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1.
为初步调查河北省近年4种猪腹泻相关病毒的流行情况,本研究于2020年~2021年从河北省部分地区猪场采集244份腹泻猪粪便或肠组织样品,采用荧光定量PCR (qPCR)检测4种猪腹泻相关病毒[(猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)];采用RT-PCR扩增部分PEDV阳性样品S1和ORF3基因并测序,利用DNAStar软件分析这两个基因及其编码氨基酸序列与PEDV相应序列的同源性;采用MEGA 7.0软件构建这两个基因的进化树,分析PEDV的基因型及其遗传进化关系。采用DNAStar比对这两个基因编码的氨基酸序列,分析其氨基酸序列的变异情况。结果显示:病料样品中PEDV、PoRV、PDCoV和TGEV检出率分别为34.02%(83/244)、18.44%(45/244)、10.66%(26/244)和2.87%(7/244)。样品中两种病原混合感染较多,其中PEDV+PoRV和PEDV+PDCoV检出率最高,分别为8.61%(21/244)和2.46%(6/244);仅2份样品为PEDV+PDCoV+PoRV...  相似文献   

2.
本研究旨在获得可在细胞培养中稳定、有效生长增殖的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)分离毒株,并对其全基因组序列进行测定分析。应用Vero细胞从广西腹泻仔猪肠道内容物中进行病毒分离,通过细胞病变和RT-PCR对细胞培养物进行鉴定,应用下一代测序技术对分离毒株全基因组序列进行测定。结果显示,成功分离到1株PEDV,命名为CH/GX/2015/750A。该毒株可稳定有效地在Vero细胞生长增殖,并引起典型的细胞病变;已在Vero细胞连续传代25代,病毒滴度随着传代次数的增加逐渐提高并稳定在107.50TCID50/mL。该毒株全基因组序列长28 038 bp;与22个参考毒株的全基因序列比对显示,核苷酸同源性为96.8%~99.8%,其中与YC2014株同源性最高,为99.8%。全基因组和S基因系统进化分析显示,PEDV CH/GX/2015/750A分离毒株属于Ⅱa亚群,与YC2014、PEDV-WS等变异毒株亲缘关系密切。结果表明,本研究分离获得的CH/GX/2015/750A毒株是PEDV地方流行变异毒株。  相似文献   

3.
本研究旨在获得可在细胞培养中稳定、有效生长增殖的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)分离毒株,并对其全基因组序列进行测定分析。应用Vero细胞从广西腹泻仔猪肠道内容物中进行病毒分离,通过细胞病变和RT-PCR对细胞培养物进行鉴定,应用下一代测序技术对分离毒株全基因组序列进行测定。结果显示,成功分离到1株PEDV,命名为CH/GX/2015/750A。该毒株可稳定有效地在Vero细胞生长增殖,并引起典型的细胞病变;已在Vero细胞连续传代25代,病毒滴度随着传代次数的增加逐渐提高并稳定在107.50TCID50/mL。该毒株全基因组序列长28 038bp;与22个参考毒株的全基因序列比对显示,核苷酸同源性为96.8%~99.8%,其中与YC2014株同源性最高,为99.8%。全基因组和S基因系统进化分析显示,PEDV CH/GX/2015/750A分离毒株属于Ⅱa亚群,与YC2014、PEDV-WS等变异毒株亲缘关系密切。结果表明,本研究分离获得的CH/GX/2015/750A毒株是PEDV地方流行变异毒株。  相似文献   

4.
为了了解四川地区流行的猪流行性腹泻病毒(PEDV)的生物学特征及基因的遗传进化关系,从四川某地采集了发病仔猪小肠,病料处理后在Vero细胞上进行盲传,通过RTPCR、间接免疫荧光鉴定(IFA)验证,成功分离出1株猪流行性腹泻病毒,命名为X-6/2021株。对X-6/2021株S1基因进行RT-PCR扩增,获得的分离株S1序列与国内外PEDV毒株进行序列比对和遗传进化分析。结果显示,PEDV-X-6/2021毒株与Ⅰ型参考毒株的同源性为90.6%~93.2%,与Ⅱ型参考毒株的同源性为97.6%~99.0%。试验成功地从四川省分离鉴定得到1株猪流行性腹泻病毒,为该地区PEDV防控及候选疫苗毒株的筛选提供了物质基础。  相似文献   

