疆岳驴泌乳曲线分析

[目的]研究新疆疆岳驴不同泌乳月的产乳量和泌乳曲线,揭示驴的泌乳规律和特点,为提高驴产乳量和生产性能提供基础资料.[方法]应用SPSS16.0软件分析疆岳驴不同泌乳月产乳量和泌乳曲线.[结果]疆岳驴1个泌乳期180 d平均产乳量为(465.1±153.8)kg,平均头日产乳量为2.58 kg;泌乳高峰期为第2～4泌乳月,产乳量占全泌乳期58.4;,头日平均产乳量为3.02 kg;泌乳曲线在高峰期相对稳定,第5泌乳月大幅下降,降幅达29;,此后持续小幅下降,直至停乳;高产驴和低产驴泌乳曲线的总体走势基本相同,但高产组泌乳高峰期产乳量比低产组高52.7;,第5泌乳月产乳量和最高泌乳月(第3泌乳月)相比的降幅较低产组低31.2;.[结论]疆岳驴产乳量的个体差异很大,若采用现代遗传育种技术对高产驴进行系统定向选育,可培育出产乳量高的乳用驴类群或品种.     

具有地方特色的驴品种——疆岳驴

新疆喀什的岳普湖县被农业部授予“中国毛驴之乡”,全县驴存栏量达6万头。岳普湖人经过几十年的精心培育．培育出地方名优驴品种——疆岳驴。疆岳驴在南疆不仅是农民走亲访友、拉草运粮的工具．而且是产肉、产奶和产阿胶的优良畜种。     

疆岳驴对几种秸秆日粮利用率的比较试验

[目的]为合理利用秸秆资源,发展养驴业提供科学依据。[方法]以3头3-4岁雄性疆岳驴为试验动物,采用全收粪消化试验研究400g/d精料水平下疆岳驴对麦秸、稻草、玉米秸秆和青贮日粮的利用率。[结果]疆岳驴对青贮日粮干物质、有机物、NDF、ADF和能量的采食量分别为（2 909.08± 208.65）g/d、（2 565.20±166.25）g/d、（1 640.96±216.36）g/d、（1 036.48±138.23）g/d、（50.88±3.62）MJ/d,均低于其他3组,而对青贮日粮中这几种物质的消化率分别为（59.10±4.62）%、（64.20±4.03）%、（60.71±4.25）%、（52.79±5.13）%、（61.92±4.32）%,均高于其他3组;疆岳驴对麦秸、稻草和玉米秸秆干物质的采食量无显著差异,对麦秸、稻草中NDF、ADF、有机物和能量的消化率均低于玉米秸秆。[结论]疆岳驴对青贮日粮和玉米秸秆的利用率较高。     

新疆不同地区‘疆岳驴’体质量体尺相关性分析

为加快疆岳驴的选育培育和提纯复壮进程,以岳普湖县、泽普县和阿克陶县的‘疆岳驴’、杂交驴和‘新疆驴’为研究对象,比较分析其体质量体尺差异,并研究探讨体质量与体尺指标间的相关性。结果表明：‘疆岳驴’成年驴中,岳普湖县的体高（132.39±6.27）cm、体长（133.77±55.93）cm和体质量（255.32±30.47）kg极显著高于阿克陶县和泽普县（P<0.01）;胸围（139.93±7.47）cm极显著高于泽普县（P<0.01）,显著高于阿克陶县（P<0.05）。‘疆岳驴’育成驴中,岳普湖县除了体长高于阿克陶县,体高略高于泽普县外,其余指标极显著和显著低于其他2个县。‘疆岳驴’种公驴中,阿克陶县的体高极显著高于泽普县（P<0.01）,显著高于岳普湖县（P<0.05）;体长极显著高于其他2个县（P<0.01）。杂交驴中,阿克陶县的体高、体长、胸围、管围和体质量都极显著低于其他2个地区（P<0.01）。此外,‘疆岳驴’的体高、体长、胸围和体质量极显著高于杂交驴和‘新疆驴’（P<0.01）。成年‘疆岳驴’、育成驴、杂交驴和不同类型驴体质量均...     

