基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

猪肌内脂肪沉积相关基因的筛选及其表达特性分析

【目的】通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据,筛选肌内脂肪沉积相关基因,并对其表达特性进行分析。【方法】采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用GeneCards在线查询基因功能,进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因;采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化。【结果】获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个,其中128个表达显著上调,152个表达显著下调。GO功能富集分析注释到46个条目,其中生物过程24条,分子功能8条,细胞组分14条。KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路。GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1、ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因。实时荧光定量PCR分析表明,马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著(P<0.05;P<0.01),T...     

基于RNA-Seq技术对高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌差异表达基因的筛选

为了筛选出高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌的差异表达基因,为高黎贡山猪的分子选育提供科学依据,试验选用胎次相近、70日龄的高黎贡山猪和杜洛克猪各10头(5♂,5♀),在相同的饲养管理条件下饲养至260日龄,屠宰12头,其中高黎贡山猪6头(3♂,3♀)、杜洛克猪6头(3♂,3♀),利用RNA-Seq技术对两个品种猪背最长肌肌肉组织进行测序,先使用edgeR软件对高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌转录组数据进行差异分析,再将差异表达基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果表明:高黎贡山猪与杜洛克猪差异表达的基因、显著富集的通路大部分与脂肪的沉积、代谢和脂肪细胞分化相关。说明高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌的肌内脂肪含量受基因转录水平的调控。     

不同月龄新疆褐牛和安格斯牛背最长肌肌纤维形态特征比较研究

为了解不同月龄新疆褐牛(Bc)与安格斯牛(An)背最长肌肌纤维组织形态学特征及肌纤维类型,试验选择3,7,12,24月龄新疆褐牛和安格斯牛,采集背最长肌,制备石蜡切片,进行H.E.染色,统计不同月龄试验牛背最长肌的肌纤维直径、肌纤维横截面积、肌纤维密度,应用冰冻切片、ATP酶染色法和琥珀酸酶染色法测定不同月龄试验牛背最长肌不同类型肌纤维的直径、横截面积、密度,分析其变化规律。结果表明:3,7,24月龄时新疆褐牛肌纤维直径、肌纤维横截面积极显著大于安格斯牛(P0.01),12月龄时差异不显著(P0.05);3月龄时新疆褐牛肌纤维密度显著小于安格斯牛(P0.05),其他月龄时差异不显著(P0.05)。新疆褐牛各月龄不同类型肌纤维直径和横截面积的变化趋势为Ⅱa型Ⅰ型Ⅱx型Ⅱb型,安格斯牛7,12月龄不同类型肌纤维的直径和横截面积变化趋势和新疆褐牛一致;新疆褐牛和安格斯牛3,24月龄时不同类型肌纤维密度变化趋势各不相同,而7,12月龄时变化趋势一致。说明新疆褐牛肌纤维粗,安格斯牛肌纤维细、肌肉嫩度好。     

海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌转录组测序比较分析

为了鉴定和分析海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)背最长肌中差异表达的mRNA和lncRNA,试验以6月龄海南黑山羊及其F1代杂交羊公羊为试验动物,逐头采集背最长肌样品,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对两种山羊背最长肌进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定两种山羊背最长肌组织间差异表达的mRNA和lncRNA,对差异表达基因进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析,同时对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明：海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌间存在276个差异表达的mRNA,其中1个mRNA只在海南黑山羊背最长肌中表达,2个mRNA只在F1代杂交羊背最长肌中表达;在273个共同表达的mRNA中,根据差异倍数大小,排名前10位的分别是NDUFB5、TMEM237、LOC102170968、TXLNB、GPR63、OSBPL1A、KERA、LOC108638040、BMF、HSP70.1。存在145个差异表达的lncRNA,其中16个只在海南黑山羊背最长肌中表达,7个只在F1代杂交羊背最长肌中表达。276个差异表达基因共富集在50个G...     

