基于转录组分析挖掘平凉红牛背最长肌肉质性状候选基因

旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因,以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛,测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量,分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组,每组3个重复。通过主成分分析和比较转录组分析筛选具有显著因子载荷基因(significant factor loading genes, SFLGs)和差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并进行富集分析。利用所有样本的转录组数据和表型数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),筛选与表型相关的目标基因模块(r>0.35且P<0.05)与Hub基因(hub genes, HGs)。针对蛋白质、脂肪和水分含量3个性状分别鉴定到91、81和80个SFLGs(第一主成分PC1和第二主成分PC2)和18、85和338个DEGs,其中PC1和PC2共有的SFLGs分别有8、4和3个,具有显著因子载荷的DEGs分别有1、3和2个,富...     

基于RNA-Seq技术挖掘绵羊背最长肌肉质性状相关基因

试验通过对小尾寒羊与巴美肉羊背最长肌进行转录组分析,旨在挖掘影响两种绵羊肉质性状的关键基因。分别选取小尾寒羊和巴美肉羊各3只,利用转录组高通量测序(RNA-Seq)技术对其背最长肌转录组文库进行测序,利用生物信息学对测序结果进行分析,筛选影响两者肉质相关的候选基因。结果发现,6个样品测序数据经质量控制后共得到120Gb的有效数据,共筛选出333个差异基因,其中上调基因有82个,下调基因有251个。GO功能富集与KEGG Pathway显著性富集分析结果共筛选了6个与肉质性状相关的候选基因:PDK4、MYF6、PPARGC1A、SLCO4A1、FABP4、LEP。试验通过对比小尾寒羊与巴美肉羊背最长肌转录组数据,筛选影响肉质性状的候选基因,丰富了绵羊基因组信息,为进一步阐述不同品种绵羊肉质性状分子机理奠定了基础。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

5种miRNA在牛背最长肌中表达及其与肉质性状相关性研究

为研究miRNA表达水平与牛肉质性状的相关性,本研究以新疆褐牛和哈萨克牛背最长肌组织为研究对象,采用荧光定量PCR技术检测了背最长肌组织中的miR-320a、miR-152、miR-143、miR-451、miR-125a表达情况。结果显示：新疆褐牛背最长肌组织中miR-320a、miR-152、miR-143、miR-451表达水平显著高于哈萨克牛,miR-125a表达水平显著低于哈萨克牛。相关性分析显示：miR-320a、miR-152、miR-143、miR-451、miR-125a与脂肪含量呈极显著正相关;miR-320a、miR-152与肉豆蔻酸含量呈显著正相关,miR-143与肉豆蔻酸含量呈极显著正相关,miR-152、miR-125a与棕榈烯酸呈显著负相关,miR-143与亚油酸呈显著负相关;miR-320a、miR-152、miR-143与失水率呈显著负相关;miR-320a、miR-143与黄度值、pH呈显著正相关;miR-320a与红度值呈显著正相关。结果表明：miR-320a、miR-152、miR-143、miR-125a表达量增加促进肌肉组织脂肪沉积,其中mi...     

利用配对RNA-seq数据筛选显著差异背膘厚度松辽黑猪背最长肌差异表达基因

本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs）,找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定,选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA,并对其进行双末端转录组测序,然后,基于edgeR包的配对方法筛选差异基因,并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因,其中,188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达,402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现,有42条显著富集通路,鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等,筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。     

基于RNA-Seq高通量测序技术对肉牛下丘脑基因表达分析及新基因挖掘研究

通过对9头不同月龄的安格斯母牛下丘脑组织进行转录组测序和生物信息学比较分析,筛选和挖掘与肉牛生长、繁殖活动相关候选基因和信号通路。通过转录组测序,进行表达基因分析、GO和KEGG富集分析以及信号通路筛选。结果显示,共获得59.74 Gb clean data,各组的样品clean data均达到6.64 Gb, Q30碱基百分比平均在94.60%及以上。有18 979个基因在所有组织中都有表达,有1 706个基因只在2个月龄段下丘脑组织中共同表达,有2 149个基因只在其中的1个月龄段下丘脑组织中表达。在所有下丘脑所表达的基因中,GO、KOG和KEGG数据库得到注释的分别为2 621,12 930和13 453个。在所有KEGG通路中,血管内皮生长因子信号通路、Notch信号通路和Hippo信号通路在各年龄段下丘脑组织中检出频率最高,说明这些信号通路可能通过下丘脑和性腺轴对母牛生殖活动产生影响。     

