抗虫转CpTI基因植物定性PCR检测技术的建立

为建立CpTI基因定性PCR检测方法,通过数据库查询和测序获得CpTI基因序列,设计特异性定性PCR引物,对引物、PCR反应条件和反应体系进行优化,并对检测方法的特异性、灵敏度等进行分析试验。结果表明,CpTI基因特异性定性PCR检测方法选择退火温度为58℃,引物浓度为0.4μmol/L较好,该方法能够特异性检测样品中CpTI基因,检测灵敏度达0.05%(质量比)。该方法符合农业转基因生物产品成分检测标准对特异性、灵敏度、重复性的要求,可为抗虫转CpTI基因植物生物安全管理提供技术支撑。     

苔藓植物matK基因PCR反应体系的建立和优化

[目的]建立和优化适合于苔藓植物matK基因的PCR反应体系。[方法]以鳞叶藓为材料,利用改良CTAB法提取了基因组DNA,利用单因素试验分析了DNA模板、引物和2×Taq MasterMix的浓度对苔藓植物matK基因PCR反应的影响,对适合苔藓植物的matK基因PCR反应条件进行了优化。[结果]适合苔藓植物的matK基因PCR反应体系为10.0μl,其中含DNA模板0.5μl,正反引物各0.2μl,2×Taq MasterMix 5.6μl。[结论]为苔藓植物的分子系统学等研究奠定了基础。     

One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用

nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。     

人类微卫星多重PCR扩增体系的建立

采用碘化钾法从血液中提取基因组DNA,根据GenBank数据库中基因序列设计引物,分析不同引物组合内部可能出现的引物潜在配对作用,针对多重PCR反应体系中的引物、反应缓冲液和镁离子浓度设计实验组合。结果表明,25μL反应体系中包含1.4×PCR buffer,2.5 mmol/L MgCl2,0.6μmol/L的各引物对浓度时,3对引物都能扩增得到条带清晰,亮度均一的目标产物。     

One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用

nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。     

牛早期胚胎性别鉴定的分子生物学方法研究

根据牛SRY基因序列设计合成了2对嵌套式引物作为公牛特异性引物,同时根据牛β珠蛋白基因(HBB)序列设计了1对引物作为内参照引物,建立了巢式PCR反应体系。对50头母牛和30头公牛DNA样品的检测表明,母牛只能扩增出558 bp的HBB基因片段,而公牛则可以扩增出558 bp的HBB基因片段和219 bp的SRY基因片段,其鉴定结果与实际性别一致。同时,以微量的卵母细胞和精子细胞为模板对该反应体系的灵敏性进行了检验,结果表明,该反应体系可对10个细胞水平进行准确鉴定。     

利用反向PCR克隆猪圆环病毒2型全基因组

参照GenBank数据库中PCV-2的ORF1基因序列,设计1对特异性引物和1对为反向引物,利用常规PCR扩增ORF1基因片段,再利用反向PCR扩增ORF1基因片段侧翼序列,将2次PCR产物克隆测序,经BLAST分析确认为PCV-2基因组序列,利用Vector NTI 8.0软件将两个序列进行拼接获得PCV-2全基因组。结果表明,克隆到的PCV-2全基因组长为1767bp。     

油用向日葵FAD2-1基因RT-PCR体系的建立与优化

为了建立向日葵FAD2-1基因高效特异的PCR扩增体系,以油用向日葵86-1为材料提取总RNA,并反转录合成cDNA,以cDNA第一条链为模板对FAD2-1基因全长编码序列的PCR体系进行了优化。结果表明:根据已公布的FAD2-1序列设计3对特异性引物,每对引物设计了5个退火温度,筛选出适于该基因PCR扩增的引物及其退火温度,并将PCR扩增条件中循环数缩短为30次,延伸时间缩短为7min,此改进提高了PCR反应的效率。     

