血清4型禽腺病毒广西分离株GX2019-010全基因组测序与分析

为了解广西地区血清4型禽腺病毒（FAdV-4）的基因特征,本研究对实验室前期分离的一株FAdV-4（命名为GX2019-010）进行了全基因组测序,对所获核苷酸序列进行同源性比对和遗传进化分析,并进一步分析了主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列。结果显示,GX2019-010全长43 719 bp,GC含量为54.9%,主要包括43个潜在蛋白质编码区域。核苷酸序列同源性比对发现,GX2019-010与致病株MX-SHP95的同源性为95.8%,与非致病株ON1和KR5同源性分别为95.0%和95.2%。遗传进化分析显示,GX2019-010与中国FAdV-4近几年的流行毒株在同一分支,而与国外FAdV-4毒株不在同一分支,说明FAdV-4存在遗传差异,主要的差异存在于基因组的右端,国内分离株均出现1 966 bp的缺失,其中包括ORF19、ORF48和ORF27基因的缺失,说明中国流行的FAdV-4具有地域性。对主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列分析发现,3个主要结构蛋白均有氨基酸位点的突变,其中Fiber-2的突变位点最多。本研究丰富了广西地区FAdV-4的基因库,为今后心包积液-肝炎综合征（HHS）的防控及流行病学调查研究提供了参考依据。     

血清4型鸡腺病毒AHHN分离株全基因组测序及其致病性研究

为明确一株I群C亚群鸡腺病毒血清4型(FAdV-4)AHHN分离株基因组特征及其致病性,本研究对该病毒的全基因组序列进行测定,结果显示:AHHN分离株的基因组全长为43723bp,G+C含量为54.87%,ORF29序列具有FAdV-4变异株29aa缺失的特征。0.1mL/羽(1×10^5TCID50)病毒量肌肉注射3周龄SPF鸡2d后,感染鸡出现急性感染症状,5d内全部死亡;剖检可见其肝脏变黄,表面大量出血灶,伴有心包积液、胸腺萎缩、法氏囊萎缩等眼观病变;病理组织学观察显示,感染鸡肝脏呈现典型的嗜碱性包涵体肝炎病变;病毒载量测定结果显示,各脏器均有不同程度的病毒复制。上述结果表明,FAdV-4AHHN分离株对鸡具有高致病性及广泛的组织嗜性。本研究为进一步研究FAdV-4功能基因对病毒毒力的影响奠定了基础。     

禽腺病毒4型云南株分离鉴定及Hexon基因序列分析

【目的】分析云南省家禽及野鸟禽腺病毒4型(Fowl adenovirus-4,FAdV-4)流行情况、Hexon基因差异性及致病性,为研究FAdV-4流行及Hexon基因对病毒毒力的影响提供参考。【方法】2020年1月―2021年6月在云南省昆明市、曲靖市、楚雄州、大理州、红河州、玉溪市等家禽养殖密集区采集疑似感染FAdV-4家禽肝脏组织样品158份,候鸟迁徙地采集野鸟新鲜粪便310份,采用PCR技术检测FAdV-4核酸,对获得的代表性阳性样品进行病原分离鉴定,并对分离毒株进行致病性及Hexon基因序列分析。【结果】家禽肝脏组织样品中检出FAdV-4核酸阳性样品19份,阳性率为12.03%(19/158);黑颈鹤粪便样品中检出核酸阳性样品1份,阳性率为0.3%(1/310)。从FAdV-4核酸阳性样品中分离到7株FAdV-4,致病性研究结果显示,FAdV-4云南分离株均能致鸡胚发育不良,引起4周龄肉鸡发生心包积液-肝炎综合征,鸡胚半数致死量(ELD₅₀)为10^―6.17~10^―4.32/mL。7株分离株均聚类于FAdV-C亚群,Hexon蛋白与国内FAdV-4高致病性毒株具有相同的¹⁸⁸R、¹⁹³R、¹⁹⁵Q特征。分离株感染SPF鸡后,临床症状明显,具有高致病性且高致死率,肝细胞病变明显。【结论】研究初步掌握了云南FAdV-4的流行情况,首次在黑颈鹤粪便中检测到FAdV-4病原核酸,分离获得7株FAdV-4,部分毒株Hexon蛋白存在氨基酸突变。     