线粒体基因组遗传与进化

线粒体基因组是当前生命科学的热门课题之一。根据目前有关线粒体DNA的结构、表达过程和遗传特征方面的最新研究成果，介绍线粒体基因组与核基因组关系、线粒体遗传密码及基因组的进化线索等问题，并说明线粒体基因组遗传分析的要点。     

应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株。通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性。经过遗传变异检测,共获得SNP位点491 189个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5、次要基因型频率(MAF)>0.05筛选以后,得到有效SNP位点41 077个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对富民枳完成了群体的遗传多样性分析,研究分析了富民枳天然种群和回归种群的私人等位基因数目、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、核苷酸多样性(π)和平均近交系数(FIS)5个遗传多样性参数。结果表明,富民枳现存植株的遗传多样性较高,具有很高的遗传资源保存价值,但是回归种群的Ho值、He值、π值分别为0.398 3、0.291和0.330 6,分别仅是天然种群遗传多样性的87%、78%和73%,并未达到90%以上遗传多样性的标准。     

基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究

为在基因组水平研究西藏黄牛的遗传多样性,并通过选择信号分析发掘重要种质特性基因,利用RAD-seq简化基因组测序鉴定拉萨黄牛、阿沛甲咂牛、日喀则驼峰牛和樟木黄牛的SNP标记,计算群体遗传结构和遗传进化,鉴定基因组受选择区域和受选择基因.结果表明,共鉴定出1355274个SNP标记.阿沛甲咂牛和樟木黄牛遗传多样性最为丰富...     

全株玉米青贮对妊娠期疆岳驴体重、体尺及繁殖性能的影响

试验旨在研究全株玉米青贮对妊娠驴期疆岳驴体重、体尺及繁殖性能的影响,选取妊娠期疆岳驴母驴（10月龄）30头,随机分为3组（每组10头）,分别饲喂全株玉米青贮占日粮粗饲料比例为0（对照组）、25%（试验Ⅰ组）和50%（试验Ⅱ组）但能量和蛋白质水平相近的3种饲粮,试验期102 d,其中预试期12 d,正试期90 d。结果显示：随着饲喂时间的增加,各组妊娠驴体重、体高、体长、胸围和管围都呈增加趋势;体重与胸围极显著相关（P<0.01）。试验Ⅰ组和试验Ⅱ组繁殖率和产驹驴率均高于对照组,分别高30%和20%。驴驹初生重、管围和胸围各组间差异不显著（P>0.05）;初生重和胸围试验Ⅰ组和试验Ⅱ组都略低于对照组;而体高试验Ⅰ组和试验Ⅱ组显著低于对照组（P<0.05）;体长试验Ⅱ组极显著低于对照组（P<0.01）。结果表明：饲喂生产母驴可以用全株玉米青贮作为粗饲料来源,日粮中添加占粗饲料25%～50%的全株玉米青贮对生产母驴体重和体尺虽没有显著影响,但提高了繁殖性能;母驴妊娠后期饲粮中添加全株玉米青贮需考虑能量的补充。     

生鲜驴乳及掺水后冰点的测定与分析

【目的】对喀什地区两户奶驴养殖户生鲜驴乳冰点进行测定并作掺水试验,分析驴乳冰点是否能够成为驴乳掺水的主要依据。【方法】用UL80BC型乳成分分析仪测定新疆岳普湖县两户奶驴养殖户各50头份生鲜驴乳的冰点。【结果】驴乳冰点平均值为-0.563℃,范围-0.671~-0.530℃。甲户生鲜驴乳与掺水1%无显著差异(P0.05),与掺水2%有显著差异(P0.05),乙户生鲜驴乳与掺水1%有显著差异(P0.05),与掺水2%有极显著差异(P0.01),甲户和乙户与掺水4%、掺水6%均有极显著差异(P0.01)。【结论】在生鲜驴乳中掺水后冰点上升,掺水量越多上升幅度越大,但每掺水1%的上升率随掺水量的增加而下降。     

