郏县红牛CLPG基因的SNP及对生长发育性状的影响

利用PCR-SSCP检测了113头郏县红牛CLPG基因的SNP，发现了AA、AB、AC 3种基因型，测序结果显示AA型在第150和419碱基处分别表现为C和T，为野生型；AB型在第419处发生碱基T→C突变；AC型在第150处发生碱基C→T突变。多态信息含量为0．226，属低度多态。分析了不同基因型与部分生长发育性状的相关性，结果显示，AA、AC基因型个体在体重、体长指标上显著（P〈0．05）或极显著（P〈0．01）大于AB型个体；在管围指标上，AA基因型个体优于AB基因型个体，差异显著（P〈0．05）；在坐骨端宽指标上，AA与AB基因型个体之间差异显著（P〈0．05），AB与AC基因型个体间差异极显著（P〈0．01）。     

郏县红牛POLB基因克隆及生物信息学分析

【目的】克隆郏县红牛DNA聚合酶β(DNA polymerase beta, POLB)基因,并对其进行生物信息学分析。【方法】以郏县红牛肌肉组织cDNA为模板,通过PCR方法克隆POLB基因完整CDS区序列;利用在线软件进行遗传距离分析并构建系统进化树,分析POLB蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、跨膜结构、信号肽、二级结构、三级结构和互作蛋白。【结果】郏县红牛POLB基因CDS区序列全长1 008 bp,编码335个氨基酸。系统进化树分析表明,郏县红牛POLB基因氨基酸序列与绵羊等反刍动物的亲缘关系最近,与其他哺乳类动物和禽类次之,与斑马鱼(鱼类)最远。郏县红牛POLB蛋白分子质量为38.26 ku,理论等电点(pI)为9.10,半衰期为30 h,不稳定系数为31.06,总平均亲水系数为-0.659,属于稳定的亲水性蛋白;磷酸化位点预测分析发现,郏县红牛POLB蛋白包含17个丝氨酸磷酸化位点、12个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点;跨膜区和信号肽预测结果显示,郏县红牛POLB蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白;二级结构和三级结构预测发现,其主要包含α-螺旋、β-转角、延伸链和无...     

郏县红牛的保种与开发利用

从郏县红牛的品种特性、发展历史出发,客观地分析了郏县红牛保种的必要性,根据保种选育工作进展情况,详细制定了郏县红牛的保种育种技术方案,并对如何开发利用这一品种资源进行了探讨。     

郏县红牛龙头企业发展的现状与分析

龙头企业是郏县红牛产业转型升级的主力军,同时也存在和养殖户合作模式相对松散、利益联结机制不够紧密、带动产业发展作用不明显等问题。在未来发展中,要积极提升龙头企业的竞争力,优化和养殖户利益分配关系,调动养殖积极性,延伸产业链条,引领行业发展。     

郏县红牛IGF2基因多态性与生长性状关系研究

本研究利用PCR-SSCP技术首次对郏县红牛母牛IGF2基因多态性及其与生长性状关系进行了研究。结果表明:IGF2基因第2外显子表现多态性,存在AA、AB、BB三种不同基因型。其频率分别为0.235/0.480/0.285;A/B等位基因频率分别为0.474/0.526;该位点纯合度为0.501,杂合度为0.499,位点间有效等位基因数为1.996。该基因位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。通过对郏县红牛IGF2基因第2外显子位点不同基因型与样本体重及其它体尺指标的关联分析表明:不同基因型对胸围(P<0.01)和体重(P<0.05)有显著影响,AB基因型个体的胸围和体重明显大于AA和BB型个体。说明IGF2基因可以作为标记用于郏县红牛的肉用选育。     

基于转录组分析挖掘平凉红牛背最长肌肉质性状候选基因

旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因,以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛,测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量,分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组,每组3个重复。通过主成分分析和比较转录组分析筛选具有显著因子载荷基因(significant factor loading genes, SFLGs)和差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并进行富集分析。利用所有样本的转录组数据和表型数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),筛选与表型相关的目标基因模块(r>0.35且P<0.05)与Hub基因(hub genes, HGs)。针对蛋白质、脂肪和水分含量3个性状分别鉴定到91、81和80个SFLGs(第一主成分PC1和第二主成分PC2)和18、85和338个DEGs,其中PC1和PC2共有的SFLGs分别有8、4和3个,具有显著因子载荷的DEGs分别有1、3和2个,富...     

