网络环境下高校复合型文库建设的思考——以河北农业大学教职工著作文库建设为例

高校文库是由高校图书馆建立的收藏本校教职工科研论著的特藏书库。在网络环境下,建立复合型文库已成文库的发展趋势。论述了建设复合型文库的意义,介绍了河北农业大学图书馆文库建设现状,指出了存在的问题,提出了河北农业大学文库的建设思路及保障措施。     

干旱胁迫下早稻幼苗特异性表达cDNA的筛选

以生长在特殊环境中（26℃、12h／12h光／暗周期、光强2500lx）的早稻297二叶一心期幼苗为材料，构建了干旱胁迫诱导表达差减文库。以干旱为处理，而有水状态为对照。通过筛选差减文库，共获得了141个克隆。分析表明，差减文库建立成功。     

高产优质抗病棉花品种中棉所12号细菌人工染色体(BAC)文库构建

中棉所12号是我国自育的高产、优质、抗枯萎病、耐黄萎病棉花品种，其重要创新是使抗性和产量、品质得到结合改良和提高。本研究以plndigoBAC-5为载体，对中棉所12号进行了细菌人工染色体(BAC)文库构建。初步建立的文库含有38800个克隆，覆盖2倍基因组。对文库中132个重组克隆的分析表明：插入片段为50～150kb，平均大小为120kb；大于100kb的克隆占87．7％，大于110kb的克隆占56％；空载率小于1％。该文库的构建为深入开展棉花基因组有关研究奠定了基础。     

酶定向进化文库的筛选方法

酶工程作为生物技术的主体之一,对农产品加工等的发展具有广泛作用。自然界中的酶往往不能满足 实际生产,因此需要通过模拟自然界中的蛋白质进化,对酶进行改造和突变文库筛选,最终得到符合实际生产的酶。 目前,改造酶的途径主要有定点突变和定向突变两种。突变体文库的建立方法较为成熟,并且建立起的文库库容也 能够达到研究者的要求,但是突变体文库的筛选受现有技术等所局限,成为了定向进化技术的瓶颈。介绍了几种常 用的突变体文库的筛选方法,对它们的原理及特点进行阐述,并对未来的发展方向及趋势进行了总结。     

细菌单杂交方法在筛选甲基营养菌甲醇脱氢酶启动子结合蛋白中的应用

为了构建甲基营养菌转录因子亚文库及筛选与甲醇脱氢酶启动子DNA相互作用的蛋白质,对甲基营养菌MP688的基因组和转录组数据进行分析,使用关键词对全基因注释信息和转录组结果进行搜索,找到相关基因的核苷酸序列,通过PCR获得目的片段并构建一系列转录因子亚文库,利用细菌单杂交系统筛选转录因子亚文库找到与甲醇脱氢酶启动子具有相互作用的调控因子。成功构建完成含有32个转录因子的亚文库,建立了甲基营养菌中细菌单杂交筛选方法,通过该方法筛选出2个与甲醇脱氢酶启动子具有强相互作用的转录因子基因。对于基因组已测序的细菌来说,构建转录因子亚文库筛选效率要优于构建基因组文库和cDNA文库,细菌单杂交系统能成功用于甲基营养菌,并能快速高效地筛选与启动子具有相互作用的转录因子。这一方法的建立,为阐明甲醇脱氢酶在甲基菌生长和代谢产物合成中的调控机制奠定了基础。     

cDNA文库构建策略及其分析研究进展

 cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一，它是目前发现新基因和研 究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因，并直接用于该基因的表达。经典 cDNA文库存在克隆的片段短等缺点，而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息，从而克隆cDNA全长；对文库进行均一化处理即均一化cDNA文库，可以增加克隆低丰度mRNA的机会；差减cDNA文库在研究生物体某一时期基因差异表达上具有重要的意义；改进的固相cDNA很大程度上提高了建库的效率和质量。本文以阐述基本原理为主，介绍几种近年来常用的cDNA构建的方法及其优缺点。     

试论图书馆与档案馆合作共建高校文库

通过对图书馆与档案馆合作共建高校文库的可行性及意义的分析,提出建立高校文库管理平台、阅览服务平台和网络服务平台实现图书馆与档案馆的共建合作.     

