基于ITS的我国桑科植物分子系统学研究

[目的]基于ITS序列初步探讨我国桑科植物的分子系统学。[方法]测定33份桑科材料的ITS序列,通过最大简约法分析它们的分子系统学,并将分析结果与经典分类做比较。[结果]在原始类群和单系类群的确定上与经典分类基本一致;"刺桑、叶被木、圆叶刺桑与桑属的亲缘关系近"这一结果与经典分类不一致。[结论]该研究为我国桑科植物的系统学分析积累了分子生物学资料。     

观赏植物"孩儿莲"及其近缘植物的RAPD分析

[目的]了解八角属植物披针叶八角种内的遗传多样性和亲缘关系。[方法]以＂孩儿莲＂等13个植物类型为试验材料,以木莲、白玉兰、香樟为外类群对照进行RAPD分析。[结果]从35条随机引物中,筛选出多态性强、带型清晰、重复性好的随机引物20条,13个供试植物类型共扩增出154条DNA谱带,其中共有条带47条。利用NTSYSpc2.10e软件进行数据处理和分析,相似系数的变异在66.2%～90.3%。用UPGMA法进行聚类分析,可将13个供试植物类型划分为3个类群。[结论]＂孩儿莲＂等13个供试植物有较近的亲缘关系,其遗传差异与地理因素之间未见确定联系。     

利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系(英文)

[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。     

桑属IIS、trnL-F、rps16序列与进化分析

[目的]分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值.[方法]67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系.[结果]桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576-590 bp,G+C含量为59.55%--62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920-924 bp,A+T含量为65.87%-66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923-929 bp,A+T含量为67.28%-67.49%,17个信息位点.3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率-混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点.分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑.[结论]桑属traL-F和rps16序列信,息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然.基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型.     

7种芸香科植物的RAPD分析

[目的]构建芸香科植物7个种12个材料的聚类分析树状图,为芸香科植物系统学的研究提供分子水平上的证据。[方法]以芸香科植物7个种12个材料为研究对象,利用RAPD技术对其亲缘关系进行分析。[结果]在建立适合芸香科植物PCR-RAPD反应体系的基础上,从21条随机引物(10 mer)中筛选出10个,对所有供试材料进行扩增,共获得10张DNA指纹图谱,85条DNA谱带,其中84条为多态带,多态性谱带比例为98.82%。[结论]建立了基于RAPD的芸香科植物亲缘关系树状图,该结果与经典的芸香科植物的起源、分类基本一致。     

粤西地区几种常见榕属植物的RAPD分析

[目的]从DNA水平揭示整个榕属植物的分类及系统发育规律。[方法]应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对粤西地区常见榕属植物进行基因组DNA多态性分析。[结果]结果表明,榕属植物多态性占72.93%,显示出榕属植物丰富的遗传多样性。[结论]RAPD技术可以从分子水平鉴定榕属植物品种,揭示榕属植物种质资源的亲缘关系以及遗传背景,为榕属植物的栽培育种及资源的合理保护提供科学依据。     

基于RAPD分子标记芹菜品种亲缘关系分析研究

[目的]研究RAPD分子标记芹菜品种亲缘关系分析方法。[方法]以来自中国不同地区4JD种不同品种的芹菜为试材,对RAPD技术在鉴定芹菜品种中的科学性进行验证与分析。[结果]13种不同长度引物扩增的不同品种芹菜DNA的谱带清晰度以及数量等有明显区别,在相似系数为0．61时,可将所有测试芹菜品种划分为4类。[结论]RAPD技术是适用于分析芹菜品种亲缘关系的简易与理想的DNA分子标记技术。能很好的区分芹菜品种间亲缘关系的远近。     

含笑属RAPD反应条件优化及遗传多态性分析

[目的]确立含笑属植物RAPD反应的最优条件,确定7种含笑属植物的亲缘关系。[方法]采用改进的CTAB法提取木兰科含笑属7种植物叶总DNA,进行RAPD分析,分别研究了模板DNA、引物、dNTP、Mg;^2＋和Taq DNA聚合酶用量对RAPD反应的影响。[结果]RAPD最优反应体系为：反应体积20μl,内含125ng模板DNA,0．3μmol／L引物,0．5U Taq聚合酶,1．5mmol／L MgCl2,0．1mmol／L dNTP,2μl 10x buffer。应用Nei距离法计算各种间的相似系数,采用UPGMA法进行聚类分析,7种含笑种可分为3大类,[结论]筛选的最佳RAPD反应条件可为含笑属植物的分类和遗传多样性分析提供理论依据。     

