三穗麻鸭SOCS1基因克隆及序列分析

为了分析三穗麻鸭细胞因子信号传导抑制蛋白(suppressors of cytokine signaling,SOCS)基因分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,本试验对三穗麻鸭SOCS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学方法对三穗麻鸭SOCS1基因进行序列分析,并对其编码蛋白的二级结构、保守结构域、跨膜结构域、信号肽和三级结构进行预测。结果显示,三穗麻鸭SOCS1基因全长为624bp,可编码207个氨基酸;与大雁、原鸡、非洲爪蟾、猪、牛、人、大鼠和草鱼相应序列核苷酸序列同源性分别为97.6%、92.6%、68.3%、65.0%、64.8%、64.5%、63.5%和58.2%,氨基酸序列同源性分别为99.5%、96.6%、69.2%、64.0%、64.0%、67.9%、65.4%和50.8%;系统进化树显示,三穗麻鸭与大雁亲缘关系最近;编码蛋白的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链组成,具有一个中央SH2区和SOCS盒,且无跨膜区和信号肽区域;三级结构呈弯曲螺旋结构。本试验结果为三穗麻鸭SOCS1基因编码蛋白的生物学功能研究奠定了理论基础。     

贵州省三穗麻鸭生理常值测定

三穗麻鸭是我省蛋用型地方良种之一,盛产于我省三穗县及省的南部、东部和东南部的30多个县。三穗麻鸭体型中等,头小、喙短、眼着生较高,体躯似“船形”,羽毛呈深浅不同的麻色、笋壳色和瓦灰色,蹼为橙红色,喙、爪呈黑色,有绿色镜尾,成熟早,生长发育快,抗病力强,产卵率高,年     

不同新城疫疫苗对贵州三穗麻鸭的免疫效果比较

为探讨不同新城疫（ND）疫苗对贵州三穗麻鸭的免疫效果,选用NDⅠ系活疫苗（CS2株）、Ⅳ系灭活疫苗（LaSota株）和重组基因Ⅶ型NDV灭活疫苗（A-Ⅶ株）分别对三穗麻鸭进行免疫实验,检测疫苗最小免疫剂量、免疫鸭的抗体滴度和消长规律,以及病毒感染免疫鸭后的排毒情况。结果显示,活疫苗CS2株、灭活疫苗LaSota株、灭活疫苗A-Ⅶ株的最小免疫剂量分别为1.0 mL/只、0.5 mL/只和0.2 mL/只;3种疫苗2次免疫要高于1次免疫产生的抗体滴度,但各免疫组不同免疫次数鸭的抗体滴度均在第60天达到高峰,其中以灭活疫苗A-Ⅶ株1次或2次免疫诱发的抗体滴度最高（分别为7.5log2和8.1log2）,并且抗体持续期长,在免疫后第150天抗体水平仍能达到免疫保护要求;对免疫鸭的排毒检测发现,活疫苗CS2株免疫后的鸭持续排毒,灭活疫苗LaSota株免疫后的鸭排毒量少且时间短,而灭活疫苗A-Ⅶ株免疫后的鸭未检测到排毒。试验结果表明,重组基因Ⅶ型NDV灭活疫苗（A-Ⅶ株）在免疫剂量、免疫次数、免疫鸭的抗体滴度和持续时间,以及抑制免疫鸭排毒方面均明显优于传统ND疫苗。     

三穗麻鸭Cofilin2基因序列分析及其组织表达研究

为探究三穗麻鸭丝切蛋白2（Cofilin2）基因特征及其在鸭组织中的表达规律,试验根据GenBank中鸡Cofilin2基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR方法扩增获得目的基因,利用生物信息学软件分析三穗麻鸭Cofilin2基因特征,实时荧光定量PCR方法检测Cofilin2基因在三穗麻鸭不同组织中的表达情况。结果显示,三穗麻鸭Cofilin2基因编码区大小为498 bp,可编码166个氨基酸;三穗麻鸭Cofilin2基因序列与鸡、猕猴、牛、小鼠、安大略鲑、人和猪相应序列的同源性分别为94.4%、91.6%、91.6%、87.6%、77.7%、70.5%和69.5%;系统进化树显示,Cofilin2基因在不同物种进化过程中高度保守;Cofilin2基因编码蛋白的二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,三级结构呈弯曲螺旋结构;实时荧光定量PCR检测显示,三穗麻鸭Cofilin2基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑、胸腺、十二指肠、腿肌和法氏囊等组织器官中均有不同程度表达,其中心脏中表达量最高,法氏囊中表达量最低。本试验结果为三穗麻鸭抗病分子机理研究奠定了基础。     