郏县红牛FGF13基因拷贝数变异及其与生长性状关联性分析

本研究旨在检测郏县红牛成纤维生长因子13（fibroblast growth factor 13, FGF13）基因的拷贝数变异（copy number variation, CNV）及其与生长性状之间的相关性分析。本研究利用实时定量PCR（real-time quantitative PCR, qPCR）技术,以57头郏县红牛为研究对象,检测FGF13基因CNV,并利用皮尔逊相关分析进行FGF13基因拷贝数与郏县红牛生长性状的关联分析。结果表明,郏县红牛FGF13基因的相对拷贝数高于对照组秦川牛（P<0.05）,在郏县红牛群体中,FGF13基因CNV位点存在拷贝数增加Gain,拷贝数正常Normal和拷贝数减少Loss三种类型;关联分析结果显示,FGF13基因的相对拷贝数与郏县红牛的体斜长呈显著的正相关（P<0.05）。该研究结果表明,FGF13基因的CNV位点与郏县红牛的生长性状显著相关,可作为分子标记应用于郏县红牛的分子标记辅助选择育种工作中。     

郏县红牛的保种方法与选育方向

以郏县红牛的历史、发展及现状为基础,综合分析了郏县红牛种质资源保护的重要性和必性,阐述了保种与选育的技术路线、方向和方法,并就应采取的具体措施提出了建议.     

郏县红牛生长和肉用性能测定分析

[目的] 通过研究郏县红牛的生长性能和肉用性能,系统评价其肉用潜力和优势。[方法] 试验选取4头郏县红牛经持续育肥后屠宰,对其体尺、屠宰性能、胴体指数和产肉性能进行测定。[结果] 经育肥后成年郏县红牛的体重、体高、体斜长、胸围、管围相较于986年分别增长45.64%、9.12%、20.11%、29.57%、18.33%,相较于2006年分别增长15.43%、0.65%、0.38%、11.84%、5.19%,体重和体尺明显增长。胴体重为322.15 kg、净肉重为288.27 kg、净肉率为53.87%、屠宰率为60.31%、肉骨比为7.20,优质牛肉产率为25.63%,其中胴体重、净肉率和肉骨比相对2007年分别增长10.17%、5.63%和22.03%,值得关注的是高档肉产率已达到15%,经济效益明显。[结论] 经过近30多年由役用向肉用方向的品种改良和选育,郏县红牛已具有了良好的生长性能和产肉性能。     

AQP7基因内含子4多态性与郏县红牛生长性状的关联分析

本试验旨在研究郏县红牛AQP7基因内含子4的遗传变异,分析其遗传多态性对生长性状的影响。采用PCR-SSCP、DNA序列分析及生物信息学技术探讨郏县红牛AQP7基因内含子4的多态性及其与生长性状的关联情况。结果发现,郏县红牛AQP7基因内含子4存在A、B、C 3个等位基因,其基因频率依次为0.838、0.076、0.086;郏县红牛AQP7基因4种不同基因型与其体重和胸围有显著相关(P< 0.05),与其他指标不存在相关性(P> 0.05),且BC基因型个体的体重和胸围均显著大于其他3种基因型(P< 0.05)。暗示BC基因型是提高郏县红牛生长性状的有利基因型,AQP7基因内含子4的遗传多态性与郏县红牛的生长性状存在相关,因此可作为该品种生长性状分子标记辅助选择的候选基因。     

郏县红牛与夏南牛同期发情定时输精效果分析

[目的]探讨“同期发情定时输精”技术在不同群体中的实施效果,提升郏县红牛和夏南牛的繁殖效率,发挥地方良种的繁殖力。[方法]试验以100头郏县红牛和198头夏南牛为研究对象,采用戈那瑞林和PG 079同期发情方案对其进行处理,分析同期发情定时输精效果。[结果]100头郏县红牛的平均受胎率为76.4%,198头夏南牛后备母牛的受胎率为100%。[结论]同期发情定时输精处理的后备牛受胎率高于经产牛。     

利用配对RNA-seq数据筛选显著差异背膘厚度松辽黑猪背最长肌差异表达基因

本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs）,找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定,选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA,并对其进行双末端转录组测序,然后,基于edgeR包的配对方法筛选差异基因,并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因,其中,188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达,402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现,有42条显著富集通路,鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等,筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。     

郏县红牛开发利用和产业化发展的措施和建议

郏县红牛是产于河南省平顶山市郏县的全国八大良种黄牛之一,因其毛色多呈红色,故称郏县红牛。郏县红牛具有适应性强、抗病力强、牛肉品质好等诸多特性,是不可多得的肉牛资源,在上世纪80年代曾达到养殖高峰。随着后来的诸多原因,整个产业不断萎缩,面临着良种繁育体系不健全、种质资源开发不足、种群数量逐年减少、产品开发落后等诸多问题。现今为了更好地实现乡村振兴,郏县政府大力推动郏县红牛产业的发展,为了郏县红牛的进一步开发和产业化发展,本文基于生产要素从几个方面提出思路,为郏县红牛产业的发展提供思路基础。     