蜡梅花cDNA文库构建及其高频出现脂转移蛋白cDNA的表达

【目的】构建蜡梅花cDNA文库，分析蜡梅脂转移蛋白基因的表达，为探索蜡梅冬季开花分子机理，分离克隆特色基因奠定基础。【方法】以蜡梅花器官为材料，用SMART cDNA Library Construction Kit 构建文库，RT-PCR分析基因表达。【结果】经测定原始文库滴度达到1.4×106 pfu/ml，扩增总文库滴度约为1010pfu/ml，重组率达到96%，插入片段在0.5 kb 以上，平均约1.1 kb，通过PCR 检测，从总文库中检测到了表达丰度不同的蜡梅PI、AP3和LTP基因的特异片段，说明所构建的文库覆盖度高、代表性强，LTP基因具有内含子，而总文库中扩增出的LTP基因不含内含子，说明所构建的cDNA文库无基因组DNA污染， LTP基因在蜡梅开花各个时期均表现较高的转录水平，与EST分析时高频率出现LTP序列的情况相符，证实所构建的文库能够反映蜡梅开花过程基因表达的基本情况。【结论】已获得高质量的蜡梅花cDNA文库，可以用于进一步的基因克隆或EST测序分析，这是首次正式报道蜡梅cDNA文库的构建。LTP基因在蜡梅开花过程中可能具有重要的生物学功能，为探索蜡梅冬季开花分子机理提供了线索。     

赤子爱胜蚓全长cDNA文库的构建及初步鉴定

以赤子爱胜蚓(Eisenia foetida)为材料,λTriplex2TM为载体,利用SMART技术构建全长cDNA文库,从而筛选全长目的基因并研究其结构和功能。经测定原始文库滴度为1.3×106pfu/mL,扩增总文库滴度为1.0×108pfu/mL,重组率达到99%以上,插入片段长度在1.1 kb左右。该文库的建立为功能性新基因的发现奠定了坚实的基础。     

疫霉侵染的辣椒cDNA文库的构建及非特异性脂转移蛋白cDNA的筛选

建立了辣椒疫霉侵染的辣椒幼苗cDNA文库,该原始文库含有1.5×106个独立克隆,插入片段约为0.5-2 kb.采用基于PCR技术的96孔文库筛选方法,从该cDNA文库中筛选出了1个应答辣椒疫霉侵染的候选基因的全长cDNA.经生物信息学分析,推测这个候选基因为非特异性脂转移蛋白(non-specific lipid-transfer protein,nsLTP)基因.     

野生稻可转化基因组文库的构建

利用广泛应用于水稻转化的双元载体pCAMBIA1301构建了二倍体东乡野生稻和四倍体小粒野生稻可转化基因组文库，插入片断长度分别为9．54kb和13．3kb，稳定性实验证明含20kb插入片断的文库质粒可以稳定遗传，较长插入片断的文库质粒在农杆菌中的稳定性较差。     

农业生物技术数据库的设计与构建

本文介绍了采用Delphi5．0编程工具开发的农业生物技术数据库的功能特点及其设计方法。该数据库分为中文库及英文库两个子库，中文库收录了文献资料近1万多条；英文库收录了文献14多万条。主要内容包括1990年以来农业生物技术的研究文献、应用成果及发展动态等信息。这一专题文献数据库的建立，为科技人员查找农业生物技术文献信息提供了理想工具。     

干旱胁迫下旱稻幼苗特异性表达cDNA的筛选

以生长在特殊环境中(26℃、12h/12h光/暗周期、光强2500lx)的旱稻297二叶一心期幼苗为材料,构建了干旱胁迫诱导表达差减文库。以干旱为处理,而有水状态为对照。通过筛选差减文库,共获得了141个克隆。分析表明,差减文库建立成功。     

枯草芽孢杆菌B9601-Y2基因组文库的构建

枯草芽孢杆菌B9601-Y2是一个具有防治植物病害和促进植物生长的专利菌株。本文采用Sau3A Ⅰ部分酶切的DNA、粘粒载体pLARF-5和Packagene λ DNA包装系统，构建了该菌株基因组文库。文库总量为11000个克隆，插入片段平均长度为14．77kh，按99．99％的概率计算，文库覆盖了基因组4．2次。这为该菌株防治病害和促进植物生长机理研究奠定了物质基础。     