利用配对RNA-seq数据筛选显著差异背膘厚度松辽黑猪背最长肌差异表达基因

本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs）,找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定,选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA,并对其进行双末端转录组测序,然后,基于edgeR包的配对方法筛选差异基因,并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因,其中,188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达,402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现,有42条显著富集通路,鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等,筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。     

基于转录组测序挖掘广西麻鸡生长发育相关基因

【目的】通过对1和60日龄广西麻鸡腿肌进行转录组测序(RNA-Seq),筛选出广西麻鸡生长发育关键基因。【方法】选择1和60日龄健康母鸡各3只,分别采集腿肌组织,利用Illumina Novaseq^TM 6000平台进行mRNA转录组测序,利用DESeq2软件进行差异表达基因的分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出生长发育相关基因,并用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】转录组测序结果显示,6个样本分别获得34 296 198～41 647 642条clean reads。与1日龄腿肌相比,60日龄腿肌共获得2 304个差异表达基因,其中998个基因上调,1 306个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目572条,其中生物过程381条,细胞组分70条,分子功能121条。KEGG通路富集分析发现,共获得34个显著富集的信号通路,其中心肌收缩、MAPK信号通路、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导等与生长发育相关。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得5个生长发育相关基因,分别为肌球蛋白重...     

基于转录组测序的油酸诱导延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化差异表达基因的分析

本研究旨在研究油酸(OA)引起延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化途径的分子调控机制。对从12日龄延边牛中分离得到的骨骼肌卫星细胞进行体外培养,加入不同浓度OA的诱导分化培养液,进行分化处理,试验设1个空白对照组[CON组,5%马血清(HS)],3个不同浓度OA诱导组:OAL组(5%HS+50μmol/L OA)、OAM组(5%HS+100μmol/L OA)、OAH组(5%HS+200μmol/L OA),诱导96 h后,对延边牛骨骼肌卫星细胞进行了转录组测序及分析。结果表明:共得到13 951条单基因,对4个组差异表达基因进行比较发现,与CON组相比,OAL组有3 412个差异表达基因,OAM组有1 045个差异表达基因,OAH组有1 428个差异表达基因,各组之间共有278个差异表达基因。GO富集分析显示,差异基因参与了多种生物过程,包括代谢过程、细胞过程、生物调节过程等;在分子功能类别上,大多数的基因功能与结合活性、转录调节活性、催化活性等相关;在细胞组分范畴内,大部分的基因被富集到细胞、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集通路为单磷酸腺苷激活的蛋白激酶(AMPK)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、脂肪酸代谢通路、脂肪酸降解通路等。不同浓度OA差异基因荧光定量PCR结果显示,所选的5个差异基因与转录组测序结果基本一致,表明了测序结果的可靠性。本试验完成了OA诱导延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化的转录组测序分析,获取差异基因的功能注释信息,初步揭示了OA诱导牛骨骼肌卫星细胞成脂分化的潜在基因和通路。     

仔猪生长发育关键基因筛选和功能分析

为揭示对仔猪背最长肌和皮下脂肪组织生长发育过程起关键作用的基因,从GEO数据库下载背最长肌和皮下脂肪组织各18个转录组测序数据,采用Ensembl release 104版本的猪基因组和注释文件,进行生物信息学分析。结果显示,在所有样本中共获得79 800个转录本,其中包括29 118个mRNA、2 105个已知长链非编码RNA (lncRNA)和47 142个新的转录本。两种组织中共获得34 873个差异表达的转录本,包括12 536个差异表达的mRNA。对差异表达的mRNA进行KEGG和GO功能富集分析显示,肌节组织(sarcomere organization)、肌动蛋白细胞骨架组织(actin cytoskeleton organization)等通路与背最长肌发育性能相关,关键基因包括MYPN、TNNT1和PDLIM3等;脂肪细胞因子信号通路(Adipocytokine signaling pathway)、鞘脂信号通路(Sphingolipid signaling pathway)、脂肪酸代谢(Fatty acid metabolism)等通路与脂肪组织发育相关,关键基因包...     

