5株猪O型口蹄疫病毒结构蛋白VP1基因的克隆与序列分析

提取5株猪O型口蹄疫病菌（FMDV）（L1-L5）的RNA，用1对通用引物经RT-PCR法扩增了5株病毒VP1基因的DNA片段，克隆后通过测序获得其核苷酸序列，分析表明，除L2株外，其余4株（L1，L3，L4和L5）VP1基因的核苷酸序列同源性在96.7%-99.8%。氨基酸序列同源性在99.5%-100%；而L2株与L1，L3，L4和L5株VP1基因的核苷酸序列同源性在82.0%-83.4%，氨基酸序列同源性在89.7%-90.1%,L1,L3,L4和L5株病毒VP1基因的核苷酸序列与已经发表的GD/CHA/86，HKN/1/99，HKN/16/96的同源性较高，核苷酸序列同源性在85.0%-99.8%，属于同一基因型；而与L2，F29/CHINA及国外大多数毒株相比，属于不同的基因型，其核苷酸序列同源性仅为41.0%-82.6%，5株毒株中的L1，L3，L4和L5的主要中和抗原位点140-160，200-213位氨基酸序列完全相同，推测其有相近的中和单抗表位和相同的抗原性。     

抗O型口蹄疫病毒单克隆抗体的制备及其生物学特性鉴定

【目的】针对O型口蹄疫病毒(Foot-and-mouth Disease Virus,FMDV)制备特异性的单克隆抗体,为进一步研制O型口蹄疫诊断方法提供物质基础。【方法】用纯化的O型口蹄疫病毒免疫Balb/c小鼠,取脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞进行融合,结合间接ELISA和间接免疫荧光(IFA)筛选,有限稀释法克隆,建立稳定的阳性杂交瘤细胞株,并对制备的单克隆抗体进行生物学特性鉴定。【结果】获得了2株稳定分泌单克隆抗体的杂交瘤细胞株,分别命名为2B9和5F7,抗体亚类鉴定其均为IgG1/κ类型;IFA结果显示,2株单克隆抗体仅与O型FMDV反应,不与Asia1型FMDV反应,推测其均为抗O型FMDV的型特异性单克隆抗体;Western blot结果显示,2株单克隆抗体均无特异性条带出现,表明其所针对的抗原表位均为构象型表位;相加ELISA试验表明,2B9与5F7两株单克隆抗体识别的抗原表位相近或相同;经硫氰酸盐洗脱法测定,2B9和5F7的相对亲和力指数均为1.5 mol/L;中和试验显示,2株单克隆抗体都不具有中和活性。【结论】2株单克隆抗体的获得及其生物学性质的鉴定,为O型口蹄疫诊断方法的建立提供了基础材料。     

O型口蹄疫病毒VP1基因的克隆与表达

以O型口蹄疫病毒(FMDV)流行毒株为研究对象,通过RT-PCR扩增出VP1基因,克隆至表达载体pET-32a中,分析比较不同地区O型口蹄疫病毒VP1基因序列,为构建VP1重组基因工程苗奠定基础．经测序表明,目的基因VP1已以正确的阅读框架整合至表达质粒中,应用大肠杆菌BL21(DE3)为宿主菌,通过IPTG诱导方法,表达包含VP1基因产物的融合蛋白,经SDS-PAGE和Western—blotting分析,表明表达蛋白表达量高,反应原性良好．     

口蹄疫病毒G-01株基因组编码区的序列分析

参考GenBank中注册的O型口蹄疫病毒(FMDV)全基因序列,分段设计了9对引物,应用RT-PCR方法对G-01株的基因组编码区序列进行了克隆和序列测定,获得了该毒株基因组编码区的核苷酸序列(6 966 bp)并推导出其编码的氨基酸序列(2 322 aa).将获得的G-01株基因组编码区的核苷酸序列与参考的14株FMDV基因序列进行比较,结果表明,本毒株的3A蛋白的92～101位缺失10 aa,VP1基因的133～160位的关键位点没有变化,该毒株与以HKN/2002株为代表的7株O型毒株的同源性较高,与HKN/2002株遗传关系最近,而与另外7株O型毒株同源性较低,其遗传关系也较远.由此推断G-01与HKN/2002株属于遗传关系较近的毒株,这2株病毒有着相同的进化起源.     

C型口蹄疫病毒鼠源毒株3A基因的克隆及序列分析

应用RT-PCR技术克隆获得了一株C型口蹄疫病毒鼠源毒株的非结构蛋白3A基因(C-3A),并对其进行序列测定及分析.结果表明,C-3A编码全基因序列中核苷酸共435 bp,编码氨基酸145个;与12株参考毒株比较发现,C型毒株核苷酸序列在第274~297位发生了缺失,氨基酸在92~99位发生缺失.核苷酸的同源性比较显示,C-3A基因与YNBS/58-3A基因的同源性最高,为82.8%;C-3A基因与TW/97-3A基因的同源性最低,为72.5%.氨基酸的同源性比较表明,C-3A基因与OIC/58-3A基因的同源性最高,为86.9%;与TW/97-3A基因的同源性最低,为72.7%.     

