福建NADC30-like PRRSV FJLY01株的全基因组分子特征分析

【目的】了解福建省NADC30-like PRRSV FJLY01株的分子生物学特征和遗传演化规律,为PRRSV的防控提供参考。【方法】对采自福建省规模化猪场的疑似病料进行PRRSV分离鉴定,以NADC30PRRSV毒株基因序列为参考设计并合成9对引物,分别对分离株序列进行分段PCR扩增,经克隆测序后进行序列拼接,采用MEGA 6.0软件进行核苷酸及氨基酸同源性比对,并绘制其与其他35株毒株的系统遗传进化树。【结果】FJLY01株基因组全长为15 016bp(不包含polyA),包含10个开放阅读框,5′-UTR长190bp,3′-UTR长148bp,Nsp2基因缺失393bp。Nsp2蛋白存在类似PRRSV MN184和NADC30株的131个氨基酸的缺失。核苷酸比对结果表明,FJLY01株与VR-2332、MLV RespPRRS/Repro、CH-1a和BJ-4株核苷酸的同源性为85.2%~86.3%,与JXA1、HuN4等HP-PRRSV株核苷酸的同源性为83.7%~84.1%,与MN184A、MN184B株核苷酸的同源性为87.9%~88.2%,与NADC30株核苷酸的同源性最高,为97.1%。系统进化树分析表明,该毒株属于NADC30-like毒株,与JXA1、VR2332和CH-1a的亲缘关系较远。【结论】福建省存在NADC30-like毒株,应该加强PRRSV的监测。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒TJ株的分离与鉴定

从某猪场发生高热死亡的仔猪病料中分离到1株病毒,该病毒在Marc-145细胞上增殖致细胞病变。经RT—PCR检测证明该分离株为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）。该毒株回归易感动物可产生明显的临床症状,并引起死亡,将其命名为PRRSV TJ毒株。对其Nsp2序列进行扩增测序,结果表明：与美洲标准毒株VR-2332相比,TJ株Nsp2序列缺失第481位和第532～560位氨基酸,二者核苷酸同源性为83．7％,其编码的氨基酸同源性为77．9％。本试验结果表明,该分离株为发生了变异的PRILSV,对猪具有高致病性。     

高致病性PRRSV TJ株和致弱毒TJM株Nsp2测序及结构分析

参照GenBank中PRRSV VR-2332株全序列设计特异性引物,扩增高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)TJ株和其致弱毒株TJM株非结构蛋白2(Nonstructure protein 2,Nsp2)编...     

吉林地区高致病性PRRSV JL-04/12株的 分离鉴定与全基因组测序

【目的】确定吉林省某疑似高致病性PRRS猪场的病原,研究其基因特性。【方法】采集疑似感染高致病性PRRSV病猪的脏器组织,处理后接种MARC-145细胞,观察细胞病变,分离PRRSV;应用RT-PCR方法检测和确定分离毒株的基因型,采用间接免疫荧光、电镜观察和全基因组测序检测分离的病毒。【结果】分离毒株为北美洲型PRRSV,命名为JL-04/12,其基因组全长为15 320bp(不包括PolyA),可使MARC-145细胞产生典型的细胞病变。序列比对结果表明:JL-04/12株与经典毒株VR-2332和CH-1a的核苷酸同源性分别为89.5%和94.9%;与高致病性毒株JXA1、HUN4的核苷酸同源性为99.1%。分离毒株JL-04/12编码的2个非结构蛋白和GP2～GP4的氨基酸序列与HUN4株同源性较高,在97.2%～99.3%,而JL-04/12编码的GP5的氨基酸序列与JXA1株同源性较高,为98.5%;JL-04/12编码的GP6和N蛋白的氨基酸序列与高致病性PRRSV毒株JXA1和HUN4的同源性均为100%。PRRSV JL-04/12株的Nsp2不连续缺失30个氨基酸,与高致病性PRRSV毒株JXA1和HUN4的同源性最高,均为97.8%,判定该分离株为变异的高致病性PRRSV。【结论】从吉林省分离到1株高致病性PRRSV,说明高致病性PRRS变异病毒在吉林省仍然存在。     