松辽黑猪背最长肌持水力相关基因的分析

为探讨松辽黑猪背最长肌持水力的分子遗传学机理,利用基因芯片技术对松辽黑猪群体内背最长肌持水力高和低的个体进行了转录分析,利用实时定量PCR对部分转录差异基因进行了检测。差异表达分析显示,共有657个基因显著变化;差异基因经G分类显示,主要参与脂肪细胞因子信号通路、胰岛素信号传导、氨基酸代谢、脂类代谢等生物学过程;所验证的PGM1、PPARGC1α、CXCL14基因与芯片结果基本一致。     

金华猪和长白猪背最长肌不同肌纤维类型表达差异

为揭示国内外猪种肌纤维组成差异及其对肉质的影响,本实验以肉质优良的地方品种金华猪和肉质欠佳的外来良种长白猪为研究对象,在比较了180 d两猪种胴体性能及肉质差异的基础上,利用荧光定量PCR方法探讨了两猪种背最长肌4种肌球蛋白重链(MyHC)亚型基因(Ⅰ、ⅡA、ⅡX、ⅡB)mR NA表达量在30、90、150、180 d的差异。结果表明:180 d金华猪活体重、瘦肉率、眼肌面积、滴水损失极显著低于长白猪(P<0.01);背膘厚、肌内脂肪含量极显著高于长白猪(P<0.01)。金华猪背最长肌中含有更多的氧化型肌纤维,特别是Ⅰ型肌纤维,酵解型肌纤维特别是ⅡB型肌纤维含量极显著地低于长白猪(P<0.01)。本研究初步揭示了两猪种在生长发育过程中肌纤维组成的品种差异,为进一步通过营养调控肌纤维类型及组成,进而改善肉质提供基础数据。     

不同品种绵羊背最长肌PRKAG3和LPL基因的表达差异

选取体重接近的鄂尔多斯细毛羊与昭乌达肉羊各5只,屠宰后取背最长肌检测肌内脂肪含量,用荧光实时定量PCR法检测肌肉PRKAG3和LPL基因mRNA表达水平,分析其与肌内脂肪含量的关系.结果表明,鄂尔多斯细毛羊背最长肌IMF含量显著高于昭乌达肉羊(P＜0.01);鄂尔多斯细毛羊LPL基因mRNA的表达量与鄂尔多斯细毛羊的IMF含量呈负相关(-0.44);PRKAG3基因mRNA的表达量与昭乌达肉羊的IMF含量呈负相关(-0.42),但差异均不显著;鄂尔多斯细毛羊和昭乌达肉羊背最长肌PRKAG3基因mRNA的表达量差异不显著,而鄂尔多斯细毛羊LPL基因mRNA的表达量显著高于昭乌达肉羊(P＜0.01).     

不同肉牛品种(杂交组合)背最长肌肉质特征

为评价平凉红牛肉品质特征,选择年龄、体重、体质相近及饲养管理水平相同的平凉红牛、杂交和牛及西门塔尔牛各6头,屠宰后取其背最长肌样品,对肉品质、营养成分、氨基酸和脂肪酸组成等测定和分析。结果表明：平凉红牛和杂交和牛背最长肌中的粗脂肪含量显著高于西门塔尔牛(P<0.05);杂交和牛背最长肌的失水率、熟肉率显著高于西门塔尔牛(P<0.05);杂交和牛背最长肌的剪切力显著低于西门塔尔牛(P<0.05);平凉红牛背最长肌中的必需氨基酸占总氨基酸的比例(40.15%)和必需氨基酸占非必需氨基酸的比例(67.04%)最高,特别是丙氨酸、脯氨酸、赖氨酸以及异亮氨基酸等风味氨基酸含量均显著高于杂交和牛和西门塔尔牛(P<0.05)。平凉红牛单不饱和脂肪酸含量和多不饱和脂肪酸/饱和脂肪酸值(0.15)低于杂交和牛,但n6多不饱和脂肪酸/n3多不饱和脂肪酸(n6/n3)值(4.71)较杂交和牛和西门塔尔牛更接近推荐值。从背最长肌的大理石纹、脂肪含量、脂肪酸和氨基酸组成等特征来看,平凉红牛的肉质,尤其是氨基酸组成的突出优势使其表现出良好的口感与风味,具有生产高端牛肉的潜力。     

滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析

本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。     

Whole Genome Methylation Variation Analysis of Longissimus Dorsi Between Tan Sheep and Hu Sheep