5.
为实现对猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus, PDCoV)、猪传染性胃肠炎(porcine transmissible gastroenteritis virus, TGEV)、猪轮状病毒(porcine rotavirus, PoRV)和猪流性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的同时鉴别检测,根据PDCoV M基因、TGEV S基因、PoRV VP6基因和TGEV N基因保守区域序列合成特异性引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,成功建立了一种可同时检测PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV的实时荧光RT-PCR方法。结果显示,所建立的四重实时荧光RT-PCR方法仅对PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV出现阳性扩增,与PRV、PPV、PRRSV、CSFV、PCV2等猪常见病原无交叉反应;对PDCoV、TGEV、PoRV和PEDV的最低检出限分别为1.17×103,1.13×103,1.31×102和1.18×102<...  相似文献   

6.
为了解陕西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化方向及为疫苗的研发奠定基础,采集陕西省部分地区腹泻仔猪的肠道及内容物,利用Vero细胞进行病原分离,扩增M基因和N基因序列并测序。结果显示病毒盲传5代,细胞出现收缩变圆直至脱落的细胞病变;序列分析结果表明,分离出的PEDV陕西地方株与其他参考毒株M基因核苷酸序列相似性为97.8%~99.7%,氨基酸序列相似性为97.3%~100%;N基因核苷酸序列相似性为95.7%~99.8%,氨基酸序列相似性为99.3%~100%。PEDV陕西分离株与CV777等经典株的亲缘关系较远,与变异株的亲缘关系较近。表明成功分离出PEDV陕西地方株,且均为变异株。  相似文献   

7.
旨在明确引起内蒙古地区猪腹泻的主要相关病毒及其流行特点,为该病的防控提供依据。采用多重RTPCR方法对从内蒙古8个盟市采集的394份腹泻粪样进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)三种病毒的检测;对部分PCR检测呈阳性的病料进行PEDV M基因的克隆、测序,并与国内外已报道的48条M基因序列进行比对和遗传进化分析。检测结果表明:PEDV、PoRV阳性率分别为63.96%、2.03%,未检测到TGEV;PEDV和PoRV混合感染率为2.03%;各日龄猪群均可发病,但以未断乳仔猪和哺乳母猪感染率较高;遗传进化分析结果表明:CH/NMG/XLGL分离株与CV777等经典毒株亲缘关系较近,位于G2分支上;其余7条分离毒株与2012年以来国内多个省市的流行毒株及泰国、韩国、俄罗斯、越南等邻国的流行毒株位于G1-1分支上,特别是与美国2013—2014年流行的毒株亲缘关系更为密切,核苷酸序列相似性为99.5%~100%。从2013年至今导致内蒙古地区猪腹泻的病毒主要是PEDV,其次是PoRV;不同日龄的猪群均可感染,以未断乳的仔猪感染最为严重;获得的大部分流行毒株与我国2012年至今的大部分省市的流行毒株亲缘性较高,但与我国2007年以前分离的内蒙毒株、疫苗株、经典毒株相距较远,并存在碱基突变的情况。  相似文献   

8.
为了调查引起石河子地区148团某规模化猪场仔猪腹泻的原因,减少猪场经济损失,试验结合该猪场仔猪的临床症状,剖检部分病死仔猪并无菌采集小肠及其内容物,通过RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)等病原进行鉴别诊断;选取阳性产物测序,运用生物信息软件对其进行同源性及遗传进化分析。结果表明:经RT-PCR检测,PEDV和PoRV为阳性,TGEV为阴性,将获得的PEDV和PoRV毒株分别命名为SHZ-306-1H和SHZ-306-LZ;分离毒株SHZ-306-1H与我国各省的分离株CH/HeN/PY-2015(KR078319.1)、CH/GSJI/07(GU372737.1)、NJ(KJ642645.1)、AHGD(JX910247.2)、XJ-DB2(KM386647.1)处在同一分支上,且与CH/HeN/PY-2015(KR078319.1)的同源性最高,为99.00%;分离毒株SHZ-306-LZ与野猪源的2010/WH-a处在同一分支上,且与其同源性最高,为98.84%。说明该猪场仔猪腹泻由PEDV与PoRV混合感染引起。  相似文献   

