猪PRLR和FSHβ基因多态性检测及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）和卵泡刺激素β（follicle-stimulating hormone β,FSHβ）基因的多态性及其与母猪繁殖性状的关联分析。采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种共487头母猪进行了PRLR和FSHβ基因多态性检验,并采用单因子方差分析、LSD法分析不同基因型与母猪总产仔数、产活仔数、断奶窝重和断奶窝仔数等繁殖性状的相关性。结果表明,PRLR基因在大白猪和长白猪中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.717和0.548,大白猪BB基因型总产仔数显著高于AA基因型（P<0.05）,长白猪BB基因型断奶窝重显著高于AB基因型（P<0.05）;FSHβ基因在大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.804、0.760和0.789,长白猪BB基因型总产仔数和产活仔数均显著高于AB基因型（P<0.05）,呈现BB>AA>AB趋势。因此,PRLR和FSHβ基因对荣昌猪场母猪繁殖性能有一定影响,可作为母猪繁殖性能分子选育的候选参考基因。     

红眼白水貂FSHβ和NCOA1基因多态性及其与繁殖性状的相关分析

本研究旨在检测红眼白水貂促卵泡激素β(follicle-stimulating hormone beta subunit,FSHβ)和核受体辅激活蛋白1(nuclear receptor coactivator 1,NCOA1)基因多态性与繁殖性状的关系。采用单链构象多态性(SSCP)和DNA测序相结合的方法检测了红眼白水貂215个个体的单核苷酸多态性,针对红眼白水貂群体的特点建立合适的统计分析模型,利用SAS 9.4统计软件对候选基因进行多态性分析,并采用最小二乘法分析了总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,在红眼白水貂FSHβ基因上存在2个多态位点,分别为内含子1处的g.1228GA突变和外显子2处的g.1866TC突变;在NCOA1基因上存在1个多态位点,为第6外显子处g.151536TC突变。在红眼白水貂群体中,FSHβ基因的优势基因为B等位基因,NCOA1基因的优势基因为A等位基因;FSHβ基因g.1228GA位点的AA和AB基因型个体在总产仔数、产活仔数上均极显著高于BB基因型(P0.01),g.1866TC位点在总产仔数和产活仔数上呈现BBABAA的趋势;NCOA1基因的AB基因型个体的总产仔数和产活仔数均极显著高于AA基因型(P0.01);g.151536TC与g.1228GA的合并基因型对繁殖性状有显著影响(P0.05)。因此,可以利用以上突变位点对红眼白水貂的繁殖性状进行标记辅助选择研究。     

柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein, PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点：外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于...     

鸡IGF-1基因的遗传多态性与繁殖性状的相关研究

对万载康乐黄鸡、泰和乌骨鸡2个鸡种共324个样本,采用PCR-RFLP技术对胰岛素样生长因子-1(IGF-1)基因的5’端调控区进行遗传变异研究,发现该调控区的扩增产物经PstⅠ酶切后出现3种基因型(AA、AB、BB)。分析这3种基因型与其部分蛋用性状的关系发现:在泰和乌骨鸡中,这3种基因型对其开产日龄、280日龄、300日龄及500日龄产蛋量影响差异均不显著(P>0.05)。在万载康乐黄鸡中,这3种基因型在开产体重、开产日龄、开产蛋重及280日龄产蛋量表现为差异不显著(P>0.05),而在300日龄及500日龄时表现为差异显著(P<0.05)。     

ESR与NCOA1基因多态性对大白猪繁殖性能的影响

为研究ESR与NCOA1基因多态性对大白猪产仔数的影响。试验采用PCR-RFLP技术检测基因多态性,并分析基因型与母猪的产仔数的关系。结果两个基因都检测到了3种基因型。分析发现经产母猪中ESR基因BB型个体的健仔数比AA型个体多0.31头,经产母猪NCOA1基因AB型个体的死胎比AA型多0.10头。经产母猪中合并基因型AAAB型的活仔数和健仔数比AAAA型多0.49和0.48头;而ABAA型个体的活仔数和健仔数比AAAA型多0.27和0.14头。结果表明,ESR和NCOA1基因对大白猪的繁殖性状有一定的影响。     

