猪繁殖与呼吸综合征病毒云南株的分离鉴定及其ORF5基因遗传特性分析

用Marc145细胞从云南某猪场分离到两株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),将其命名为YN-1和YN-2。分离株在Marc145细胞上盲传4代后出现明显的细胞病变,其滴度为10^-3.6/0.1 mL。PCR方法对NSP2基因进行扩增结果表明,分离株缺失了90个核苷酸缺失,NSP2基因符合强毒特征。对分离株ORF5基因序列进行扩增和测序,进行同源性及遗传特性分析,结果表明,分离到的两株PRRSV位于进化树的同一个小分支上,其核苷酸同源性为99.5%,与山东株JN-HS、河南株Henan-1及越南株347-T-KSA位于同一个小分支上,其遗传距离较近,核苷酸同源性高达99.2%~99.8%,与国内经典毒株Ch-1a和VR-2332的核苷酸同源性仅为94.4%~94.5%,与国内其它强毒株的核苷酸同源性高达98%~99%,均属于强毒株。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒山西分离株ORF5基因的序列分析

采用RT-PCR方法对2009—2011年山西省疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得5个ORF5基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果表明,5个ORF5基因序列之间核苷酸同源性为97.7%～98.5%,与欧洲型代表株LV、美洲型代表株VR-2332、2006—2007年国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)、2006年以前中国分离毒株(CH-1a、HB-1(sh)、HB-2(sh))和2个疫苗株(Resp PRRS MLV、MLV RespPRRS/Repro)核苷酸同源性分别为63.5%～64.0%、88.7%～89.2%、97.7%～99.3%、88.1%～96.7%和88.6%～89.1%;氨基酸同源性分别为56.1%～56.6%、87.8%～88.8%、96.6%～98.5%、85.9%～93.2%、86.8%～87.9%。结果表明山西地区的PRRSV流行毒株均属于美洲型,且毒株同源性很高,亲缘关系紧密。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及ORF5基因的序列分析

采集菏泽地区某猪场PRRS疑似病料,在Marc-145细胞上进行病毒分离,得到一株病毒HZ0622,通过免疫荧光试验初步鉴定分离病毒为PRRSV。对ORF5基因进行克隆和测序,并利用DNAStar软件将测定序列与国内外代表性毒株进行同源性比较,结果表明：分离株HZ0622 ORF5基因与美洲型代表毒株VR-2332的同源性为89.55%,与LV株同源性为61.17%,与中国高致病性PRRSV毒株JXA1、HEB1、SY0608、SD-4的同源性分别为98.84%、98.34%、99.00%、99.34%;进化树分析结果表明,分离株HZ0622和高致病性PRRSV在同一进化分支,且与2007年分离的SD-4有更近的亲缘关系。HZ0622分离株属于美洲型毒株,可能属于高致病性PRRSV。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒流行株Nsp2基因的克隆及序列分析

采用RT-PCR方法,从吉林省部分地区猪场的病料中扩增猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的Nsp2基因并测序。应用DNAStar 7.0、ClustalX 1.83、MEGA 4.0软件对测序结果进行分析,并与NCBI上已登录的PRRSV代表毒株的Nsp2基因进行序列比对,结果显示,得到的Nsp2基因与VR-2332、CH-1a等代表毒株的一致性为62.0%～87.5%,与国内高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB2等的一致性为97.8%～98.9%;氨基酸序列比对结果显示与VR-2332、CH-1a等代表毒株的一致性为34.4%～59.0%,与国内高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB2等的一致性为95.1%～98.4%。因此,引起吉林省部分地区猪场发生猪繁殖与呼吸综合征的PRRSV与国内流行的高致病性PRRSV毒株亲缘关系较近。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株GP5蛋白ORF5基因的克隆与序列分析

为揭示广东地区猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)可能的流行规律,本研究采用RT-PCR的方法扩增5株来自广东地区猪场临床样品的猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)分离株的GP5蛋白ORF5基因,将其克隆、测序后与国内外部分毒株相应基因进行核苷酸序列比较。结果表明,PRRSV-2011-GD2、PRRSV-2011-GD3、PRRSV-2013-GD1、PRRSV-2013-GD2和PRRSV-2013-GD3株与美洲型参考株(VR-2332) 的核苷酸序列同源性分别为88.8%、99.5%、88.7%、88.7%和83.5%。系统进化树分析结果表明,PRRSV-2011-GD2、PRRSV-2011-GD3、PRRSV-2013-GD1、PRRSV-2013-GD2和PRRSV-2013-GD3株均属于美洲型。以上结果为更好地了解PRRSV的分子流行病学特征和抗原变异规律提供依据, 同时为研制基因工程疫苗奠定了基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒SCMS株MN蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank中登录的美洲株ATCC VR-2332的MN蛋白基因序列,利用Oligo6.0设计一对特异性引物,以抽提的PRRSV-SCMS病毒感染细胞总RNA为模板,RT-PCR扩增出长约1.0 kb的基因片段,将其克隆入pMD 18-T载体,测序结果显示SCMS MN基因全长886 bp,包含完整的MN基因的开放阅读框,共编码297个氨基酸。PRRSV-SCMS MN基因序列与VR2332和LV株进行同源性分析结果显示,PRRSV-SCMS与VR2332和LV株之间的核苷酸序列同源性分别为99.7%和61.6%,根据M基因推导的氨基酸序列同源性分别为98.9%和78.7%,根据N基因推导的氨基酸序列同源性分别为100%和52.8%。结果表明,SCMS地方分离株与VR2332株在基因型上具有更近的亲缘关系,推测本次分离的PRRSV属于美洲型。     