9.
为鉴别猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)和猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)这4种猪主要腹泻病毒,本研究分别针对PEDV M基因、TGEV M基因、PoRV NSP5基因、PDCoV M基因设计特异性引物和探针,经过方阵法优化恒温隔绝式荧光RT-PCR(iiRT-PCR)反应条件,建立了检测这4种猪腹泻病毒iiRT-PCR方法。用建立的iiRT-PCR方法分别检测PEDV、TGEV、PoRV、PDCoV、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、日本脑炎病毒(JEV),并对iiRT-PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,结果显示该方法特异性强,对PEDV、TGEV、PoRV、PDCoV的检测下限分别为102、102、103、103 TCID50/mL,并具有良好的组内和组间重复性;而荧光定量PCR方法的检测下限分别为101、102、102、102<...  相似文献   

10.
本研究于广西某猪场采集疑似感染猪丁型冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的腹泻仔猪小肠及其内容物进行病毒分离,并通过细胞病变(CPE)、RT-PCR、间接免疫荧光(IFA)和全基因序列测定分析对分离的病毒进行鉴定。结果显示,试验成功分离到1株PDCoV,命名为CH/GX/1468B/2017(简称PDCoV 1468B)。该毒株可稳定有效地在LLC-PK细胞生长增殖,并引起典型CPE;该毒株已在LLC-PK细胞连续传代15代,病毒滴度随着传代次数的增加逐渐提高并稳定在108.10TCID50/mL以上。该毒株全基因组序列长25 399 nt;与23个GenBank中登录的参考毒株的全基因组序列比对显示,核苷酸同源性为97.2%~99.4%,其中PDCoV 1468B分离毒株与Vietnam/Binh21/2015株同源性最高,为99.4%。全基因组系统进化分析显示,PDCoV 1468B分离毒株属于Ⅱ群,与东南亚国家PDCoV毒株亲缘关系密切,处于同一进化分支。综上所述,本研究成功分离出PDCoV 1468B株并进行了全基因序列分析,为进一步开展PDCoV致病性等生物学特性研究及疫苗研制奠定了基础,同时可为PDCoV的遗传进化提供数据支持。  相似文献   

11.
为确定2014年河北某猪场哺乳仔猪群腹泻的病原,本研究从该发病猪场采集了22份临床样品,采用PCR方法进行腹泻病原的检测。结果显示其中17份样品为猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性,而猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)均为阴性。选取其中5份PEDV阳性样品在Vero细胞中进行病毒的分离,结果显示,仅一份样品在接种细胞24 h后即可观察到细胞病变。对病变细胞进行RT-PCR及间接免疫荧光鉴定均为PEDV阳性。将分离的病毒株命名为He B10/2014。将其在Vero细胞中传至F5代次后病毒增殖明显增快,病毒滴度于感染细胞24 h达到峰值。对分离株的S基因进行克隆和测序分析,结果显示该病毒分离株符合国内近年来流行病毒株S蛋白的变异特征,即在S蛋白中存在4个连续氨基酸的插入(~(59)QGVN~(62))和3个氨基酸的缺失(~(14)0N和~(163)NI~(164))。本研究结果表明分离获得的HeB10/2014株为国内近年来新的PEDV流行株。  相似文献   

12.
为了解猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV) CH7328株的致病性,并分析其基因变异和遗传演变规律,试验通过病毒培养、间接免疫荧光试验(IFA)、病毒生长曲线及仔猪致病性试验鉴定病毒的生长特性和致病性,并分析该毒株的全基因组序列。结果显示,感染PDCoV CH7328株的ST细胞出现肿大变圆、细胞呈碎玻璃状且拉丝、细胞集聚成簇和脱落等病变。IFA结果显示,PDCoV CH7328株主要分布在细胞质中。生长曲线结果显示,PDCoV CH7328株在6 h就已开始增殖,在36 h时达到峰值,对应的TCID50为10-8.0/mL,随后逐渐下降。仔猪致病性结果显示,攻毒组仔猪出现腹泻、脱水和厌食等临床症状,仔猪小肠明显变薄、透明而充盈,小肠绒毛严重脱落、萎缩或减少、肠绒毛细胞坏死等。粪便病原检测结果显示,在攻毒第2天便能检测到病毒,之后排毒持续增加,而正常对照仔猪无任何临床现象。全基因组测序及序列分析显示,PDCoV CH7328株的基因组全长为25 420 bp,与国内GD株的相似性最高,达到99.9%;遗传演化结果显示,PDCoV CH7328株与国内HKU15-155、CHN-HN-2014和GD株处在同一进化分支,亲缘关系最近。本研究结果为中国PDCoV疫苗候选株的筛选及猪场疫病防控提供了参考数据和理论依据。  相似文献   

