中国荷斯坦奶牛RPL23A、ACACB基因3个SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

旨在开展奶牛群体高乳成分功能基因的验证与筛选,利用微流控芯片自主选育技术分析北京地区母牛群体高乳蛋白、高乳脂基因频率,同时分析基因多态性及其与产奶性状的相关性。本研究对北京地区8个大型奶牛场1 596头中国荷斯坦奶牛RPL23A、ACACB基因的多态性进行了检测,所有个体均为3胎以内的泌乳牛,收集每头牛所有测定日的产奶量、乳脂率、乳蛋白率等数据,同时对3个多态位点不同基因型与产奶性状进行了关联分析。RPL23A基因的SNP位点g.20146771G>A,在第一泌乳期,与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白量均达到极显著关联（P<0.01）,第二泌乳期,g.20146771G>A与5个产奶性状均呈极显著关联（P<0.01）。ACACB基因的SNP位点g.63962768C>T,在第一泌乳期,与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白量均呈极显著关联（P<0.01）,在第二泌乳期,与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白率呈极显著关联（P<0.01）。结果表明,RPL23A、ACACB基因可以作为影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的候选基因用于标记辅助选择,以上基因位点可能通过直接或间接的途径影响奶牛的乳脂或乳蛋白性状,对产奶性状起到重要调控作用。本研究为荷斯坦奶牛后续的标记辅助选择奠定了良好基础。     

荷斯坦牛GHR基因多态与产奶性状关联分析

本研究采用PIRA-PCR和RFLP方法检测了1 145头中国荷斯坦牛生长激素受体基因(GHR)外显子8的F279Y多态位点及其与产奶性状的关联性.关联分析结果表明该突变位点与305天产奶量(P<0.01)、乳脂率(P<0.05)和乳蛋白率(P<0.01)关联显著.Bonferroni t检验多重比较结果显示:基因型TT和AT在305天产奶量和乳脂率上差异显著(P<0.05);基因型TT和AT在乳蛋白率上差异极显著(P<0.01);基因型TT和AA在乳蛋白率上差异显著(P<0.05).A等位基因对乳蛋白率的加性效应为-0.025 8%(P<0.01);产奶量和乳蛋白量的显性效应分别为-214.005(P<0.01)和-5.515 kg(P<0.05);乳脂率和乳蛋白率的等位基因替代效应分别为-0.047 5%(P<0.05)和-0.029%(P<0.01).因此,T等位基因是提高乳成份的优势等位基因,A等位基因是提高产奶量的优势等位基因.本研究表明GHR基因的F279Y突变可望应用于我国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择育种.     

荷斯坦奶牛STAT5A基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs（AJ237937和AF079568）的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连锁点突变,即12 440位T→C和12 550位的CCT插入/缺失;方差分析结果表明：SNP1对乳蛋白率有显著影响（P〈0.05）;SNP2对产奶量有极显著影响（P〈0.01）,对乳脂量、乳蛋白量有显著影响（P〈0.05）;单倍型组合对产奶量和乳蛋白量有极显著影响（P〈0.01）,对乳脂量有显著影响（P〈0.05）。多重比较分析表明SNP2的AB基因型的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数极显著（P〈0.01）或显著（P〈0.05）高于基因型AA;而单倍型组合H1H2的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数显著（P〈0.05）或极显著（P〈0.01）高于其它4种单倍型组合;H3H4对产奶量和乳蛋白量的效应极显著高于其它4种单倍型组合（P〈0.01）。结果提示：STAT5A基因可以作为奶牛产奶性状的候选分子遗传标记。     