7种菊科药用植物的RAPD分析

[目的]利用RAPD技术研究7种菊科药用植物的遗传多样性及亲缘关系。[方法]从50条10 bp随机引物中筛选出10个多态性好的引物进行RAPD扩增,扩增DNA片段数据用UPGMA聚类法构建系统发育树。[结果]10条引物共扩增出337条带,多态性带337条。聚类结果显示,RAPD分子标记构建的系统发育树在族内属间与传统分类系统一致。[结论]该研究可为菊科药用植物的鉴别提供参考,并为针对性地进行菊科植物的保护提供依据。     

新疆梨种质资源亲缘关系的ISSR和RAPD分析

[目的]探讨新疆梨种质资源亲缘关系以及遗传多样性,旨在为供试梨资源的分类提供科学依据.[方法]采用ISSR和RAPD分子标记对48份梨种质资源进行聚类分析和遗传关系研究.[结果]14条ISSR引物共扩增出113条清晰的谱带,其中101条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.19条RAPD引物共扩增出163条清晰的谱带,其中多态性谱带138条,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.基于ISSR和RAPD两种标记,利用UPGMA分别构建了48份梨资源的聚类树状图.ISSR和RAPD分别聚类以及两种标记混合聚类均将48份梨种质分为3类:第Ⅰ类群中包括1份种质;第Ⅱ类群中包括23份种质;第Ⅲ类群中包括24份种质.[结论]两种标记适合于梨种质资源亲缘关系和遗传多样性分析,可为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据.     

基于rDNA ITS序列和RAPD分子标记的桑黄菌遗传多样性分析

[目的]分析桑黄菌的遗传多样性。[方法]利用ITS序列分析和RAP／）分子标记技术对16株不同来源的桑黄菌株进行遗传多样性分析。[结果]16株桑黄菌株的ITSl_5．8s-ITS2序列长度在590～714bp,其中5．8S序列最为保守,均为160bp：ITSl长度为220～310bp,ITS2长度为210-245bp。基于ITS序列构建的系统进化树分析结果,同属不同种的桑黄菌株遗传距离较远,对相同种的杨树桑黄一瓦尼木层孔菌进行RAPD分子标记,表明10株瓦尼木层孔菌（Phellinusvaninii）遗传多态性丰富,10株杨树桑黄菌主要分布在我国东北三省的东部山区,区域相对集中,RAPD的聚类分析结果与地域分布差异关系不明显,没有表现出地域性的遗传多样性差异。[结论]试验研究了菌株的分类地位及系统发育进化关系,并首次在桑黄菌物资源库内积累到杨黄分类学地位和遗传多样性的基础信息,对掌握和积累区域桑黄菌物资源的基础信息,并对将来更好地开发利用这一珍稀菌物资源具有重要的学术价值和现实意义．     

桑属ITS,TrnL-F,rps16序列分析及12个特殊桑资源评鉴

 【目的】分析桑属ITS,TrnL-F,rps16序列,探讨系统学价值,建立系统进化树,并对12个特殊桑资源进行评鉴,为开发利用提供理论依据。【方法】用67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对、除去非序列碱基,计算长度、G+C%含量、变异位点、信息位点、以构树、柘树为外类群,MP分析,根据分析结果,结合桑资源研究积累,对12个特殊桑资源进行评鉴。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列576 bp ,变异范围576-590 bp,G+C% 59.55-62.25,40个信息位点;TrnL-F（包括tRNA-Leu内含子）基本序列923 bp , 变异范围920-924 bp, G+C%33.69-34.13,23个信息位点;rps16内含子基本序列929 bp ,变异范围923-929 bp,G+C%32.51-32.72,17个信息位点。最适碱基进化模型分别为(GTR+G),(GTR),(GTR+G),可能的分支概率,混合卡方概率值分别为0.000001 ,0.027175,0.000222, 三片段合并最适进化模型(GTR+G),基于模型,MP分析, 2538个位点,80个信息位点。分支图首先将黑桑M. nigra分出,其它桑种分成两支,第一支桑(mulberry),包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑、广东桑,第二支乔木桑(arbor),包括华桑、奶桑、川桑。12个特殊桑资源,神农华桑♀（优质木材桑）分在第二支,乔木特性,其它11个特殊桑资源分在第一支,具桑(mulberry)特性。【结论】桑属TrnL-F;rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并,能增加分支图的信息位点,使分支图更具客观性,更近于似然。基于ITS,TrnL-F;rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种是进化类型。桑属可根据分支的亲缘关系,结合桑资源研究积累,评鉴特殊桑资源。     

利用RAPD分子标记对30份山茶属种质资源进行分类分析

[目的]对30份山茶属种质资源进行分类分析.[方法]利用RAPD分子标记技术研究30份山茶属种质资源的遗传多样性,并进行分类分析.[结果]17个RAPD引物共扩增出138条带,多态性条带为129条,多态性比率为93.5％,材料间的遗传相似系数（GS）变化范围为0.605 ～ 0.855.[结论]利用NTSYS软件对RAPD扩增结果进行聚类分析,可将30份资源分为5大类群,其分类结果与张宏达分类体系基本一致.     