德州驴RAPD遗传多态性分析

采用RAPD技术探讨了德州驴的遗传多态性。从20条随机引物中筛选出8条引物对德州驴56个个体的基因组DNA进行随机扩增。结果表明,8条随机引物共扩增产生了784条谱带,其中多态性条带为165条,多态比率在11.1%～37.5%之间;与其他驴的遗传多样性研究结果相比,德州驴的遗传多样性处于中等水平。     

猪圆环病毒3型河北株全基因组序列特征和遗传进化分析

【目的】扩增猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列,对其进行序列特征及遗传进化分析.【方法】以PCV3阳性样品为模板,利用两对引物扩增全基因组片段并测序,通过DNA Star和MEGA-X软件进行遗传进化分析.【结果】发现1株新PCV3毒株(GenBank登录号:MK105924),PCV3 Cap蛋白为3b亚型,与河北省9株PCV3 Cap蛋白的同源性在97.8%～99.8%;所获得的PCV3与PCV1和PCV2全基因组序列的同源性均小于50%,遗传进化树分析3种PCV处于不同的分支,表明其属于不同的基因型;与国内外其他43株PCV3全基因组序列的同源性在98.7%～99.3%,其中与俄罗斯PCV3毒株(GenBank登录号:MG679916)的同源性最高,为99.3%,表明不同PCV3毒株之间的全基因组序列的同源性很高,尚未发现明显的变异;与GenBank上已发表的全部国内外174株PCV3的全基因组序列进行遗传进化树分析,发现全球PCV3及其亚型的分布有地域的差异.【结论】获得1株新PCV3毒株,其与PCV1、PCV2属于不同的基因型;不同PCV3毒株之间存在着较高的同源性;全球...     

基于GBS技术的233份大蒜种质资源群体进化分析

本试验利用233份大蒜的自然群体资料,主要使用简化基因组测序(GBS)技术,得到高质量的有效数据量为1486.5896 Gb,平均每个样本6.3802 Gb,共获得高质量的SNPs位点2036116个,较均匀地分布在8条染色体上.基于获得的SNP标记进行主成分分析(PCA)与系统进化树分析,PCA将大蒜群体划分为4大类...     

新型鹅细小病毒四川株的全基因组扩增及遗传进化分析

【目的】了解四川地区新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)的分子生物学特征及遗传变异情况。【方法】根据Gen Bank中发表的新型鹅细小病毒的全基因组序列,设计5对兼并引物采用PCR方法分段扩增新型鹅细小病毒四川株的全基因组序列,并利用DNAstar等生物信息分析软件对获得的基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】获得的新型鹅细小病毒四川株(命名为SC16)全长5 109 nt,5′端ITR长408 nt,3′端ITR长407 nt,NS基因长1 884 nt,VP基因长2 199 nt。序列比对和遗传进化分析显示,SC16株与山东分离株SDLC01(KT343253.1)及QH15(KT751090.1)的基因组核苷酸同源性高达99%,与两者的亲缘关系最近,基于NS及VP蛋白的氨基酸序列系统进化树分析结果与此一致。但SC16株的5′端ITR还是发生了一定的变异:与SDLC01及QH15相比,多了几个14 nt的插入片段。【结论】研究结果丰富了NGPV的分子生物学资料。     

