10株H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的序列分析

为了从分子水平上掌握我国H9亚型禽流感的变异情况和流行规律,本研究汇集近年来从我国部分省市养殖场分离的10株禽流感H9N2亚型毒株,采用RT-PCR技术对其HA和NA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,本试验分离到的10株病毒的HA和NA基因变异程度不大,变异概率大;在遗传进化树中均属于欧亚分支中的类CBJ194亚分支,与CBJ194的HA基因核苷酸同源性在88.8%~95.8%,NA基因核苷酸同源性在93.4%~97.6%,可能与CBJ194由同一毒株进化而来。由于基因突变使ACHB101毒株的HA基因出现了新的糖基化位点,ACHN102毒株的保守受体结合位点发生变异。NA基因推导氨基酸序列中第63、64、65位有T、EI、3个氨基酸的缺失,导致61位糖基化位点的丢失。唾液酸吸附位点上有明显的突变。HA和NA基因的变异可能与频繁的疫苗免疫选择压力有关。     

禽流感病毒H9N2亚型西藏分离株HA和NA基因的克隆与序列分析

为了从分子水平上掌握西藏各地区H9亚型禽流感病毒的遗传进化情况及其与国内外H9亚型禽流感病毒的变异情况和流行规律之间的关系,作者选择了2009年不同时间从西藏部分地市养殖场分离的3株禽流感H9N2亚型毒株,采用RT-PCR技术对其HA和NA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,3株西藏分离病毒之间的HA和NA基因变异程度不大,同源性达到98%以上,在遗传进化中均属于欧亚分支中的类Bj/94亚分支,3株西藏分离毒的HA基因与Bj/94的同源性在核苷酸水平为88.7%～88.8%,在氨基酸水平为93.4%～93.6%;NA基因与Bj/94的同源性在核苷酸水平为92.7%～93.0%,在氨基酸水平为93.4%～94.0%;3株西藏分离毒株可能与Bj/94由同一毒株进化而来。由于基因突变使Tb/1毒株的HA基因在313位出现了1个新的糖基化位点,Tb/4毒株的NA基因缺失了146位的糖基化位点;唾液酸吸附位点上有明显的突变;HA的裂解位点附近和NA基因的受体结合位点区域内都有氨基酸突变。HA和NA基因的变异可能与适应高原缺氧、高海拔等特殊气候环境有关。     

福建省H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的进化分析

为进一步了解福建省H9N2亚型禽流感病毒的基因遗传进化关系,本研究将福建省2011年分离的毒株FZ-04、FZ-11与GenBank上登录的2000～2011年福建省分离的H9N2毒株及国内外典型代表株进行HA、NA基因的序列比对和遗传进化分析。结果表明,分离株FZ-04和FZ-11的HA基因与CK/FJ/G9/09株核苷酸同源性最高,属于国内常见的CK/BJ/1/94亚系。HA裂解位点处的氨基酸序列为-PSRSSR/GL-,符合低致病性禽流感病毒的分子特征。NA基因在遗传进化关系上呈现独立的分支,与CK/FJ/10954/05毒株核苷酸序列同源性最高,属于CK/HK/G9/97亚系,且NA基因推导的469个氨基酸序列中没有缺失。同时,从HA和NA基因的遗传进化树上可知,2000～2011年福建省H9N2禽流感病毒进化相对比较稳定,可能有一个共同的起源。     

禽流感病毒KMI/99(H9N2)HA和NA基因的序列分析

研究分别以自行设计的一对简并引物和另一对普通引物，经RT－CR，一次性成功地扩增禽流感病毒A／Chicken/Guangxi/KMI/99(H9N2）HA全和基因cDNA和NA全长基因cDNA，并将它们克隆于pGEM-T Easy的T－T窗口，首次报道了该毒株的HA全基因和NA全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列，测序结果显示，该毒株的HA基因全长为1683bp，编码560个氨基酸。NA全长为1398bp，编码466个氨基酸残基。研究发现其HAI羧基端的分子特征是：R－S－S－R。从分子水平推论。A/Chicken/Guangxi/KMI/99(H9N2)属于非高致病力毒株。研究还发现NA蛋白于63－65位缺失了T、E、I三个氨基酸。     