三穗麻鸭JAK2基因克隆与序列分析研究

为了解三穗鸭JAK2基因特征,采用分段PCR方法获取三穗麻鸭JAK2基因并进行克隆与测序,应用生物信息学相关软件进行基因分子特征分析。结果:三穗麻鸭JAK2基因全长3 393 bp,可编码1 131个氨基酸;与原鸡的核苷酸序列同源性达94.5%,氨基酸同源性达97.6%;进化树分析显示,该基因与鸡属动物亲缘关系最近。     

去谷壳酱香型白酒酒糟高蛋白饲料对三穗麻鸭的饲喂效果

为评价去谷壳酱香型白酒酒糟高蛋白饲料饲喂三穗麻鸭的效果,选取24日龄健康三穗麻鸭120羽,随机分成对照组和实验组,对照组饲喂主料为玉米(质量分数64.87%)、豆饼(质量分数19.40%)、麦麸(质量分数6.30%)、玉米DDGS(质量分数5.00%)的基础日粮,实验组饲喂实验日粮(以去谷壳酱香型白酒酒糟高蛋白饲料等量替代基础日粮中的玉米DDGS),实验期为50 d。结果显示：实验组三穗麻鸭40日龄、74日龄的体重分别较对照组提高2.47 g/羽和15.07 g/羽,但2组间无显著差异(P>0.05);与对照组相比,实验组三穗麻鸭日增重提高1.85%、料肉比降低1.76%(P>0.05);实验结束时(74日龄),2组三穗麻鸭体尺指标无显著差异(P>0.05)。结果表明：去谷壳酱香型白酒酒糟高蛋白饲料具有较高的饲用价值,可以作为玉米DDGS替代品饲喂三穗麻鸭。     

青海高原牦牛PRDM1基因克隆及生物信息学与差异表达分析

以青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子为材料,通过RT-PCR克隆了包含PRDM1基因编码区的cDNA序列。将克隆获得的青海高原牦牛PRDM1基因的cDNA与黄牛相应序列进行比对,对青海高原牦牛PRDM1蛋白与其他物种PRDM1蛋白进行序列比对和进化树分析,对青海高原牦牛PRDM1蛋白的特性和结构进行预测。荧光定量检测青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子中PRDM1基因mRNA表达量。结果显示,克隆获得青海高原牦牛PRDM1基因该部分cDNA片段长度为761bp,其中PRDM1基因编码区长741bp,编码246个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛cDNA序列与黄牛该序列存在3个碱基的变异;青海高原牦牛PRDM1蛋白与黄牛、野牦牛、绵羊、马相应序列同源性分别是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%;各物种PRDM1蛋白进化树符合物种进化规律。包含卷曲螺旋等典型结构域,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白1具有94%的相似性,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白10具有36%的相似性,具有SET结构域活性。青海高原牦牛PRDM1基因在西门塔尔、牦牛精子中表达量极显著高于青海高原牦牛淋巴结(P<0.05),90日龄胎儿头部皮肤中表达量极显著低于青海高原牦牛淋巴结(P<0.01)。从青海高原牦牛克隆获得PRDM1基因编码区揭示了其分子特征,为青海高原牦牛PRDM1蛋白质功能的研究奠定基础。     

