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相似文献
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1.
为探究山羊白介素10(interleukin 10,IL-10)基因的序列特征及在组织中的相对表达情况,试验采用PCR法扩增并克隆金堂黑山羊IL-10基因,用DNAMAN、DNAStar、ExPASy等生物信息学软件进行序列分析,运用实时荧光定量PCR法检测IL-10基因在金堂黑山羊不同组织中的表达情况。结果显示,金堂黑山羊IL-10基因序列长为379bp,开放阅读框为276bp,编码91个氨基酸残基。IL-10蛋白二级结构中含有α-螺旋、β-转角和无规则卷曲,分别为76.92%、2.20%和20.88%。IL-10蛋白三级结构模型与人IL-10(1ilk.1.A)基因同源性最高(86.81%)。系统进化分析结果发现,金堂黑山羊IL-10基因与挪威山羊IL-10基因亲缘关系最近。实时荧光定量PCR检测发现,在金堂黑山羊肺脏中IL-10基因表达水平显著高于脾脏、心脏、肌肉和肾脏(P0.05),在肾脏中IL-10基因表达水平显著高于脾脏、心脏和肌肉(P0.05),在脾脏、心脏和肌肉中IL-10基因表达水平较低,但差异不显著(P0.05)。本试验结果揭示了IL-10基因具有高度的保守性,可能参与调控山羊的免疫应答反应。  相似文献   

2.
为了解γ干扰素(IFN-γ)基因在金堂黑山羊体内的表达情况,采用RT-PCR法克隆金堂黑山羊IFN-γ基因,用ExPASy网站对其蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统发育进化树,最后采用荧光定量PCR法检测了IFN-γ基因在健康金堂黑山羊5个组织器官中的表达情况。结果表明:金堂黑山羊IFN-γ基因长580 bp,蛋白质编码区(CDS区)为519 bp,共编码172个氨基酸,氨基酸序列有13个磷酸化位点,在第39位和第106位有2个糖基化位点,三级结构以α-螺旋为主,中间均匀夹杂着无规则卷曲,金堂黑山羊IFN-γ是一种带正电荷的不稳定的亲水性蛋白质;金堂黑山羊与山羊、绵羊、野水牛IFN-γ基因的开放阅读框(ORF)序列同源性均为98%;实时荧光定量PCR检测到IFN-γ在健康金堂黑山羊各组织器官中表达量不同,在脾脏中的相对表达量最高,在心脏和肌肉中几乎没有表达。说明IFN-γ基因较为保守,可能参与山羊的免疫应答反应。  相似文献   

3.
为了探究山羊C-X-C趋化因子受体1(C-X-C motif chemokine receptor 1,CXCR1)基因的特点,试验以金堂黑山羊脾脏cDNA为模板克隆了CXCR1基因,借助生物信息学软件及在线软件分析序列,并采用实时荧光定量PCR方法检测CXCR1基因在金堂黑山羊脾脏、肺脏、肌肉、心脏和肠的5个组织中的相对表达量。结果表明:克隆得到的CXCR1基因序列全长为1 140 bp,完整CDS编码区长1 107 bp,共编码368个氨基酸;所得氨基酸序列与牛进行比对,两者同源性为96.8%;编码蛋白为带正电荷、具有疏水性的稳定蛋白;有7个跨膜结构和32个磷酸化位点,无信号肽;二级结构中α-螺旋比例最高,为54.35%;获得的三级结构模型与人的CXCR1蛋白(PDB:2lnl.1.A)同源性最高,为81.49%;氨基酸比对结果与系统进化树结果相近,金堂黑山羊与牛的亲缘关系最近;CXCR1基因主要表达于肌肉和心脏。说明CXCR1基因可能在山羊肌肉发育相关的信号通路中发挥作用。  相似文献   