豫西地区PRRSV新近流行株ORF5基因变异及Nsp2基因特征分析

为研究豫西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新近流行株ORF5基因的变异情况及Nsp2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了26份近期采自豫西地区猪场疑似PRRS猪肺脏样品中的ORF5全序列和Nsp2部分序列,并对其生物信息学和结构进行了分析。结果表明:成功扩增出的21株PRRSV流行株间ORF5全基因同源性为96.6%～100%,氨基酸同源性为97.5%～100%;与参考毒株JXA1、MLV、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为96.6%～98.9%、88.4%～89.2%、88.0%～89.5%和66.8%～67.3%;对阳性病料进行了部分Nsp2基因的扩增,测序结果显示,所有流行株的Nsp 2基因与已报道的美洲株VR-2332相比,不存在核苷酸的插入或突变,但存在2个位点共90个碱基的缺失;遗传衍化分析表明,流行毒株属于美洲型。研究结果揭示了豫西地区新近流行的PRRSV ORF5基因的变异情况及Nsp 2基因的特征,为该地区的PRRS防控工作提供了理论依据。     

2019—2022年天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传演化分析

为分析研究天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的分子遗传进化关系,对2019—2022年收集的20份天津地区PRRSV阳性样品进行ORF5克隆测序,以开展遗传变异研究和系统发育分析。遗传进化结果显示,20株毒株有11株属于谱系1.8,3株属于谱系1.5,5株属于谱系8,1株为谱系5,表明该地区PRRSV毒株流行呈现多样性。ORF5基因及推导氨基酸同源性和位点进行分析,其中11株谱系1.8毒株与NADC30毒株核苷酸同源性为91.2%～93.0%,氨基酸同源性为89.6%～93.5%;3株1.5谱系毒株与NADC34毒株核苷酸同源性为93.4%～96.5%,氨基酸同源性为92.5%～95.5%;4株分离株与HP-PRRSV毒株同源性最高,核苷酸同源性为90.0%～95.5%,氨基酸同源性为86.6%～91.0%;1株分离株与经典毒株CH-1a同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.0%和89.1%,1株谱系5毒株与VR2332毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%和96....     

新疆NADC30-like PRRSV的分离鉴定及遗传变异分析

为了探明研究新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)NADC30-like病毒株XJTK的遗传变异特征,本试验分离病毒株后对该病毒的Nsp2和ORF5基因进行克隆和测序,其片段大小分别为648 bp和603 bp,其中Nsp2基因存在3处不连续共393个核苷酸的缺失,分别缺失333,57和3个核苷酸,完全符合NADC30-like毒株的基因特征;将病毒株XJTK与已知北美型PRRSV代表株VR2332,高致病性PRRSV国内代表株JXA1、TJ,美国分离株NADC30,及NADC30-like国内代表株HENAN-HEB、CHsx1401进行序列比对表明,XJTK株Nsp2和ORF5基因核苷酸序列与参考株同源率分别为36.4%～90.3%和83.7%～93.0%,进一步遗传进化分析表明,其与PRRSV毒株VR2332、JXA1和TJ株亲缘关系较远,与美国分离株NADC30及国内NADC30-like代表株CHsx1401和HENAN-HEB亲缘关系较近,同属于NADC30-like亚群,但仍属于相对独立的分支。本研究是新疆首次证实猪群中存在NADC30-like PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防制提供参考依据。     

PRRSV SD-TA变异毒株的分离及序列分析

从猪"高热病"病料中分离到一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(SD-TA株),该病毒能够被抗PRRSV N蛋白单克隆抗体所识别.根据GenBank PRRSV经典株(VR-2332)和变异株(JXA1)基因序列分别设计合成了10对引物,利用RT-PCR扩增其基因序列,分别得到了预期的基因片段,将扩增的cDNA片段克隆入pMD18-T载体并测序.应用DNASTAR软件分析,与国内外已发表毒株的序列进行比较.结果显示,与美洲型相比,PRRSV SD-TA株相应基因核苷酸同源性为89.3 %～99.1 %,并且在Nsp2上缺失了30个氨基酸;与欧洲型代表毒株LV株相比同源性为59.9 %.遗传关系表明:SD-TA株属于高致病性变异株.     