禽腺病毒血清4型贵州株全基因序列分析

为了解禽腺病毒血清4型(FAdV-4)地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株(GZ-BJ株和GZ-QL株)的全基因序列,长度分别为43352、43723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF(22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42),二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。     

禽腺病毒血清4型贵州株全基因序列分析

为了解禽腺病毒血清4型（FAdV-4）地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株（GZ-BJ株和GZ-QL株）的全基因序列,长度分别为43 352、43 723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF（22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42）,二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。     

一株鸭源H8N4亚型禽流感病毒分离株的全基因组序列分析及致病性的研究

本研究对2012年从湖南活禽市场中分离到的一株鸭源H8N4亚型禽流感病毒(AIV)A/duck/HuN/S3160/2012(H8N4)进行全基因组序列和进化分析,并对其进行SPF鸡、SPF鸭和BALB/c小鼠的致病性试验.序列分析显示:HA裂解位点序列为339pSIEPK ↓ GLF347,为典型的低致病性AIV特征.内部基因来源较复杂,HuN/160/12的PB1、NS基因分别与A/spot-billed duck/Xianghai/427/2011 (H5N2)和A/wild bird/Korea/A81/2009(H5N2)的同源性最高,其余内部基因同源性最高的病毒株来自H2、H3、H4、H7、H10等亚型分离株,呈现明显的异源性.感染性试验结果显示,病毒在SPF鸭体内可以通过呼吸道和消化道向外排毒,并且能够在气管、肾脏、盲肠扁桃体及法氏囊检测到病毒,而不能在鸡体内有效复制及排毒.对小鼠的感染性试验结果显示,仅在鼻甲和肺检测到病毒存在,其他脏器病毒滴定结果为阴性,体重呈一过性下降,表明该病毒为低致病性AIV.     

禽腺病毒4型ZZ株的致病性研究

禽腺病毒血清4型(FAdV-4)感染引起的心包积液综合征(HPS)病例在国内鸡群中持续增加,前期从患有HPS的病鸡样品中分离了 1株FAdV-4病毒(FAdlV-4ZZ)并获得了全基因组序列.本研究以FAdV-4 ZZ病毒株感染SPF鸡,从临床症状、存活率、组织病理学变化、病毒的组织分布情况对该毒株的致病性进行了评价....     

两株H4N3禽流感病毒全基因组序列分析及对小鼠的致病性研究

2009年在我国南方活禽交易市场进行流行病学调查时,从鸭体内分离到2株H4N3亚型禽流感病毒(AIV),DK/FJ/S1419/09(H4N3)(FJ/419/2009)和DK/HUN/S1010/09(H4N3)(HuN/010/2009)。为了解这2株H4N3亚型AIV的生物学特性,本研究对其进行全基因组分析及对小鼠致病性研究。结果显示:其HA基因来源于近两年流行的H4亚型病毒株,NA基因来源于其它亚型病毒株。内部基因来源较复杂,与FJ/419/2009内部基因同源性最高的病毒株均来自国内H5、H6等亚型分离株,但与HuN/010/2009同源的内部基因则差异较大,与PA、M和NS同源性最高的病毒株分别为A/wild/duck/Korea/UP122/2007(H1N1),A/muscovy/duck/Thailand/CU-LM1983/2009(H4N6)and A/avian/Japan 8KI0068/2008(H3N6)。用106EID50病毒剂量感染6周龄BALB/c小鼠,结果显示试验组小鼠感染后第3 d采脏器样品,仅在鼻甲和肺部能检测到病毒存在。以上数据表明,尽管这2株H4N3特殊亚型组合病毒来源复杂,但对小鼠的致病性较低。     