中国荷斯坦牛DGAT1基因与产奶性状关联分析

以北京地区来自17个公牛家系的1222头中国荷斯坦母牛为试验材料,采用PCR—RFLP技术对DGAT1基因进行了遗传多态性分析,共检测到KK、KA和AA3种基因型,频率分别为0．1432、0．6097和0．2471;采用混合动物模型对数据进行拟合,通过SAS（8．02）软件对5个产奶性状与DGAT1基因的关联程度进行了统计分析。结果表明,DGAT1不同基因型间的305d产奶量、乳脂量、乳蛋白量差异极显著（P〈0．01）;多重比较结果显示：AA基因型的305d产奶量和乳蛋白量显著高于KK基因型（P〈0．01）,其乳脂量显著低于KK基因型（P〈0．01）。结果提示DGAT1基因对奶牛产奶性状具有较大遗传效应,可以用于中国荷斯坦牛产奶性状的分子标记辅助选择。     

中国荷斯坦牛SCD1基因多态性与泌乳性状的关联分析

本研究旨在探索中国荷斯坦牛SCD1基因多态性与产奶性状的相关性.以上海某奶牛场610头中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-SSCP法对SCD1基因A293V位点遗传多态性进行分析,利用一般线性模型分析SCD1基因A293V位点突变对测定日产奶量、乳脂率、乳蛋白率、305天校正产奶量、乳脂量、乳蛋白量及体细胞评分7个泌乳性状的影响.共检测到AA、AV和VV 3种基因型,频率分别为0.634、0.323和0.043,等位基因A和V的频率分别为0.796和0.204.该位点突变对乳脂率、乳蛋白率的影响达到显著水平(P＜0.05),对测定日产奶量、305天校正产奶量、305天乳蛋白量和305天乳脂量以及体细胞评分影响不显著(P＞0.05).多重比较表明,VV基因型个体的乳蛋白率、乳脂率极显著高于AA、AV型个体(P＜0.01).SCD1基因A293V位点突变对中国荷斯坦牛泌乳性状的遗传效应有一定程度的影响,但影响机理需要进一步的研究.     

中国荷斯坦牛PIN1基因对产奶性状的遗传效应分析

前期研究通过荷斯坦公牛全基因组重测序鉴定到17个奶牛产奶性状候选功能基因,其中,肽基脯氨酸顺反异构酶基因(PIN1)参与甘油三酯代谢、甘油磷脂代谢以及mTOR信号通路,且位于产奶量和乳蛋白量性状QTL区间.为进一步系统分析PIN1基因是否对奶牛产奶性状具有遗传效应,本实验基于40头公牛的基因组DNA混池,采用PCR产物...     

中国荷斯坦牛PIK3CB基因多态性及其与繁殖和产奶性状的关联分析

【目的】 探究磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位β（PIK3CB）基因多态性及其与中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的关系。【方法】 通过混池测序对中国荷斯坦牛PIK3CB基因进行单核苷酸多态性（SNP）位点筛选,采用竞争性等位基因特异性PCR （KASP）技术在1 160头健康泌乳中国荷斯坦牛中进行SNP分型并进行群体遗传学分析,采用线性模型进行SNP与11个繁殖和产奶性状基于单位点和单倍型组合的关联分析。【结果】 在PIK3CB基因中共检测到了17个SNPs,筛选出7个SNPs用于后续分析。关联分析发现,7个SNPs与多个目标性状存在显著或极显著的关联（P<0.05;P<0.01）;位于外显子区域的g.130433743 A>G位点AA基因型个体和位于可变剪接区域的g.130448069 G>A位点GG基因型个体,其经产牛首末次配种间隔、产奶量、乳蛋白量和乳脂量最低,体细胞评分最高,上述基因型个体具有较短的首末次配种间隔,而产奶性能相对较差;g.130387717 G>A位点AA基因型个体,其初配日龄和青年牛首末次配种间隔最低,产奶量、乳蛋白量和乳脂量最高,该基因型个体的繁殖和产奶性能均较好,上述3个SNPs位点可作为中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的候选位点重点关注。单倍型分析发现,PIK3CB基因的g.130387717 G>A、g.130430832 A>－、g.130433743 A>G、g.130433982 C>T、g.130446073 C>T和g.130448069 G>A 6个SNPs紧密连锁形成一个单倍型块,且与多个目标性状存在显著或极显著关联（P<0.05;P<0.01）,其中H2H3和H2H4单倍型组合个体的繁殖和产奶性能较好,为优势单倍型组合。【结论】 中国荷斯坦牛PIK3CB基因存在丰富的遗传变异,其多态性与繁殖和产奶性状存在关联,g.130433743 A>G、g.130448069 G>A和g.130387717 G>A位点可作为潜在分子标记,为中国荷斯坦牛的平衡育种提供理论依据。     