高致病性PRRSV NSP 2基因的扩增与分析

利用软件Oligo6.0设计1对针对PRRSV Nsp2基因的特异性引物,对已检测为PRRSV阳性的病料进行PRRSV Nsp2基因扩增及测序.应用DNAstar软件将所测序列与VR-2332毒株、CH-1a毒株(2001)进行比对,发现JXYC与JXNC毒株的核苷酸序列都有87个碱基连续缺失,在与JX2毒株(2007)VR-2332毒株进行比对时发现有相同的缺失,这说明PRRSV已经发生重大变异,而高致病性PRRSV变异不大.该研究补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据及PRRSV的分子流行病学的内容.     

一株猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及ORF5基因序列与国内外毒株的分析和比较

分析一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV) ORF5基因遗传变异情况及与国内外其他毒株比较为指导当地生产提供一定依据,通过常规病毒检测和分离方法,从2008年山东无名高热病猪送检样品肺部组织中检测并分离PRRSV.根据PRRSV美洲经典株VR-2332的ORF5基因设计特异引物,利用RT-PCR和基因克隆ORF5基因,分析其与国内外PRRSV毒株差异.经过细胞病变和间接免疫荧光检测证明所分离到的PRRSV是一山东地方流行毒株,命名为SD-4.通过分析ORF5基因序列及与其它毒株的比较,将北美洲株分为Ⅰ亚群和Ⅱ亚群.SD-4的核苷酸与Ⅰ亚群和Ⅱ亚群及欧洲毒株相比同源性分别为87.4 %～89.9 %,92.7 %～99.2 %和63.7 %～63.8 %.其氨基酸序列的同源性相比分别为85.1 %～91.0 %,90.5 %～99.5 %和56.7 %～57.7 %.进化树分析结果表明SD-4与高致病性毒株JXA1,HUB1,HEB1和SY0608的亲缘关系很近.PRRSV山东分离株SD-4属于美洲经典毒株,可能为高致病性PRRSV毒株.     

猪繁殖与呼吸综合症病毒分离株ORF5和Nsp2基因的序列分析

根据美洲型猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)基因组序列设计2对引物,对疑似PRRSV感染猪的病料进行RT-PCR检测,核酸检测阳性病料进行PRRSV分离,获得了1株美洲型PRRSV,命名为GD08-2.对PRRSV GD08-2株、GD-XH株、GD08-1株的ORF5基因和部分Nsp2基因进行序列测定与分析.结果表明,GD08-2株的ORF5基因与PRRSV疫苗株pMLV、经典株VR-2332和GD-XH株的相似性较高,而与GD08-1株的相似性较低.GD08-2株的Nsp2基因推导的氨基酸序列出现12个氨基酸的不连续缺失,分别位于66~74位和192~194位,由此推测,GD08-2株可能为PRRSV的突变株.GD08-1株的ORF5基因与国内分离的高致病性PRRSV相似性较高,其Nsp2基因推导的氨基酸序列存在30个氨基酸的缺失,与国内高致病性PRRSV分离株JXA1的缺失位置完全一致,由此推测,GD08-1株属于高致病性PRRSV;GD-XH株的ORF5基因与疫苗株pMLV的相似性较高,其Nsp2基因存在个别核苷酸的点缺失.遗传进化分析表明,GD08-1株与国内分离的高致病性PRRSV的遗传进化关系较近,属同一分支;GD-XH株和GD08-2株与PRRSV经典株VR-2332、疫苗株pMLV的遗传关系较近,属另一分支.     

PRRSV JX0708株结构蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

根据GenBank中登录的美洲型PRRSV JXA1株基因组序列设计合成了4对引物,应用RT-PCR技术对PRRSV JX0708株结构蛋白基因进行扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行分析,并与国内外分离株进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列同源性比较.结果表明:PRRSV JX0708株结构蛋白基因长约3 186bp,分为ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个基因区;与国内分离的高致病性PRRSV美洲型毒株HuN、GD、JXA1、LN和普通毒株CH-1a以及经典毒株VR-2332和疫苗毒株pMLV的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为88.0%～100.0%和83.5%～100.0%;而与欧洲型经典毒株LV和Euro-1的同源性差异显著,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为64.0%～69.7%和53.3%～79.9%.遗传进化分析表明,PRRSV JX0708株在基因型上属于美洲型,同时美洲型PRRSV的变异存在某种地域和时间跨度上的相关性,但每个结构蛋白基因的变异并不严格遵从这种规律,而有所差异.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒S-1株ORF5和ORF7基因的克隆及变异分析