8株猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的变异分析

本研究拟初步了解中原地区近期猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况。对2011—2012年间从河南及周边省份发病猪场分离的8株PRRSV毒株Nsp2基因变异区进行RT-PCR扩增,同时对主要结构蛋白GP5基因进行克隆测序并与GenBank中登录的中国历年来流行的PRRSV代表毒株的GP5蛋白序列进行遗传进化分析,对主要氨基酸基序进行比对分析。结果表明,2011—2012年在中原地区分离的8株PRRSV分离株均为Nsp2缺失变异株,GP5基因与2006年中国高致病PRRSV代表毒株JXA1同源性较高。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒江苏分离株ORF5及Nsp2基因部分序列分析

对2006—2007年分离于江苏省部分发病猪场的PRRSV,采用RT-PCR技术,进行ORF5基因序列以及Nsp2基因部分序列的扩增、克隆并测序。应用DNAStar软件将测序结果与已发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果表明,分离的21株病毒ORF5基因大小均为603bp;与国内分离株之间同源性为87.7%～97.0%,与国外美洲型分离株同源性为85.6%～90.5%;21株PRRSV分离株与欧洲型毒株之间的同源性仅为54.1%～56.6%。14株用于扩增Nsp2基因部分序列的PRRSV在全基因组第2778～2780位及第2947～3033位分别缺3个和87个碱基,其中的2个江苏扬州分离株在第2747～2836位又缺失了90个碱基;14个毒株之间同源性为93.2%～99.0%,与VR-2332相比同源性为74.9%～78.5%,与国内河北、河南等地2006年的PRRSV分离株相比同源性为94.1%～99.1%。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒FS株Nsp9基因的克隆与序列分析

为了对猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）Nsp9基因的功能进行预测,利用RT-PCR法从细胞毒中扩增PRRSV FS株的Nsp9基因,并将其克隆至pMD18-T载体上,测序得到Nsp9基因序列,利用多种生物信息学软件分析Nsp9序列生物学信息。结果显示,Nsp9基因全长1 929 bp,目的基因的蛋白分子质量为70.5 ku,pI为7.78,表明该蛋白不稳定;抗原性分析显示,Nsp9基因存在多个抗原位点,柔韧性较好,多处位点的亲水性较强,适合作为单抗制备的表位;同种亚型不同毒株的Nsp9基因氨基酸同源性为96.9%～98.9%,这表明Nsp9基因高度保守,可进一步作为检测靶蛋白用于猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）的诊断与疫苗免疫;亚细胞定位预测该基因可能定位于细胞质中,而不是细胞核内;同源建模预测三级结构结果显示,三维结构呈右手型,具有3个亚结构域,没有信号肽。此外,亲本株Nsp9基因与疫苗株Nsp9基因存在多个氨基酸的突变,这些氨基酸的插入与缺失是否与病毒的聚合酶活性和毒力有关还需要进一步试验验证。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离与鉴定及 ORF5基因的序列分析

通过常规病毒检测和分离方法,从东北某猪场送检的猪肺部组织样品中检测分离猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),经过电镜观察和间接免疫荧光检测,并根据PRRSV美洲标准株VR-2332的ORF5基因设计特异引物,利用RT-PCR扩增并克隆ORF5基因,分析其与国内外PRRSV毒株间的同源性。结果表明,所分离株是PRRSV,命名为Jsp-1。     