禽流感病毒H9N2河北分离株HA和NA基因的遗传进化分析

为了从分子水平上研究禽流感病毒H9N2河北分离株及其与经典H9N2参考毒株基因的相应序列的同源性和遗传进化关系,试验选用2008年分离自河北省张家口市某鸡场的蛋鸡H9N2,采用RT-PCR分别扩增分离株HA和NA基因片段cDNA,并对所得序列进行同源性比较和遗传进化分析。结果表明:与经典参考毒株A/Duck/HongKong/G1/97、A/Duck/HongKong/Y439/97、A/Duck/HongKong/Y280/97和A/Chicken/Beijing/1/94之间核苷酸、氨基酸同源性分别为89.7%～97.2%、88.5%～96%和91.0%～95.8%、89.8%～96.0%。禽流感病毒H9N2河北分离株属于欧亚谱系中的类Y280-like分支,与中国最早的分离株A/Chicken/Beijing/1/94相距较远。说明禽流感病毒H9亚型随着流行时间而发生了遗传分化。     

2株云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因序列分析

在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支（Y280-like）,ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合（HB）位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。     

山东部分地区H9N2亚型禽流感病毒分离鉴定及HA和NA基因的遗传进化分析

为了解山东省H9亚型禽流感病毒变异情况和流行规律,于2013年从山东省潍坊、淄博、青岛、临沂、济南、滨州和烟台等地区疑似禽流感病鸡病料中分离到14株病毒,通过病毒分离培养、血凝与血凝抑制试验、RT-PCR技术进行了鉴定,并对获得病毒的HA基因和NA基因序列进行了同源性和遗传进化分析。结果显示,分离病毒均能凝集鸡的红细胞并能被禽流感病毒H9标准阳性血清抑制,RT-PCR方法从分离株中扩增出HA基因和NA基因保守片段,序列比对表明分离株与山东日照分离株A/Chicken/Rizhao/853/2013(H9N2)具有较高同源性,达94.4%以上,证实分离毒株为H9N2亚型禽流感病毒。HA裂解位点处的氨基酸序列为-PSRSSR/GL-,符合低致病性禽流感病毒的分子特征。HA、NA基因遗传进化分析表明,分离株与代表株DK/Y280/97亲缘关系最近,核苷酸同源性分别达90.3%和93.6%以上,属于国内常见的CK/BJ/94分支中的Y280-like亚分支。     

25株H9N2亚型禽流感病毒HA基因的遗传进化分析

为了解山东省不同地区H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的变异情况,本研究汇集了2012-2013年间从山东省不同地区发病家禽中分离到的25株H9N2亚型AIV,采用RT-PCR技术扩增其HA基因,并进行测序和遗传进化分析。结果显示,25株病毒HA基因的开放阅读框全长为1 683bp,共编码560个氨基酸,其核苷酸和氨基酸同源性分别为94.5%~100.0%和93.8%~100.0%;遗传进化分析表明25株病毒分离株均属于欧亚分支中的Y280-like亚分支;HA蛋白有7~9个潜在糖基化位点,其中218位糖基化位点缺失,145位新增糖基化位点;25株病毒分离株HA蛋白裂解位点均为RSSR↓GIF,符合低致病力AIV的特征。受体结合位点较保守,234位受体结合位点均为L(亮氨酸),仅198位受体结合位点存在变异。分离的病毒株具有与人唾液酸α-2,6受体结合的特性,此类毒株的流行在公共卫生上值得重视。     

2011年－2014年我国部分省区 H9N2亚型禽流感病毒HA 基因序列分析

本研究于2011年－2014年在我国部分省区鸡群中鉴定出49株 H9N2亚型禽流感病毒,并对所有毒株的 HA 基因进行克隆、测序及序列分析。结果表明,49个毒株的 HA 基因开放阅读框全长均为1683 bp,编码560个氨基酸。所有分离株均属于以 HK/Y280/97株为代表的 H9．4．2谱系,并明显分成2个亚分支(H9．4．2．5和 H9．4．2．6)。分离株 HA 基因核苷酸同源性在87．1％~100％之间,与疫苗株 SH/F/98株、GD/SS/94株和 SD/6/96株核苷酸同源性在89．4％~92．5％之间。对 HA 基因的推导氨基酸序列分析表明,所有分离株裂解位点附近没有连续的碱性氨基酸插入,符合低致病力毒株特征,受体结合位点为PWTN?LY 形式,受体结合位点左沿为 NGLM/QGL 形式,右沿均为 GTSKA 形式。在49个分离株中共发现10个潜在糖基化位点,但只有6个糖基化位点保守。研究表明,近年来 H9N2亚型禽流感在我国多个地区流行,2013年以后流行毒株趋势以 H9．4．2．5为主,但病毒基因仍在不断发生变异,因此需要继续加强对H9N2亚型禽流感分子流行病学的监控。     