郏县红牛的分子育种研究与高效选育

本文围绕郏县红牛肉用性状的高效选育,分析了郏县红牛种质资源特性与现状,综述了郏县红牛分子育种研究进展与成就,在此基础上,提出了郏县红牛高效选育的实施和措施。首先必须坚持进行郏县红牛的本品种选育,其次是利用已取得的在分子育种方面的研究成果,开展高效选育。在选育和扩群的基础上提出了郏县红牛遗传利用的原则和方法。     

郏县红牛SREBP-1c基因84 bp缺失突变的检测及其对6个生长性状的影响

旨在研究牛SREBP-1c基因内含子7区域84bp缺失的遗传多态性及其对生长性状的影响。本试验以中国地方品种郏县红牛共计441头个体为实验动物,通过DNA测序技术和琼脂糖凝胶电泳方法检测该区域缺失突变的多态性。结果发现,在该突变位点检测到2种基因型:WW和WD型,等位基因W和D频率分别为0.8651和0.1349。He、Ne和PIC值都很低,说明在本突变位点遗传多态性不够丰富。该突变位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。该位点的多态性与郏县红牛6个生长性状指标关联分析显示,郏县红牛WD基因型个体在12、18、24月龄的体质量和胸围显著高于WW基因型个体(P0.01或P0.05),基因型WD个体在18、24月龄的体斜长显著高于WW基因型个体(P0.05),基因型WD个体在18月龄的平均日增体质量显著高于WW基因型个体(P0.01)。初步认为WD型是提高黄牛体质量和体尺指标性状的有利基因型。本研究结果表明,黄牛SREBP-1c基因内含子7区域84bp缺失位点可作为郏县红牛生长性状的潜在分子育种标记,具有很大的研究价值。     

民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析.结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62％和84.62％;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条.以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子.民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签.民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个.显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路.本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据.     

郏县红牛TAFA1基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨TAFA趋化素样家族成员1（TAFA1）基因多态性与郏县红牛生长的关联性。试验共采集了79头郏县红牛成年母牛的血样并提取基因组DNA,利用直接测序法对TAFA1基因上的错义突变SNP rs137516577进行基因型分型,并与郏县红牛体高、体长、胸围、腰角宽、坐骨端宽、尻长、十字部高、荐高、胸深、胸宽、体重等11个生长和体尺性状进行关联分析。同时根据“Animal Omics Datebase”数据库对TAFA1基因的组织表达情况进行分析。结果发现该SNP与体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重等性状显著相关（P<0.05）,且GC型个体体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重均显著高于GG型（P<0.05）。TAFA1基因在牛大脑组织中表达量最高。结果表明,TAFA1基因上错义突变SNP rs137516577与郏县红牛生长性状相关,可作为郏县红牛生长性状的分子标记。     

不同发育阶段延边黄牛阉牛背最长肌差异表达基因的筛选

应用引物退火控制技术(ACP)筛选8月龄和30月龄延边黄牛阉牛背最长肌差异表达基因,寻找与延边黄牛生长发育相关的候选基因。相同饲养条件下,分别检测3头8月龄和30月龄延边黄牛阉牛背最长肌组织的m RNA表达水平变化。利用20对随机引物差异显示扩增,共获得9条ESTs。对Telethonin、MYH7、MSTN、Camk2d和SPP1基因进行荧光定量PCR检测。结果表明:MYH7、MSTN和SPP1基因在8月龄阉牛组背最长肌中的表达量显著高于30月龄(P0.05);Telethonin和Camk2d在30月龄阉牛背最长肌中的表达量显著高于8月龄(P0.05)。结果提示,这些基因可能是影响延边黄牛生长及肉质性状的重要调控基因。     

不同发育阶段草原红牛背最长肌FABP4基因表达水平研究

实验采用实时荧光定量PCR技术对FABP4 mRNA在1、6、12和24月龄草原红牛背最长肌组织中的表达情况进行研究。结果表明:FABP4 mRNA在所检测的4个不同发育阶段均有表达,6月龄草原红牛背最长肌组织中FABP4 mRNA与另外3个时期差异极显著(P<0.01),而另外3个阶段之间差异不显著(P>0.05)。本实验为深入研究牛FABP4基因与肉质性状的相关关系奠定基础,为牛肉质性状候选基因的选择提供理论依据。