PCR快速筛选棉纤维cDNA文库分离全长cDNA序列

建立了一种利用PCR-96孔板法快速筛选棉纤维cDNA噬菌体文库,分离全长基因序列的技术体系．首先根据已知EST片段设计一至两对特异PCR引物,通过在96孔滴定板上逐级稀释cDNA文库,利用特异引物以及特异引物与通用引物组合逐级从cDNA文库中筛选目标克隆,最终可获得目标全长cDNA。     

高温胁迫下匍匐翦股颖酵母cDNA文库的构建与鉴定

为深入挖掘匍匐翦股颖高温胁迫相关基因，本研究以高温处理的匍匐翦股颖叶片为试验材料，用Trizol法提取其总RNA，再用SMART技术进行双链cDNA的合成及回收纯化，并与pDONR222/pGADT7-DEST载体相连接，完成匍匐翦股颖酵母cDNA文库的构建。通过试验构建了质量较好的匍匐翦股颖酵母cDNA文库，文库容量为1.36×107 CFU，所插入的匍匐翦股颖平均片段长度> 1 000 bp，选取的24个克隆经过PCR检测全部能够显示出条带，重组率为100%。通过使用SMART技术建立酵母cDNA文库的方法，获得了质量较高的匍匐翦股颖cDNA文库，为研究匍匐翦股颖相关基因的蛋白筛选试验做准备。     

人工锌指蛋白文库的构建

【目的】以猪基因组为模板,扩增天然锌指,以此建立人工锌指蛋白文库,为猪基因组的定点操作及基因表达研究奠定基础。【方法】利用质粒JMB378和JMB440构建锌指文库骨架载体JMB378-ZF1-MCS,然后根据天然锌指蛋白接头序列的保守性,设计5条简并引物扩增猪基因组中的天然单锌指结构域,将其与JMB378-ZF1-MCS载体上的人工锌指ZF1中识别GGC的锌指蛋白连接,构建二锌指蛋白文库,通过酶切方式再将天然单锌指结构域插入到二锌指蛋白文库中,构建三锌指蛋白文库。测定锌指库容量及阳性率,并通过酶切和测序检测锌指库的多样性。【结果】构建了基于猪天然锌指模块的包含ZF1的三锌指蛋白文库,库容量达到1.5×106 CFU。该文库中含有一个人工锌指蛋白ZF1和2个天然型锌指蛋白,能够对基因组中所有以GGC起始的9bp靶序列进行筛选。【结论】构建了基于天然单锌指模块的三锌指蛋白文库,为构建新型锌指蛋白提供了一种可行的方法。     

高校文库排架探讨——兼述广东海洋大学文库排架实践

高校文库的排架方式不同于图书馆普通藏书,历史性、资料性和激励性是高校文库的三个重要特性。最大程度地展现历史性、资料性和激励性是高校文库排架的基本原则,文章还分析了文库排架的主要作用、排架的单位及排架号的构成要素,重点介绍了广东海洋大学文库根据5年多实践总结出来的高校文库排架编码方法。     

“鸡肉质、腹脂及色素性状的分子遗传学基础研究”成果通过验收

该项目由我校吴常信院士主持完成，2005年4月12日通过北京市自然科学基金重点项目验收，认为达到国际领先水平。该项研究建立了丝羽乌骨鸡基因组细菌人工染色体(BAC)文库，覆盖10倍以上基因组，是世界上惟一的丝羽乌骨鸡全基因组资源；建立了国内首张鸡全基因组标记连锁图谱，     

粗山羊草（Ae.tauschii）幼苗和根全长cDNA文库构建及其EST注释与比较分析

 【目的】构建小麦D基因组供体粗山羊草根和叶的全长cDNA文库，探讨利用生物信息学方法分析发掘组织特异性表达基因的可行性。【方法】本研究利用Cap-trapper方法构建全长cDNA文库，利用高通量测序技术获得大批高质量EST序列，在基于Linux系统的本地化生物信息学分析平台上对上述EST进行了电子注释分析。【结果】成功构建了粗山羊草根和叶的全长cDNA文库，测序获得根EST序列6 973条和叶EST 6 616条。利用本地化数据分析平台对其进行功能注释。利用GO-Diff软件，发现了两个文库间表达基因的功能差异，找到组织间表达差异显著的基因和组织内特异性表达的基因。【结论】利用构建的全长cDNA测序获得大量EST序列，通过生物信息学方法挖掘差异表达或特异性表达基因的方法是可行的。