1株林麝源绿脓杆菌的分离鉴定及全基因组序列分析

旨在确定甘肃省天水市某林麝养殖场致死林麝的病原菌,并开展其致病性和耐药性研究及全基因组序列分析。采集病死林麝肺,通过细菌的分离纯化、生化鉴定和16S rRNA基因序列分析,对分离菌进行鉴定;随后对其致病性和药物敏感性进行分析,并在分离菌全基因组测序的基础上,对分离菌全基因组序列进行组装和注释,对毒力基因toxA和exoT进行遗传进化分析。结果表明,从病死林麝肺中分离到一株绿脓杆菌,命名为TS2019。致病性试验测得分离菌对小鼠的LD₅₀为2.82×10⁷CFU·mL^-1;药敏试验结果表明,TS2019具有多重耐药性,但对环丙沙星、洛美沙星等药物敏感。基因组测序表明,TS2019基因组全长为6 308 327 bp,编码5 929个基因,其中有1 035个编码产物参与新陈代谢途径;全基因组中有毒力因子编码基因875个,产物有黏附蛋白、调控因子、毒性蛋白等;有四环素类、氨基糖苷类等抗生素耐药相关基因5 288个。遗传进化分析表明,TS2019毒力基因toxA、exoT与GenBank中绿脓杆菌众多菌株相应基因序列相似性均高于99%,其中eoxT基因与中国杭州人源分离株P33的遗传关系最近,但处于独立分支。本研究从病死林麝肺分离鉴定到一株绿脓杆菌,并证实该菌有较强致病性和多重耐药性,其毒力基因toxA和exoT与GenBank中绿脓杆菌相应基因序列具有高度相似性。研究结果为林麝绿脓杆菌感染相关疾病的防治提供了理论支持,也为绿脓杆菌致病机制和耐药机制的深入研究奠定了基础。     

3株禽副黏病毒4型国内分离株的基因组序列及生物学特性分析

为了解我国近年来新出现的禽副黏病毒4型（APMV-4）的生物学特性,对2020年分离鉴定的3株鸭源APMV-4进行致病性分析和基因组测定。结果显示：3株APMV-4分离株F蛋白裂解位点均为116DIPQR↓F121,1日龄雏鸡脑内接种致病指数（ICPI）为0~0.23,对鸡表现为低致病力。3株分离毒株基因组长度均为15 054 nt,基因组结构顺序均为3''-N-P-M-F-HN-L-5'',符合典型的副黏病毒基因组“六碱基原则”;病毒3''端具有55 nt的前导序列,5''端存在17 nt的尾随序列,各基因间有9~42 nt的基因间隔序列;3株分离毒株与APMV-4代表株同源性最高（97.2%~97.5%）,与其余禽副黏病毒同源性为37.1%~47.3%,与中国香港、韩国分离株高度同源。结果表明,我国新出现的鸭源APMV-4为弱毒株,基因组序列同源性较高,关键氨基酸位点未发生变异。本研究为进一步了解APMV-4 和科学防控APMV-4感染提供了参考。     

禽腺病毒血清4型贵州流行株分离及其致病性分析

为了解贵州地区禽腺病毒血清4型(FAdV-4)分离株的致病性和生物学特性,本研究对经PCR检测为FAdV-4核酸阳性的肝脏样本应用鸡肝癌细胞(LMH)进行FAdV-4分离培养,通过观察FAdV-4感染细胞病变,并应用PCR、间接免疫荧光试验(IFA)、电镜等技术对分离病毒进行鉴定;然后通过动物感染试验分析分离病毒的致病...     

禽腺病毒血清4型QHD2021株的分离鉴定和全基因序列分析

为了解河北秦皇岛地区禽腺病毒血清4型(FAdV-4)分离株的遗传变异情况和致病性,本试验对疑似患FAdV-4病死鸡的肝脏、心脏等组织进行PCR检测,将PCR检测为阳性的组织接种鸡肝癌细胞(LMH)进行病毒分离培养,对纯化后的FAdV-4进行全基因测序,对所得的序列进行同源性和遗传进化分析及致病性试验。结果表明：将PCR检测为FAdV-4阳性的肝脏、心脏匀浆于接种LMH细胞后72 h内出现明显细胞病变,初步确定分离毒株为FADV-4毒株,命名为FAdV-4 QHD2021株。全基因测序结果显示,QHD2021株全基因组全长44 225 bp,共编码14 741个氨基酸。与国外毒株相比短1 500 bp左右,但比国内毒株长约500 bp。同源性和遗传进化分析显示,QHD2021株与国内外FAdV-4流行毒株在同一支,与国内SD1601株的同源性最高,为94.3%。序列比对发现QHD2021株与国内流行株、国外经典株相比均出现1段1 966 bp的碱基缺失,包括ORF19、ORF27和ORF48的缺失。将经LMH细胞纯化的QHD2021株接种21日龄的SPF雏鸡后,可引起心包积液、肝炎等典型...     

