鸡重要性状全基因组关联分析研究现状及展望

全基因组关联研究(GWAS)是在全基因组范围内寻找与动植物重要经济性状相关联的遗传变异,最先应用于人类复杂疾病的研究,随着鸡全基因组图谱的完成与公布,以及不同密度SNP芯片的开发与推广,GWAS已经应用于鸡复杂性状的重要基因检测,是解析重要性状分子遗传机制强有力的分析方法。文章介绍了GWAS研究背景、原理与方法等,综述了GWAS在鸡体重、体尺、屠宰、肉质、繁殖、行为、抗病等重要性状上的研究现状,并预测GWAS技术在未来鸡育种中的应用前景,旨在为进一步利用GWAS进行鸡复杂性状的遗传基础研究以及鸡的全基因组选择(GS)育种提供参考。     

猪重要性状全基因组关联分析的研究进展

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础,同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide,QTN)的鉴定。本文主要对GWAS在猪重要性状上的研究进展进行综述,同时简单介绍猪重要性状QTN的研究进展。     

畜禽生长发育相关性状的全基因组关联分析研究进展

全基因组关联分析(GWAS)是近年兴起的用于分析复杂性状的重要研究方法。高通量测序技术的成熟发展使得基于全基因组测序技术和基因芯片技术的GWAS解析畜禽复杂性状成为可能,GWAS的运用对畜禽经济性状相关的SNP、QTL和候选功能基因研究起到关键作用。本文主要对GWAS的基本原理和方法、优劣势以及GWAS在畜禽生长发育相关性状中的应用现状进行综述,并对GWAS在今后畜禽育种中的应用前景进行展望,以期为GWAS在畜禽育种中的深入研究提供参考。     

家畜全基因组关联分析研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是一种研究经济性状候选基因的分析方法。近年来,随着家畜全基因组测序的完成,大量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)被标识,GWAS也越来越多地应用于家畜重要性状的研究领域中,在动物遗传育种中,通过对家畜基因组进行GWAS分析研究,找到控制家畜主要经济性状的重要SNPs,从而挖掘重要经济性状的候选基因。作者详细综述了GWAS的分析方法及其在重要家畜育种中的研究进展。GWAS分析方法包括基因组控制法(genommic control)、分层分析法(stratification analysis)、主成分分析法(principal components analysis,PAC)和混合线性模型分析法(mixed-linear-model association,MLMA),通路分析方法包括非核算法(基因功能富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和分层贝叶斯优取(hierarchical Bayes prioritization,HBP))和核算法。依据不同的目标性状选择合理的分析方法,提高GWAS分析结果的准确性,为进一步利用GWAS分析各种性状的遗传基础提供合理的借鉴。     

全基因组关联分析在鸭育种中的研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)是一种在人类或动植物全基因组中寻找变异序列，并筛选与目的性状相关位点的方法。目前，GWAS在畜禽重要经济性状研究中广泛应用。文章叙述了GWAS的基本原理，归纳了GWAS的研究方法和优缺点，并且列举了通过GWAS已定位到的鸭重要经济性状相关的标记位点和候选基因，旨在为后续鸭育种研究提供理论基础。     

全基因组关联分析在畜禽重要经济性状中的研究进展

以往通过候选基因分析和数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)连锁分析等策略使我们对一些基因的功能有了一定了解,但是很多控制畜禽经济性状的基因还无法分离和鉴定。随着高通量测序技术的不断发展以及人类全基因组计划(human genome project,HGP)和许多动植物的全基因组测序完成,全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经成为研究复杂性状的重要方法。文章针对GWAS在重要畜种复杂经济性状中的研究进展进行综述,梳理了近几年在动物经济性状研究中利用GWAS取得的成果,并且对GWAS研究策略与方法进行了归纳总结,旨在利用GWAS为畜禽复杂性状的遗传基础研究提供参考,同时为今后的动物育种工作奠定基础。     