雷琼牛与陆丰牛背最长肌lncRNA表达特点及其相关ceRNA网络分析

旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测，挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头，取背最长肌组织用于RNA测序，测序结果使用RT-qPCR验证。筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因。候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测。结果表明，以雷琼牛为对照组，两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达，46个下调表达；差异表达的miRNAs共有13个，其中7个上调表达，6个下调表达；差异表达的mRNAs共有599个，其中155个上调表达，444个下调表达。竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示，与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等，KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路。顺式靶向调控基因的GO...     

杂交肉牛背最长肌PPARγ基因与脂肪代谢的研究

为了阐明过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)对脂肪代谢的影响,试验选择红安格斯牛、西门塔尔牛、草原红牛和夏洛莱牛各6头,分为4组,在相同饲养条件下育肥180 d,屠宰,采样,采用实时荧光定量技术测定背最长肌PPARγ基因mRNA表达量,用索氏提取法测定背最长肌脂肪含量。结果表明:草原红牛肌内脂肪含量显著高于其他3个品种牛(P0.05),顺序为草原红牛夏洛莱牛西门塔尔牛红安格斯牛;草原红牛PPARγ基因mRNA表达量显著高于其他3个品种肉牛(P0.05),顺序为草原红牛夏洛莱牛西门塔尔牛红安格斯牛。说明PPARγ基因对脂肪合成代谢有正向调控作用。     

杂交肉牛背最长肌LPL基因与脂肪代谢的研究

为了研究脂蛋白酯酶(Lipoprotein lipase,LPL)对脂肪代谢的影响,进而提高牛肉品质,试验选择红安格斯牛[纯种红安格斯(♂)与蒙古牛(♀)杂交后代]、中国西门塔尔牛、草原红牛和夏洛莱牛[纯种夏洛莱(♂)与蒙古牛(♀)杂交后代]等4种杂交肉牛各6头,在相同饲养条件下育肥180 d后进行屠宰,采用实时荧光定量PCR技术测定背最长肌LPL基因mRNA表达量,用索氏提取法测定背最长肌脂肪含量。结果表明:草原红牛肌内脂肪含量显著高于其他3个品种肉牛(P0. 05),肌内脂肪含量高低顺序为草原红牛夏洛莱牛中国西门塔尔牛红安格斯牛,组间均差异显著(P0. 05);LPL基因mRNA表达量草原红牛显著高于其他3个品种肉牛(P0. 05),LPL基因mRNA表达量顺序为草原红牛夏洛莱牛中国西门塔尔牛红安格斯牛,组间均差异显著(P0. 05)。说明LPL基因对脂肪合成代谢有正向调控作用。     

基于RNA-Seq技术筛选影响猪肌纤维性状的候选基因

旨在探究影响肌纤维性状的候选基因和信号通路。本研究以马身猪和大白猪为研究对象,采用HE染色法分析6月龄马身猪和大白猪背最长肌肌纤维直径和密度,利用RNA-Seq分析马身猪和大白猪背最长肌组织中基因表达情况,并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,再通过qRT-PCR验证RNA-Seq结果的准确性。结果显示,马身猪背最长肌肌纤维直径极显著低于大白猪(P<0.01),而肌纤维密度极显著高于大白猪(P<0.01)。转录组测序结果显示,在6月龄马身猪和大白猪背最长肌中,差异倍数在2倍以上的基因共105个,其中,马身猪相对于大白猪上调的基因有55个,下调的基因有50个。GO富集分析表明,差异表达基因主要富集在与线粒体相关的细胞组分和骨骼肌分化有关的生物学过程中;KEGG分析结果显示,这些差异表达基因主要参与到与氧化磷酸化有关的信号途径。qRT-PCR和RNA-Seq对6个DEGs表达情况的检测结果表明它们的表达趋势相同,说明RNA-Seq结果准确可靠。结合差异基因表达丰度、GO和KEGG富集分析结果,本研究发现,MYL3、MYH3、MYH6基因通过影响肌纤维的组成而影响肌纤维特性,ND6基因通过参与线粒体氧化磷酸化过程影响肌纤维类型,MICU2基因通过维持线粒体Ca²⁺浓度的稳态影响细胞功能,编码转录因子的EGR1和FOS基因通过调节细胞增殖、分化和凋亡等过程影响肌肉生长发育。本研究初步揭示了造成马身猪和大白猪肌纤维性状差异的主要原因,为猪肉品质的改善提供了相应的理论依据。     