4.
《畜牧与兽医》2017,(8):10-15
为探究Kiss-1和GPR54基因在山羊季节性繁殖中的作用,分别在四川省金堂县和理县各选取5只10月龄处于发情前期的藏山羊和金堂黑山羊为研究对象,对Kiss-1和GPR54基因编码区进行序列及组织表达分析。结果显示:金堂黑山羊和藏山羊Kiss-1基因编码区均长408 bp,编码135个氨基酸,两品种间存在2处同义突变。GPR54基因编码区均长244 bp,编码81个氨基酸,两品种间存在1处同义突变;金堂黑山羊Kiss-1和GPR54基因CDs区核苷酸序列与藏山羊的同源性分别为99.5%、99.6%;Kiss-1和GPR54基因在两品种山羊的卵巢、子宫、输卵管、垂体中均有表达,但只有Kiss-1基因在金堂黑山羊垂体中的表达量显著高于藏山羊(P0.05),而在其他组织品种间差异不显著(P0.05)。提示:Kiss-1基因可能参与调控山羊季节性繁殖,而GPR54基因是否是引起季节性繁殖的原因还有待进一步研究。  相似文献   

5.
为探究金堂黑山羊主要组织相容性复合体II类基因(MHC class II DQ-beta 1 chain gene,DQB1)的结构与功能,及其组织表达特征。本研究采用PCR扩增DQB1基因并对其进行生物信息学分析,同时采用荧光定量PCR技术检测其在金堂黑山羊不同组织中的转录情况。结果显示:金堂黑山羊DQB1基因长度为786 bp,编码261个氨基酸。同源性分析显示金堂黑山羊DQB1基因与8个物种的相应基因同源性均达到85%以上,表明DQB1基因具有较高的保守性。荧光定量PCR结果显示,该基因在金堂黑山羊心脏组织中转录水平显著高于其在脾、肌肉、肠的转录水平(p0.01),表明DQB1基因在不同组织中的转录水平存在一定差异。本研究为进一步探究DQB1的免疫功能提供参考依据。  相似文献   

6.
《畜牧与兽医》2016,(5):66-70
山羊产羔数是影响山羊产业的重要性状,因此高产羔数是增加经济效益的有效方式。本文旨在筛选出影响高繁金堂黑山羊多胎主效基因,并探讨影响这两品种山羊多羔性状的分子调控机制。以发情前期的5只高繁金堂黑山羊和5只低繁藏山羊的卵巢组织为材料,提取总RNA,通过RT-PCR技术合成c DNA,采用实时荧光定量PCR技术,检测金堂黑山羊和藏山羊卵巢组织BMP15、GDF9和BMPR1B基因表达量。金堂黑山羊和藏山羊GDF9和BMPR1B基因mRNA在卵巢中的表达量差异不显著,而BMP15基因mRNA在卵巢中的表达量差异显著(P0.05)。说明卵巢中BMP15基因的表达量与金堂黑山羊多羔性状相关。  相似文献   

7.
为探究FAS基因在贵州黑山羊各组织中的表达情况,试验参考山羊FAS基因CDS区序列设计合成特异引物,利用PCR技术扩增贵州黑山羊FAS基因CDS区序列并进行生物信息学分析,利用qRT-PCR检测FAS基因在贵州黑山羊各组织中的表达量。结果:贵州黑山羊FAS基因CDS区全长981 bp,编码326个氨基酸,分子式为C2958H4937N981O1221S195;其核苷酸序列与绵羊同源性最高,蛋白二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成;FAS基因在贵州黑山羊各组织中均有表达,表达量依次为脂肪>背最长肌>肺脏>大肠>脾脏>肾脏>腿肌>心脏>肝脏>小肠。结论:FAS基因在贵州黑山羊脂肪组织中表达量最高,对贵州黑山羊脂肪形成具有重要调控作用。  相似文献   