1株鸡H9亚型禽流感病毒的分离鉴定和HA基因序列分析

从广东珠三角地区某鸡场采样,接种SPF鸡胚后分离到一株病毒,经HA和HI检验为禽流感病毒H9亚型阳性,命名为A/chicken/Guangdong/JL/2014(简称为JL)。HA基因测序后分析显示,JL株HA基因、蛋白与近年来国内流行的GX55等4.2.5分支H9亚型禽流感病毒相似性高,分别为90.9%~97%和93.4%~99.5%,而与国内常用疫苗株SS、F、SD696等4.2.3分支病毒相似性较低,分别为85.8%~88.1%和88.4%~89.1%,其中与RZ853株相似性最高,达97%。试验表明,分离的JL株属于4.2.5分支,与近年来国内流行株类似,与常用疫苗株存在一定差异。     

H9N2亚型禽流感病毒陕西分离株的鉴定及HA、NP、NA全序列测定

从陕西地区疑似流感发病鸡分离到4株流感病毒,经国家流感中心鉴定均为A型流感病毒H9N2亚型。将其中1株A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的血凝素基因核蛋白基因和神经氨酸酶基因进行克隆和测序,与GenBank收录的其它流感H9N2亚型的相关基因进行比较,结果表明,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的NA序列与A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)的NA序列同源性较高,为98.9%,但其HA序列与香港人流感病毒A/HongKong/1073/99、A/HongKong/1074/99(H9N2)的HA序列同源性较低,为85.9%。另外,氨基酸进化树分析结果显示,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)与A/chicken/HongKong/CSW153/03(H9N2)的亲缘关系最近,两者形成独立的分支。     

H9N2亚型禽流感病毒复制特性的基因分析

利用反向遗传技术,通过基因重排方法,以A/chicken/shanghai/F/98（H9N2）禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）的6个内部基因为骨架,与A/Chicken/Guangdong/SS/94（H9N2）AIV的HA和NA基因组合,产生3株H9N2亚型重排AIVs。动物试验发现A/Chicken/Shanghai/F/98（H9N2）和A/Chicken/Guangdong/SS/94（H9N2）AIV主要在呼吸系统复制,A/chicken/shanghai/F/98（H9N2）株在气管和肺组织的复制能力明显强于A/Chicken/Guangdong/SS/94（H9N2）AIV株。3株H9N2亚型重排AIVs的动物试验发现HA和NA基因对H9N2亚型AIV在呼吸道的复制特性起主要作用。内部基因对H9N2亚型AIV在呼吸道的复制也有一定的作用。结果表明1994年中国首次分离到的H9N2亚型AIV经过4年的宿主适应和基因进化,加强了其在呼吸系统的复制能力,奠定了气溶胶传播的基础。     

13株H9N2亚型禽流感病毒HA基因变异分析

为了从分子水平上掌握我国H9亚型禽流感的病原变异情况和流行规律,本研究汇集近年来从我国部分省市养殖场分离的13株H9N2亚型禽流感毒株,采用RT-PCR技术对其HA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,13株病毒的HA基因在遗传进化树中均属于欧亚分支中的类Y280-like亚分支,与A/DK/HK/Y280/97的HA基因核苷酸序列同源性为92.2%～97.6%,与中国最早的分离株A/Chicken/Beijing/1/94(简称BJ94)相距较远,初步说明H9亚型禽流感病毒随着流行时间而发生了遗传分化。推测的HA糖基化位点的氨基酸序列12株病毒均与上述亚系相似,但有一株病毒由于一个核苷酸的变异,缺失了HA上218～220位的一个潜在的糖基化位点。     

1株HA蛋白S145变异H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定与HA基因序列分析

从山东某发病养殖场采集疑似病料,经RT-PCR检测为H9N2亚型禽流感阳性,采用鸡胚尿囊腔接种法分离病毒(SD089),并进行HA、HI试验和HA基因扩增、测序以及序列的同源性和遗传进化分析。结果显示,分离的SD089株具有血凝特性但不能被H9亚型禽流感标准阳性血清所抑制,其HA基因推导的氨基酸序列与参考毒株相比,第145位由S漂变为N,导致增加糖基化位点NGT,表明S145是血凝抑制抗体结合位点。SD089株属于BJ94分支,与2010―2014年大部分山东流行毒株的核苷酸和氨基酸序列相似性分别为88.9%~97.5%和89.9%~99.6%,而与疫苗株SD696分别降至88.0%和89.1%。试验表明,分离的SD089株HA基因在分子水平上发生了变异,S145位点的突变提示低致病性禽流感的防制面临新的挑战。     