13.
本研究于广西某猪场采集疑似感染猪丁型冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的腹泻仔猪小肠及其内容物进行病毒分离,并通过细胞病变(CPE)、RT-PCR、间接免疫荧光(IFA)和全基因序列测定分析对分离的病毒进行鉴定。结果显示,试验成功分离到1株PDCoV,命名为CH/GX/1468B/2017(简称PDCoV 1468B)。该毒株可稳定有效地在LLC-PK细胞生长增殖,并引起典型CPE;该毒株已在LLC-PK细胞连续传代15代,病毒滴度随着传代次数的增加逐渐提高并稳定在10~(8.10)TCID_(50)/mL以上。该毒株全基因组序列长25 399 nt;与23个GenBank中登录的参考毒株的全基因组序列比对显示,核苷酸同源性为97.2%~99.4%,其中PDCoV 1468B分离毒株与Vietnam/Binh21/2015株同源性最高,为99.4%。全基因组系统进化分析显示,PDCoV 1468B分离毒株属于Ⅱ群,与东南亚国家PDCoV毒株亲缘关系密切,处于同一进化分支。综上所述,本研究成功分离出PDCoV 1468B株并进行了全基因序列分析,为进一步开展PDCoV致病性等生物学特性研究及疫苗研制奠定了基础,同时可为PDCoV的遗传进化提供数据支持。  相似文献   

14.
为确定2019年河南焦作某猪场哺乳仔猪发生腹泻的病因,本研究采用RT-PCR方法对该发病猪场送检的5份仔猪肠内容物样品进行仔猪腹泻相关病毒检测,对检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性样品进行病毒分离,对分离的PEDV S基因和ORF3基因进行PCR扩增,并分析这两个基因与GenBank中的PEDV参考株相应基因的同源性及遗传进化分析。结果显示,送检的5份猪肠道内容物样品PEDV检测结果均为阳性,而猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)的检测结果均为阴性;将随机选取的1份PEDV阳性样品接种Vero细胞并经传代培养,对培养5代的病毒经PCR检测表明分离到一株PEDV,并将其命名为jiaozuo1012/2019株;基于S基因同源性分析结果显示,该分离株与河南分离的PEDV CH/HNLH/2015株同源性最高,为99.3%,与近期河南分离株的同源性为96.4%~99.0%,与经典PEDV CV777株的同源性较低为93.4%。分离株S基因编码的氨基酸在aa59~aa62位存在4个氨基酸(~(59)QGVN~(62))的插入,在aa140和aa163~aa164分别存在1个和2个氨基酸的缺失(~(140)N和~(163)NI~(164));ORF3基因的同源性分析结果显示,分离的PEDV与江苏分离的PEDV JSCZ1601株的同源性最高,为99.7%,与近年来河南分离株的同源性为98.5%~99.6%,与经典株CV777的同源性较低为96.6%;S基因与ORF3基因的进化树结果显示,该分离株与目前国内流行株遗传关系最近。上述结果表明,本研究分离的PEDV具有近年来新流行PEDV株的序列特征,与经典PEDV株具有相对较远的遗传进化关系。本研究为进一步探究PEDV在河南地区的变异规律提供了参考依据。  相似文献   

15.
为掌握广西地区导致猪群腹泻的主要病毒性病原的流行态势,为养殖场猪病毒性腹泻的综合防控提供依据,用实时荧光RT-PCR检测方法,对2017年1月—2021年6月广西14个地市489个猪场1 206份临床腹泻样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪丁型冠状病毒(PDCoV)等病原检测,并分析其阳性检出率在不同年份、季节、地区、年龄段猪群之间的差异以及病原混合感染情况。结果显示,2017—2021年,PEDV、PDCoV、PoRV、TGEV样品阳性检出率分别为49.67%、7.63%、4.56%和0.33%,场阳性检出率分别为53.37%、8.18%、8.18%和0.61%;病毒性腹泻病原有一定的季节性流行特征,多表现为冬、春季流行加重;PEDV、PDCoV普遍流行,PoRV局部流行,TGEV散发流行;4种病原对不同年龄段腹泻猪群的感染率存在差异,其中对哺乳仔猪危害最为严重;猪群以单一感染为主,主要为PEDV单一感染,阳性检出率为47.93%,混合感染均为二重感染且感染率较低。结果表明,导致广西地区猪群腹泻的主要病毒性病原主要为PEDV、PDCoV和PoRV,其中PEDV为最主要病原,其他病原也呈流行加重趋势,需进一步加强病原监测和疫病综合防控。  相似文献   