8.
为了研究Wnt6基因在简州大耳羊不同器官组织中的表达水平,试验采用RT-PCR方法克隆山羊Wnt6基因序列,采用荧光定量PCR技术检测该基因在各器官组织中的表达情况。结果表明:获得山羊Wnt6基因序列1 120 bp(Gen Bank登录号为KU950833),其中CDS为1 098 bp,5'UTR16 bp和3'UTR 6 bp,编码365个氨基酸,存在1个信号肽剪切位点,跨膜序列为7~29位氨基酸。氨基酸同源性比较发现,山羊Wnt6与绵羊和牛的同源性最高达99%;山羊Wnt6基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脂肪、背最长肌、股二头肌、臂三头肌中存在广泛表达,且在脂肪组织中的表达水平极显著高于其他器官组织(P0.01)。  相似文献   

9.
《畜牧与兽医》2016,(1):47-51
根据绵羊β-1,4-N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(B4GALNT2)(登录号:KC175557)的mRNA序列设计引物,通过RT-PCR技术对高繁金堂黑山羊和单胎藏山羊卵巢组织B4GALNT2基因c DNA进行克隆、序列分析;采用Real-time PCR技术对发情前期山羊卵巢、子宫、输卵管、垂体、肝脏组织中的B4GALNT2基因的表达进行研究。结果表明:山羊B4GALNT2基因编码区全长为1 521 bp,共编码506个氨基酸,2个品种间有6处碱基差异,导致4处氨基酸差异。B4GALNT2基因mRNA在2个山羊品种卵巢、子宫、输卵管、垂体、肝脏中均有表达,在金堂黑山羊子宫和输卵管的表达量显著高于藏山羊(P0.05)。说明B4GALNT2基因在动物进化中比较保守,与山羊多羔性状的相关性有待进一步研究。  相似文献   

10.
为了研究山羊RF酰胺相关肽(RFRP)与繁殖性状的相关性,试验采用RT-PCR技术和q PCR技术对山羊RFRP c DNA进行克隆、序列分析和组织表达研究。结果表明:金堂黑山羊RFRP基因编码区全长537 bp,编码179个氨基酸; RFRP基因编码区核苷酸序列与山羊、绵羊、牛、野猪、人、褐家鼠和小鼠的同源性为72. 5%~100%;利用NJ法以序列编码区构建物种间分子系统进化树,聚类结果符合动物学分类结果。常年发情的多羔金堂黑山羊垂体RFRP基因表达量显著低于季节性发情、单胎藏山羊(P0. 05),但其他组织的表达量在品种间无显著差异(P0. 05);垂体和卵巢中RFRP基因表达量显著高于子宫和输卵管(P0. 05)。说明RFRP可能是影响山羊季节性发情、排卵活动的重要因素之一。  相似文献   

11.
旨在克隆猪作用于RNA的腺苷脱氨酶2基因(ADAR2)全长cDNA序列,同时对该基因在猪不同组织中的表达规律进行探索.利用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)对大白猪ADAR2基因mRNA全长序列进行克隆,并进行生物信息学分析;用荧光定量PCR方法检测35日龄大白猪心、肝、肺、肾...  相似文献   