PRRSV S-1株经Marc-145复苏后,通过RT-PCR扩增了ORF5和ORF7基因.利用酶切位点将2个基因分别连接到原核表达载体PET-32C中,筛选阳性克隆送测序,序列分析表明:PRRSV S-1株ORF5基因变异性较高,与VR-2332毒株和CH-1a毒株的同源性分别是:核苷酸同源性为91%和89%,氨基酸同源性是87%和85%;ORF7基因相对保守,核苷酸的同源性分别是97%和94%,氨基酸的同源性分别是95%和93%.     

猪繁殖与呼吸系统综合征病毒华南株GDgz 的分离鉴定及遗传进化分析

为了解华南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的变异特性,用Marc-145细胞从广东省疑似猪繁殖与呼吸综合征发病猪场采集的肺组织中分离得到1株PRRSV(命名为GDgz),该毒株能产生明显的细胞病变。全基因组进化分析和同源性比对分析结果显示,GDgz与中国高致病性毒株位于同一分支,与欧洲型毒株Lelystad-virus同源性最低、仅为60.3%,与美洲型经典毒株VR-2332的同源性为88.8%,与中国高致病性毒株JXA1和HuN4同源性为98.8% 和98.9%,与JXA1的疫苗株同源性为91.1%,与NADC30和NADC30-like毒株 CHsx1401和JL580同源性分别为84.5%、87.2%和83.6%。NSP2序列比对结果显示,GDgz在高变区存在30个不连续氨基酸缺失。GP5序列比对结果显示,GDgz在GP5抗原表位上有氨基酸突变,表明GDgz属于美洲型高致病性毒株传代致弱的疫苗株,且在抗原表位上有一定程度的突变。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒BJ株、GD株全基因组序列测定与分析

利用RT-PCR方法分别扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北京分离株(BJ株)、广东分离株(GD株)各9条基因片段,并将这9个片段分别克隆于PGEM-T-easy质粒载体上进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSVBJ株和GD株的全基因组cDNA(GenBank:EU825723,EU825724)。测序结果表明,BJ株和GD株基因组全长分别为15340和15336bp,各包含9个开放式阅读框,5′UTR都含有189nt,3′端URT分别含有170nt、166nt,其中各包含20ntPoly(A)、16ntPoly(A)。基因组序列分析结果显示,BJ株和GD株与ATCCVR-2332的核苷酸同源性分别为88.9%和89.0%,与高致病性PRRSV毒株JXA1的核苷酸同源性分别为99.0%和99.4%,与PRRSV毒株HuN的核苷酸同源性分别为98.8%和98.9%。     

猪蓝耳病病毒分离纯化及Nsp2序列分析

对广东省几个地区发生疑似PRRSV感染的猪场送检的502份血清进行RT-PCR检测.将检测到的阳性血清接种到Marc-145细胞上并连续传代4～5次,收获出现明显细胞病变(CPE)的样品,利用蚀斑试验克隆纯化PRRSV.根据高致病性PRRSVNsp2基因缺失区的两端保守区设计了1对引物区分经典PRRSV和高致病性PRRSV.研究结果表明,成功分离到12株PRRSV并纯化出2株病毒.从502份血清样品中检测到156份阳性血清,PRRSV感染阳性率达32％,经鉴定均为高致病性PRRSV变异株.对分离毒株的Nsp2基因序列进一步分析,发现此次分离株Nsp2基因与VR-2332株(70.7％～74.6％)的核苷酸同源性较JXA1株(87.1％～100％)偏低;在系统进化树上分离株与JXA1变异株亲缘关系比较近,而与VR-2332株亲缘关系比较远.说明广东省地区普遍存在PRRSV的感染,并且病毒出现了不同程度的变异.     