口蹄疫病毒泛亚株全衣壳基因克隆和序列结构分析

应用RT PCR和nPCR实现了口蹄疫病毒O/PanAsia/10株的全衣壳基因的克隆和序列测定.对核苷酸和氨基酸的序列分析表明,与经典O型毒株比较存在较大变异.其中4种结构蛋白的变异顺序是VP1>VP3>VP2>VP4.P1基因G+C值约55%.全衣壳蛋白相对分子质量约8 0×104.主要结构蛋白VP1呈碱性,等电点约9 5.     

O型口蹄疫病毒间接免疫荧光检测方法的建立

为建立猪O型口蹄疫病毒(FMDV)间接免疫荧光(IFA)检测方法,以猪抗O型口蹄疫病毒阳性血清为一抗、异硫氰酸荧光素(FITC)标记的SPA蛋白(葡萄球菌蛋白A)为二抗,通过反应条件的优化,建立检测方法。结果表明,IFA最佳工作条件为,一抗最适稀释度为1∶50,FITC标记的二抗的最适稀释度为1∶800,最适孵育时间均为1h。特异性试验表明,用建立的IFA检测方法只能检测O型FMDV,而A型、AsiaⅠFMDV型和猪水疱病病毒(SVDV)检测结果均为阴性。建立的检测O型FMDV抗原的IFA检测方法具有特异、敏感、简便、快速等优点,可用于FMDV感染的实验室诊断及其在感染机体中的定位和动态分布研究。     

C型口蹄疫病毒单克隆抗体的制备与鉴定

将灭活的C型FMDV背部皮下多点注射免疫BABL/c小鼠,取小鼠脾细胞和Sp2/0骨髓瘤细胞在PEG1 500作用下融合,用有限稀释法进行亚克隆.以C型FMDV重组VP1蛋白为抗原,间接ELISA法筛选单抗.以O、Asial、A型FMDV以及猪水疱病病毒为抗原,间接ELISA法检测单抗特异性.获得2株抗C型FMDV的单抗3B3和6D5,亚型鉴定为IgG1、IgG3;腹水效价分别为1∶25 600和1∶51 200;中和效价分别为1∶1 280和1∶640;2株单抗与O、Asial、A型FMDV以及猪水疱病病毒间无交叉反应,表明这2株单抗为高特异性抗C型FMDV单抗.研究结果可为C型FMD的诊断及预防提供基础材料,也可用于病因学及免疫学研究.     

猪O型口蹄疫病毒温度敏感突变株部分基因的PCR扩增及序列分析

根据O型FMDV全基因组序列设计引物,通过PCR扩增得到目的基因,并对猪O型FMDV的强弱毒株基因进行克隆与序列分析。结果表明:扩增得到的O型口蹄疫病毒温度敏感株L、P1、P2、P3(3C、3D)区目的基因片段大小分别为603、2 208、1 464、639、1 410 bp,与预期相符。各区序列拼接后与野生型猪O型FMDV序列比对,两者同源性为88%。     

抗猪口蹄疫病毒单克隆抗体的研制及其生物学特性鉴定

猪口蹄疫病毒毒株（FMDV－B，FMDB－D，FMDV－G，FMDV－S）经乳鼠和PK15传代细胞适应传代，通过差速离心和蒸糖密度梯度离心纯化抗原，免疫BALB／C小鼠，取脾细胞和SP2／O在PEG4000作用下融合，经间接免疫荧光技术检测，有限稀释法克隆，筛选得到6株能特异分泌抗FMDV的单克隆抗体（McAb)，其中McAb-B43,McAb-B62属IgM,BcAb-D16,McAb-D16,McAb-G17属IgG1,McAb-G52,McAb-S25属IgG2b，在液氮中保存6个月，单抗效价基本保持不变，McAb0G17,McAb-G52有很强的中和特性。     

一株新城疫病毒HN基因的克隆及序列分析

以RT-PCR扩增新城疫病毒JZ05株的HN基因,并进行克隆和测序.采用DNAssist序列分析软件将JZ05毒株HN基因与另外18个NDV毒株HN基因序列及其氨基酸序列进行比对分析.测序结果表明,JZ05毒株的HN基因全长1716 bp,HN蛋白由571个氨基酸残基构成,具有5个潜在糖基化位点及13个半胱氨酸残基,第6个潜在糖基化位点(538-540 aa)发生缺失.与另外18个NDV毒株比对,仅NDV JZ05株发生单个氨基酸残基变更的有6处.与11个毒株(ZJ1、TJ03、Jlan-1-00、SBZ02、SCL03、JS02、GD05、SQD04、SQZ04、YG、Taiwan95)比对,HN基因序列及其氨基酸序列的同源性均在94%以上;但与3个疫苗毒株(Clone30、LaSota、B1)比对,基因序列的同源性约82%,氨基酸序列的同源性约87%.     