银杏雄株种质资源遗传多样性研究

[目的]分析银杏雄株种质资源的遗传多样性,为其保存和育种创新奠定基础。[方法]采用改进的CTAB法提取来自11个省的银杏雄株叶片的基因组DNA,随机引物经初筛和复筛后用于RAPD扩增,并运用POPGENE软件分析银杏雄株种质资源的遗传多样性。[结果]从100多对随机引物中筛选出12对扩增带清晰、重复性和多态性好的引物,将其用于RAPD扩增和遗传多样性分析。利用筛选出的12对RAPD引物对40个样品进行PCR扩增,得到96条清晰条带,其中41条有多态性。银杏雄株种质资源的平均有效等位基因数为1.6440,平均基因多样度为0.3752,平均Shannon信息指数为0.5562。[结论]银杏雄株种质资源具有丰富的遗传多样性,对其有效保存和合理利用具有重要意义。     

桑种质资源ITS序列与系统进化分析

目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M.bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M.nigra),北美默里桑(M.murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M.alba)→华桑(M.cathayana)→长穗桑(M.wittiorum)。结论ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。     

ISSR Analysis on Genetic Diversity of Local Varieties of Chinese Hu mulberry（Morus L.）

[Objective] The aim was to study on the genetic diversity of local varieties of Chinese Hu mulberry （Morus L.）. [Method] The genetic diversity of 141 copies of Hu mulberry varieties was analyzed by ISSR molecular markers. [Result] 12 ISSR primers had amplified a total of 90 amplified,of which 57 bands were polymorphic,and the polymorphic rate was 63.33%. The genetic similarity coefficients of 141 Hu mulberry germplasm resources varied from 0.633 3 to 1.000 0 with the average of 0.483 35,indicating that there was difference on genetic diversity among different varieties of Hu mulberries. A dendrogram of all 141 Hu mulberry varieties based on the genetic similarity coefficients using ISSR molecular markers was generated by UPGMA cluster method. Clustering of the 141 Hu mulberry varieties did not correspond with the conventional classification involving differences in style,leaf,branch,fruit and other morphological or agronomical characters. [Conclusion] Four subgroups clearly represented the genetic relationships in the 141 accessions which were benefit for the variety improvement and germplasm resource conservation.     

新疆红花主要栽培品种遗传多样性的RAPD分析(英文)

[Objective] Study on the genetic diversity in main cultivars of safflower distributing in Xinjiang Uighur Autonomous Region by means of RAPD makers.[Method] Genomic DNAs of 29 safflower accessions from Xinjiang Uighur Autonomous Region were extracted for PCR amplification using 20 RAPD primers.[Result] Totally 156 bands were amplified,among which 144 bands were polymorphic(accounting for 92.31%),indicating that safflower is endowed with plentiful genetic diversity.Based on the DNA fingerprint,the 29 safflower accessions were grouped into four populations,the classification results may be not related with ecological regionality.[Conclusion] RAPD technique is an available tool to analyze the genetic diversity of safflower germplasm at molecular level.     

2011年鄂西地区水稻稻瘟病菌遗传多样性的分析

[目的]扩大鄂西地区稻瘟病菌菌库,分析其群体结构.[方法]收集鄂西不同地区2011年间的感病稻秆,分离保存稻秆上的穗颈瘟病菌,通过RAPD、rep-Pot2-PCR、REMAP 3种标记对分离的菌株进行分子标记.[结果]从9个稻秆上共分离得到29个稻瘟病菌.遗传多样性分析结果表明,相似性水平在75％时,2011年供试菌株可分为5个遗传宗谱,宗谱3（7个菌株）和4（19个菌株）为优势宗谱,其余3个为稀有宗谱.[结论] 2011年鄂西地区稻瘟病菌由5个遗传宗谱组成.     

应用RAPD分析亚麻种质资源遗传多样性研究

[目的]对40份亚麻种质资源进行分类。[方法]通过RAPD技术分析,利用类平均法（UPGMA）进行了聚类分析。[结果]从供试材料中筛选出11条具有多态性的RAPD引物。RAPD引物共扩增到71条清晰的多态性条带,多态性比率为88.8%。对标记结果进行了UPGMA聚类分析,聚类结果表明地理位置相近的品种聚为一类。[结论]为大批量亚麻种质资源的鉴定和分类以及资源的有效利用提供了理论依据。