巴马香猪ATP合成酶基因表达发育变化与肉质性状相关性研究

为了探讨ATP5B、ATP5H基因在巴马香猪和长白猪不同生长阶段背最长肌中的表达丰度与肉质性状之间的关系,揭示ATP合成酶基因对肉质的影响,试验采用荧光定量PCR技术分析了不同时期背最长肌中ATP5B、ATP5H基因mRNA表达量。结果表明:ATP5B、ATP5H基因mRNA表达量具有显著的年龄依赖变化,随着年龄的增加而呈下降趋势,在0日龄时明显高于其他日龄。0日龄时巴马香猪肌肉组织中ATP5B基因mRNA表达量显著高于长白猪(P0.05),ATP5H基因mRNA表达量显著低于长白猪(P0.05)。巴马香猪肌肉组织中ATP5B基因mRNA表达量与电导率、剪切力呈显著的负相关性(P0.05),ATP5H基因mRNA表达量与剪切力呈极显著的负相关性(P0.01),与肌内脂肪含量呈显著的负相关性(P0.05)。长白猪肌肉组织中ATP5B、ATP5H基因mRNA表达量与肉色、电导率、剪切力、肌内脂肪含量均无显著的相关性(P0.05)。     

牛ATP5B基因启动子与组织差异性表达研究

本研究旨在检测前期构建的牛ATP5B基因启动子双荧光素酶报告基因重组质粒在3T3L-1细胞系中的表达活性,检测ATP5B基因在不同组织中的差异表达情况。经脂质体法转染3T3L-1细胞系后,检测7个重组质粒的荧光素酶相对活性,结合生物信息学软件进一步确认牛ATP5B基因可能的核心启动子;利用试剂盒从秦川牛的16个不同组织提取RNA,反转录后,先检测cDNA,再设计ATP5B基因定量引物和1对β-actin内参引物,进行实时荧光定量反应,最后,结合软件比对不同物种的ATP5B基因近端启动子和氨基酸序列。结果,通过转染细胞和荧光素酶活性分析,统计学分析证实重组质粒pATP5B-462荧光素酶活性最高,软件分析所对应的启动子区域-547~-230bp存在TATA盒、CAAT盒、GATA盒、v-Myb、deltaE这些重要转录调控元件。牛的ATP5B基因组织表达谱结果分析显示,该基因在后腿肌和背最长肌中相对高水平表达,在睾脂、心、瓣胃、皱胃、大肠、小肠、背脂、肾和肝中相对中度表达,在脾、肺、盲肠、瘤胃和网胃中相对微量表达。氨基酸序列比对结果显示,牛ATP5B基因与山羊、绵羊、小鼠、猪和人的ATP5B基因的相似性较高,牛ATP5B基因编码的氨基酸序列与山羊和绵羊的相似性分别高达99%、98%,与人和小鼠的相似性均为96%,与猪的相似性为91%。本研究初步确认了牛ATP5B基因可能的核心启动子,并得到了牛ATP5B基因在16个组织的表达谱结果,软件比对基因序列的结果进一步表明,ATP5B基因是一个较为保守的基因,这为进一步研究牛ATP5B基因的转录调控机制及功能都奠定了基础。     