郏县红牛TAFA1基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨TAFA趋化素样家族成员1（TAFA1）基因多态性与郏县红牛生长的关联性。试验共采集了79头郏县红牛成年母牛的血样并提取基因组DNA,利用直接测序法对TAFA1基因上的错义突变SNP rs137516577进行基因型分型,并与郏县红牛体高、体长、胸围、腰角宽、坐骨端宽、尻长、十字部高、荐高、胸深、胸宽、体重等11个生长和体尺性状进行关联分析。同时根据“Animal Omics Datebase”数据库对TAFA1基因的组织表达情况进行分析。结果发现该SNP与体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重等性状显著相关（P<0.05）,且GC型个体体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重均显著高于GG型（P<0.05）。TAFA1基因在牛大脑组织中表达量最高。结果表明,TAFA1基因上错义突变SNP rs137516577与郏县红牛生长性状相关,可作为郏县红牛生长性状的分子标记。     

猪繁殖性状相关基因的多态性研究进展

猪繁殖性状属于低遗传力性状,且受到多个基因的调控。调控猪繁殖性状的主效基因有雌激素受体基因、卵泡刺激素基因、催乳素受体基因和视黄醇结合蛋白-4基因等,本文对这些基因的多态性研究进展作一综述,以期为利用单核苷酸多态性实现母猪早期选留的研究和实践提供参考。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

四川牦牛UCP1基因遗传多态性及其与肉品质性状的关联分析

四川牦牛(Bos grunniens,yak)主要分布于我国海拔3 000～5 000 m的高原地区,以肉质细嫩、味美可口、低脂肪、高蛋白而受到国内外消费者的欢迎。牦牛全身都是宝,藏族人民的衣食住行都离不开它。解偶联蛋白1(uncoupling protein 1,UCP1)是棕色和米色脂肪细胞特异性表达的一种产热线粒体蛋白,通过线粒体中的电子传递链参与底物氧化和ATP分解进程,从而产生热量并为机体供能。本课题组前期通过组学分析发现：UCP1基因可能对脂质代谢具有重要调控作用。因此,本试验拟以四川牦牛为研究对象,探讨UCP1基因在四川牦牛群体中的遗传多态性,分析四川牦牛肉品质性状相关的潜在遗传标记位点。结果显示,UCP1基因的内含子4和外显子5中共发现4个SNPs位点,其中I4-769 G>A位点的AA型的背最长肌红度显著高于GG型;在I4-836 C>T位点中CC型的背最长肌红度和黄度显著高于CT型;E5-26 C>G位点的CC型的背最长肌亮度显著低于CG型,而CC型背最长肌红度和黄度显著高于CG型;E5-59 A>G位点的GA型的背最长肌24 h时的pH值显...     

4个主效基因与英系长白猪繁殖性能的相关性分析

为寻找有效的分子标记用于英系长白猪辅助育种进而提高其繁殖性能,在英系长白猪群（169头）中采用PCR-RFLP技术,进行雌激素受体（estrogen receptor,ESR）、视黄醛结合蛋白（retinol binding protein 4,RBP4）、瘦素（leptin,LEP）和促卵泡素亚基β（follicle-stimulating hormone β,FSHβ） 4种与繁殖性状相关基因的基因型频率检测,利用SPSS 19.0统计软件,采用最小二乘法将各基因不同基因型与总产仔数、产活仔数、断奶窝重、断奶头数进行了相关分析。结果显示,ESR、RBP4、LEP基因均以A为优势等位基因,FSHβ基因以B为优势等位基因,其中LEP、FSHβ基因多态位点符合Hardy-Weinberg平衡定律（P>0.05）,而ESR、RBP4基因多态位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）;LEP基因在长白猪母猪中表现为BB基因型为有利基因型,其总产仔数、产活仔数、断奶头数分别比AB基因型高1.3219、1.6855、1.1710头（P<0.05）;FSHβ基因中AA基因型为不利基因型,BB基因型断奶窝重比AA基因型高5.1129 kg（P<0.05）;ESR、RBP4基因对长白母猪繁殖性能均无显著影响（P>0.05）,而LEP、FSHβ基因可能作为有价值的候选基因应用于英系长白猪的分子标记辅助选择。     