5株PCV2四川株全基因组的克隆与遗传进化分析

【目的】了解目前四川省猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学特征和遗传变异情况,探讨PCV2感染的控制对策。【方法】根据GenBank中发表的PCV2基因组序列设计2对特异性引物,对2012-2014年临床送检的PCV2感染病例材料中的5株PCV2全基因组序列进行扩增测序,并利用DNAStar等生物信息分析软件对获得的PCV2基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】5株PCV2四川株全基因组序列长度都为1 767bp,均具有滚环复制起点(ORC)典型结构。序列比对和进化分析显示,5株PCV2四川株的基因序列同源性很高,基因组核苷酸序列及ORF1、ORF2和ORF3基因序列同源性分别为98.4%~99.9%,97.5%~99.6%,99.4%~100%和96.2%~100%,ORF1、ORF2和ORF3基因推导氨基酸序列同源性分别为98.4%~99%,99.6%和91.5%~100%;与47条参比PCV2毒株核苷酸序列的同源性比较发现,5株PCV2与国内一些新出现的PCV2毒株亲缘关系较近,且均属于PCV2d基因型毒株。【结论】5株PCV2四川株之间尽管存在着不同程度的基因变异,但遗传进化相对较稳定。     

基于SLAF-seq技术的苹果SNP位点开发及遗传多样性分析

为了解黑龙江苹果种质资源的遗传关系,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对在黑龙江地区收集的31份苹果种质资源进行SNP位点开发和遗传多样性分析。最终获得了107.52 Mb读长数据,不同材料的SNP标记数目在309 012～540 030间,样品测序质量值平均Q30为93.78%,平均GC含量为40.90%。共开发获得1 072 115个SLAF标签,其中,多态性SLAF标签有275 389个。通过序列分析,共得群体SNP位点121 352个,基于开发SNP分子标记,结果表明,31份苹果种质资源分为3个亚群,特异性的苹果SNP位点开发和研究可为苹果种质资源鉴定和遗传多样性分析提供理论基础。     

基于SSR分子标记的辽西地区驴群体遗传多样性分析

中国驴种质资源丰富,辽宁西部地区是中国重要的驴养殖区域,为了解辽宁西部地区驴群体的遗传多样性,该研究使用13个微卫星标记对辽西地区三个驴群体(即建平三粉驴、建平灰驴、阜蒙三粉驴)进行遗传多样性分析。通过统计3个群体的等位基因数、杂合度和多态信息含量,计算其遗传距离并构建NJ聚类树。结果表明,13个微卫星标记在3个群体中共检测出93个等位基因,平均多态信息含量为0.6036、平均有效等位基因数为3.3434、平均期望杂合度为0.6486; 3个群体的平均等位基因数是5.3077～6.6920个,期望杂合度是0.6424～0.6508。根据遗传距离构建的NJ聚类树显示,3个群体分为两支:建平灰驴独立为一支,建平三粉驴和阜蒙三粉驴聚为一支。可见,3个群体遗传多样性处于高度多态性水平,且存在一定程度的遗传分化。     

基于简化基因组测序的红罗非鱼低温体色变异全基因组关联分析

[目的]开展红罗非鱼(Oreochromis spp.)低温体色变异全基因组关联分析(GWAS),为红罗非鱼低温变色的分子调控机制研究提供基础资料.[方法]通过Illumina HiSeqTM4000测序平台,基于简化基因组测序(RAD-Seq)对低温处理后体色发生变异和不发生变异的红罗非鱼进行基因组测序,应用一般线性...     

基于简化基因组测序技术的番茄雄性不育基因定位

【目的】获得番茄雄性不育基因的候选基因,提高番茄雄性不育基因定位的准确性,为该雄性不育基因的克隆及功能机制研究提供理论基础。【方法】以一个与苗期绿茎基因紧密连锁的花粉败育型材料为母本,以一个苗期紫茎可育系为父本,通过集群分离(BSA)法分别建立30个F2单株的不育和可育DNA池,基于简化基因组测序(SLAF-Seq)技术检测足够量的简化基因组扩增片段,通过关联分析,获得目标雄性不育基因的候选区域,并利用GO数据库对关联区域内的基因进行功能注释。【结果】通过SLAF测序共获得20.27 Mb的序列量;共获得103 250个SLAF标签,标签整体平均深度达160.39倍;完成了2个混合池间SLAF标签标记的多态性分析,共获得多态性标记6 892个;利用2个混合池进行关联分析,共得到8个与目标雄性不育基因相关的候选区域,区域平均大小为0.29Mb,区域内共有27个差异标记,146个候选基因。【结论】利用SLAF测序技术对番茄雄性不育基因进行了初步定位。     