STAT1基因单核苷酸多态性与中国荷斯坦奶牛产奶性状的相关性研究

采用PCR-SSCP方法检测199头中国荷斯坦奶牛STAT1基因内含子11、19、25及3-′UTR 4个位点的单核苷酸多态性,并将其与3个胎次的产奶性状进行相关性分析。结果在内含子11和3-′UTR 2个位点发现多态性,在内含子11中发现2个单核苷酸连锁突变,分别为28739碱基处发生的G→A转换,28873碱基处发生的G→C颠换;在3-′UTR 141930碱基处发现C→T突变。利用最小二乘分析研究3个位点不同基因型对中国荷斯坦奶牛3个胎次305天产奶量,乳脂率及乳蛋白率的影响。结果表明,在内含子11中,BB基因型个体第一、二胎次乳蛋白率均显著高于AA和AB基因型个体（P〈0.05）;3种基因型对各胎次产奶量及乳脂率的影响均未达到显著水平（P〉0.05）,但呈现出BB〉AB〉AA的趋势。在3-′UTR中,CC、CT基因型个体的第一、二胎次产奶量均显著高于TT基因型个体（P〈0.05）;CC基因型个体的第一、三胎次乳蛋白率均显著高于TT基因型个体（P〈0.05）,3种基因型对3个胎次乳脂率的影响差异均不显著（P〉0.05）,但呈现出CC〉CT〉TT的趋势。     

中国荷斯坦牛DGAT2基因第4外显子与产奶性状的关联分析

本试验以宁夏地区8个公牛家系的各8头女儿共计64头中国荷斯坦母牛为研究对象．利用AB13730测序仪对DGAT2基因Exon4进行了基因型检测后发现三个突变位点474bp（C／G）、48lbp（G／A）、621bp（C／T）,各个位点发现有两种基因型,分别为CC型、GC型,GG型、GA型,CC型和CT型,基因型频率分别为0．484、0．516,0．687、0．313,0．484和0．516。通过SAS软件（8．02）对4个产奶性状与DGAT2基因Exon4的关联分析表明．474bp（C／G）CG型305d产奶量和乳脂率显著高于CC型（P〈0．05）,乳蛋白率、体细胞数影响不显著（P〉0．05）;481bp（G／A）GA型305d产奶量显著高于GG型,与乳脂率、乳蛋白率、体细胞数无显著的相关性（P〉0．05）;621bp（C／T）CT型305d产奶量、乳蛋白率、体细胞数都显著高于CC型（P〈0．05）,乳脂率影响不显著（P〉O．05）。     

中国南方荷斯坦牛HP基因多态性与产奶性状及血液生理生化指标的关联分析

试验旨在研究中国南方荷斯坦牛触珠蛋白(Haptoglobin,HP)基因的多态性及其对产奶性状、血液生理生化指标的影响。利用直接测序法及SNaPshot技术检测HP基因编码区(Coding sequence, CDS)的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)位点,并对这些多态性位点不同基因型和组合与785头中国南方荷斯坦牛的产奶性状及血液生理生化指标进行关联分析。结果显示,HP基因的CDS区域存在3个SNPs位点,即rs41871650、rs209034260和rs41871651,这3个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在试验群体中,rs41871650位点对305 d奶量、总奶量和高峰奶性状的效应达到显著水平(P<0.05);rs209034260位点对总奶量和高峰奶性状的效应达到显著水平(P<0.05)。rs41871650位点对天门冬氨酸转氨酶(AST)影响极显著(P<0.01),对淋巴细胞百分比(LYMPH%)、白蛋白(ALB)、丙氨酸转氨酶(ALT)及碱性磷酸酶(ALP)影响显著(P<0...     