水牛LPIN1基因克隆及序列分析

试验旨在克隆获得水牛脂素1（LPIN1）基因,并对其进行生物信息学分析,为揭示该基因在水牛脂肪沉积、生殖发育和泌乳调控中的作用奠定基础。本研究以水牛卵巢组织cDNA为模板,PCR扩增获得了LPIN1基因CDS区全长后测序,并结合生物信息学分析方法预测及分析蛋白质理化性质、二级结构及三级结构等。结果表明,水牛LPIN1基因编码区长2 793 bp,编码930个氨基酸。MegAlign软件分析显示,水牛LPIN1基因核苷酸序列与水牛（预测）、牦牛、黄牛、山羊、藏羚羊、绵羊、猪、骆驼、人和小鼠LPIN1基因的同源性分别为99.6%、97.9%、97.7%、97.5%、97.4%、97.1%、89.9%、89.8%、86.2%和83.5%;水牛lipin1蛋白氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、藏羚羊、骆驼、猪及人的同源性分别为99%、99%、99%、99%、94%、94%及90%。应用Mega 5.0软件构建系统进化树发现,水牛与黄牛的亲缘关系最近,其次为绵羊和山羊,LPIN1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性。对lipin1蛋白分析发现,其二级结构由α-螺旋、β-折叠、T-转角和无规则卷曲组成;蛋白呈弱酸性,无信号肽,亚细胞主要定位于细胞核中,存在Lipin_N、LNS2和AF1Q等结构域,其中Lipin_N、LNS2为保守结构域。     

复方中草药对三穗麻鸭鸭坦布苏病毒净化后核心群生产性能及免疫指标的影响

为了开展三穗麻鸭鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus, DTMUV)的净化及探索净化后复方中草药对核心群生产性能及免疫指标的影响,试验采集胎粪、血液、泄殖腔棉拭子、蛋清样本共170 573份,应用ELISA、PCR方法进行鸭坦布苏病毒抗原检测。依据检测结果淘汰阳性鸭,结合禽病的综合防控措施,实施5个世代鸭坦布苏病毒净化方案,建立鸭坦布苏病毒核心净化群,并测定其繁殖性能指标(产蛋率、受精率、孵化率、雏鸭成活率、育成率)。在净化后4世代,从核心群中挑选7日龄三穗麻鸭共120只,分为4组,分别为低、中、高剂量组及对照组,每组3个重复,每个重复10只。低、中、高剂量组在基础日粮中分别添加0.1%、0.2%、0.3%的复方中草药,对照组只饲喂基础日粮,连续饲喂30 d后测定其生产性能指标(平均日增重、平均日采食量、料重比、平均终末体重、平均产蛋量)及免疫指标[免疫球蛋白A(IgA)、免疫球蛋白M(IgM)、免疫球蛋白G(IgG)、白细胞介素-2(IL-2)、白细胞介素-4(IL-4)、白细胞介素-6(IL-6)、γ干扰素(IFN-γ)]。结果表明：经过5个世代净化,三穗麻鸭鸭坦布苏...     

麻鸭α干扰素基因的克隆与序列分析

根据GenBank文献，应用Oligo6．0分析软件设计合成了用于扩增鸭Ⅰ型干扰素（α—IFN）基因的2对引物。以麻鸭肝脏提取的基因组DNA为模板，采用Nest—PCR方法扩增获得了约600bp片段，经T载体克隆和测序分析证实，是麻鸭Ⅰ型干扰素基因（SDIFN—α）。生物信息学分析表明，SDIFN—α的开放阅读框架（ORF）由576个核苷酸所组成，预测蛋白质相对分子质量为21640，编码191个氨基酸。其中前28个氨基酸可能是信号肽部分，切割位点在28号氨基酸A和29号氨基酸S之间，序列中无内含子。成熟的多肽中含8个半胱氨酸和2个糖基化位点，2个蛋白激酶C磷酸化位点（protein kinase C phosphorylation site）和2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点（casein kinase Ⅱ phosphorylation site）。SDIFN—α与鸭α—IFN基因核苷酸同源性为99．3％。有4个碱基的差异；与北京鸭α—IFN基因的核苷酸同源性为99．1％，氨基酸同源性为98．96％；与鸡α—IFN的核苷酸同源性为71．8％。与鹅、狗、牛、马和人的α—IFN基因的核苷酸同源性分别为96．0％、45．8％、45．5％、44．6％和41．7％。遗传进化分析结果表明，IFN—α的这些同源性与其动物分类地位相一致。     