The Association Analysis Between 4 Major Genes and Reproductive Traits in British Landrace Pigs

The purpose of this study was to identify candidate genes associated with reproduction traits and explore the available molecular marker in British Landrace pig breed. The PCR-RFLP technique was applied to analyze the distribution of estrogen receptor (ESR), retinol binding protein 4 (RBP4), leptin (LEP) and follicle-stimulating hormone β (FSHβ) genes in British Landrace pigs. The genetic effects of ESR, RBP4, LEP and FSHβ on the reproductive traits included total number born, number born alive, weaning weight of litter, weaning piglet, which were analyzed by using least square method of SPSS 19.0 software. This results demonstrated that A was dominant allele in ESR, RBP4, LEP genes, and B was dominant allele in FSHβ gene. The result of χ² test showed that the polymorphic sites of LEP, FSHβ genes were fit with Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05), while this site of ESR and RBP4 were not fit with Hardy-Weinberg equilibrium (P<0.01). In addition, the statistical analysis indicated that the total number born, number born alive and number of alive weaning litter with BB genotype of LEP were higher than AA genotype, which were significantly increased by 1.3219, 1.6855 and 1.1710 (P<0.05), respectively;The FSHβ loci had a remarkable effect on reproductive performance, the average weaning weight with BB genotype was significantly higher than AA genotype, which was significantly increased by 5.1129 kg (P<0.05). The ESR and RBP4 loci had no significant effect on reproductive traits (P>0.05), while the LEP and FSHβ genes were valuable candidates for possible marker-assisted selection in British Landrace pigs population.     

乌珠穆沁羊DGAT1、NR6A1、MAN1A1基因多态性与其生长性状的关联分析

试验旨在探究甘油二酯酰基转移酶（diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1）基因g.13504098 C>T位点、核受体辅抑制子1（nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1）基因g.11204707 A>C位点和α-甘露糖苷酶（alpha-mannosidase,MAN1A1）基因g.18795097 C>T位点的多态性与乌珠穆沁羊生长性状之间的关系,为高产乌珠穆沁羊分子选育提供新的遗传标记。运用Sequenom MassARRAY^®SNP技术对乌珠穆沁羊DGAT1、NR6A1和MAN1A1基因的3个多态位点g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T进行检测,同时利用线性混合模型分析基因型与其4、6月龄生长性状的关联性。结果显示,在这3个位点中均检测到3种基因型,具体为：g.13504098 C>T位点的基因型为：CC、CT和TT,优势基因型为CC （0.49）,优势等位基因为C （0.70）;g.11204707 A>C位点的基因型为：AA、CA和CC,优势基因型为AA （0.54）,优势等位基因为A （0.73）;g.18795097 C>T位点的基因型为：CC、TC和TT,优势基因型为TC （0.51）,优势等位基因为C （0.55）。卡方检验显示,g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T位点在乌珠穆沁羊群体中均处于哈代-温伯格（Hardy-Weinberg）平衡状态（P>0.05）。群体遗传学分析表明,这3个位点在乌珠穆沁羊种群中属于中度多态性（0.25<PIC<0.50）。关联分析结果显示,g.13504098 C>T位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体重、体高、胸围、管围及6月龄的胸宽均呈极显著相关（P<0.01）;g.11204707 A>C位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体高、体斜长及4月龄的体重、6月龄的胸围均呈极显著相关（P<0.01）,与6月龄的体重、管围均呈显著相关（P<0.05）;g.18795097 C>T位点与乌珠穆沁羊4月龄的体高、6月龄的胸围均呈极显著相关（P<0.01）,与4月龄的体重、胸围以及6月龄的胸宽均呈显著相关（P<0.05）。综上所述,DGAT1基因g.13504098 C>T、NR6A1基因g.11204707 A>C和MAN1A1基因g.18795097 C>T位点多态性与乌珠穆沁羊群体部分生长性状具有显著的关联性,可以作为乌珠穆沁羊遗传选育的候选分子标记。     