12.
【目的】对关中奶山羊成纤维细胞生长因子2(fibroblast growth factor 2,FGF2)基因进行克隆及生物信息学分析,并检测其在山羊各组织中的表达差异,为后续探究该基因的功能奠定基础。【方法】以关中奶山羊乳腺cDNA为模板,采用RT-PCR技术扩增并克隆关中奶山羊FGF2基因完整CDS区序列,进行相似性比对、系统发育树构建及生物信息学分析;运用实时荧光定量PCR方法检测FGF2基因在关中奶山羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、肺脏、乳腺和卵巢组织中的表达情况。【结果】关中奶山羊FGF2基因编码区长468 bp,可编码155个氨基酸,分子质量为17.26 ku,理论等电点为9.58,其中含量最高的是甘氨酸,占10.3%。相似性比对结果表明,关中奶山羊FGF2氨基酸序列与人、牛、马、兔、绵羊、虎鲸和野猪的相似性分别为98.7%、99.4%、100.0%、98.7%、99.4%、99.4%和62.6%。系统进化树显示,FGF2基因在不同物种间具有高度保守性,与马的亲缘关系最近。关中奶山羊FGF2蛋白不稳定指数为38.39,属于稳定亲水性蛋白质,不含跨膜结构和信号肽;FGF2蛋白二级结构含有α-螺旋、β-转角、延伸链、无规则卷曲,分别占比10.32%、14.19%、30.97%、44.52%。蛋白质互作预测分析显示,FGF2蛋白与FGFR、KDR、FGF1、FGFR4、MET和FGFR1等与乳腺生长发育相关的蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR检测到关中奶山羊FGF2基因在心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、肺脏、乳腺和卵巢中均有表达,在乳腺中表达水平最高,其次为卵巢,在背最长肌中的表达水平最低。【结论】关中奶山羊FGF2基因CDS区序列长468 bp,编码155个氨基酸,为亲水蛋白,二级结构以延伸链和无规则卷曲为主。FGF2基因在关中奶山羊泌乳高峰期的不同组织中均有表达。本试验结果为进一步探究FGF2基因在关中奶山羊乳腺发育中的作用及其具体功能提供了参考。  相似文献   

13.
To explore the genetic diversity and origin for genetic resource protection of Huili Black goat, the mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop was investigated. mtDNA D-loop sequences of 41 goats were analyzed by PCR, sequencing techniques, and biological information and the phylogenetic trees were constructed. The mtDNA sequences of the Huili Black goat ranged from 1211 to 1213 bp, and 2 sequences were 1211 bp, 29 sequences 1212 bp, and 10 sequences 1213 bp. The content of A+T (60.1%) was higher than one of G+C (39.9%). There were 9 haplotypes, and the haplotype diversity was 0.842+0.00368. The nucleotide diversity was 0.01542+0.00034. The phylogenetic analysis showed that Huili Black goat was distributed in a branch, and were closed to Jianchang Black goat, Chengdu Ma goat, Jintang Black goat, Guizhou White goat, Guizhou Black goat, but they were less related to Capra falconeri. Huili Black goats had rather abundant genetic diversity, and were greatly affected by other goat breeds in history.  相似文献   

14.
In order to enrich basic date in goat (Capra hirus) CMKLR1 gene and investigate the correlation between CMKLR1 gene expression and intramuscular fat (IMF) content in muscles, the CMKLR1 gene was cloned from the goat of subcutaneous adipose tissue by RT-PCR, characterized by bioinformatics methods. The expression profiles of CMKLR1 gene of goat in various tissues were constructed liver was benchmark, the GAPDH (GenBank accession No.: AJ431207.1) as a reference gene.Then, the correlation between CMKLR1 mRNA expression and IMF content in muscles was analyzed. The results showed that the CMKLR1 gene CDS of goat (GenBank accession No.: KT165374) was 1 089 bp. Real-time PCR indicated that CMKLR1 was widely expressed in various tissues, including heart, liver, spleen, lung, kidney, adipose, longissimus dorsi, biceps femoris and triceps brachii, and was the highest in lung (P< 0.05). Similar expression variation trend of CMKLR1 was observed between the muscles from 1 to 3 and 24 months old goat, and was the highest in biceps femoris. Reversely, in 8 to 10 months old CMKLR1 was the highest in triceps brachii. The IMF of longissimus dorsi from 24 months old was the highest. Correlation analysis demonstrated that different correlations were observed between expression of CMKLR1 mRNA and IMF content in longissimus dorsi, biceps femoris, and triceps brachii in goat. The CMKLR1 gene did not participate in the deposition of IMF in goats. The research built the theoretical basis for further studies about the CMKLR1 gene.  相似文献   