3株猪博卡病毒的全基因遗传进化及重组分析

[目的]了解猪博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)在广西猪群中的流行状况及遗传学特征,为有效防控PBoV感染提供科学依据.[方法]采用PCR对采自广西境内养殖场的388份猪源样品进行PBoV检测,挑选3份阳性样品(1份为PBoVG1阳性样品,2份为PBoVG3阳性样品)进行全基因扩增,测序获得的序列使用LaserGene进行处理及多重比对分析,应用MEGA 5.2中的ClustalW进行遗传进化分析,通过邻接法(NJ)构建系统发育进化树,并以SimPlot 3.5.1进行潜在基因重组事件分析.[结果]猪内脏组织(肺脏、脾脏和淋巴结的混合样品)、扁桃体、脑组织和公猪精液的PBoV阳性率分别为25.19%、8.33%、2.94%和1.54%.在所有检测样品中,PBoVG3基因群的阳性率最高,为9.02%,PBoVG2和PBoVG1基因群的阳性率均为1.55%;不同基因群的PBoV存在混合感染现象,其中,PBoVG1+PBoVG3二重感染率为1.03%,PBoVG2+PBoVG3二重感染率为0.77%.从PBoV阳性样品中扩增获得3条PBoV全基因序列(毒株),命名为GXBH2014、GXBH2015和GXLC2014,对应的GenBanK登录号为MN747332、MN747333和MN747339.其中,GXBH2014株序列全长5055 bp,GXBH2015株序列全长5070 bp,GXLC2014株序列全长4313 bp.GXBH2014株和GXBH2015株与PBoVG3基因群参考毒株SH20F各编码基因的推导氨基酸序列同源性较高,为70.9%~98.5%;GXLC2014株与PBoVG1基因群参考毒株SX各编码基因的推导氨基酸序列同源性最高,为98.0%~99.1%.基于PBoV全基因编码区(CDS)全长序列构建的系统发育进化树也显示,GXBH2014株和GXBH2015株同处于PBoVG3基因群分支上,GXLC2014株处于PBoVG1基因群分支上.基因重组分析结果显示,在GXBH2014株的全基因序列中检测到1个潜在的重组断点,位于NP1基因的第391位核苷酸;而在GXBH2015株和GXLC2014株的全基因序列中均未检测到潜在的重组断点.[结论]广西猪群中普遍存在PBoV感染,且PBoVG1、PBoVG2和PBoVG3基因群毒株同时存在.其中,GXBH2014株可能是IA159-2株(KF025386)与MN154-1株(KF025384)基因重组进化的产物.     

基于酶切的简化基因组测序在水禽品种进化关系研究中的应用

以基于酶切的简化基因组测序技术对5个鹅品种[狮头鹅(ST)、溆浦鹅(XP)、皖西白鹅(WX)、豁眼鹅(HY)、朗德鹅(LD)]进行测定,通过序列比较发现品种间存在SNP,在分析品种群体遗传参数的基础上,建立系统发生树。研究结果表明,所有样本酶切位点在20万左右,测序覆盖度在10%以上。狮头鹅群体平均突变位点26 172个,溆浦鹅群体34 153个,皖西白鹅群体35 179个,豁眼鹅群体为29 182个,朗德鹅群体18 675个。朗德鹅与其他鹅品种的Fst均在0.08以上,说明朗德鹅和其他鹅品种序列差异较大,狮头鹅与其他3个白鹅品种之间的Fst在0.04左右,3个白鹅品种的Fst较小。系统发生树分析表明,5个鹅品种大致分为三大类,溆浦鹅和狮头鹅聚为一类,皖西白鹅和豁眼鹅聚为一类,朗德鹅单独为一类。品种之间存在大量的SNP,该研究为鹅品种识别和进化提供依据。