血清4型禽腺病毒W株的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解血清4型禽腺病毒（fowl adenovirus genotype 4,FAdV-4） W株全基因序列、结构特征及遗传变异情况,本试验采集发病鸡肝脏和肾脏进行PCR鉴定、SPF鸡胚和鸡胚肝细胞分离、电镜观察证明该病毒为FAdV-4,TCID₅₀为10^-7.2/0.1 mL;电镜观察可见70 nm左右的二十面体无囊膜病毒颗粒;经绒毛尿囊膜途径接种10日龄SPF鸡胚后能明显抑制鸡胚发育出现侏儒胚,接种10 d内死亡率达100%;进一步对W株进行全基因组扩增及序列分析。病毒序列分析结果显示,其全基因组长为43 591 bp,共有60个开放阅读框,W株与GenBank中公布的FAdV-4参考毒株全基因组核苷酸序列同源性为98.4%~100%,其中与标准株非致病性毒株ON1（登录号：GU188428.1）的同源性为98.4%,主要缺失ORF19（脂肪酶基因）和ORF27;通过对病毒主要结构蛋白Hexon、Fiber-1和Fiber-2基因分析发现,W株与近几年国内分离株亲缘关系较近,与ON1株及其他国外分离株差异较大。综上说明,该分离株具有高致病性,与国外分离株存在较大差异,为进一步分析FAdV-4的毒力增强机制提供了基础依据。     

血清4型禽腺病毒W株的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解血清4型禽腺病毒(fowl adenovirus genotype 4,FAdV-4)W株全基因序列、结构特征及遗传变异情况,本试验采集发病鸡肝脏和肾脏进行PCR鉴定、SPF鸡胚和鸡胚肝细胞分离、电镜观察证明该病毒为FAdV-4,TCID_(50)为10~(-7.2)/0.1 mL;电镜观察可见70 nm左右的二十面体无囊膜病毒颗粒;经绒毛尿囊膜途径接种10日龄SPF鸡胚后能明显抑制鸡胚发育出现侏儒胚,接种10 d内死亡率达100%;进一步对W株进行全基因组扩增及序列分析。病毒序列分析结果显示,其全基因组长为43 591 bp,共有60个开放阅读框,W株与GenBank中公布的FAdV-4参考毒株全基因组核苷酸序列同源性为98.4%～100%,其中与标准株非致病性毒株ON1(登录号:GU188428.1)的同源性为98.4%,主要缺失ORF19(脂肪酶基因)和ORF27;通过对病毒主要结构蛋白Hexon、Fiber-1和Fiber-2基因分析发现,W株与近几年国内分离株亲缘关系较近,与ON1株及其他国外分离株差异较大。综上说明,该分离株具有高致病性,与国外分离株存在较大差异,为进一步分析FAdV-4的毒力增强机制提供了基础依据。     

两株不同宿主来源的基因VII型新城疫病毒的生物学特性比较及全基因组序列分析

为研究不同宿主来源的新城疫病毒(NDV)的生物特性及分子特征,本研究比较了两株(Ch/CH/SD/2008/128和Du/CH/SD/2009/134)同属ClassⅡ基因VII型的NDV分离株的生物学特性,并采用RT-PCR方法扩增及测定两株病毒的全基因组序列。结果显示,两株病毒对雏鸡具有相同的高致病性,但鸡源分离株Ch/CH/SD/2008/128对雏鸭致死率高达70%,而鸭源分离株Du/CH/SD/2009/134对雏鸭致死率仅为20%。全基因组序列比较分析显示:两株病毒的基因组长度均为15 192 nt,裂解位点为112RRQKQF117,属于典型的强毒特征,并且两者之间同源性超过96%。Ch/CH/SD/2008/128的F和HN蛋白中某些氨基酸位点与其他VII型病毒存在差异,这可能是导致该病毒对鸭具有高致病性的原因。结果表明两株不同宿主来源的ClassⅡ基因VII型NDV在遗传信息方面差异不大,但对鸭的致病力具有明显差异。     

