基于RNA-Seq测序的高、低产双黄蛋高邮鸭卵巢组织SNP筛选分析

试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据（raw reads）进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据（clean data）,70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点（转换和颠换类型）,转换类型总数极显著高于颠换类型总数（P<0.01）。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。     

高邮鸭与双黄蛋

高邮鸭是我国三大名鸭之一，属蛋肉兼用的大型麻鸭。主要分布于里下河地区高邮兴化，宝应一带，以高邮的鸭种较为典型，又因宋至清代，高邮先后为军、府、州、管辖兴化，宝应，故得名高邮鸭。     

高、低产双黄蛋高邮鸭卵巢组织差异分析

本试验以高邮鸭为研究对象,选择双黄蛋高、低产组高邮鸭各6只,颈动脉放血致死后立即采集下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织,将采集的卵巢组织通过组织切片、HE染色观察卵巢形态结构,并对双黄蛋高、低产组高邮鸭卵巢中等级卵泡进行统计对比;进行特异性标记蛋白卵泡刺激素受体(FSHR)免疫组化染色,观察两组高邮鸭卵巢阳性细胞表达情况及卵巢颗粒细胞分布;同时提取下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测FSHR基因的表达。结果显示,双黄蛋高产和低产组高邮鸭卵巢在组织结构及卵泡发育上存在明显差异,高产组卵巢上的卵泡繁密且发育良好,密布着众多小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡,各级卵泡大小差异明显;而低产组卵巢上的卵泡稀疏且发育较为迟缓,小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡数量较少。实时荧光定量PCR检测结果表明,高产组高邮鸭下丘脑、垂体、肝脏及输卵管中的FSHR基因表达量极显著高于低产组(P0.01),而卵巢中FSHR基因表达量在两组中差异不显著(P0.05)。本试验结果表明,双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢结构及卵泡发育存在显著差异,卵巢上的微环境可能是影响高邮鸭双黄蛋产蛋性能的影响因素。     

高邮鸭GNRHR基因克隆及卵巢中mRNA表达分析

为了探究GNRHR基因在双黄蛋形成过程中的作用,本研究以高邮鸭为试验素材,应用克隆测序技术获得了高邮鸭促性腺激素释放激素(GNRHR)基因的全序列,并分析该基因的结构;采用荧光定量技术检测258日龄和330日龄高、低产双黄蛋鸭卵巢组织GNRHR基因mRNA的表达量,并分析了两者之间的差异。结果表明,鸭GNRHR基因序列全长为1 944 bp,共有3个外显子和2个内含子;258日龄和330日龄,高产双黄蛋鸭卵巢GNRHR基因mRNA的表达量高于低产双黄蛋鸭的表达量(P0.05)。     

高邮鸭与金定鸭GnRHR2基因组织表达差异分析

克隆鸭GnRHR基因序列,并研究其对产蛋性能的调节作用.采用RT-PCR技术从鸭生殖轴组织总RNA中克隆GnRHR基因cDNA序列,并利用Real-time PCR技术分析GnRHR基因在不同产蛋期高邮鸭和金定鸭生殖轴组织中的表达.序列分析结果表明克隆序列长度约500 bp,属Ⅱ型GnRHR基因序列,与家鸡cGnRHR...     

高邮鸭PRL基因内含子1的SNP检测及其与产蛋性状的相关分析

利用PCR—RFLP技术对高邮鸭催乳素（Prolactin，PRL）基因内含子1进行了SNP检测和测序分析，并对该基因与高邮鸭产蛋性状的相关性进行了研究。结果表明：PRL基因内含子1存在两个Dra Ⅰ酶切位点，其中1个位点具有DraⅠ多态性。该位点由于在1326位点发生了T→C的碱基突变，产生了AA、AB和BB3种基因型。基因型BB和等位基因B的频率最高；BB基因型个体30周龄蛋重极显著高于AB基因型个体（P〈0．01）；AB基因型个体的双黄率显著高于BB基因型个体（P〈0．05）；3种基因型间产蛋数、最长连产天数和开产体重无显著差异。     

基于RNA-Seq测序的高、低产双黄蛋高邮鸭卵巢组织SNP筛选分析

试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据(raw reads)进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140～87 479 660个有效数据(clean data),70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260～116 478个SNP位点(转换和颠换类型),转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P0.01)。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。     

高邮鸭育种进展

高邮鸭是蛋肉兼用的一种大型麻鸭,已被列入国家资源保护名录。高邮鸭经过多年选育,体形外貌一致、生产性能、肉用性能、繁殖性能稳定,育种指标稳中有升,种群规模不断扩大,高邮鸭的饲养量逐年上升。高邮鸭育种,要进一步提高育种方向和目标,进一步提高其生产性能,科学利用现代家系育种和分子育种技术,培育出高邮鸭的高产配套系新品种,推进高邮鸭育种进展。     