口蹄疫病毒3D基因的克隆及其编码蛋白的结构和功能预测

采用RT-PCR技术,对AsiaⅠ型口蹄疫病毒的3D基因进行克隆,并对其序列进行比对,同时利用Ex-pasy等生物软件对3D蛋白的二级、三级结构及生物学特性进行预测和分析.结果表明:3D蛋白在口蹄疫各血清型间高度保守,分子中含有一个糖基化位点及多个酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸位点,并存在一个单股正链RNA病毒依赖RNA多聚酶的催化区;结构特点显示3D蛋白为口蹄疫病毒复制所需的多聚酶.     

山羊痘病毒P32基因的克隆测序及序列分析

参考Genbank中的序列设计1对特异性引物对1株疫苗株和6株广西分离株的P32基因进行全基因序列测定和分析。结果显示,广西分离株间的核苷酸同源性为99．4％～100．0％,与疫苗株间的同源性为99．6％～99．9％,与Genbank中已发表山羊痘序列间的同源性为99．3％～99．8％;推导的氨基酸同源性为98．1％～100．0％、98．8％～99．7％、97．8％～99．4％;与国内疫苗毒株相比,广西分离株在100～105位缺失了6个碱基A,在651位所有广西分离株核苷酸的碱基全部由T变为C,647～652位核苷酸构成由TGTATA变异为TGTACA,多了1个限制性内切酶Bsp1407 I位点。研究结果为深入了解广西山羊痘分离株的分子特性以及山羊痘的诊断与防治奠定了基础。     

减蛋综合症病毒六邻体蛋白基因的克隆与序列分析

设计了1对特异性引物,应用降落PCR法对减蛋综合症病毒(EDSV)六邻体蛋白基因进行了扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体中,经酶切和PCR鉴定后,初步证明了目的片段的正确性。进一步经核苷酸序列测定表明,所扩增的基因片段长度为2.74kb,共编码910个氨基酸,与由EDSV弱毒株(AA-2)全基因组的Hind酶切片段测序所得到的六邻体结构基因推测的氨基酸序列相比,有11处氨基酸发生了变异。     

伪狂犬病病毒Min-A株TK基因的克隆与序列分析

参考GeneBank收录的伪狂犬病病毒TK基因的序列设计了1对引物,对PRV Min-A株进行了PCR扩增,扩增产物克隆于pGEM-T Easy载体．对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序,证实了克隆片段的可靠性．测序结果表明目的片段包含1个957bp的开放性阅读框(ORF),编码318个氨基酸组成的多肽．在TK ORF上游-22,-166,-199位存在3个GC框样序列,在终止密码子下游第110个核苷酸处的l306位存在有多聚腺苷加尾信号．PRV Min-A株与PRV Ea株、NIA-3株TK的核苷酸同源性分别为98．4％,97．9％;推导氨基酸的同源性分别为97．8％,97.2％．通过对α疱疹病毒TK氨基酸进行多序列比较．获得了在PRV TK氨基酸序列上的6个保守区间．推测这些保守氨基酸对于胸苷激酶(TK)结构的稳定性和催化活性的发挥是必需的。     

减蛋综合征病毒PVⅢ蛋白基因的克隆与序列分析

根据减蛋综合征病毒PV 蛋白基因序列设计了1对特异性引物,应用降落PCR法对PV 蛋白基因进行了扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体中,经酶切和PCR鉴定,初步证明了目的片段的正确性。进一步核苷酸序列测定表明,所扩增的基因片段长度为0.756kb,共编码250个氨基酸。     

水稻条纹病毒安徽分离物CP基因的克隆及序列分析

采集安徽庐江水稻条纹叶枯病感病稻株,提取病叶总RNA.设计特异性引物进行RT-PCR扩增,获得水稻条纹病毒安徽分离物(RSV-AH)的RNA3部分片段,克隆并测序.序列分析表明,该片段全长1051个核苷酸,其中包含的CP基因全长969个核苷酸,编码322个氨基酸.将RSV安徽分离物CP基因(AH-CP)与其它来源的RSV CP基因进行核甘酸序列相似性比较,结果表明,安徽庐江的RSV CP基因与江苏洪泽的RSV CP基因序列相似性最高,达99.3%.进一步构建RSV CP基因系统关系树,发现安徽庐江的RSV CP基因同样与江苏洪泽的RSV CP基因亲缘关系最近.