浙江省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒湖南分离株ORF5基因的遗传进化分析

为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在湖南省地方猪保种场的感染情况,本研究在2019－2020年间从湖南省2个地方猪保种场采集287份全血样品。首先将血样混合成41份,采用RT-PCR或PCR法进行PRRSV病原检测,进一步通过高保真PCR扩增从PRRSV阳性样品中扩增PRRSV ORF5基因;测序后利用DNAStar软件分析获得的ORF5基因及其编码的GP5氨基酸与国内外不同PRRSV毒株的遗传进化关系;最后用PRRSV阳性血清接种Marc-145细胞,经盲传分离毒株,并用Reed-Muench法测定病毒滴度。结果显示,检测的41份混样中有3份PRRSV病原核酸呈阳性;从PRRSV阳性混样中单独扩增获得6条PRRSV ORF5基因序列,均属于PRRSV-2型的lineage 8分支,相似性为99.2%~99.8%;6条ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸序列在信号肽区域（第23位）、潜在的N-糖基化位点（第33位）和表位C （第59位）存在差异;PRRSV阳性血清接种Marc-145细胞盲传5代后出现明显的细胞病变,获得1株PRRSV毒株,命名为NX-1,病毒TCID₅₀为4×10⁵/mL。本研究表明,湖南省地方猪保种场存在PRRSV感染,感染的PRRSV属于PRRSV-2型的lineage 8,其GP5氨基酸序列存在的多处变异可能是造成疫苗免疫失败的原因之一,以上结果可为湖南省地方猪保种场的免疫防控提供一定参考。     

2018年四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的分子流行病学调查研究

为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行进化分析和N-糖基化位点预测。通过疑似病料实时荧光定量PCR检测,共检出阳性样品69份,阳性率为18.25%。对其中23株PRRSV的ORF5基因序列分析结果显示,ORF5基因之间核苷酸同源性为81.6%~100%,推导的氨基酸同源性为81.4%~100%,均属于美洲型毒株。其中,1株属于以经典毒株VR2332为代表的亚型Ⅰ,17株属于以高致病毒株JXA1为代表的亚型Ⅱ,5株属于重组毒株NADC30为代表的亚型Ⅲ,说明2018年间四川省PRRSV流行毒株存在基因多样性,HP-PRRSV依然是主要流行毒株,但仍存在不断进化的经典毒株,同时,类似NADC30和QYYZ的重组毒株也开始出现。通过氨基酸突变位点和N-糖基化位点分析发现,23株PRRSV在GP5两个重要抗原表位相关区域和毒力相关位点均发生了一定程度的突变,推测这些突变可能影响了病毒逃避机体免疫和病毒毒力,提示在PRRSV防控中,应该加强遗传进化分析,根据不同类型的毒株选择有针对性的疫苗和防控策略。     

2016-2017年江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查及ORF5基因变异分析

为了解近年来江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）分子流行病学和其遗传变异情况,本次调查于2016-2017年从江西省各地区规模化猪场采集453份疑似猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）的病料,采用RT-PCR方法对所有病料进行检测。结果发现,其中321份病料为PRRSV阳性,阳性率为70.86%,各地区的阳性率在19.15%~84.85%之间。挑选14份阳性样品测序后,经ORF5基因序列分析,江西地区各PRRSV毒株ORF5基因的核苷酸同源性为83%~100%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性在59.9%~98.5%之间。基于ORF5基因的进化树分析表明,14个测序毒株均为美洲型毒株,其中有4株为基因亚型Ⅰ,即高致病性毒株（HP-PRRSV）;3株为基因亚型Ⅱ,即经典毒株;3株为基因亚型Ⅲ,即NADC30-like毒株;4株为新出现的基因亚型Ⅳ。氨基酸序列比对分析表明,基因亚型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ毒株ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸在3个表位及2个重要的抗原相关区域存在较大变异,其中以NADC30毒株为代表的基因亚型Ⅲ毒株和以GD1404毒株为代表的基因亚型Ⅳ毒株均表现出独有的氨基酸变异,这些变异可能会影响GP5蛋白的免疫原性。本次调查结果表明,2016-2017年江西地区PRRSV流行出现了新形势,美洲型毒株出现了多基因亚型共同存在的局面,以高致病性毒株（HP-PRRSV）为主,NADC30-like毒株和新基因亚型等新毒株的比例较高,同时还存在经典毒株;持续实时监测PRRSV的毒株流行和变异情况,可为临床诊断、药物和疫苗开发及PRRS的科学防控提供依据。     

Cloning and Genetic Variation Analysis of NSP2 Gene of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus Guizhou Strain GZ-R