高邮鸭家系选育效果观察

高邮鸭又称高邮麻鸭,是江苏省里下河地区劳动人民经过长期选育而成的肉蛋兼用的一种大型麻鸭,是我国优秀的水禽品种资源,在体态上保持了发育均衡的特点,具有较理想的肉蛋兼用鸭的体型。高邮鸭以其蛋肉品质优异、善产双黄蛋而驰名中外,它以独特的适应性和品质的优势而倍受鸭农的欢迎,其产品符合当今需要安全食品的消费时尚,深受市场欢迎。随着人民生活水平的提高,高邮鸭的名、特、优效应剧增,为进一步提高高邮鸭的生产性能,保持原有的优良品质,     

高邮鸭寄生蠕虫的调查

采用蠕虫学剖解法对高邮鸭寄生蠕虫的调查,发现高邮鸭寄生蠕虫的感染率达７３９１％（１７／２１）,经鉴定有２１种虫体,分隶于３纲１０科１８属,其中吸虫７科１２属１５种,绦虫１科４属４种,线虫２科２属２种。     

高邮鸭主要血浆生化指标与产蛋性状的相关分析

通过对200日龄产蛋早期的78只高邮鸭血浆总蛋白(TP)、白蛋白(ALB)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、碱性磷酸酶(ALP)、乳酸脱氢酶(LDH)、α-淀粉酶(AMY)、总胆固醇(CHO)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)和无机磷(P)共11项生化指标进行测定,研究其与产蛋性状的相关性.结果显示TP(58.25±7.83)g/L,ALB(18.16 4.23)g/L,AST(25.83±9.35)U/L,ALT(55.07±36.25)U/L,ALP(332.2±153.1)U/L,LDH(319.46±99.61)U/L,AMY(554.3±168.8)U/L,HDL-C(1.19 0.65)mmol/L,CHO(3.19±0.83)mmol/L,LDL-C(1.72 0.96)mmol/L,P(0.29 0.12)mg/mL;AST活性与开产体重呈强负相关(P＜0.01).     

高邮鸭蛋壳超微结构观察

高邮鸭蛋壳的扫描电镜观察表明,由内向外可将蛋壳分为壳膜层、乳锥层、柱状层、表面晶体层和表层。青壳蛋与白壳蛋在超微结构上存在显著差异,从而导致青壳蛋的蛋壳强度明显高于白壳蛋。     

自然感染鸭坦布苏病毒蛋鸭卵巢的病理学观察

鸭坦布苏病毒(DTMUV)感染是引起蛋鸭产蛋下降的疾病,给禽类养殖业带来极大的经济损失。本研究对DTMUV感染病鸭卵巢的病毒定位及产生的病理损伤进行观察,以了解DTMUV对病鸭卵巢的病理损伤。主要运用病理剖检、常规石蜡切片及HE染色、免疫组织化学等技术对自然感染DTMUV的病鸭进行研究。结果显示：感染蛋鸭临床表现主要以产蛋量骤然下降为特征,严重病例站立不稳,倒地抽搐,最后衰竭而死。剖检眼观病变表现为卵泡充血、出血,破裂,组织病理学变化主要是生长卵泡和成熟卵泡的颗粒细胞增生、凋亡或坏死;卵泡周围有大量空泡状细胞和小动脉增生,增生的动脉平滑肌细胞坏死,大量炎性细胞浸润;免疫组织化学检测结果显示增生的空泡状细胞为上皮细胞,DTMUV主要位于卵泡的颗粒细胞内。综上表明,DTMUV主要分布在颗粒细胞内,颗粒细胞发生增生、凋亡或坏死,导致卵泡闭锁,进而引起蛋鸭产蛋量下降,为阐明DTMUV的感染机制提供理论基础。     

高邮鸭生长发育与曲线拟合研究

为了研究高邮鸭的早期生长发育规律,本试验运用Gompertz、Logistic和Von Bertalanffy 3种非线性生长模型对高邮鸭1~10周龄生长情况进行了分析和曲线拟合。结果表明,高邮鸭早期生长迅速,3周龄时体重增加最大;3种模型均能较好地拟合高邮鸭早期生长,其中Gompertz曲线模型的拟合度为0.99902,拟合估计值与实际观测值最接近,拟合效果最佳,更适合早期生长发育较快的高邮鸭。     