It aimed to identify the differential methylation region (DMR) and differential methylation gene (DMG) through the analysis of the genome-wide methylation difference of the longest muscle of the sheep's back of different breeds of sheep,and laid the foundation for the analysis of the differences in sheep skeletal muscle development.In this study,one-year-old sheep(Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2) were sanned by the whole genome bisulfite sequencing method(WGBS).The degree of methylation and differentially methylated region in the whole genome DNA of longissimus dorsi(LD) muscle were studied to explore the difference of DNA methylation in level in sheep.The results showed that the methylation (mC) rates of cytosine (C) were 3.55%,3.18% and 3.56% in Tan sheep,Hu sheep and Tan-Hu F2,respectively.A total of 97 731 DMRs and 10 784 related DMGs were detected.In CG,CHH and CHG sequences,the methylation levels of the three groups were not significantly different.419 GO terms and 20 related signal pathways were detected by GO and KEGG analysis,respectively,which were showed to be significantly enriched in cellular process,cell part,binding,long-term depression,and so on.Five candidate genes,ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3 and MYH10 were sreened out in muscle tissues.This study provided genome-wide methylation of pattern of three groups (Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2).The results provided reference information for the epigenetic study of Tan sheep and screened candidate genes related to muscle development and meat quality.     

规模化羊场不同肉用绵羊杂交1代育肥效果及肉品质分析

试验旨在了解萨×杜×湖F1代(萨福克公羊与杜×湖母羊杂交1代)羔羊的育肥性能和肉品质效果。选用体重一致的3月龄杜×湖F1代、萨×湖F1代、萨×杜×湖F1代公羔各9只作为不同试验组,以3月龄纯繁湖羊公羔9只作为对照组,每组3个重复,每个重复3只羊。预试期10 d,正试期50 d。对照组和不同试验组育肥羔羊日粮全部参照国家肉羊饲养标准NY T/816-2004推荐的营养需要量配制。结果表明,萨×杜×湖F1代平均日增重、经济效益均极显著高于萨×湖F1代、杜×湖F1代和纯繁湖羊(P<0.01),料重比极显著低于萨×湖F1代、杜×湖F1代和纯繁湖羊(P<0.01),其中萨×杜×湖F1代的平均日增重分别比萨×湖F1代、杜×湖F1代、纯繁湖羊提高了20.89%、30.62%和47.46%,萨×杜×湖F1代的料重比分别比萨×湖F1代、杜×湖F1代、纯繁湖羊降低了21.76%、18.11%和28.72%;萨×杜×湖F1代的净肉率、肉骨比、眼肌面积极显著高于萨×湖F1代、杜×湖F1代和纯繁湖羊(P<0.01),其中萨×杜×湖F1代的净肉率分别比萨×湖F1代、杜×湖F1代、纯繁湖羊提高了2.94%、2.79%和3.92%,萨×杜×湖F1代的肉骨比分别比萨×湖F1、杜×湖F1代、纯繁湖羊提高了27.94%、6.76%和24.90%,萨×杜×湖F1代的眼肌面积分别比萨×湖F1、杜×湖F1代、纯繁湖羊提高了24.79%、24.55%和49.46%。萨×杜×湖F1代羊肉品质与萨×湖F1代、杜×湖F1代、纯繁湖羊相比表现较好,且在羊肉营养价值方面表现也较为突出。由此可见,以萨福克公羊做父本,与杜×湖F1代母羊开展三元杂交,萨×杜×湖F1代在生长速度、饲料转化率和经济效益方面效果明显,且在羊肉品质和营养价值方面表现突出,值得肉羊生产推广利用。     

勒通绵羊肉品质分析

为研究勒通绵羊肉品质及营养成分含量,对20只(公、母各10只)12月龄勒通绵羊屠宰后进行肉质性状、常规营养成分、矿物质元素、氨基酸和重金属元素含量的测定.结果表明,勒通绵羊肉品质无显著的性别差异(P>0.05);在常规营养成分中,勒通绵羊公羊肉的灰分含量显著高于母羊肉(P<0.05),而脂肪含量显著低于母羊肉(P<0....     

绵羊GLP2R基因多态性及其与肉质性状的相关分析

为探索胰高血糖素样肽-2受体（glucagon-like peptide-2 receptor,GLP2R）基因多态性与绵羊肉质性状的相关性,试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象,采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点,根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度（Ho）、杂合度（He）和多态信息含量（PIC）。结果显示,绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变,存在3种基因型：CC、TC和TT,2种等位基因：C和T,其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中,TC基因型为优势基因型,在杜泊羊×小尾寒羊群体中,CC基因型为优势基因型;2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示,2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）,有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示,南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）;杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变,可能是影响肉质性状的潜在位点,是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。     