16.
为了解贵州省仔猪病毒性腹泻病原流行情况,对2013—2015年贵州省7个市(州)采集的35个规模养猪场316份仔猪腹泻粪便样品进行病原核酸检测。结果显示,各地均存在猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)感染,PEDV阳性率为62.43%,TGEV阳性率为7.91%,PoRV阳性率为11.76%。不同病原在不同地区呈显著流行趋势,且存在不同程度的混合感染,PEDV与PoRV混合感染率为18.04%,PEDV与TGEV混合感染率为5.06%,TGEV与PoRV混合感染率为3.80%,PEDV、TGEV与PoRV混合感染率为1.90%,近3年主要流行病原为PEDV。为临床防控仔猪病毒性腹泻发生提供了理论依据。  相似文献   

17.
为了解江苏省某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,本试验采集腹泻仔猪小肠组织及肠道内容物,通过RT-PCR进行PEDV鉴定。将检测为阳性的病料组织经20μg/mL胰酶处理后,接种到Vero细胞中进行培养,将细胞培养物进行反复冻融后,收获病毒液,进行RT-PCR鉴定。采用分段重叠策略对其S基因进行全基因序列扩增,并在此基础上分析该毒株S基因的核苷酸同源性及遗传进化关系。结果显示,经RT-PCR鉴定,病料组织呈PEDV阳性,阳性病料接种Vero细胞盲传4代后,出现明显的细胞病变,表现为细胞合胞体病变,空泡化,最终裂解脱落。收获的病毒液经RT-PCR鉴定后,确认分离到1株PEDV,命名为JS2017株。核苷酸序列分析表明,JS2017株S基因序列与美国变异株OH1414、加拿大变异株ON-007、中国变异株PEDV-LYG和CH/PDS/2015位于同一进化分支,其核苷酸同源性高达99.0%以上;其中与中国变异株YC2014亲缘关系最近,核苷酸同源性为100.0%;与经典株CV777、DR13株同源性较低,亲缘关系较远。结果表明,本研究分离获得的JS2017毒株是一株PEDV地方流行变异毒株,与2014年中国江苏分离株(YC2014株)亲缘关系最密切,与当前猪流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远。  相似文献   

18.
为了解2021年伊犁河谷地区规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)及牛病毒性腹泻病毒(BVDV)等5种病毒性腹泻的感染情况,试验采用RT-PCR对2021年从伊犁河谷地区规模化猪场采集患腹泻病猪的血液、粪便及肠内容物等1 200份病料组织检测5种病毒性疾病的感染情况。结果表明,PEDV、TGEV、PoRV、PDCoV、BVDV总阳性率分别为34.5%、7.4%、22.7%、2.9%、8.2%,以PEDV和PoRV阳性率较高,且以二重感染为主,其中PEDV/TGEV、PEDV/PoRV二重感染率分别为7.2%、9.4%,试验为该地区猪场中5种病毒性腹泻疾病的防控提供参考依据。  相似文献   

19.
为了解新疆部分地区的猪病毒性腹泻发病现状和流行情况,本研究于2018年11月~2019年12月对新疆6个不同地区25个疑似病毒性腹泻猪场进行发病时间、发病日龄、发病率与病死率等基本状况调查,并利用RT-PCR方法对采集的疑似病毒性腹泻仔猪的粪便及肠道内容物共1 388份病料样品进行了病毒性腹泻的病原检测。调查结果显示,本研究中的25个猪场的仔猪腹泻主要在冬春季节发生,发病日龄主要为1日龄~6日龄,发病率为80.00%,病死率为87.46%。病原检测结果显示:猪流行性腹泻病毒(PEDV)的阳性率为46.69%,猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的阳性率为6.77%,猪轮状病毒(PoRV)的阳性率为14.55%,猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)的阳性率为0.79%。PEDV/TGEV混合感染率为0.43%,PEDV/PoRV混合感染率为2.95%,PEDV/PDCoV混合感染率为0.29%,PEDV/TGEV/PoRV 3种混合感染率为0.43%。结果表明,引起新疆部分地区仔猪病毒性腹泻的主要病原为PEDV,并出现以PEDV/PoRV为主的多种病原混合感染。本研究为新疆地区生猪养殖场科学防控猪流行性腹泻疾病提供了参考。  相似文献   

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