贵州荷斯坦奶牛甘油二酯酰基转移酶基因多态性及其与产奶性状的关联分析

甘油二酯酰基转移酶（diacylglycerol acyl-transferase 1,DGAT1）是控制甘油三脂合成的关键酶。近年来DGAT1基因被鉴定出来,被认为是奶牛乳脂率的一个重要功能候选基因。该研究以贵州荷斯坦奶牛为试验动物,利用奶牛DGAT1基因序列设计引物,以RCR-单链构象多态性（PCR-SSCP）方法检测了奶牛DGAT1基因第8外显子的碱基突变。结果共检测到AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.5588、0.3824和0.0588,等位基因A和B的频率分别为0.7549和0.2451;该碱基突变对305 d校正产奶量和乳脂率的影响均达到显著水平（P<0.05）,乳蛋白率影响不显著（P>0.05）;多重比较结果表明,AA和AB型对305 d校正产奶量和乳脂率均显著高于BB型（P<0.05）。结果显示,DGAT1基因突变对贵州荷斯坦奶牛泌乳性状有较大的遗传效应,可用于其泌乳性状的分子标记辅助选择。     

河北省中国荷斯坦牛产奶和体型性状遗传参数分析

旨在探究河北省中国荷斯坦牛产奶和体型性状的遗传参数,为育种提供参考.本研究收集了2012-2018年河北省133个牛场8 891头中国荷斯坦母牛第一胎次的3个产奶性状记录(产奶量、乳脂率和乳蛋白率)和26个体型性状记录,利用DMU软件,以场年季、产犊月龄、鉴定年季和鉴定员效应为固定效应,以个体的加性遗传效应为随机效应,...     

德宏奶水牛DGAT1基因多态性及其与产奶性状的相关性分析

探讨德宏奶水牛（摩拉水牛×德宏水牛）DGAT1基因多态性与产奶性状的关系,以期为德宏奶水牛产奶性状标记辅助选择侯选基因的选择提供理论依据。以81头泌乳的德宏奶水牛为研究对象,利用PCR—SSCP方法结合候选基因直接测序法检测DGAT1基因第8外显子及第8内含子区的多态性,并采用最小二乘法分析DGAT1基因多态位点对产奶量、乳脂率及乳蛋白率的影响。结果在德宏奶水牛群体中共检测到CTGG,CCGG和CCGT三种基因型,测序结果显示,在检测的群体中未发现K232A位点的突变,而在DGAT1基因第8内含子的第14位检测到C→T突变,第35位检测到G→T突变。多重比较表明,CCGT基因型对德宏奶水牛的乳脂率有显著影响（P〈0．05）。     

河北地区中国荷斯坦牛DGAT1基因多态性与泌乳性状遗传效应分析

本研究以河北地区870头中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-RFLP法对DGAT1基因K232A位点进行了遗传多态性分析,并利用混合动物模型分析了DGAT1基因K232A位点突变对乳脂率、乳脂量、乳蛋白率、乳蛋白量、305d产奶量5个泌乳性状的影响。结果共检测到KK、KA和AA 3种基因型,基因频率分别为0.0402、0.9276和0.0321;等位基因K和A的频率分别为0.5040和0.4960;该碱基突变对乳脂率的影响达到极显著水平(P<0.01),对30d产奶量的影响达到显著水平(P<0.05),对乳脂量、乳蛋白率和乳蛋白量的影响不显著(P>0.05);多重比较结果表明,KK基因型的乳脂率极显著高于KA和AA基因型(P<0.01);KA和AA基因型的305d产奶量显著高于KK基因型(P<0.05);AA和KA基因型的泌乳性状无显著差异(P>0.05)。结果显示,DGAT1基因突变对河北荷斯坦奶牛泌乳性状有较大的遗传效应,可用于泌乳性状的分子标记辅助选择。