微卫星座位多态性与两个肉用绵羊群体眼肌性状的关系

根据绵羊18号染色体遗传连锁图谱及相关报道,选择了可能与Carwell基因连锁或与眼肌性状有关的10个高度多态微卫星基因座,研究它们与眼肌性状的关系。应用非变性聚丙烯酰胺和复合银染技术分析了这些基因座的多态性,并分别对Dorset和Suffolk与新疆细毛羊级进杂交F2代两个肉羊群体的遗传特性进行了分析。应用最小二乘拟合线性模型分析了10个微卫星基因座多态性与超声波测量的眼肌性状(眼肌面积,眼肌厚度,眼肌宽度)的关系。结果表明:(1)Dorset群体中,BM3413基因座对眼肌厚度有显著影响(P<0.05),TGLA122基因座对眼肌宽度有显著影响(P<0.05),MCMA26基因座对眼肌厚度和宽度均有显著影响(P<0.05),从而影响眼肌面积;(2)Suffolk群体中,MCM38、CSSM18、ILSTS54和BM3413对眼肌厚度和宽度同时具有影响而显著或极显著地影响眼肌面积(P<0.05或P<0.01)。同时,本研究还发现了一些显著影响绵羊眼肌面积的最有利基因型:Dor-set群体中,微卫星基因座MCMA26的基因型FN(196 bp/222 bp)和基因型EM(192 bp/220 bp);Suffolk群体中,微卫星基因座CSSM18的基因型AE(124 bp/134 bp),ILSTS54的基因型AD(130 bp/148 bp)和CD(134 bp/148bp)以及BM3413的基因型BF(190 bp/232 bp)。综合分析表明:(1)微卫星MCMA26-CSSM18区域可能为Carwell基因的存在位点,而BM3413可能是一个除Callipyge与Carwell之外新的影响绵羊后臀和眼肌性状QTL或基因的存在区域;(2)本研究发现的一些最有利基因型在今后的肉羊选育中有望作为相应群体早期辅助选择的标记基因型。     

不同产羔数绵羊性腺轴比较转录组研究

试验通过对巴美肉羊性腺轴进行转录组分析,旨在挖掘影响多羔性状的关键功能基因。分别选取双羔组巴美肉羊5只、单羔组4只,利用转录组测序（RNA-Seq）技术对下丘脑、垂体、卵巢转录组文库进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,27个样品共得到112 Gb的有效数据。差异基因分析表明,与单羔组相比,双羔组下丘脑中,上调表达基因111个,下调表达基因106个;垂体组织中,上调表达基因97个,下调表达基因142个;卵巢组织中,上调表达基因182个,下调表达基因67个。功能富集性分析表明,神经活性的配体－受体相互作用信号通路在下丘脑－垂体－卵巢性腺轴调控排卵及卵泡发育方面发挥着重要的调控作用。通过不同产羔数巴美肉羊性腺轴比较转录组研究,提供了全部的转录本信息,筛选了影响产羔数的相关功能基因,丰富和补充了绵羊基因组信息,为进一步阐明绵羊繁殖力差异的分子机制奠定基础。     

杜蒙羊肉用性能活体检测及屠宰性能对比分析

[目的] 评价杜蒙羊的肉用性能、屠宰性能及肉品质。[方法] 选取60只杜蒙羊,公母各半,于5月龄时利用超声波背膘检测仪对羊只进行活体肉用性能检测,于6月龄时对羊只进行屠宰,测定主要屠宰性能指标以及肉品质和安全性评价指标;对杜蒙羊公羊和母羊的活体肉用性能指标、主要屠宰性能指标、肉品质和安全性评价指标进行统计学分析和比较。[结果] 杜蒙羊活体肉用性能指标检测结果表明,公羊的腰肌厚度和眼肌面积显著（P<0.05）大于母羊,背膘厚度与母羊差异不显著（P>0.05）;屠宰后肉用性能指标测定结果表明,公羊的背脂厚和眼肌面积显著（P<0.05）大于母羊。屠宰性能指标测定结果表明,杜蒙羊公羊的胴体重、净肉重、宰前活重均显著（P<0.05）高于母羊,公羊的屠宰率、胴体净肉率高于母羊,但无显著（P>0.05）差异;母羊的大腿骨重、小腿骨重、大腿骨长、小腿骨长均显著（P<0.05）低于公羊,公羊和母羊的4个骨指标两两之间呈正相关,大腿骨重和小腿骨重更接近线性相关。肉品质和安全性评价指标测定结果表明,杜蒙羊公羊的肌内脂肪含量显著（P<0.05）低于母羊;公羊的胴体肌肉水分含量与母羊差异不显著（P>0.05）;公羊和母羊肌肉中的铅、铬、汞、砷元素含量均符合《农产品安全质量 无公害畜禽肉安全要求》（GB 18406.3—2001）,母羊肌肉中的铬含量和汞含量显著（P<0.05）低于公羊。[结论] 杜蒙羊公羊的活体肉用性能和屠宰性能优于母羊,母羊的肉品质优于公羊。