血清4型禽腺病毒强毒株GY株的分离鉴定和致病性研究

从山东某疑似感染禽腺病毒的发病鸡群中采集病料并分离到一株禽腺病毒,克隆纯化后进行PCR检测和序列分析,鉴定该毒株为血清4型禽腺病毒,命名为GY株。用LMH细胞繁殖的GY株病毒滴度可以达到107.5 TCID₅₀/0.1mL,并建立了纯净稳定的种子批。动物致病性试验结果显示,攻毒鸡只8/10死亡,剖检均出现心包积液,肝脏肿大、出血或坏死,表明该毒株为强毒株。就攻毒途径、攻毒剂量等方面研究发现,GY株经胸部肌肉注射后发病率和发病时间相对颈部皮下注射途径更有优势,确定攻毒途径为肌肉注射;通过比较不同剂量(5×10^3.0~5×10^6.0 TCID50)GY株病毒攻击SPF鸡的致病性,将攻毒剂量定为5×10^5.0 TCID₅₀。研究表明,GY株可作为禽腺病毒4型攻毒用强毒株。     

猪德尔塔冠状病毒CH7328株的致病性及全基因组序列分析

为了解猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCoV） CH7328株的致病性,并分析其基因变异和遗传演变规律,试验通过病毒培养、间接免疫荧光试验（IFA）、病毒生长曲线及仔猪致病性试验鉴定病毒的生长特性和致病性,并分析该毒株的全基因组序列。结果显示,感染PDCoV CH7328株的ST细胞出现肿大变圆、细胞呈碎玻璃状且拉丝、细胞集聚成簇和脱落等病变。IFA结果显示,PDCoV CH7328株主要分布在细胞质中。生长曲线结果显示,PDCoV CH7328株在6 h就已开始增殖,在36 h时达到峰值,对应的TCID₅₀为10^-8.0/mL,随后逐渐下降。仔猪致病性结果显示,攻毒组仔猪出现腹泻、脱水和厌食等临床症状,仔猪小肠明显变薄、透明而充盈,小肠绒毛严重脱落、萎缩或减少、肠绒毛细胞坏死等。粪便病原检测结果显示,在攻毒第2天便能检测到病毒,之后排毒持续增加,而正常对照仔猪无任何临床现象。全基因组测序及序列分析显示,PDCoV CH7328株的基因组全长为25 420 bp,与国内GD株的相似性最高,达到99.9%;遗传演化结果显示,PDCoV CH7328株与国内HKU15-155、CHN-HN-2014和GD株处在同一进化分支,亲缘关系最近。本研究结果为中国PDCoV疫苗候选株的筛选及猪场疫病防控提供了参考数据和理论依据。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒( DHV -Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究.结果表明:不含poly(A)尾的DHV -Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列...     

1例鸡源血清4型禽腺病毒感染的实验室诊断

本研究从广州番禺某鸡场送检病死鸡中分离获得1株疑似Ⅰ群禽腺病毒。病鸡剖检以心包积液、肝脏呈土黄色并伴有出血点,肾脏肿胀、出血为主要特征。实验室通过血凝试验、PCR鉴定、序列测定及遗传进化分析、动物回归试验、病理组织学观察等进行一系列检测。结果显示,该毒株不能凝集鸡红细胞,根据FAdV的六邻体(Hexon)基因设计引物,进行PCR扩增和单克隆测序,PCR扩增出分子量约为550bp的特异性条带,通过序列测定和遗传进化分析表明,该分离病毒株与FAdV-4的相似性最高。同时用该分离毒株的鸡胚尿囊液感染28日龄雏鸡,试验鸡可复制出与临床相似病例,病理组织学观察可见,心肌细胞有炎性细胞浸润,肝内有嗜碱性包涵体等病变特征。综上,分离株B13为Ⅰ群FAdV-4。     

鸭源禽腺病毒分离株的致病性及细胞培养特性研究

为进一步了解Ⅰ群禽腺病毒鸭源分离株的致病性和生物学特性,采取接种鸡胚和鸭胚,攻毒SPF鸡和雏鸭,并应用鸡胚成纤维细胞(CEF)和鸡胚肝细胞(CEL)培养观察细胞病变。试验结果表明,SPF鸡胚和鸭胚均出现死亡以及心包积液等典型症状,SPF鸡和雏鸭也引起不同程度死亡,且出现与临床送检病例类似的症状,PCR检测与序列分析证实分离的2株鸭源Ⅰ群禽腺病毒均为FadV-4血清型,病毒接种CEF细胞后没有细胞病变,而接种CEL细胞后则出现很强的聚集性、细胞变圆等典型病变。表明分离的鸭源FadV-4对SPF鸡和雏鸭均具有一定的致病性,对CEL细胞具有一定的适应性。