关岭牛MyoD Ⅰ基因在不同组织和时期中的表达分析

为研究MyoDⅠ基因在关岭牛不同组织表达量的差异及在肌肉发育过程中的表达情况,试验采用实时荧光定量PCR技术对关岭牛背最长肌、大腿肌、心脏、肝脏、脂肪、小肠6个组织的MyoDⅠ基因相对表达量进行检测。同时分析关岭牛胎儿、18月龄、30月龄时期背最长肌组织中MyoDⅠ基因的表达规律。结果显示,MyoDⅠ基因在背最长肌中表达量最高,在出生后的关岭牛肌肉组织中也具有较高的表达量,且随着出生时间的推移呈上升趋势。推测可能由于背最长肌是肌肉富集地方,因此基因表达量较高,随着年龄增大,肌肉丰满度增加,基因表达量也随着增加。     

基于RNA-Seq转录组测序技术揭示南方黄牛肉质嫩度调控相关的分子机制

为揭示南方黄牛肉质调控的分子机制并挖掘与肌肉嫩度相关的功能基因,本研究以1周岁左右的云岭牛、文山牛和中国西门塔尔牛为试验对象,屠宰后测定背最长肌不同排酸时间(0、1、2、3、5、7 d)下剪切力变化,揭示不同黄牛品种肌肉嫩度的差异,利用RNA-Seq技术对背最长肌进行比较转录组学分析,并结合生物信息学筛选与肌肉嫩度调控相关的信号通路及差异表达基因,最后利用q PCR进行验证。结果表明:在宰后成熟过程中,黄牛肌肉嫩度表现为明显的下降趋势,且在同一个成熟时间点下,剪切力值表现为西门塔尔牛文山牛云岭牛,表明云岭牛嫩度较好,而西门塔尔牛嫩度相对较差;云岭牛与西门塔尔牛背最长肌2组文库经测序后,筛选出3 198个差异表达基因,其中云岭牛上调基因1 750个,KEGG功能注释发现2个与肉质调控相关的重要信号通路:脂肪细胞因子信号通路和内质网蛋白加工通路,结合q PCR验证、基因表达水平与剪切力值相关性分析,最终筛选出Leptin和CAPN12个可能肌肉嫩度相关的功能基因。本研究筛选与鉴定出南方黄牛肌肉嫩度相关信号通路及其关键基因,为今后南方黄牛肉质遗传改良奠定理论基础。     

MYL2基因在肌肉生长过程中的研究

为了探究快肌肌球蛋白轻链2(myosin light chain 2,MLC2或MYL2)基因在布莱凯特黑牛背最长肌中表达量的变化规律,为探讨其与肌肉生长发育关系奠定基础,试验以布莱凯特黑牛为研究对象,利用实时荧光定量PCR检测其背最长肌、心脏、肺脏、肝脏、脾脏等10个组织器官中MYL2基因的表达情况,检测布莱凯特黑牛2,6,10,12月龄4个不同时期背最长肌中MYL2基因的表达量变化规律,应用免疫组化方法定位MYL2基因在背最长肌中表达的位置。结果表明:MYL2基因在心脏中表达量最高,其次是背最长肌,其他器官几乎不表达。背最长肌中MYL2基因在2,6,10,12月龄均高表达,但随着月龄的增加其表达量逐渐降低,2月龄的表达量最高,极显著高于其他3个时期(P0.01);12月龄表达量最低,显著低于6月龄(P0.05),与10月龄差异不显著(P0.05)。免疫组化结果显示MYL2基因在背最长肌中,主要在骨骼肌肌原纤维的粗肌丝中表达。说明背最长肌中MYL2基因可能对骨骼肌生长和发育起调节作用,可为研究肉牛骨骼肌生长发育机理和阐明肌肉生长的分子机制提供参考。     

民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析.结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62％和84.62％;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条.以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子.民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签.民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个.显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路.本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据.