家畜全基因组关联分析研究进展

全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）是一种研究经济性状候选基因的分析方法。近年来,随着家畜全基因组测序的完成,大量的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）被标识,GWAS也越来越多地应用于家畜重要性状的研究领域中,在动物遗传育种中,通过对家畜基因组进行GWAS分析研究,找到控制家畜主要经济性状的重要SNPs,从而挖掘重要经济性状的候选基因。作者详细综述了GWAS的分析方法及其在重要家畜育种中的研究进展。GWAS分析方法包括基因组控制法（genommic control）、分层分析法（stratification analysis）、主成分分析法（principal components analysis,PAC）和混合线性模型分析法（mixed-linear-model association,MLMA）,通路分析方法包括非核算法（基因功能富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）和分层贝叶斯优取（hierarchical Bayes prioritization,HBP））和核算法。依据不同的目标性状选择合理的分析方法,提高GWAS分析结果的准确性,为进一步利用GWAS分析各种性状的遗传基础提供合理的借鉴。     

羊经济性状全基因组关联分析与基因组育种的研究进展

随着全基因组时代的到来,高通量测序在动物新基因和分子标记挖掘方面的优势日益突出,与此同时,全基因组关联分析(Genome-wide association studies,GWAS)成功建立起变异与表型的关联,借助现代分子育种和基因组选择(Genomic selection,GS)技术,这些新产生的基因组变异必将在动物经济性状改良方面发挥重要作用。目前,与家羊关键经济性状有关的分子遗传标记研究还相对较少,而高质量参考基因组的发表为性状的遗传改良提供了发展的契机。基于此,文章对绵羊和山羊关键经济性状的GWAS分析和GS育种的相关进展做一综述,以期为羊品种资源保护和利用提供借鉴。     

基于SNP芯片技术对猪性状的应用及其研究进展

SNP具有分布广、数量多,易检测和便于分型等优点,在动植物分子育种方面已经得到广泛应用,并不断出现新的分析检测方法。相对全基因组重测序的成本而言,SNP芯片检测的成本较低,使得利用SNP芯片技术在全基因组范围内寻找与人类疾病和动植物性状相关的SNPs成为可能。利用SNP芯片技术结合全基因组关联分析(GWAS),已经检测到了与猪性状显著相关的SNPs位点和候选基因,为未来猪的分子育种提供理论依据。该文主要就SNP芯片技术的特点、原理和方法以及在猪性状方面的应用加以综述。     

全基因组关联分析在水禽主要数量性状基因座定位的应用现状

水禽的经济性状多为数量性状,数量性状基因座(quantitative trait loci, QTL)是调控数量性状表达的遗传基础,因此QTL的定位是分子育种的基础。全基因组关联分析(genome wide association studies, GWAS)作为鉴定表型与基因型关系的一种分析策略,是挖掘畜禽QTL的重要手段,并已经成功应用于猪、牛、鸡等畜禽的遗传育种工作中。利用GWAS可以定位与水禽经济性状相关的QTL,确定影响水禽性状的功能基因或主效基因,从而实现对水禽重要性状的改良。文章综述了GWAS在水禽重要性状研究上的应用效果,并分析了不足之处,以期为完善水禽遗传育种与遗传改良方法提供参考。     

全基因组关联分析在畜禽中的研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是近几年逐渐发展起来研究复杂性状的方法,并且在人类疾病和动植物复杂性状研究中得到广泛应用。文章主要综述了GWAS方法及近几年GWAS在畜禽重要经济性状的研究进展,主要目的是通过GWAS为畜禽复杂性状遗传机理的研究提供参考依据,为动物分子育种研究奠定基础。     

全基因组关联分析(GWAS)在鸡重要经济性状基因定位中的研究进展

全基因组关联分析（GWAS）是通过分析表型性状和基因遗传变异之间的关联性从而确定影响表型性状的遗传因素的一种方法,目前已广泛应用于畜禽生产中。文章主要对GWAS在鸡生长性状、繁殖性状、蛋品质性状和屠宰性状等重要经济性状基因定位中的研究进展进行综述,旨在为鸡遗传育种和种质改良以及地方特色鸡品种的保种提供思路。     

猪肉质性状全基因组关联分析的研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)是在全基因组范围内,以单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism sign, SNPs)作为分子遗传标记,筛选出与数量性状相关的SNP、数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)和候选基因的有效手段。猪肉品质是猪的重要经济性状,与人们的肉食营养、肉食品加工和养猪业经济效益密切相关。本文主要对GWAS在猪肉质性状的研究应用展开论述,以期为通过GWAS鉴别影响猪肉质性状的主效基因来改善猪肉品质提供理论依据。     