33株H9N2亚型禽流感病毒分离株分子流行特点的研究

在1998至2007年期间,采集了我国不同地区、不同宿主来源的H9N2亚型禽流感病毒株,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA基因,获得33株H9N2亚型禽流感病毒的核苷酸序列。结合GenBank中公开发表的其他国内H9亚型禽流感HA基因序列共65株,应用计算机软件绘制进化树,进行H9亚型禽流感病毒谱系全景分析,探索H9亚型禽流感的流行趋势。分析结果表明:这65株的基因进化树主要分为三个系列,每个系列毒株均呈现全国性流行分布;三个系列毒株可在同一时间段内、同一地区发生流行;不同时间的流行毒株虽有变异,但大部分归属于三个系列中。无论从时间的推移上还是地域的转变中,病毒均没有表现出明显的时间演变与地理分布特征,进一步显示了H9亚型禽流感的复杂性和多样性。     

一株普通鵟源H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定

从深圳野生鸟类救护基地的1只普通鵟的泄殖腔拭子中分离到1株禽流感病毒,将该禽流感病毒进行鸡胚接种和HA、HI试验鉴定、HA基因扩增及测序分析,并进行致病性试验。结果表明,该分离株为H9N2亚型禽流感病毒,按照国际流感病毒系统命名原则将该病毒株暂命名为A/Wild bird/Guangdong/SZ-YN05/2015(H9N2)。进化分析显示,该毒株属于4.2.1分支,与SS/94株同源性较低,与A/Chicken/Shandong/GM-TH/2014(H9N2)的遗传距离最近。同时以血凝价HA 8log2病毒尿囊液稀释200倍静脉注射接种感染4周SPF鸡,感染3d后从心、肝、肺、肾、气管、咽及肛分别检测到病毒,感染7d后从心、肝、肺、肾、气管均未分离到病毒,咽部病毒分离率2/6,肛部病毒分离率3/6。     

2017年山东16株H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定及其HA基因序列分析

为了解山东省H9N2亚型禽流感的流行情况, 2017年从山东省不同地区分离并鉴定16株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)株,并对其血凝素(HA)基因进行扩增、克隆和测序,将所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,2017年分离的16株病毒之间HA基因的核苷酸序列同源性为91.2%~99.8%,氨基酸同源性为93.6%~100.0%。系统进化树显示,16株病毒均属于H9.4.2.5分支,表明H9.4.2.5分支毒株仍是山东省H9N2亚型AIV主要流行株。重要氨基酸位点研究显示,16株病毒的HA蛋白的裂解位点仍是K/RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的特征;16株病毒的234受体结合位点多为L,除198位受体结合位点存在变异外,其他受体结合位点均保守;16株病毒的潜在糖基化位点有7个~8个,其中7个位点较保守,而218位糖基化位点均缺失,其中3株病毒分别在145位、206位和285位新增糖基化位点。总之,山东省分离的H9N2亚型AIV在分子生物学上发生了部分新的遗传进化,但与临床上病毒的致病性与流行规律的关系还有待于进一步研究。     

猪流感病毒H9N2亚型济南株HA、NA基因的克隆与序列分析

根据GenBank中流感病毒H9N2亚型HA基因与NA基因序列,分别设计扩增HA基因与NA基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒H9N2济南株(SW/SD/JT/07)HA基因和NA基因,分别将RT-PCR扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果表明,SW/SD/JT/07 HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 NA基因长度为1413bp,编码470个氨基酸,NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;NA蛋白有5个抗原位点,在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07 NA蛋白与CK/SH/F/98,DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99,SW/GD/WXL/04,SW/SD/W4/03,SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 HA基因与参考毒株的同源性82.5%～98.6%,NA基因与参考毒株的同源性82.2%～99.1%。SW/SD/JT/07 HA基因与NA基因系统发生树分析表明,SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。     

2018年上海市活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因进化分析

为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2018年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA和NA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果 显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;并对6株分离株HA...