ADCY3和IGF1基因结构变异与香猪繁殖性状的关联分析

试验旨在研究卵巢类固醇生成信号通路中腺苷酸环化酶3（adenylatecyclase 3,ADCY3）、胰岛素样生长因子1（insulin like growth factor 1,IGF1）基因结构变异的遗传多样性及其与香猪母猪繁殖性状的相关性。采用PCR技术对269头香猪进行ADCY3和IGF1基因结构变异研究,利用在线软件计算遗传杂合度（He）、遗传纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）,并利用单因素方差分析、LSD法分析不同基因型与初产和经产香猪的总产仔数、产活仔数、初生重及乳头数等繁殖性状的关联性。结果显示,2个结构变异ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302在香猪群体中均存在多态性,均有3种基因型：DD、DI和II,2种等位基因：D和I。其中,ADCY3-I₁-sv506中DI基因型为优势基因型（0.569）,D为优势等位基因（0.601）;IGF1-I₃-sv302中II基因型为优势基因型（0.717）,I为优势等位基因（0.816）。ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302多态信息含量（PIC）均为中度多态（0.25<PIC<0.5）,杂合度分别为0.479和0.300。关联性分析结果发现,ADCY3-I₁-sv506位点DD基因型个体的初产和经产母猪总产仔数显著高于II基因型个体（P<0.05）;IGF1-I₃-sv302位点II基因型个体的初产、经产母猪总产仔数和经产母猪产活仔数均显著高于DI基因型型个体（P<0.05）。结果表明,2个结构变异位点ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302与香猪母猪的繁殖性能有直接关联,可作为香猪母猪繁殖性能选育的候选分子标记。     

鸡GPC1基因外显子8的SNPs与部分免疫性状的相关性分析

采用PCR-SSCP对12个不同鸡种glypican-1(GPC1)基因外显子8的单核苷酸多态性进行检测,同时检测如皋鸡、安卡鸡和文昌鸡3个鸡种56日龄的5个免疫性状,进一步分析SNP位点与免疫性状的关系。结果表明:12个鸡种中均出现3种带型,存在g.155 C>A错义突变,引起苏氨酸突变为精氨酸。12个鸡种群中,AA、AB和BB基因型平均频率分别为0.259、0.545和0.211;平均观察杂合度为0.466,平均Shannon信息指数为0.671。除乌骨鸡、大骨鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余群体均处平衡状态。基于该位点构建的UPGMA聚类图将12个鸡种分为3大类,反映了12个鸡种在抗性方面存在的差异。经过关联分析,如皋、安卡鸡中AB型个体的IL-1浓度、H/L值与BB型存在显著差异,与AA型差异不显著;在其他免疫性状中各基因型之间均无显著差异。安卡鸡的一般抗性总体低于如皋鸡和文昌鸡。     

鸡Nramp1基因多态性与部分免疫指标相关性分析

随机选取同期孵化出雏的中国地方鸡种如皋鸡和引进隐性白羽鸡72只和55只,测定部分免疫性状。利用PCR-SSCP技术检测如皋鸡和隐性白羽鸡Nramp1基因第9外显子的多态性,并对不同基因型与免疫性状进行相关分析。结果表明:如皋鸡与隐性白羽鸡H/L、淋巴细胞转化率和IgM含量均差异显著(P<0.05)。如皋鸡AA型的H/L显著低于BB型和AB型(P<0.05),而AA型的淋巴细胞转化率和IgM含量显著高于BB型(P<0.05)。隐性白羽鸡各基因型对免疫指标的影响与如皋鸡的趋势相同。该研究结果初步显示,如皋鸡的综合免疫性能优于隐性白羽鸡,AA基因型的综合免疫性能优于AB型和BB型。     

促卵泡激素受体基因第2内含子多态性对如皋黄鸡繁殖性状的遗传效应分析

试验以260只如皋黄鸡为素材,采用飞行质谱技术对位于促卵泡素受体(follicle stimulate hormone receptor,FSHR)基因第2内含子的3个SNPs位点进行检测,并对其与繁殖性状的相关性进行了分析。结果表明,C+29329A突变对开产日龄、开产蛋重及40周龄蛋重有显著影响(P<0.05);而C+30582G只与40周龄总产蛋数呈显著相关(P<0.05);G+51411A则对开产日龄、开产体重及40周龄总产蛋数有显著影响(P<0.05)。研究结果显示,FSHR基因有望成为选育高产蛋鸡的分子标记,辅助选育、开发中国地方鸡品种资源。