猪基因组选择技术应用初探

基因组选择是一种全基因组范围内的标记辅助选择方法,是家畜经济性状育种改良的重要技术,利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能够精准地早期预测估计个体育种值,降低近交系数,大大提高猪育种的遗传进展。随着基因组育种技术不断成熟,基因检测价格不断下降,这项技术越来越多被应用于奶牛、生猪、鸡等动物的育种工作中,本文将从猪基因组选择技术应用意义、国内外应用现状与趋势、技术集成、应用前景等4方面进行综述,为猪的基因组选择技术提供参考。     

利用GWAS研究母猪繁殖性状的进展

母猪繁殖性状一直是猪的重要性状之一,母猪繁殖性能的高低关乎着养猪场的规模和养猪业的发展。目前利用GWAS(全基因组关联分析)发现影响母猪产仔数、初生重、断奶重和乳头数等繁殖性状的SNP(单核苷酸多态性)位点,进而发现关联的基因已经成为研究热点之一,并且利用GWAS研究母猪的繁殖性状取得了一定的进展。因此,文章主要对利用GWAS研究母猪繁殖性状的进展进行概述。     

全基因组关联分析及其在猪育种中的研究进展

近年来,随着高通量单核苷酸芯片和基因分型技术的不断发展,利用全基因组关联分析猪的性状成为可能。全基因组关联分析是一种新兴的遗传分析方法,能有效进行复杂疾病和性状的研究。国内外相关研究人员针对猪性状进行全基因组关联分析,积累了大量的单核苷酸多态性(SNP)标记、候选基因以及数量性状位点,为猪分子育种提供基础。该文主要对全基因组关联分析的基本原理、分析方法以及对猪性状的研究进展进行综述。     

全基因组关联分析在德国牧羊犬髋关节发育不良研究中的应用现状

犬髋关节发育不良(canine hip dysplasia,CHD)是犬常见的骨科疾病,传统放射学诊断对降低CHD发病率的作用有限,而基因诊断技术则可以有效促进CHD的育种改良。全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS)是一种全基因组范围内的遗传标记的检测技术,对复杂性状功能基因的鉴定十分有效,已成为挖掘畜禽复杂疾病和性状遗传的重要方法。随着犬全基因组测序的完成以及犬不同密度SNP芯片的商业化,GWAS已经成为CHD致病基因筛选的一个重要手段。本文综述了GWAS的定义与影响因素,CHD在国外的育种现状及GWAS在德国牧羊犬中的研究进展。     

全基因组关联分析在德国牧羊犬髋关节发育不良中的研究进展

犬髋关节发育不良(Canine Hip Dysplasia, CHD)是犬常见的骨科疾病,传统放射学诊断对降低CHD发病率的作用有限,而基因诊断技术则可以有效促进CHD的育种改良。全基因组关联分析(Genome wide association study, GWAS)是一种全基因组范围内的遗传标记的检测技术,对复杂性状功能基因的鉴定十分有效,已成为挖掘畜禽复杂疾病和性状遗传的重要方法。随着犬全基因组测序的完成以及犬不同密度SNP芯片的商业化,GWAS已经成为CHD致病基因筛选的一个重要手段。本文综述了GWAS的定义与影响因素,CHD在国外的育种现状及GWAS在德国牧羊犬中的研究进展。     

奶牛生长性状研究进展与展望

近年来,生长性状在奶牛育种中备受关注,随着对奶牛生长性状研究的日益深入,其与重要经济性状间的相关性逐渐凸显出来,对奶牛的育种工作也变得越来越重要。本文就奶牛生长性状定义、遗传参数、与经济性状的关联、生长性状QTL定位、GWAS分析等方面进行了综述,并明确了生长性状在奶牛未来育种中的地位。     

全基因组选择在猪育种中的应用

全基因组选择(Genomic selection,GS)是一种全基因组范围内的标记辅助选择方法。利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能够更加准确地早期预测估计育种值,降低近交系数,大大提高猪育种的遗传进展。随着猪全基因组测序的完成和猪60kSNP芯片的商业化,全基因组选择已经成为猪育种研究领域的新热点。本文综述了全基因组选择的分析方法、计算方法和影响因素,并阐述了全基因组选择在猪育种中的应用情况和发展趋势。