15.
试验旨在克隆山羊CMKLR1基因序列并进行生物信息学分析,研究其表达与肌内脂肪(IMF)沉积的相关性。采集山羊皮下脂肪组织,应用RT-PCR克隆山羊CMKLR1基因序列;以GAPDH(GenBank登录号:AJ431207.1)为内参基因,实时荧光定量PCR检测其在山羊不同组织中的表达量及在肌肉组织中的时序表达谱(以肝脏表达量为基准);测定肌肉组织中的IMF含量,分析其与CMKLR1 mRNA表达量的相关性。结果显示,克隆获得了山羊CMKLR1基因,1 089 bp的CDS区,GenBank登录号:KT165374。实时荧光定量PCR分析显示,CMKLR1基因在24月龄山羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脂肪、背最长肌、股二头肌和臂三头肌中均存在不同程度的表达,其中在肺脏中表达量显著高于其他组织(P< 0.05);CMKLR1基因在1~3和24月龄的山羊背最长肌、臂三头肌和股二头肌中表达趋势相同,均是在股二头肌中表达量最高,而8~10月龄则是在臂三头肌中表达量最高。山羊IMF含量以24月龄背最长肌含量最高。山羊背最长肌、股二头肌和臂三头肌中CMKLR1 mRNA表达与IMF含量相关性不显著(P> 0.05)。CMKLR1基因不参与山羊IMF沉积作用,试验结果为进一步研究CMKLR1基因奠定理论基础。  相似文献   

16.
研究旨在克隆和分析延边牛过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)基因,并探讨其在延边牛不同组织中的表达规律。参考GenBank数据库中牛PPARγ的序列(登录号:NM_181024.2)设计引物,以18月龄延边牛为试验对象,利用RT-PCR克隆得到延边牛PPARγ基因,利用NCBI中的BLAST程序与其他物种进行相似性分析并构建系统进化树;用生物信息学软件分析其核苷酸序列及其编码蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构等;用实时荧光定量PCR检测延边牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、皮下脂肪、肌肉8个组织中PPARγ基因的相对表达水平。结果显示,延边牛PPARγ基因CDS区序列为1 620 bp,相似性比对和系统进化树结果显示,与黄牛的亲缘关系最近,相似性为99.9%,与鸡的亲缘关系最远,相似性为82.1%;该基因编码505个氨基酸,无信号肽和跨膜结构域,为亲水性蛋白,主要分布在细胞核和细胞质中;延边牛PPARγ蛋白二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,存在53个潜在的磷酸化位点,24个O-糖基化位点;实时荧光定量PCR结果显示,延边牛PPARγ基因在脾脏、皮下脂肪、肝脏中表达量显著高于心脏(P<0.05),肺脏、肾脏、肌肉和小肠中表达量显著低于心脏(P<0.05)。以上试验结果可为进一步研究PPARγ基因的功能提供借鉴。  相似文献   

17.
为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量,本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端,利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示,试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025 bp和C端1 300 bp序列,与GenBank中猪BLM基因序列(登录号:NM_001123084.1)同源性为100%;生物信息学软件预测显示,猪BLM基因序列长度为4 316 bp,包含4 280 bp的开放阅读框,编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链;氨基酸序列比对发现,猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高(85%);结构域预测表明,猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域;系统进化树分析表明,猪BLM基因与牛亲缘关系最近;实时荧光定量PCR结果显示,以心脏为对照,BLM基因在从江香猪各组织中均有表达,其中在睾丸中的相对表达量最高,其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠,在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织(P<0.01);BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织(P<0.01;P<0.05),提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。  相似文献   