不同饲养方式对鸭蛋成分和蛋黄色泽影响的研究

采用单因素试验设计,研究圈养、网上平养和放养3种不同饲养方式对鸭蛋成分和蛋黄色泽的影响。常规方法检测鸭蛋成分。结果表明：饲养方式对蛋清干物质含量有显著的影响（P〈0.05）,放养鸭的蛋清干物质含量显著低于圈养和网上平养（P〈0.05）,圈养和网上平养之间差异不显著;饲养方式对蛋黄干物质含量影响不显著（P〉0.05）,但放养组最低,圈养组稍高,网上平养组最高;饲养方式对蛋清氨基酸的绝对含量有显著的影响（P〈0.05）,放养鸭蛋的蛋清氨基酸总量低于圈养鸭和网上平养鸭（P〈0.05）,圈养鸭和网上平养鸭差异不显著;但饲养方式对蛋清各种氨基酸占氨基酸总量的比值影响较小;饲养方式对蛋黄色泽、蛋黄干物质脂肪含量和鸭蛋风味有显著的影响（P〈0.05）,放养鸭的蛋黄色泽等级和蛋黄干物质中脂肪含量显著高于圈养鸭和网上平养鸭（P〈0.05）,鸭蛋风味也优于圈养鸭和网上平养鸭;圈养和网上平养之间差异不显著;综合评价3种饲养方式的蛋鸭所产的鸭蛋,总的营养物质含量相差不大,但放养鸭蛋口感好,味道美。     

蛋氨酸水平对开产期麻鸭产蛋性能、蛋品质及卵巢形态的影响

采用单因子随机分组试验设计,设6个蛋氨酸水平(0.25%、0.30%、0.35%、0.40%、0.45%和0.50%),探讨不同蛋氨酸水平对开产期蛋鸭产蛋性能、蛋品质及卵巢形态的影响。试验选用115日龄龙岩山麻鸭1 188只,分为6组,每组6个重复,每重复33只鸭,产蛋率达到50%开始正式试验,产蛋率80%结束,试验期21 d。结果表明:各组间平均蛋重随着饲粮蛋氨酸水平的提高而增加,并且0.30%～0.50%组显著高于0.25%组(P<0.05);饲粮蛋氨酸水平对试鸭日产蛋重产生显著影响(P<0.05),且日产蛋重与蛋氨酸水平之间存在显著的二次曲线相关(P<0.05)。各组间试鸭产蛋率、料蛋比、蛋品质、卵泡和输卵管形态未有显著差异(P>0.05)。以日产蛋重为评价指标,依据二次曲线模型,开产期麻鸭饲粮适宜蛋氨酸水平为0.40%,日摄入量为560 mg/d。蛋氨酸对开产期麻鸭蛋品质及卵巢形态未产生显著影响。     

缙云麻鸭蛋品质研究

通过对100个缙云麻鸭500日龄蛋的重量、蛋黄重、蛋壳重、蛋壳颜色、蛋型指数、蛋壳厚度的相关性分析,结果显示:蛋重与蛋白重、蛋黄重呈极显著正相关,相关系数分别是0.765、0.707(P<0.01);蛋白重与蛋黄重的相关系数为0.363(P<0.01);蛋白重和蛋壳重呈极显著负相关,相关系数是-0.442(P<0.01);蛋壳厚度与蛋型指数的相关系数为-0.308(P<0.01);其他参数间的相关不显著。并建立了蛋重多元线性回归方程,为缙云麻鸭的蛋品质研究提供数据模型。     

凝结芽孢杆菌对蛋鸭产蛋性能、蛋品质及血清生化指标的影响

 试验旨在研究饲粮中添加不同水平凝结芽孢杆菌对蛋鸭产蛋性能、蛋品质及血清生化指标的影响。选取200日龄,产蛋率约80%的临武鸭240羽,随机分成4组,每组6个重复,每个重复10羽鸭,对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中分别添加100 mg/kg、150 mg/kg和200 mg/kg凝结芽孢杆菌,预试期7 d,正试期28 d。结果表明：（1）饲粮添加凝结芽孢杆菌可提高蛋鸭产蛋率、平均日产蛋量、平均蛋重和饲料转化率,但未达显著水平（P>0.05）;添加100 mg/kg和150 mg/kg凝结芽孢杆菌可显著降低产蛋鸭采食量（P<0.05）,添加200 mg/kg与各组间均无显著差异（P>0.05）;(2）饲粮添加凝结芽孢杆菌可显著降低鸭蛋蛋壳厚度（P<0.05）,当添加150 mg/kg和200 mg/kg时,差异达极显著水平（P<0.01）,凝结芽孢杆菌还可显著提高鸭蛋蛋黄颜色,蛋白高度和哈氏单位（P<0.05）;（3）芽孢杆菌对产蛋鸭血清中血糖、总蛋白、总胆固醇、甘油三脂等血清生化指标均无显著影响（P>0.05）。由此可知,饲粮中添加凝结芽孢杆菌能在一定程度上提高蛋鸭饲料转化率和产蛋性能,虽会引起蛋壳厚度降低,但不影响合格蛋率,还可提高蛋黄颜色和哈氏单位,对蛋品质有一定改善。综合考虑,蛋鸭饲粮中凝结芽孢杆菌的添加量以150 mg/kg较为适宜。