In order to investigate the genetic variation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) strain GZ-R and the characteristics of NSP2 gene,in this study,two specific primers were designed based on NSP2 gene for nested RT-PCR,cloning and sequence analysis of the target gene.The results showed that the second round of nested PCR not only amplified the expected band of about 3 000 bp,but also amplified another band of 1 200 bp.The two DNA fragments were cloned into the pMD19-T vector,and two fragments were obtained by sequencing.The large fragment was 2 980 bp long and named as GZR-NSP2-L.The small fragment was 1 131 bp long and named as GZR-NSP2-S.The homology comparison results of the two fragments showed that GZR-NSP2-S had GZR-NSP2-L N-terminal nucleotide 1-945 and C-terminal 2 795-2 980 nucleotide,and lack of nucleotide between bits 946-2 794 in GZR-NSP2-L.The nucleotide homology of GZR-NSP2-L with VR-2332 strain and Lelystad virus strain was 81.2% and 48.6%.The results of homology comparison of encoded amino acids were consistent with the results of nucleotide homology,revealing that the PRRSV GZ-R strain belonged to the American-type strain.Comparison of amino acid deletion sites revealed that GZ-R NSP2 had 30 discontinuous amino acid deletions at positions 481 and 533-561.The deletion sites were consistent with PRRSV highly pathogenic strains.In summary,the PRRSV GZ-R strain could be identified as American-type highly pathogenic strain.The experimental results could provide some references for further exploring the epidemic trend of PRRSV in Guizhou province and the mechanism of NSP2 in PRRSV replication.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离与鉴定

从辽宁某猪场采取病料,经处理后接种Marc-145细胞进行PRRSV分离,结果有2份病料在该细胞上盲传后可见典型的CPE,经测定其毒价为10^-6.5TCID₅₀/mL。间接免疫荧光试验可见黄色荧光,用电镜对纯化的病毒进行观察,可见有囊膜包裹的圆形病毒粒子,直径约为50~70 nm。该病毒对氯仿、紫外线、酸碱度变化和热敏感。对有CPE的细胞培养物进行RT-PCR,结果为阳性。接种试验动物出现典型的PRRS临床症状和死亡。结果表明,成功分离到一株PRRSV。     

2株猪繁殖与呼吸综合征病毒的致病性分析

为追踪猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）分离株的变异特点,本研究于2016年从河北和福建疑似猪繁殖与呼吸障碍综合征（PRRS）发病猪场采集病料,接种Marc-145细胞,产生合胞体样细胞病变,RT-PCR和间接免疫荧光试验鉴定为HP-PRRSV,将其分别命名为PRRSV CZ16A和NP16A。为研究PRRSV分离株CZ16A和NP16A对猪的致病性,将分离毒株经噬斑纯化后分别接种PRRSV抗原、抗体双阴性的60日龄健康仔猪,通过临床观察、解剖病理变化及病毒血症检测等指标初步探讨两株PRRSV的致病性。结果表明,分离株CZ16A和NP16A感染猪后均能够在动物体内复制,并引起体温升高,但两株PRRSV分离株均未引起试验动物的发病和死亡,剖检结果显示NP16A分离株能引起动物肺部实变、淋巴结肿大,其毒力比CZ16A分离株稍强。     

Pathogenic Analysis of Two Strains of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus

Samples of sick pigs suspected of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) infection were collected from Hebei and Fujian provinces in China in 2016. Studies were carried out to investigate the variation characteristics of the isolated virus strains.The virus isolates were propagated in Marc-145 cells and caused syncytial cytopathic effect. RT-PCR and indirect fluorescent assay (IFA) results showed that the isolates were HP-PRRSV and hence designated as PRRSV CZ16A and NP16A, respectively. In order to study the pathogenicity of CZ16A and NP16A, the isolated strains were purified by plaque-isolation, and then inoculated to 60-days-old healthy pigs, which were negative in both of PRRSV infection and antibody. Clinical observation, histopathological changes and viremia detection were carried out to evaluate the pathogenicity of these two strains of PRRSV. Results showed that both isolates could replicate in pigs and cause a high body temperature, but these two strains of PRRSV isolates could not cause morbidity or mortality in experimental animals.Autopsy results also showed that NP16A could cause consolidation of the lung, lymph node enlargement in tested animals, suggesting that its virulence was a little stronger than CZ16A.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株ORF6基因的克隆与原核表达研究

根据GenBank中美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的ORF6基因序列,设计合成一对特异性引物,应用RT-PCR方法扩增出PRRSV的ORF6基因(M基因)。将所扩增片段克隆入原核表达载体pET-32a(+),pET-ORF6重组质粒转化DH5a宿主菌后,经双酶切、PCR鉴定后挑选阳性克隆测序鉴定并对插入的ORF6基因序列进行分析。结果表明,ORF6基因的原核表达载体构建成功。ORF6基因推导的氨基酸与美洲型相应基因的同源性为96.0%～100%,与LV株的同源性为79.9%,系统进化树表明该PRRSV属于美洲型。将构建成功的重组质粒pET-ORF6转化BL21,诱导后经SDS-PAGE和Western-blot分析表明:克隆在HIS标签的膜基质蛋白基因与HIS获得了高效表达,表达的融合蛋白HIS-M分子量约为39kDa,并且有免疫学反应活性。