无连锁不平衡现象。     

林芝云杉天然群体同工酶遗传多样性分析

采用水平切片淀粉凝胶电泳试验对西藏林芝云杉12个群体的10个酶系统进行测定,共获得20个谱带清晰、分离良好的位点,对这20个位点的统计分析表明:林芝云杉群体的多态位点百分率(P)=55.00%,每个位点的等位点基因数(Na)=1.900 0,每个位点的有效等位基因数(Ne)=1.609 3,观测杂和度(Ho)=0.229 1,期望杂和度(He)=0.2648,遗传一致度(I)=0.4168;这些指标在12个群体的均值略低于种级水平。对12个群体的遗传分化进行研究,群体间遗传分化系数(Gs,t)=7.406 5%,有92.593 5%的变异存在群体内;群体间的遗传分化度(Fs,t)=8.424 7%,仍远远小于群体内的91.535 7%;基因流(Nm)=7.011 9>4,可以代替遗传漂变防止群体间分化的发生。对12个群体两两之间的遗传距离进行研究,遗传一致度(I)的变动幅度为0.9475～0.997 9,平均值为0.980 1;遗传距离(D)变动幅度为0.002 1～0.054 0,均值为0.019 1。     

李属植物等位酶遗传多样性研究

采用双垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对李属(Prunus L)植物的6个分类群及其近缘种杏和欧洲稠李共8个分类群进行了等位酶遗传多样性和种间亲缘关系分析.通过对11个酶系统的检测,在16个位点上共检测到72个等位基因,位点最多等位基因数为9,在6个分类群共发现21个稀有基因;李属植物遗传多样性比较丰富,8个分类群的遗传多样性参数中每位点平均等位基因数(A)、多态性位点的比率(P)和平均预期杂合度(He)分别为2.0、57.1%和0.42;李属植物较其它长寿木本植物种间遗传分化水平高(FsT=0.156);本研究结果支持欧洲李与黑刺李的亲缘关系比与樱桃李的亲缘关系近的观点.