三穗鸭体尺及屠宰性状的测定及分析

本研究对成年三穗鸭的体尺和屠宰性状进行了测定,并对测定的指标进行了相关性分析。结果表明,三穗鸭的体尺性状大多数指标间达到显著相关水平,屠宰性状大多数指标间呈显著相关,体尺性状与屠宰性状间有些指标也显著相关。本试验结果可为三穗鸭的进一步研究提供基础数据,为今后的选育工作提供理论依据。     

番鸭细小病毒安徽分离株结构蛋白基因的克隆及序列分析

为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。     

三穗鸭体型外貌观察与生长发育分析

为制定三穗鸭的地方标准,试验测定了210只0～17周龄原种三穗鸭的平均周增重,并于17周龄(120日龄)进行了体尺测定和相关分析。结果表明,1～17周龄公鸭的绝大多数周增重之间无显著性差异(P>0.05);公母鸭间的体斜长、半潜水长、龙骨长、胫围、胸宽、胸深极显著高于母鸭(P<0.01);公母鸭间的胫长和骨盆宽差异不显著(P>0.05)。与1991年制定的三穗鸭地方标准比较,在120日龄体重方面表现出一定的差异,外貌与体尺符合三穗鸭的品种特征。     

三穗鸭肌细胞增强因子基因多态性与屠宰性状的相关性分析

为了解三穗鸭肌细胞增强因子(myocyte enhancer factor 2A,MEF2A)SNPs与屠宰性状的相关性,本研究以60只三穗鸭为研究对象,采用PCR-SSCP方法结合PCR产物直接测序技术对三穗鸭MEF2A基因多态性进行检测,并进行SNPs与屠宰性状各指标的相关分析。结果表明,在MEF2A基因中共发现了2个SNPs:第11外显子的g.47915G>A位点和g.47918G>A位点,g.47915G>A位点发生的G/A突变使密码子由GAA变为AAA,翻译出的氨基酸由谷氨酸变成赖氨酸,g.47918G>A位点的G/A突变引起的密码子由GAT变成AAT,翻译出的氨基酸由天冬氨酸变成天冬酰胺。SNPs与屠宰性状的关联性分析表明,g.47915G>A和g.47918G>A位点影响全净膛率。这一结果揭示了MEF2A基因的多态性对三穗鸭屠体性状具有重要的影响。     

Cloning and Sequence Analysis of Hexon Gene of Duck Adenovirus A

In order to clarify the characteristics of the Hexon gene and the classification candidate of duck adenovirus A under the Adenoviridae family, the Hexon gene fragments of duck adenovirus A (designated as strain JX2016) were amplified. The results demonstrated that the cloned Hexon gene of duck adenovirus A (strain JX2016) was 2 733 bp in length, coding 910 amino acids. Nucleotide homology comparison showed that the strain JX2016 shared the highest nucleotide (99.8%) homology with reference strain FJ12025, also displayed higher than 99.4% nucleotide homology with other duck adenovirus A reference strains. However, the nucleotide homologies with strain GR (duck adenovirus 2, unclassified virus), Phelps (fowl adenovirus A) and P29 (goose adenovirus) were 54.5%, 53.6% and 55.2%, respectively. The genetic evolution analysis showed that all the duck adenovirus A strains were at the same subgroup, under the same Atadenovirus genus branch with ovine atadenovirus D (strain OAV287). Meanwhile, the duck adenovirus 2 (strain GR) at the same branch under Aviadenovirus genus branch with fowl adenovirus A (strain Phelps) and goose adenovirus (strain P29). Based on the Hexon protein genetic evolution analysis, we suggested renamed the duck adenovirus A as duck-origin atadenovirus and renamed the duck adenovirus 2 as duck-origin aviadenovirus.     