四引物扩增受阻突变体系PCR及其在水稻遗传育种研究中的应用

介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR技术,阐述了该SNP基因分型技术的引物设计和反应体系优化方法,综述了该技术在水稻遗传育种研究中的应用,旨在推广这一简单、高效SNP基因分型技术。     

多重PCR检测猪链球菌种及主要致病血清型

根据猪链球菌种特异性基因gdh及血清2、7、9型的特异性基因cps2J、cps7H、cps9H序列,分别设计4对引物,通过对单项PCR、多重PCR扩增条件和反应体系的优化,建立了快速检测猪链球菌种及主要致病血清型2、7、9型的四重PCR方法;并利用建立的多重PCR方法对鲁西区域致病性猪链球菌的流行情况进行了调查研究。     

蓝狐褪黑激素受体1A基因的克隆及序列分析

根据已知的蓝狐MTNR1A基因部分序列和狗的MTNR1A基因序列,借助Primer5.0引物设计软件,结合PCR引物设计优化条件,设计、合成引物。用基于PCR的96孔板筛选方法从蓝狐脾脏cDNA文库中分离获得阳性克隆,其序列与已知的蓝狐MTNR1A基因部分序列有100%的同源性,与已报道的狗、马、猕猴等动物的MTNR1A的cDNA分别有98%、88%、85%以上的同源性,推测该cDNA为MTNR1A的cDNA。蓝狐MTNR1AcDNA的获得,为进一步研究Mel配体-受体间的相互作用和生物功能提供了条件。     

鸡源霉形体PCR检测方法的研究

据基因库中鸡源霉形体16SrRNA基因序列，设计了一对跨幅为1026bp的引物，用这对引物对致病性鸡源霉形体MG，MS的DNA进行PCR扩增，结果扩增片段大小与设计相一致，而其它细菌扩增结果则均为阴性。     

腺相关病毒介导的小鼠prnp基因打靶载体构建

利用三重融合PCR方法构建了小鼠prnp基因敲除载体。提取129小鼠基因组,设计引物扩增打靶载体同源臂,把两同源臂与neo基因三元件PCR扩增成一条融合基因。融合基因与AAV载体酶切后的载体骨架通过NotI酶切位点相连接,构建重组质粒载体rAAV。     

应用RT—PCR技术快速检测马铃薯纺锤块茎类病毒

根据马铃薯纺锤块茎类病毒序列,设计合成了一对特异性引物．以感染PSTVd的马铃薯试管苗为材料,提取其总RNA,获得纯度较高、完整性较好的总RNA．以此总RNA为模板,进行cDNA合成及PCR扩增,从感病组织中扩增得到一段约为359bp的特异RNA扩增产物,与理论设计大小一致,而健康组织无此扩增产物．     

赛加羚羊的分子生物学鉴别

为了解决以往赛加羚羊(Saiga tatarica)鉴别方法存在的不确定性或分辨率低的问题,在mtDNA的12S rRNA基因易变区设计了2对赛加羚羊特异性引物Saiga A和Saiga B,通过PCR扩增和常规电泳检测,分别得到127 bp和320 bp的片段,进而可通过这两个片段的有无来特异性检出赛加羚羊的DNA。引物Saiga A和Saiga B的最小检出量为1．0 ng DNA,稳定性和特异性好、灵敏度很高,可以应用于赛加羚羊样品的检测。     

仿刺参β-actin基因的克隆及在各组织中的表达

参考海葵Nematoste Uavectensis在GenBank中的β-actin基因mRNA部分序列（XM_001630533）设计引物,对仿刺参Apostichopusjaponicus进行特异的PCR扩增,将扩增产物测序分析,再根据测序结果设计仿刺参专用β-actin引物ACT1／ACT2,对不同退火温度和循环次数条件下的该基因RT-PCR产物进行了对比。本研究中首次克隆了仿刺参的β-actin基因,为今后仿刺参目的基因表达的半定量分析研究奠定了基础。     