两株高致病性PRRSV河南分离株ORF5基因克隆及遗传变异分析

从河南信阳和新乡两地区猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc145细胞病变的病毒,命名为HN1和HN2。采用RT-PCR方法从分离的2株PRRSV中均分别扩增出ORF5基因,并将其克隆、测序。用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较,绘制系统进化树,结果表明,ORF 5核苷酸与北美洲型的同源性为81.2%～99.1%,与欧洲型Lv株的同源性分别为35.9%和35.3%,推导氨基酸与北美洲型的同源性为84.5%～99.5%,与欧洲型Lv株的同源性分别为46.0%和45.5%。证明新分离到的PRRSV毒株仍属北美洲型。与国内分离的高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB1、JX0612、GDZC1、ZQ、SX-1、HB1、HEB1、Hnyz核苷酸同源性达96.5%～99.1%,氨基酸同源性为96.0%～99.5%。分析结果表明,所获得的2个毒株GP5蛋白氨基酸序列中的抗原表位已经发生变异。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GS株结构蛋白基因的克隆及结构特征分析

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)VR-2332毒株基因序列设计合成了6对引物,应用RT-PCR方法对PRRSVGS株部分片段进行基因的扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行拼接,并与国内外分离毒株进行核苷酸以及推导氨基酸序列同源性比较.结果发现PRRSVGS毒株结构蛋白基因全长3819bp,包括ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个阅读框,分别编码GP2、GP3、GP4、GP5、M和N蛋白;与BJ-4、CH-1a、HB-2(sh)/2002和VR-2332美洲株等核苷酸的同源性在87.9%～97.1%,推导的氨基酸同源性在88.3%～97.1%;而与LV和Euro毒株的同源性差异显著,核苷酸同源性在56.0%～70.0%,氨基酸同源性在54.9%～77.6%.构建的系统发育树证明该毒株在基因型上属于美洲型.     

猪繁殖与呼吸综合征新疆株ORF2-7基因的克隆及序列分析

【目的】研究新疆PRRS流行毒株的ORF2–7基因的变异及进化情况,为揭示PRRSV在新疆的流行特点提供参考,为新疆PRRS的防控提供理论依据。【方法】将新疆某规模化和散养户猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪肺脏病料进行处理,提取病毒RNA,应用PT-PCR技术扩增出4株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF2–7基因序列,并进行序列测定。【结果】PRRSV ORF2–7基因核苷酸长度为3 206bp。序列分析表明,新疆分离株XJTK-02株、XJERG-03株、XJ-04株和XJFCH-05株之间核苷酸的同源率较高,为90.3%⁹8.6%;XJTK-02株与经典PRRSV CH-1a株核苷酸同源率最高为93%;而其它3株新疆分离株与高致病性PRRSV JXA1、HuN4、JXwn06、pJX143和HPBEDV苷酸同源率较高,为95.1%98.6%;XJTK-02株与经典PRRSV CH-1a株核苷酸同源率最高为93%;而其它3株新疆分离株与高致病性PRRSV JXA1、HuN4、JXwn06、pJX143和HPBEDV苷酸同源率较高,为95.1%⁹8.9%;4株新疆分离株ORF2–7与美洲型代表株VR-2332核苷酸同源性为88.9%98.9%;4株新疆分离株ORF2–7与美洲型代表株VR-2332核苷酸同源性为88.9%⁹0.5%;而与欧洲型代表株LV4.2.1的核苷酸同源性仅为54.2%90.5%;而与欧洲型代表株LV4.2.1的核苷酸同源性仅为54.2%⁵4.6%。【结论】新疆分离株为PRRSV美洲型。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒山西分离株ORF7基因序列分析

采用RT-PCR方法对疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得2个ORF7基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性比较分析。序列分析结果显示,2个ORF7基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.7%和98.4%,其与欧洲型代表毒株LV、美洲型代表毒株VR-2332、高致病性PRRSV变异株(JXA1、HUN4、HEB1、HUB1)及我国早期分离毒株CH-1a的核苷酸同源性分别为65.9%、93.0%～93.3%、97.6%～98.1%、94.6%～94.9%,氨基酸同源性分别为58.1%、93.5%～94.4%、95.2%～96.0%、91.9%～92.7%。遗传进化树分析结果表明,分离的2个ORF7基因与美洲型代表毒株VR-2332亲缘关系较近,属于美洲型,与CH-1a、HB-2(sh)、我国2006年以后分离的10株(JXA1、SD-09、HUB1、HEB1、HUN4、Henan-A14、GD、GDQY2、GZgy15-1、GD-2011)组成同一个亚群。