鸭腺病毒A型Hexon基因克隆与序列分析

为明确鸭腺病毒A型Hexon基因特征及其在腺病毒科病毒分类中的作用,本研究从前期分离鉴定的一株番鸭源鸭腺病毒A型分离株（JX2016株）中分段扩增获得其Hexon基因编码区。结果发现,鸭腺病毒A型JX2016株Hexon基因编码区为2 733 bp,编码910个氨基酸,与鸭腺病毒A型（FJ12025株）核苷酸同源性最高,达99.8%;与其他分离株Hexon基因核苷酸同源性均在99.4%以上;与鸭腺病毒2型（GR株,未明确分类地位）同源性仅为54.5%;与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）及P29株（鹅源）的核苷酸同源性分别为53.6%和55.2%。遗传进化树分析发现,所有鸭腺病毒A型分离株在遗传进化上均处于相同的亚分支,且与绵羊腺病毒D型（OAV287株）均处于富AT腺病毒属遗传进化分支。但鸭腺病毒2型（GR株）与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）、P29株（鹅源）却处于同一遗传进化分支,均属于禽腺病毒属遗传进化分支。基于Hexon蛋白的遗传进化分析,建议将鸭腺病毒A型重新命名为鸭源富AT腺病毒A型,将鸭腺病毒2型重新命名为鸭源禽腺病毒。     

番鸭源新城疫病毒F蛋白基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%.     

鸭肝炎病毒地方株VP1基因的序列测定及分析

从湖北某发病鸭场分离到一株鸭肝炎病毒DHV/HB98,通过RT-PCR方法扩增该毒株的VPI基因的核苷酸序列.系统发育分析表明,DHV/HB98株的基因组序列与已发表的DHV-1 E53和ZJ的结构基因VP1亲缘关系最近,核苷酸的同源性为98.6％和98.3％,氨基酸序列的同源性为98.3％和98.7％,分析DHV/HB98与发表的变异株90D和04G核苷酸同源性为65.4％和66.7％,氨基酸同源性为69.5％和74.8％.推断该毒株属于DHV-1,与变异株是不同的血清型;DHV/HB98与DHV-1 ZJ具有相近的遗传关系,推断DHV/HB98也为强毒株.     

Polymorphisms of MEF2A Gene and its Relationship with Slaughter Traits in Sansui Duck

To understand the relationship between single nucleotide polymorphism sites (SNPs) of myocyte enhancer factor 2A (MEF2A) gene and slaughter traits in Sansui duck, a total of 60 individuals of Sansui ducks were selected to investigate in this study, direct sequencing of PCR and PCR-SSCP methods were used on single nucleotide polymorphisms of MEF2A gene, and genetic effects of its on slaughter traits were analyzed.The results showed that two SNPs which include g.47915G>A and g.47918G>A of exon 11 were found in MEF2A gene, and the G/A mutation in the g.47915G>A SNP resulted in the change of codon from GAA to AAA, and the coding amino acid from Glu to Lys, and the G/A mutation in the g.47918G>A SNP resulted in the change of codon from GAT to AAT, and the coding amino acid from Asp to Asn.The result of association of SNPs with slaughter traits showed various results were as follows:g.47915G>A and g.47918G>A had affected the eviscerated percentage.This result revealed that the polymorphism of MEF2A gene had basilic influence on slaughter traits.     

鸭RIG-1基因的PCR扩增及其序列分析

维甲酸诱导基因1(RIG-1)是细胞质中侦测病原相关分子模式的识别受体。论文旨在扩增北京鸭RIG-1编码基因,并对其进行序列分析。通过PCR方法,从北京鸭脾脏中扩增得到RIG-1基因cDNA,并使用LaserGene分子生物学分析软件进行序列分析。结果发现北京鸭的RIG-1基因cDNA开放阅读框全长2 802bp,编码933个氨基酸。结构预测发现鸭RIG-1结构与哺乳动物类似,N端有两个串联CARD区,中间为DExD/H解旋酶区,C端为抑制区,各功能区起重要作用的氨基酸较为保守。同源性及进化树分析发现鸭RIG-1与鹅和斑马鱼的同源性最高分别为93.7%、78.4%,与哺乳动物同源性高于50%,与其他鱼类的同源性低于50%。成功扩增出北京鸭RIG-1基因cDNA编码序列,为鸭RIG-1的深入研究奠定了基础。