18.
本研究旨在克隆西农萨能奶山羊SERPINA1基因的CDS区,采用生物软件和在线预测工具进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR技术检测SERPINA1基因在西农萨能奶山羊各组织间mRNA的表达水平。根据GenBank中山羊SERPINA1基因CDS区序列(登录号:XM_018066209.1),利用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物,RT-PCR扩增目的基因,构建原核表达载体测序后对序列进行生物信息学分析;采集西农萨能奶山羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、乳腺、肾脏、肌肉、瘤胃和小肠组织,提取组织RNA,反转录为cDNA模板,设计特异性定量引物,进行实时荧光定量PCR,检测SERPINA1基因在不同组织中的表达差异。结果显示,西农萨能奶山羊SERPINA1基因CDS区全长1 326 bp,编码441个氨基酸;同源性比对分析显示,西农萨能奶山羊与山羊、绵羊、牛和小鼠SERPINA1基因核苷酸序列同源性分别为100%、98.6%、95.7%和71.6%,与山羊亲缘关系最近,其次是绵羊。SERPINA1蛋白分子质量为48.71 ku,等电点为5.71,为跨膜亲水蛋白;SERPINA1氨基酸序列分别有62个磷酸化位点,3个跨膜区结构。组织表达分析显示,SERPINA1基因在西农萨能奶山羊肝脏组织中显著高表达(P<0.05),其次是乳腺组织,在肺脏组织中表达量最低。研究结果为进一步探究SERPINA1基因在奶山羊乳蛋白合成代谢中的作用提供理论依据。  相似文献   

19.
试验旨在分析Bcl-2与Bax基因的序列特性,并分析其在母牦牛生殖轴上的表达特点,为探讨其在牦牛繁殖活动中的调控作用奠定基础。试验采集健康母牦牛与母黄牛下丘脑、垂体、卵巢、输卵管及子宫组织样品,通过RT-PCR扩增并克隆Bcl-2与Bax基因,并采用生物信息学软件进行序列分析;利用实时荧光定量PCR法检测Bcl-2与Bax基因在牦牛与黄牛不同组织中的表达差异。结果表明,牦牛Bcl-2编码区全长690 bp,编码229个氨基酸;与黄牛Bcl-2基因核苷酸序列同源性最高,为99.86%,其次是山羊、绵羊,同源性分别为98.41%、97.97%;系统进化树表明,牦牛与黄牛亲缘关系最近。牦牛Bax基因编码区全长579 bp,编码192个氨基酸,与黄牛、藏山羊和金堂黑山羊同源性较高,分别为99.83%、99.48%和99.48%,其次是绵羊、马、人,同源性分别为99.14%、95.34%、94.30%;系统进化树表明,牦牛与黄牛亲缘关系最近。Bcl-2和Bax蛋白不存在信号肽,均为酸性不稳定的疏水蛋白。Bcl-2与Bax基因在黄牛及牦牛下丘脑、垂体、卵巢、输卵管和子宫组织中均有表达,其中牦牛卵巢、子宫中Bcl-2基因表达量分别显著和极显著高于黄牛(P<0.05;P<0.01);牦牛子宫、输卵管中Bax基因表达量显著高于黄牛(P<0.05),牦牛卵巢中Bcl-2/Bax比值极显著高于黄牛(P<0.01),子宫和垂体中显著高于黄牛(P<0.05)。表明Bcl-2与Bax在动物进化中非常保守且在繁殖活动中起重要作用,牦牛卵巢、子宫、输卵管和垂体中的高表达量可能与牦牛处于极端恶劣环境的细胞抗凋亡作用有关。  相似文献   

20.
试验旨在克隆山羊组织蛋白酶L(cathepsin L,CTSL)基因,并进一步探讨该基因结构与功能的关系,揭示其组织表达规律。本研究以天府肉羊为试验材料,运用同源序列克隆技术,对山羊CTSL基因进行克隆,并对其进行生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,山羊CTSL基因编码区(CDS区)长1005 bp,共编码334个氨基酸;山羊CTSL氨基酸与绵羊的同源性最高(99.10%),其次是牛(96.71%)、猪(90.12%)、人(76.95%)、大鼠(76.12%)、小鼠(75.82%)、青鳉鱼(66.17%)和斑马鱼(61.42%);经预测山羊CTSL可能含有1个Inhibitor_129结构域和1个Pept_C1结构域;山羊CTSL基因在11个组织中均有表达,但在肺脏和肾脏中的表达量显著高于在心肌、肝脏、脾脏、胸肌、腹肌、腿肌、膈肌、眼肌和比目鱼肌中的表达量(P<0.05)。  相似文献   

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