房山区4种动物源性成分PCR检测试验

本研究利用牛、羊、猪、鸡线粒体mtDNA中保守序列16s rRNA,设计一对动物的通用引物,检测了含有动物源性成分的样品,同时设计了针对牛、羊、猪、鸡mtDNA中的保守序列,选择4对特异性引物,扩增得到目的片段大小分别为271 bp、274 bp、212 bp和266 bp。利用通用引物,优化了PCR反应体系及其反应条件,建立了从未知样品中快速获取动物源性成分检测的PCR方法;利用牛、羊、猪、鸡特异性引物,建立了PCR方法快速鉴定牛、羊、猪、鸡这4种动物源性成分的方法。     

用实时荧光PCR方法定量检测Bt176转基因玉米

以实时荧光PCR技术鉴定商业化种植的转基因玉米Bt176品系。根据转基因玉米Bt176中内源基因Zein和外源基因cry1Ab设计引物及TaqMan荧光探针,成功建立了检测转基因玉米Bt176品系的实时荧光PCR方法。结果表明,应用实时荧光PCR方法检测转基因作物,不仅可以达到品系鉴定的作用,而且可以用于转基因成分的检测。该方法简便迅速,降低了污染机会,为转基因作物及产品的品系检测提供了新方法。     

野猪肌细胞生成素基因的克隆与序列分析

参考家猪(X89007)MyoG基因序列设计2对特异引物,用PCR方法首次从野猪基因组中扩增出2个大小分别约为1.6 kb和1.0 kb的DNA片段,其PCR产物经pMD-18T载体转化感受态DH5α株大肠杆菌,获得重组克隆子。DNA测序和序列拼接表明:野猪肌细胞生成素基因DNA序列长2 466bp,含完整的3个外显子和2个内含子,与家猪、牛、马、狗、小鼠和人的MyoG基因的cDNA序列同源性分别为99.8%、92.4%、92.7%、89.7%、90.8%和94%,其cDNA编码氨基酸序列与家猪、牛、马、狗、小鼠和人的同源性分别为100%、96.4%、95.9%、94.1%、96.4%、96.8%;对野猪MyoG基因组序列与9个家猪品种的相应同源序列进行比较,检出16个核苷酸变异位点,且其中有5个为家猪中不具有的新变异位点,其变异位点主要发生在内含子部分,尤其是内含子1中的变异位点比例最大(11个)。这些结果表明,野猪肌细胞生成素基因的编码序列在进化过程中是高度保守的,而内含子部分尤其是第1内含子具有丰富的序列多态性。对117个限制性酶切位点扫描分析发现,野猪MyoG基因核苷酸序列中含有78个酶切位点,其中有5个酶切位点包含变异位点,尤其是1 153位点的T突变成G所产生的SmaI(CCC/GGG)或XmaI(C/CCGGG)酶切位点为野猪所特有。所测DNA序列已提交到GenBank中,获得的序列号为:FJ356697。     

Development and Application of a PCR Approach for Detection of Bovis, Sheep, Pig, and Chicken Derived Materials in Feedstuff

A PCR method for detection of bovis, sheep, pig, and chicken derived materials in feedstuff was established, and the existing method was improved according to the research on general primer and species-specific primers. First, general primer designed according to 16S rRNA gene sequence of hovis, sheep, pig, chicken, fish, and horse mtDNA was used for primary detection of animal derived materials in feedstuff. Species-specific primers designed according to conserved sequence of mtDNA of bovis, sheep, pig, and chicken were used for amplification of a 271,274, 149, and 266 bp fragment, respectively. Further confirmation of the detection result was then carried out. PCR method for detection of animal derived materials in unknown feedstuff was developed by using general primer, relevant PCR system, and PCR condition. Also a PCR method for detection of each species （bovines, sheep, pig, and chicken） was designed by using our speciesspecific primers. High sensitivity and specificity of our method were confirmed with a minimum detection level of 0.1%. Method for detection of animal derived materials in this research is not only cheap and easy for operation but also precise and reliable results can be obtained. It could be one of the effective methods for the detection of animal derived materials in feedstuff.